Helicobacter pylori F57: HPF57_0931
Help
Entry
HPF57_0931 CDS
T01912
Name
(GenBank) vacuolating cytotoxin (VacA)-like protein
Organism
hex
Helicobacter pylori F57
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
VacA2
DUF6252
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BAJ60005
UniProt:
E6NS89
LinkDB
All DBs
Position
986370..993614
Genome browser
AA seq
2414 aa
AA seq
DB search
MAFEKARLISKFILKGSFKLNKISKKIFKLNLILKREKPLSHKKTKSVKKPFNKNRSFLK
ASVLLIGALGGLSHLRASECRYWSWSSWGYHDNIESGSNSPTHNSYCLFNSAQGSGTYYL
NTLTTYSAGGASFTQKFNNGTLNVGGNIRFGGTGVNGGNLGYITGTYDAQTINFNSSRIT
TGNSFSTGGGATLNFNATNHITINQASFDNSDAGTQRSYMNFSGSNINVISSSFTDDTNG
GFSFSANGANSNLSFNKTNFNQGTYKFTNSANLNFNNSAFNQGTYNFNSAQSVFENSNFN
QGTYNFNSAQSVFENSNFNQGTYNFTDNASFNNDTFNQGTYNFNASKVSFSGANTLNSSS
PFASLKGSVSFGSGAIFNLNQTLNSNQTYDILTTNKTIQYGVYQSYLWDLINYKGDKAIS
HVEVGSNTYDVTFDINGQDETLQETFNNQSITTQFLGDDLQAKAQATYQQDLSNSQSALN
NATSDNKIASNDTGYTNNQNTTIKKDAQNLENTDQTIQQDKQALEKDLANVKQLANAPTG
FNQQAFNQAQSTEQQDLQTLQKNESTFSSEQEGLKQAIANAKPTSPTPSPTPTPTKHTVP
NTPPNKVPPTPPTQNLPTTNVWSGVYNLQNQTYSQKGVYYIDPNLSGQSGQSGNTLSTYT
ANLLGRSFSVNANNGTLIIGNNTESVNDNGLIWIGHGGFGYITGTFNAANIYLTNNFKTG
EGVSGSDGGGANITFKASDNITMDGLNYNDAETVTKMIQTGASQHSYAAFDATNNISVTN
SSFSDMTWGKFSFNAKNISFSNASFSGFTNPGGSSVISANAANSLSFNNSRLNGGAVYNL
WAKSLIFNNTQAVFNVLYSRGASNFNATTQLLGNTSFTLSSQSLLNFNGDTTLQNNANIT
LGNKSQAAFKNSLTLDNNSNLSLDNQSVLNANGASAFNNQASLNIYNGSQATFNSLFFNG
GILSLNANSKLNASSASFSNNTTINLDDSVLSVSNASSLNANINFQGASQADFGGNTTIN
TASFNFDSASSLSFNNLTANGALNFNGYAPSLTKALMSVSGQFVLGNNGDINLSDINIFD
NITKSVTYNILNAQKGITGISGANGYEKILFYGMKIQNATYSDNNNIQTWSFINPLNSSQ
IIQESIKNGDLTIEVLNNPNSASNTIFNIAPELYNYQASKQNPTGYSYDYNDNQAGTYYL
TSNIKGLFTPKGSQTPQTPGTYSPFNQPLNSLNIYNKGFSSGNLKTLLGILSQNSATLKE
TIESNQLDNITNINEVLQLLDKIKITPAQKQALLETINHLTDNINQTFSNGNLVIGATQD
NVTNSTSSIWFGGNGYSSPCALDSATCSSFRNTYLGQLLGSTSPYLGYINADFKAKSIYI
TGTLGSGNAFESGGSADVTFQSANNLVLDKANIEAQATDNIFNLLGQEGIDKIFNQGNLA
NVLSQVAMEKIKQAGGLGNFVENALSPLSKELPTSLQNETLGQLIGQNNLDNLLNNSGVM
NEIQNIISKKLSIFGNFVTPSIIENYLAKQSLKSMLDDKGLLNFIGGYIDASELSSILSV
ILKDITNPPTSLQKDIGVVANDLLNEFLGQDVVKKLESQGLVSNIINNIISQGGLSGVYN
QGLGSVLPPSLQNALKENDLGALLSPRGLHDFWQKGYFNFLSNGYVFVNNSSFSNATGGS
LNFVANKSIIFNGDNTIDFSKYQGALIFASNGVSNINITTLNATNGLSLNAGLNNVSVQK
GEICINLANCPTTKNSSSTNSSVTPTNESLSVRANNFTFLGTIASNGAIDLSQVKNNSVI
GTLNLNENATLQANNLTITNAFNNASNSTANINGNFTLNQQATLSTNASGLNVMGNFNSY
GDLVFNLSHSASHAIINAQGVATIMANNNNPLIQFNTSSKEAGAYTLIDSAKAIYYGYND
QITGGNSLADYLKLYTLIDINGKRMAMTDNGLTYNGQAVNIKDGGLIVGFKDSQNQYIYT
SILYNKVKIAVSNDPINNLQAPTLKQYIAQIQGTQSVDSIDQAGGAQAINWLNKIFETKG
SPLFAPYYLESHSTKDLTTIAGDIANTLEVIANPNFKNDATNILQINTYTQQMSRLAKLS
DTSTFASADFHERLEALKNKRFADAIPNAMDVILKYSQRNRVKNNVWATGVGGASFINGG
TGTLYGINIGYDRFIKGVIVGGYAAYGYSGFHANITQSGSSNVNMGVYSRAFIKRSELTM
SLNETWGYNKTFINSYDPLLSIINQSYKYNTWTTDAKINYGYDFMFKDKSVIFKPQIGLA
YYYIGLSGLRGIMDDPIYNQFRANADPNKKSVLTINFALESRHYFNKNSYYFVIADVGRD
LFINSMGDKMVRFIGNNTLSYRDGGRYNTFASIITGGEIRLFKTFYVNAGIGARFGLDYK
DINITGNIGMRYAF
NT seq
7245 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcgtttgaaaaggccagattgatttctaagtttattttaaagggatcttttaaatta
aataagatctcaaagaaaattttcaaattgaatctaatcttgaagcgtgaaaagccctta
agccataaaaaaacaaaatccgttaaaaagccctttaataaaaacagatcttttttaaaa
gcttcggttttattgataggagcgttggggggattatcccacctaagggctagcgagtgc
cgttattggtcatggtcgtcttggggttatcatgacaatattgaaagcggttctaattcc
cccacgcacaactcttattgtctttttaatagcgctcaaggctctgggacttactatttg
aacacccttaccacttatagtgctggtggggctagtttcacgcaaaaattcaataatggc
acgcttaatgtgggagggaatatccgctttggaggcacaggtgttaatgggggtaattta
gggtatatcacaggcacttatgacgctcaaacgattaattttaattctagccgtatcaca
accggcaactcattttctactggcggtggggcaactctcaattttaatgcaactaaccat
atcactatcaatcaagccagctttgataatagcgatgcagggacgcagcgctcttacatg
aatttcagcggttctaacatcaatgtgatctcttctagctttacagacgacaccaatggg
ggctttagtttcagcgcgaatggggctaacagcaatctctcttttaacaaaacgaacttc
aatcaaggcacttataaattcactaacagcgctaacttaaacttcaacaacagcgctttc
aatcaagggacttataactttaatagcgctcaatctgtttttgaaaacagcaatttcaat
caagggacttataactttaatagcgctcaatctgtttttgaaaacagcaatttcaatcaa
gggacttataattttactgacaacgccagcttcaataacgatactttcaatcaagggact
tataactttaatgcaagcaaggtgagtttttcaggcgctaacactttaaattcaagttcg
ccttttgctagccttaaaggcagtgtgtcctttggttctggtgcgatttttaacctcaat
caaacccttaatagcaatcaaacctatgacattctcaccacaaacaaaaccatccaatat
ggggtttatcaaagttatttgtgggatttgatcaactataagggcgataaagctataagc
catgttgaagtgggtagtaacacttatgatgtaacctttgacattaacgggcaagatgaa
accttacaagaaacctttaacaatcagtccattaccacccaatttttaggggacgattta
caagccaaagcccaagcaacctaccaacaagacttgagcaattcccaaagcgctttaaat
aacgctactagtgataataagatcgcaagcaatgatacaggctacaccaacaatcaaaac
accactatcaaaaaagacgctcagaatttagaaaacaccgaccaaaccatccaacaagac
aaacaagcgttagaaaaagatttagctaatgtcaaacaattagccaacgccccaacaggc
tttaaccaacaagctttcaatcaagcccaaagcacagaacaacaagacttacaaacttta
caaaagaatgaaagtacttttagtagcgagcaagaggggttaaaacaagcgatagctaac
gctaagcctacaagccctacaccaagccctacacccactcccacaaagcacacagtgcca
aacactccccctaataaagttccgcccacaccccctactcaaaatttacccacaacgaat
gtgtggagtggagtctataaccttcaaaatcaaacttactcgcaaaaaggcgtttattat
attgatcccaatctttcaggacagagcggtcaaagcggcaacacgctcagcacttataca
gccaatttgttaggaagaagttttagcgtgaatgctaacaatggcactttgatcataggg
aataacacagagagcgtgaatgataatgggttgatttggatagggcatggaggctttggc
tatattacagggacttttaatgcggctaatatttacttgaccaataattttaaaaccggt
gaaggcgtttcaggctcagatggtgggggagcgaacatcacctttaaagcaagcgataac
atcactatggatggcttgaattataatgacgctgaaaccgttactaaaatgattcaaacg
ggggctagtcagcattcctatgccgcttttgacgctacaaacaatatcagcgtaactaat
tccagctttagcgatatgacttgggggaaattcagttttaacgctaagaatatttcgttt
tctaacgcttcgtttagcggctttacaaaccctggaggatcaagcgtgatcagcgctaat
gccgctaattctttaagctttaacaattctcgtttgaatgggggagcggtttataatttg
tgggctaagagccttattttcaataacacgcaagcggtttttaatgtcttgtattctagg
ggggcaagcaattttaacgctaccacacagcttttgggcaacacgagttttacgctcagc
tctcaaagtttgctgaactttaatggcgatacaaccttgcaaaacaacgccaatatcacg
cttggcaataaaagtcaagccgcttttaaaaattctttaacgcttgataataattctaat
ttaagcttagacaatcaaagcgttttgaatgccaatggtgcaagcgcttttaacaatcaa
gcgagtctcaatatttataacgggagtcaagcaacctttaatagcctcttttttaatggc
gggatactcagtcttaacgctaatagcaagctcaacgcttctagcgctagtttttcaaac
aacaccactatcaatttagacgatagcgttttatcagttagcaacgcaagctctttaaac
gctaatatcaattttcaaggtgcaagccaagctgattttggaggcaacacgactattaat
acagcaagctttaattttgacagcgcaagctcattgagttttaataaccttacggctaat
ggggcgttaaattttaatggttatgcgccctctttgactaaggctttaatgagcgttagc
gggcagtttgttttagggaataatggggatattaatttatctgacatcaatatttttgac
aacattacaaaatctgtaacctacaacatcctaaacgctcaaaaaggcattactggcatt
agtggggctaatggctatgaaaaaatccttttttatggcatgaaaatccaaaacgctacc
tatagcgacaacaataacattcaaacttggtcgtttataaaccctctcaattcttctcaa
atcattcaagagagcattaaaaatggggatttaaccatagaagttttaaacaaccccaac
tcggcttctaacactatttttaatatcgctcctgagctttataattaccaagcttctaag
caaaatcctaccggttatagctatgattataacgataaccaagcaggcacttattacttg
acaagcaacattaaaggtcttttcacccctaaaggctctcaaacgcctcaaaccccaggc
acttatagcccgtttaaccagcctttgaatagtttgaatatctacaataagggtttttct
agtggaaatttaaaaacacttttagggatcctttctcaaaattccgctaccttaaaagaa
acgattgaatccaatcaattagacaatatcactaacatcaatgaagtgttgcaactctta
gataagattaagatcaccccagcgcaaaagcaagcgctcctagaaaccatcaaccatttg
actgacaacattaatcaaacctttagtaacgggaatctcgtgataggcgctactcaagat
aatgttacaaactctactagctctatatggtttgggggcaatggctatagcagtccttgt
gcactagatagtgccacttgttcttcttttagaaacacttacttggggcaattattaggc
tcaacttccccctatttaggctacatcaacgctgattttaaagctaaaagcatttatatc
actggaacgcttggaagcggtaacgcctttgaaagcggagggagcgcggatgtaaccttt
caaagcgctaataacttagtgttggataaagctaacatagaagctcaagccacagacaat
atctttaatcttttgggtcaagaagggattgataaaatctttaatcaagggaatttagcg
aatgttctcagtcaagtggctatggaaaaaatcaagcaagccggcggtttaggaaacttt
gtagaaaacgctctaagccctttgagtaaggaattgcccactagcttgcaaaatgaaacc
ttaggccaacttataggtcaaaataatttagataatttattgaataatagtggagtcatg
aatgaaatccaaaatattatcagtaaaaaactaagcatttttggtaattttgttacccca
tcaatcatagaaaactaccttgctaagcagtctttaaaaagcatgctagacgataaaggg
cttttgaattttatcggtgggtatatagacgcttctgaattaagctctattttaagcgtg
attttaaaagatattactaatccccctacaagcttgcaaaaagacattggtgtggtggcg
aacgacttgttgaacgagtttttaggacaagatgttgttaaaaagctagaaagtcaaggc
ttagtgagtaatatcattaataatattatttctcaaggcgggttaagcggcgtttataat
caaggtttgggaagcgtgttgccaccctctttacaaaacgcgctcaaagaaaacgattta
ggcgctcttttatcgcctagaggcttgcatgatttttggcaaaaagggtattttaacttt
ttaagcaatggctatgtttttgtcaataatagctcttttagcaacgctacagggggcagt
ttgaattttgtcgccaacaagtctattatttttaatggcgataacacgattgattttagc
aagtatcaaggcgcattgatttttgcttctaatggtgtttctaatatcaatatcacaacc
ctaaacgctactaatggcttaagccttaatgcgggtttgaataatgtgagcgttcaaaaa
ggggaaatttgcatcaatttagccaattgccccacaacaaaaaacagctcttctacaaac
tctagcgtaacccccactaatgaatctttaagcgtgcgtgctaataacttcactttctta
ggcacaatcgcttctaatggggctattgatttgtctcaagtaaaaaataatagcgttata
ggcacgctcaatcttaatgaaaatgcgaccttgcaagccaataatttaacgatcactaac
gcttttaacaacgcctctaactctacagctaacattaatggtaatttcaccttaaaccaa
caagcgactttaagcactaacgctagtggtttgaatgtcatggggaattttaatagctat
ggcgatttggtgtttaacctcagccattcagctagccatgccattatcaacgctcaaggc
gtagcgacgattatggctaataacaataaccccttaatccaattcaacacttcttcaaaa
gaagcaggcgcttacacgctcattgatagcgctaaggccatttattacgggtataacgac
caaatcacaggaggcaatagtctagccgattatctcaagctttacacgctcattgatatt
aatggcaagcgcatggcgatgactgataacggcttaacctataacgggcaagccgtgaat
attaaagatggcggtttaattgtaggctttaaagattctcaaaatcaatacatttacact
tccattctctataataaagtgaaaatcgctgtttctaatgatcccatcaacaacctacaa
gcccccactttaaaacaatatatcgctcaaattcagggcactcaaagcgtggatagcatt
gatcaagctggaggcgctcaagcgattaattggctcaataaaatctttgaaactaaggga
agtcctttattcgctccctattatttagaaagccattccacaaaagatttaaccacgatc
gctggagacattgctaacactttagaagtcatcgctaaccctaattttaaaaatgatgcc
actaatattttacagatcaacacctacacgcaacaaatgagccgtttagccaagctctct
gacacttcaacctttgctagcgctgatttccatgagcgtttagaagcccttaaaaacaag
cgattcgctgatgcgatccctaacgctatggatgtgattttaaaatactctcaaagaaac
agagttaaaaataatgtgtgggcgacaggagttggaggggctagttttattaatggaggc
actgggactttatatggtatcaatatagggtatgacaggtttattaagggcgtgattgtg
gggggttatgccgcttatgggtatagcgggtttcatgcaaacatcactcaatcaggctct
agcaatgtcaatatgggtgtttatagccgagcgtttatcaaaagaagcgaattaacgatg
agcttgaatgagacttggggatacaataagactttcatcaactcttatgaccccctactc
tcaatcatcaaccagtcctacaaatacaacacctggacgactgacgctaaaatcaattac
ggctatgatttcatgtttaaagataaaagcgttatttttaaacctcaaataggcttagcc
tattattacattggtttgtctggtttaaggggcattatggatgatcctatttacaaccaa
ttcagagccaatgctgaccctaataaaaaatccgttctaacgattaattttgccctagaa
agtcggcactacttcaataaaaactcttattattttgtgattgcggatgtgggcagagat
ttatttatcaattctatgggggataaaatggtgcgtttcatcggtaataacaccctaagc
tatagagatggcggcagatacaacacttttgctagcattatcacaggcggggagataagg
ctattcaaaaccttttatgtgaatgccggcataggggctaggtttgggcttgattataaa
gatattaatattaccggaaatattggtatgcgttatgctttttaa
DBGET
integrated database retrieval system
