Helicobacter pylori B38: HELPY_0295
Help
Entry
HELPY_0295 CDS
T00950
Name
(GenBank) Putative toxin-like outer membrane protein/vacuolating cytotoxin (VacA) paralog; putative signal peptide
Organism
hpb
Helicobacter pylori B38
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
VacA2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
CAX28839
UniProt:
C7BYM9
LinkDB
All DBs
Position
288302..297028
Genome browser
AA seq
2908 aa
AA seq
DB search
MKKFKKKPKSIKRSHQNQKTILKRPLWLAPLLIGGFASGVYADGTDILGLSWVEKSQKVC
VNHPWYAIWSCDKWEEKTQQYTGNQLITKTWAVGNAANYYHTQNNQNITANLKNDNGTYF
LSGLYNYTGGEYNGGNLNIELGSNATFNLGASSGNSFTSWYPNGHTNVTFSAGTINVNNS
VEVGNRVGSGVGTHTGTATLNLNANKVTINSNISAYKTSQVNIGNANSTITINSVSLNGD
TCSSLARIGIGANCSSLGPSYSFKGTTNATNTAFSNANGSFTFEENATFSGAKLNGGTYT
FNKEFNATNNTAFNSGSFNFKGASSFNGASFSDASYTFDNQATFQNSSFNGGTFTFNNQT
NQSAQHPQIQNSSFSGNATTLKGFVNFQQAFNNSNHQLTIQNASFNNATFNNTGKITIEK
DASFNNTSFNTSINTNNMTISGGVTLSGKNDLNNGSTLDFGSSKVTLTQGTTFNLTSLGS
EKSVTILNSSGGITYNHLLNHAINSLTNALKTNESSSKPQSFAQGLWDMITYNGVTGQLL
NENATTPKPADSSPSAPTKDSPQVYQVGYKIGDTIYKLQETFSPNSIIIQALESGTYTPP
PVISGSKFDLSASNYINADMPWYDHKYYIPKSQNFTESGTYYLPSVQIWGSYTNSFKQTF
SASGSNLVIGYNSTWTDHNVSSSDTVSFGDNSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGTYSTYH
VYITANLRSGNRIGTGGAANLIFNGVDSINIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQNMDNSQN
LNGLNANGKLLVYGTTFTNQAKDGKFIFNAGQATFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQF
NSGSFEISAKNASFNNANFNNSASFNFNNSSATTSFMGDFTNAHSNLQIAGNAVFGNSTN
SDGSQNTANFNNTGSVNISGNATFDNVAFNSPTNMSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDG
TIVFNAHSVINIDESITNGNPITLVSSSKEIDYNNAFSKNLWQLINYQGHGASSEKLVSS
VGNGVYDVVYSFNNQTYNFQEIFSPNSISIRRLGVGMVFDYMDMEKSDHLYYKDVVGFMT
YMPNSYNNNLGNPNNTIYYYDKSIDFYASGKTPFTKAEFSQTFTGQNSAIVFGAKNIWTS
ASDAPQSNAIIRFGDNKGAGSNDASGHCWNLQCIGFITGHYEAQKIYITGSIESGNRISS
GGGASLNFNGLQGILLTNATLYNRAAGTQSSSMNFVSNSANIQAQNSYFIDDTAQNKGNP
NFSFNALNLDFSNSSFRGYVGTTQSVFKFNAKNAISFTNSTNLSSGLYQILANSVSFDNS
NLSVSVGTSSIKANAINLSQNASINASNHSTLELQGDLNLNDTSSLNLNQSTINVSNNAT
INDYASLIASNGSRLNFNGAVNFNSANITTSLNNSSIVFKGASSLGGQFNLSNHSSLDFQ
GSSTITSNTAFNFYDNAFSQSPITFHQALDIKAPLSLGGNLLNPNNSSVLDLKNSQLVFS
DQGSLNIANIDLLSDLNDNKNRVYNIIQADMNNNWYERISFFGMRINDGIYDAKNQTYSF
TNPLNNALKITESFKDNQLSVTLSQIPGIKNTLYNISSEIFNYQKVYNNANGVYSYSDDA
EGVFYLTSNVKGYYNPNQSYQANGSNNTTKNNNLSSESSVISQTYNAQGNPISALHIYNK
GYNFNNIKALGQMALKLYPEIKKILGNDFSLSSLSGLKGDALNQLTKLITPSDWKNINEL
IDNANNSVVQNFNNGALIIGATKIGQTDTNSTVVFGGLGYQTPCDYTDIVCQKFRGTYLG
QLLESSSADLGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVTFNSQTSLILNQANIVSS
QTDGIFSMLGQEGINKVFNQAGLANILGEVAVQSINKAGGLGNLIVNTLGSNSVIGRYLT
PEQKNQTLSQLLGQNNFDNLMNDSGLNTAIKDLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQNPE
KLIGSMSINDLLSKKGLFNQITGFISANDIGQVISVMLQDIVKPSNALKNDVVALGKQMI
GEFLGQDTLNSLESLLQNQQIKSVLDKVLAAKGLGPIYEQGLGDLIPSFGKKGLFAPYGL
SQVWQKGDFNFNAQGNVFVQNSTFSNANGGTLSFNAGNSLIFAGNNHIAFTNHAGTLQLL
SNQVSNINITTLDASNGLKINAGSNNISVSQGNLFINASCAQQSGPTAANAANPCTLNAQ
SANDASSNNASNNAPIALNNNDESLMVTANDFNFSGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYL
YNNAQFQANNLIISNQAVLEKNASFVTNNLNIQGAFNNNATQKIEVLQNLVIASNASLST
GIYGLGVGGALNNLGTINFNLEISQTPAMPLIQTGGVINLNATQTPFMNVNNSMANNTTY
TLLKSSRYIDYNINPNSLQSYLKLYTLININGNHIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSV
ALPDSNNASQNNILSLSVLHDQIKMSYGDKAMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGG
NAIKWLSTLMMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVTKDLQNTASLISNPNFRDNATNLLE
LASYTQQTSRLTKLSDFRSREGESDFSERLLELKNKRFSDPNPGEVFVKYSQLSKHPNNL
WVQGIGGASFISGGNGTLYGLNVGYDRLVKNVILGGYVAYGYSDFNGNIMHSLGNNVDVG
MYARAFLKRNEFTLSANETYGGNANNINSSNSLLSVLNQRYNYNTWTTSVNGNYGYDFMF
KQKSVVLKPQVGLSYHFIGLSGMKGKMNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTLNMGLESRKYFG
QNSYYFVTARLGRDLLIKSKGGNMVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRLMY
VNAGVGLKMGLQYQDINITGNVGMRVAF
NT seq
8727 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaaaagtttaaaaagaaaccaaaaagtatcaaacgatcgcatcaaaatcaaaaaaca
atcttaaagcgtcctttatggcttgcacctttactcatcggtgggtttgctagtggggtg
tatgctgatggaacggatattttagggcttagttgggtggaaaaaagccaaaaggtatgc
gtgaatcatccatggtatgctatatggagttgcgataaatgggaggaaaaaacccaacaa
tacacaggaaaccaactcatcacaaaaacttgggcagtgggtaatgcggctaattactac
cacactcaaaataaccaaaatattacagccaatttaaaaaatgataacggcacttatttt
ttaagcggtctgtataactacaccggaggggaatataatgggggaaatttaaatattgaa
ttaggcagtaacgctacctttaatctaggtgcgagtagtgggaatagcttcacttcttgg
tatcctaatgggcatactaatgttacttttagcgctgggactatcaatgtgaataacagc
gtagaagtgggcaatcgtgtgggatcgggagttggcacgcacaccggcacagccacttta
aacttgaacgctaataaggttactatcaattctaatatcagtgcgtataaaacttcgcaa
gtgaatataggcaatgctaacagcaccattaccattaattcggtttctttaaatggggat
acttgcagttctttagctcgtattggcataggggctaattgctctagtttagggcctagc
tattcttttaaagggacgactaacgccactaacacggcgtttagtaatgcaaacggcagt
ttcacttttgaagagaacgccacttttagcggggcgaaattaaatggggggacttatact
tttaataaagagtttaacgctactaataataccgcctttaatagcggtagttttaatttt
aaaggcgcaagttcctttaatggcgcttcgtttagtgacgcttcctatacttttgacaat
caagccactttccaaaacagctcctttaatggggggacttttacttttaataaccagacc
aatcaaagcgctcagcacccccaaattcaaaacagctcttttagtggtaacgctaccact
cttaagggctttgtgaatttccagcaagcctttaacaattcaaaccaccaactaacgatc
caaaacgcttcctttaataacgccactttcaacaataccggtaaaatcaccatagaaaaa
gatgcgagttttaataacacttcgttcaacacttctattaatacaaacaacatgaccatt
agtggtggcgttactttaagcggtaagaatgacttgaacaatggctcaacccttgatttt
gggagttctaaagttaccctcactcaagggacgactttcaatctcacaagtttagggagt
gaaaagagcgtaacgattttaaattctagcggtgggatcacttacaatcatcttttaaac
catgcaatcaacagcttgacaaacgctttaaaaacgaacgaaagctcttcaaagccgcaa
agttttgctcaaggtttgtgggatatgatcacttacaatggggttactggacagcttttg
aatgaaaacgctacgacacctaaacccgctgactcttcgccctctgcacccactaaagac
tccccacaagtctatcaagtgggttacaaaataggggatactatctacaaactgcaagaa
acttttagccctaattccattatcatccaggctttagagagcgggacttacacgccaccc
cctgtcattagcggatccaaatttgacttatccgcttcaaattatattaatgctgacatg
ccttggtatgatcataaatattatattcctaaatctcaaaattttacagagagcgggact
tattacttgccgagcgttcaaatatgggggagttacactaactcgtttaaacaaactttt
agtgctagtggtagtaatttggtgattgggtataactcaacatggactgatcataatgtc
tcttctagcgacacggtgtcttttggggacaattcagggagcgctcttaatgggcattgc
gggccttggccctattaccaatgcacaggcacgactaatggcacttatagcacttatcat
gtgtatatcacagcgaatctgcgttctggcaatcgtataggcaccggtggggcagctaat
ctaatctttaatggggtagatagtatcaatatcgctaacgctaccatcacgcaacataac
gccgggatttattcaagctctatgactttttccacgcaaaacatggataattcgcagaat
ttgaatggtttaaacgctaacggcaaacttttggtgtatggcaccactttcactaaccaa
gccaaagacgggaaattcattttcaatgcagggcaagcgacttttgaaaacaccaacttt
aatggagggagctaccaattcagcggtgatagcttgaatttttcaaacaacaaccagttt
aatagcggttcgtttgagattagcgcaaaaaacgcttcgtttaataacgctaattttaac
aacagcgcttcttttaatttcaataattctagcgcgaccacttcgtttatgggggatttc
actaacgctcattcaaatttgcaaatcgccgggaacgctgtttttgggaactctaccaat
agtgatggctctcaaaataccgctaatttcaataataccggctctgttaatatttcaggg
aatgcaacctttgataatgtggcttttaacagccctacgaatatgagcgtgaaagggcaa
gttactctcaataacatcactttaaaaaacttgaacgcccctttatcttttggcgatgga
acgattgtttttaacgctcattctgttattaatattgatgaatctatcactaatggcaac
cctatcacccttgtaagctcttctaaagagattgattacaacaacgctttcagtaaaaat
ctatggcagctcatcaactaccaagggcatggggcaagcagtgaaaagctcgtctctagc
gtaggtaatggcgtttatgatgtggtgtattctttcaataaccaaacctacaatttccaa
gagattttttcaccaaacagcatttctatccggcgtttgggtgttggcatggtgtttgat
tatatggatatggaaaaatcggatcatttgtattataaagatgttgtcggttttatgacc
tacatgcctaatagctataacaataatttagggaatccaaacaacaccatttactattac
gacaagagcattgatttttatgcgagcgggaaaactccattcactaaggcggaattttct
caaacattcaccgggcaaaacagcgcgatcgtttttggggctaaaaatatatggacgagt
gcgagcgatgccccacaatctaatgcaatcattcgctttggggacaataagggagcaggg
agcaatgatgcgagcgggcattgctggaatttgcaatgcataggctttatcacagggcat
tatgaagcgcaaaagatttacattaccggtagcattgaaagcgggaaccgcatttctagc
ggtgggggcgcgagtcttaattttaacgggcttcaaggcattcttttaacgaacgcgact
ttgtataaccgcgccgctggcacgcaaagttcgtctatgaattttgtttctaatagtgcg
aacattcaggctcaaaactcctattttatagacgataccgcgcaaaataaaggcaaccct
aattttagtttcaacgctttgaatctggatttttctaacagctcttttaggggctatgtg
gggacaacgcaatctgtttttaaattcaatgccaagaatgcgatcagtttcaccaacagc
acgaatttaagctctggtttgtatcaaattttagctaatagcgtgtcgtttgacaattct
aatttaagcgtttcggtggggacaagcagtattaaagccaatgcgatcaatctttctcaa
aacgcctctatcaatgcgagcaaccattcaaccttggagcttcaaggcgatttgaattta
aacgacaccagctcgctcaacctcaaccaaagcacgattaatgtttccaataacgccacg
atcaacgattatgcgagtttgattgcgagtaatggctcacgccttaattttaacggagcg
gtcaatttcaattcagcgaatattactacgagtttgaataattcctctatcgtgtttaag
ggagcgagctctttaggagggcagtttaatttaagcaatcattcttctttagattttcaa
ggctctagcactatcacctctaacacggcgtttaatttctatgataacgctttttctcaa
agccccatcactttccatcaagcccttgatattaaagcacccttgagtttgggaggcaac
ctcttaaaccctaacaacagcagcgtgttggatttgaaaaacagccagcttgtttttagc
gatcaagggagtttgaatatcgctaacattgatttactaagcgatctaaacgataataaa
aatcgtgtgtataacatcattcaagcggacatgaataataattggtatgagcgtatcagc
ttctttggcatgcgcatcaatgacgggatttatgatgctaaaaaccaaacttatagtttc
actaacccccttaataacgccctaaaaatcaccgagagctttaaagacaaccaactaagc
gttacgctctctcaaatcccaggcattaaaaacacgctctataacattagctctgaaatc
tttaactaccaaaaagtttataacaacgctaatggcgtgtattcttatagcgatgatgca
gaaggcgtgttttaccttacgagcaatgtgaaaggctattacaaccccaaccaatcctat
caagctaacggcagcaataacaccacgaaaaataacaatctaagctctgagtcttctgtc
atctcgcaaacctataacgcgcaaggcaaccctattagcgcgttacacatctataacaag
ggctataatttcaataatatcaaagcgttagggcaaatggcgctcaaactctaccctgaa
atcaaaaagatattggggaatgatttttcgctttcaagtttgagcggtttaaaaggcgat
gcgctaaaccagcttaccaaactcatcacccctagcgattggaaaaacattaacgagttg
attgataacgcaaacaattcggtggtgcaaaatttcaataacggcgctttgattatagga
gcgactaaaatagggcaaacagacactaatagcacggtggtttttgggggcttgggctat
caaacaccttgtgattatactgatattgtgtgccaaaaatttagaggcacttatttaggg
cagcttttagagtccagctcggctgatttgggctatattgacacgacttttaacgctaaa
gaaatttatcttaccggcactttagggagtgggaacgcatgggggactggggggagcgct
agcgtaacttttaacagccaaacttcgctcattctcaaccaggctaatatcgtaagctcg
caaaccgatgggatttttagcatgctaggccaagagggcatcaataaggttttcaatcaa
gccgggctcgctaatattttgggcgaagtggcggtgcaatccattaataaagccggagga
ttagggaatttgatagtaaatacgctagggagtaatagcgtgatcgggaggtatttaacg
cctgaacaaaaaaatcaaaccctaagccagcttttggggcagaataattttgataacctc
atgaacgatagcggtttgaacacggcgattaaggatttgatcagacaaaaattaggcttt
tggactgggctagtggggggattagccggactagggggcattgatttgcaaaaccctgaa
aagcttatagggagcatgtccatcaatgatttattgagtaaaaaagggttgttcaatcag
atcaccggctttatttccgctaacgatatagggcaagtcataagcgtaatgttgcaagat
attgtcaaaccgagcaacgctttaaaaaacgatgtagtggctttaggcaagcaaatgatt
ggcgaatttttaggccaagacacgctcaattctttagaaagcttgctgcaaaaccaacag
attaaaagcgttttagacaaagtcctagcggctaaaggtttagggcctatttatgaacaa
ggcttgggggatttgatacctagttttggtaaaaaagggcttttcgctccttatggcttg
agtcaagtgtggcaaaaaggggattttaatttcaacgcgcaaggcaatgtttttgtgcaa
aattccactttctctaacgctaatggaggcacgcttagttttaacgcagggaattcgctc
atttttgccggaaacaatcatattgcattcactaaccacgctggaactcttcaattattg
tctaatcaagtttctaacattaatatcactacgcttgatgccagcaacggccttaagatt
aatgccggtagtaacaatatttctgtgtctcaaggcaatctgtttatcaacgccagttgt
gcacaacaaagcggtccaactgcagctaacgctgcaaacccttgcacgcttaacgcccaa
agcgcgaatgacgcttcttctaataatgcgtcaaataacgcgccaatcgccttgaacaat
aacgatgagagcttgatggttacggcgaatgatttcaatttttcaggcaatatttacgct
aatggggtggttgatttttcaaagattaaaggctctgcaaacattaaaaacctgtatctt
tacaataacgctcaattccaagccaacaaccttattatttccaatcaggcggtgttagaa
aaaaacgccagctttgtaacgaataacttaaacattcaaggggcgtttaacaacaacgcc
acgcaaaaaatagaggtgcttcaaaatttagtgatcgcttcaaacgcttctttaagcacc
gggatttatgggttaggagtagggggggctttgaataatttgggaacgattaatttcaat
ttagaaatttctcaaacgcctgcaatgccgctcattcaaacaggaggcgtgatcaatctt
aatgctactcaaacgccttttatgaatgtcaataacagcatggccaataacacgacttac
accttattaaaaagcagccgttacattgattacaatatcaaccctaatagcttgcaatcg
tatttgaagctctataccttaatcaatatcaacggaaaccacatagaggaaaaaaatggc
gtattgacttatttgggtcaacgggttttattacaagataaggggttattgttaagcgta
gcgttgcctgactcaaacaacgcttctcaaaacaacattttaagcctttctgtccttcat
gatcagattaaaatgtcttacggcgataaagcgatggattttaccccccctactttacaa
gattacattgtgggcattcaagggcaaagcgcgctcaatcaaattgaagctgttgggggg
aacgctatcaagtggctttcaacattgatgatggagactaaagaaaacccgctttttgca
ccgatttatttaaaaaaccactctttgaatgaaatcttaggcgtaacaaaagatcttcaa
aacaccgcaagcttgatttctaaccctaattttagggataacgctaccaatcttttagaa
ttggcgagttacacccaacaaaccagccgtttaacgaaactctctgattttagatctaga
gagggagagtctgatttttctgagcgtttattagagcttaaaaacaagcgtttcagcgat
cctaaccctggagaggtttttgtcaaatattcacaacttagcaaacaccccaataacctt
tgggttcaagggattgggggagcgagctttatttctgggggcaatggcacgctttatggc
ttgaatgtgggctatgatcggttggttaaaaatgtgatccttgggggttatgtggcttat
ggctatagcgactttaatgggaacatcatgcattctttgggtaataatgtggatgtgggg
atgtatgcgagggcttttttaaaaagaaacgaattcactttgagcgcgaatgaaacttat
ggaggcaatgcaaataatatcaattcttctaattctttgctctctgtgttgaaccaacgc
tacaactacaacacctggacaacgagcgtgaacgggaattacggctatgatttcatgttc
aaacaaaaaagcgtggtgctaaaacctcaagtgggcttgagctatcattttataggcttg
agtgggatgaagggcaaaatgaatgatgccgcttacaaacaatttcttatgcattcaaac
ccctctaacgaatcggttttaacgctcaacatggggttggagagccgtaaatattttggt
caaaattcctattattttgtaacggcgagattgggtagggatcttttgatcaaatctaaa
ggcggcaatatggtgcgttttgtgggcgaaaacactttattgtatcgcaagggggaagtt
ttcaacacttttgcgagcgtgatcacaggaggcgaaatgcatttgtggcgtttgatgtat
gtgaatgcgggggtggggcttaagatgggcttgcaataccaggacattaatataactggg
aatgtgggcatgcgagtggcgttttag
DBGET
integrated database retrieval system
