» English
Menu PATHWAY BRITE DISEASE DRUG ENVIRON Cancer Pathogen MEDICUS

KEGG Cancer リソース

KEGG Cancer は KEGG PATHWAY, KEGG BRITE, KEGG DISEASE, KEGG DRUG, KEGG COMPOUND, KEGG GLYCAN など KEGG の様々なデータベースに含まれるがん関連情報を統合したリソースです。以下の内容が含まれています。また、がんゲノムを解釈するためのマッピングツールも提供されています。


がんパスウェイマッピング

がんの疾患パスウェイマップや疾患エントリは KEGG Mapper の Search Pathway や Search Disease といったツール、KEGG Atlas のインターフェースなどを用いて、例えば体細胞変異や遺伝子発現といったがんゲノム関連データの解析をすることができます。以下に例を紹介します。

体細胞変異頻度

cosmic
がん全体像マップ上の大腸がん COSMIC データ

KEGG PATHWAY の 14 種類のがん個別マップでは、発がん遺伝子とがん抑制遺伝子が灰色のボックス内にまとめられ、またパスウェイ上では赤字で示されています。これらは文献情報をもとに作成されたものです。一方、Sanger Institute の COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer) データベースでは実際のがん細胞で観測された遺伝子変異が蓄積されています。ここでは 27 種類のがん(COSMIC との対応付けの詳細はこちら)の遺伝子変異頻度を抽出し、KEGG Mapper のツールでマッピングしました。結果は以下のリンクからご覧ください。
KEGG Atlas cancer map viewer
自分のデータを解析するには以下のツールをご利用ください。
Color Pathway WebGL
なお、これは WebGL を用いたツールで Firefox, Google Chrome, Safari (WebGL-enabled) で動かすことができます。

発がんステージの KEGG マッピング

KEGG PATHWAY の 14 種類のがん個別マップは、発がんのステージ(進行度)に応じて、どのようなシグナル伝達経路やがん遺伝子が関与するかが表現されています。ステージごとの遺伝子リストは以下の BRITE 機能階層ファイルにまとめられています。
Cancer stages
また、ステージごとのスナップショットを全体像マップおよび個別マップの上で見ることができるリンクがつけられています。


Last updated: September 16, 2016
KEGG GenomeNet Kanehisa Laboratories