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KEGG Pathogen リソース

KEGG Pathogen はゲノムの情報から病原性や薬剤耐性の分子メカニズムを理解するために、KEGG にある感染症関連の情報を統合したインターフェースです。また、病原体ゲノムから薬剤耐性を推定するために Pathogen Checker というツールも開発中です。


薬剤耐性

KEGG では病原体ゲノムのシークエンス情報から抗微生物薬に対する薬剤耐性 (antimicrobial resistance - AMR) を推定する方法論の開発を行っています。そのため、ベータラクタマーゼをはじめ既知の遺伝子変異はシグネチャーKO という形で、プラスミドなどで動く薬剤耐性遺伝子セットはシグネチャーモジュールという形で体系化しています。これらは KEGG 生物種などで判別能力のチェックを行っています。

Gene variants and gene sets
Antimicrobial resistance genes
beta-Lactamases with standardized nomenclature and phylogenetic trees
Aminoglycoside resistance genes
Tetracyclin resistance genes
Macrolide resistance genes
Other resistance genes
KEGG signatures
KEGG signatures: signature KOs and signature modules
KEGG organisms with known antimicrobial resistance

Pathogen Checker

Pathogen Checker は病原体ゲノムを構成するアミノ酸配列データセットの中に薬剤耐性に関与する遺伝子があるか、また病原体が耐性をもつ医薬品は何かを実際に判定するためのツールです。BlastKOALA 自動アノテーションサーバーの仕組みと、上記の通り蓄積した Antimicrobial resistance genes のデータを用いています.

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Database to be searched: Antimicrobial resistance genes beta-lactamases only



Last updated: January 18, 2017
KEGG GenomeNet Kanehisa Laboratories