KEGG   ORTHOLOGY: K00804
Entry
K00804                      KO                                     

Name
GGPS1
Definition
geranylgeranyl diphosphate synthase, type III [EC:2.5.1.1 2.5.1.10 2.5.1.29]
Pathway
ko00900  Terpenoid backbone biosynthesis
ko01100  Metabolic pathways
ko01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Module
M00367  C10-C20 isoprenoid biosynthesis, non-plant eukaryotes
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09109 Metabolism of terpenoids and polyketides
   00900 Terpenoid backbone biosynthesis
    K00804  GGPS1; geranylgeranyl diphosphate synthase, type III
 09180 Brite Hierarchies
  09181 Protein families: metabolism
   01006 Prenyltransferases
    K00804  GGPS1; geranylgeranyl diphosphate synthase, type III
Enzymes [BR:ko01000]
 2. Transferases
  2.5  Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups
   2.5.1  Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups (only sub-subclass identified to date)
    2.5.1.1  dimethylallyltranstransferase
     K00804  GGPS1; geranylgeranyl diphosphate synthase, type III
    2.5.1.10  (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
     K00804  GGPS1; geranylgeranyl diphosphate synthase, type III
    2.5.1.29  geranylgeranyl diphosphate synthase
     K00804  GGPS1; geranylgeranyl diphosphate synthase, type III
Prenyltransferases [BR:ko01006]
 Terpene biosynthesis
  Prenyl diphosphate synthase
   K00804  GGPS1; geranylgeranyl diphosphate synthase, type III
Other DBs
RN: R01658 R02003 R02061
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GO: 0004161 0004337 0004311
Genes
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SPAR: SPRG_06894
 » show all
Reference
PMID:7665600
  Authors
Jiang Y, Proteau P, Poulter D, Ferro-Novick S
  Title
BTS1 encodes a geranylgeranyl diphosphate synthase in Saccharomyces cerevisiae.
  Journal
J Biol Chem 270:21793-9 (1995)
DOI:10.1074/jbc.270.37.21793
  Sequence
[sce:YPL069C]
Reference
  Authors
Kainou T, Kawamura K, Tanaka K, Matsuda H, Kawamukai M
  Title
Identification of the GGPS1 genes encoding geranylgeranyl diphosphate synthases from mouse and human.
  Journal
Biochim Biophys Acta 1437:333-40 (1999)
DOI:10.1016/S1388-1981(99)00028-1
  Sequence
[hsa:9453]
Reference
  Authors
Vandermoten S, Haubruge E, Cusson M
  Title
New insights into short-chain prenyltransferases: structural features, evolutionary history and potential for selective inhibition.
  Journal
Cell Mol Life Sci 66:3685-95 (2009)
DOI:10.1007/s00018-009-0100-9
LinkDB

KEGG   ORTHOLOGY: K13789
Entry
K13789                      KO                                     

Name
GGPS
Definition
geranylgeranyl diphosphate synthase, type II [EC:2.5.1.1 2.5.1.10 2.5.1.29]
Pathway
ko00900  Terpenoid backbone biosynthesis
ko01100  Metabolic pathways
ko01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Module
M00364  C10-C20 isoprenoid biosynthesis, bacteria
M00366  C10-C20 isoprenoid biosynthesis, plants
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09109 Metabolism of terpenoids and polyketides
   00900 Terpenoid backbone biosynthesis
    K13789  GGPS; geranylgeranyl diphosphate synthase, type II
 09180 Brite Hierarchies
  09181 Protein families: metabolism
   01006 Prenyltransferases
    K13789  GGPS; geranylgeranyl diphosphate synthase, type II
Enzymes [BR:ko01000]
 2. Transferases
  2.5  Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups
   2.5.1  Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups (only sub-subclass identified to date)
    2.5.1.1  dimethylallyltranstransferase
     K13789  GGPS; geranylgeranyl diphosphate synthase, type II
    2.5.1.10  (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
     K13789  GGPS; geranylgeranyl diphosphate synthase, type II
    2.5.1.29  geranylgeranyl diphosphate synthase
     K13789  GGPS; geranylgeranyl diphosphate synthase, type II
Prenyltransferases [BR:ko01006]
 Terpene biosynthesis
  Prenyl diphosphate synthase
   K13789  GGPS; geranylgeranyl diphosphate synthase, type II
Other DBs
RN: R01658 R02003 R02061
COG: COG0142
GO: 0004161 0004337 0004311
Genes
ATH: AT1G49530(GGPS6) AT2G18620 AT2G18640(GGPS4) AT2G23800(GGPS2) AT3G14510 AT3G14530 AT3G14550(GGPS3) AT3G20160 AT3G29430 AT3G32040 AT4G36810(GGPS1) AT4G38460(GGR)
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 » show all
Reference
  Authors
Okada K, Saito T, Nakagawa T, Kawamukai M, Kamiya Y
  Title
Five geranylgeranyl diphosphate synthases expressed in different organs are localized into three subcellular compartments in Arabidopsis.
  Journal
Plant Physiol 122:1045-56 (2000)
DOI:10.1104/pp.122.4.1045
  Sequence
Reference
  Authors
Vandermoten S, Haubruge E, Cusson M
  Title
New insights into short-chain prenyltransferases: structural features, evolutionary history and potential for selective inhibition.
  Journal
Cell Mol Life Sci 66:3685-95 (2009)
DOI:10.1007/s00018-009-0100-9
LinkDB

KEGG   ORTHOLOGY: K13787
Entry
K13787                      KO                                     

Name
idsA
Definition
geranylgeranyl diphosphate synthase, type I [EC:2.5.1.1 2.5.1.10 2.5.1.29]
Pathway
ko00900  Terpenoid backbone biosynthesis
ko01100  Metabolic pathways
ko01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Module
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M00365  C10-C20 isoprenoid biosynthesis, archaea
M00921  Cyclooctatin biosynthesis, dimethylallyl-PP + isopentenyl-PP => cyclooctatin
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09109 Metabolism of terpenoids and polyketides
   00900 Terpenoid backbone biosynthesis
    K13787  idsA; geranylgeranyl diphosphate synthase, type I
 09180 Brite Hierarchies
  09181 Protein families: metabolism
   01006 Prenyltransferases
    K13787  idsA; geranylgeranyl diphosphate synthase, type I
Enzymes [BR:ko01000]
 2. Transferases
  2.5  Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups
   2.5.1  Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups (only sub-subclass identified to date)
    2.5.1.1  dimethylallyltranstransferase
     K13787  idsA; geranylgeranyl diphosphate synthase, type I
    2.5.1.10  (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
     K13787  idsA; geranylgeranyl diphosphate synthase, type I
    2.5.1.29  geranylgeranyl diphosphate synthase
     K13787  idsA; geranylgeranyl diphosphate synthase, type I
Prenyltransferases [BR:ko01006]
 Terpene biosynthesis
  Prenyl diphosphate synthase
   K13787  idsA; geranylgeranyl diphosphate synthase, type I
Other DBs
RN: R01658 R02003 R02061
COG: COG0142
GO: 0004161 0004337 0004311
Genes
TCN: H9L16_10460
VHA: VIBHAR_02161
VCA: M892_02520
HJA: BST95_01470
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CHRB: DK843_17250 DK843_17270
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CCX: COCOR_00779(idsA)
SCL: sce4204
AAC: Aaci_2818
AAD: TC41_3164(idsA)
HSC: HVS_05950
MTU: Rv2173(idsA2) Rv3383c(idsB) Rv3398c(idsA1)
MRA: MRA_2188(idsA2) MRA_3423(idsB) MRA_3438(idsA1)
MTUR: CFBS_2300(idsA2) CFBS_3586 CFBS_3602(idsA1)
MTO: MTCTRI2_2208(idsA2) MTCTRI2_3454(idsB) MTCTRI2_3470(idsA1)
MTD: UDA_2173(idsA2) UDA_3383c(idsB) UDA_3398c(idsA1)
MTN: ERDMAN_2390(idsA2) ERDMAN_3702(idsB) ERDMAN_3718(idsA1)
MTUT: HKBT1_2291(idsA2) HKBT1_3573 HKBT1_3589(idsA1)
MTUU: HKBT2_2293(idsA2) HKBT2_3580 HKBT2_3596(idsA1)
MTQ: HKBS1_2297(idsA2) HKBS1_3583 HKBS1_3599(idsA1)
MBO: BQ2027_MB2195(idsA2) BQ2027_MB3415C(idsB) BQ2027_MB3431C(idsA1)
MBB: BCG_2188(idsA2) BCG_3452c(idsB) BCG_3468c(idsA1)
MBT: JTY_2182(idsA2) JTY_3452(idsB) JTY_3468(idsA1)
MBM: BCGMEX_2175(idsA2) BCGMEX_3450c(idsB) BCGMEX_3466c(idsA1)
MAF: MAF_21840(idsA2) MAF_33960(idsB) MAF_34120(idsA1)
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MCQ: BN44_50106 BN44_80042(idsB) BN44_80056(idsA)
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MPA: MAP_1911(idsA2) MAP_3069(idsA2)
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MFJ: MFLOJ_01520(idsA2)
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HAL: VNG_1150G(idsA) VNG_2153G(fps)
HSL: OE_2650F(idsA1) OE_4010F(idsA2)
HHB: Hhub_2774(idsA2) Hhub_3424(idsA1)
HALH: HTSR_0762 HTSR_1035(idsA) HTSR_1817(idsA2)
HHSR: HSR6_0788(idsA) HSR6_1068(idsA2) HSR6_1886(idsA3)
HSU: HLASF_0198(idsA2) HLASF_0824(idsA) HLASF_1449
HSF: HLASA_0198(idsA2) HLASA_0821(idsA) HLASA_1436
HMA: rrnAC0081(idsA) rrnAC3146(fps)
HHI: HAH_0412(fps) HAH_0838(idsA)
NPH: NP_0604A(idsA2) NP_3696A(idsA3) NP_4556A(idsA1)
NMO: Nmlp_2739(idsA1) Nmlp_3570(idsA2)
HALL: LC1Hm_0481(ispA) LC1Hm_1952(idsA)
HWA: HQ_2889A(idsA1) HQ_3255A(idsA2)
HWC: Hqrw_3288(idsA1) Hqrw_3815(idsA2)
HVO: HVO_0303(idsA2) HVO_2725(idsA1)
HME: HFX_0289(ispA) HFX_2735(idsA)
HDF: AArcSl_0863(idsA) AArcSl_0869(idsA2) AArcSl_2859(idsA3)
NMG: Nmag_0443(idsA3) Nmag_1385(idsA2) Nmag_3242(idsA1)
APE: APE_1764.1(fgs)
ACJ: ACAM_1107(fgs)
SMR: Smar_0494
IHO: Igni_1168
IIS: EYM_07935
DKA: DKAM_1455
TAG: Tagg_1070
IAG: Igag_0202
HBU: Hbut_0540
STO: STK_20580(gds)
SSO: SSO0061(gdS-1)
SOL: Ssol_1042
SSOA: SULA_1079
SSOL: SULB_1080
SSOF: SULC_1079
SAI: Saci_0092(gds)
SID: M164_2065
SII: LD85_2325
SIH: SiH_2004
SIR: SiRe_1931
SIC: SiL_1911
MSE: Msed_2135
MCN: Mcup_0154
AHO: Ahos_0651
STEP: IC006_1981
PAI: PAE1013
PIS: Pisl_1206
PCL: Pcal_0150
PAS: Pars_0181
PYR: P186_2439
POG: Pogu_2298
TNE: Tneu_0165
CMA: Cmaq_0637
TTN: TTX_2051(idsA)
TUZ: TUZN_1438
TPE: Tpen_0606
ASC: ASAC_0332
ACIA: SE86_02465
NMR: Nmar_0312
NID: NPIRD3C_0714(gds)
NIN: NADRNF5_1940(gds)
NCT: NMSP_1396(gds_1)
NGA: Ngar_c21590(gds2)
NVN: NVIE_0823(gds)
NEV: NTE_02265
NCV: NCAV_0471 NCAV_1519(gds)
NBV: T478_0244
NDV: NDEV_0278(gds)
KCR: Kcr_1079
BARC: AOA65_2115(idsA)
BARB: AOA66_1066(idsA_1) AOA66_1672(gds)
CCAI: NAS2_0357
LOKI: Lokiarch_21110(gds_1) Lokiarch_21470(gds_2) Lokiarch_22810(gds_3)
PSYT: DSAG12_01208(gds_1) DSAG12_01432(gds_2)
AG: BAA88983(fgs) BAI44337(cotB1)
 » show all
Reference
PMID:8182085
  Authors
Ohnuma S, Suzuki M, Nishino T
  Title
Archaebacterial ether-linked lipid biosynthetic gene. Expression cloning, sequencing, and characterization of geranylgeranyl-diphosphate synthase.
  Journal
J Biol Chem 269:14792-7 (1994)
  Sequence
[sai:Saci_0092]
Reference
  Authors
Vandermoten S, Haubruge E, Cusson M
  Title
New insights into short-chain prenyltransferases: structural features, evolutionary history and potential for selective inhibition.
  Journal
Cell Mol Life Sci 66:3685-95 (2009)
DOI:10.1007/s00018-009-0100-9
LinkDB

KEGG   ENZYME: 2.5.1.29
Entry
EC 2.5.1.29                 Enzyme                                 

Name
geranylgeranyl diphosphate synthase;
geranylgeranyl-diphosphate synthase;
geranylgeranyl pyrophosphate synthetase;
geranylgeranyl-PP synthetase;
farnesyltransferase;
geranylgeranyl pyrophosphate synthase;
farnesyltranstransferase (obsolete)
Class
Transferases;
Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups;
Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups (only sub-subclass identified to date)
Sysname
(2E,6E)-farnesyl-diphosphate:isopentenyl-diphosphate farnesyltranstransferase
Reaction(IUBMB)
(2E,6E)-farnesyl diphosphate + isopentenyl diphosphate = diphosphate + geranylgeranyl diphosphate [RN:R02061]
Reaction(KEGG)
R02061
Substrate
(2E,6E)-farnesyl diphosphate [CPD:C00448];
isopentenyl diphosphate [CPD:C00129]
Product
diphosphate [CPD:C00013];
geranylgeranyl diphosphate [CPD:C00353]
Comment
Some forms of this enzyme will also use geranyl diphosphate and dimethylallyl diphosphate as donors; it will not use larger prenyl diphosphates as efficient donors.
History
EC 2.5.1.29 created 1984, modified 2011
Pathway
ec00900  Terpenoid backbone biosynthesis
ec01100  Metabolic pathways
ec01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Orthology
K00804  geranylgeranyl diphosphate synthase, type III
K13787  geranylgeranyl diphosphate synthase, type I
K13789  geranylgeranyl diphosphate synthase, type II
Genes
HSA: 9453(GGPS1)
PTR: 100610192(GGPS1)
PPS: 100978959(GGPS1)
GGO: 101138399(GGPS1)
PON: 100444405(GGPS1)
NLE: 100589624(GGPS1)
MCC: 100425248(GGPS1)
MCF: 102115535(GGPS1)
CSAB: 103230796(GGPS1)
RRO: 104679169(GGPS1)
RBB: 108522207(GGPS1)
CJC: 100411975(GGPS1)
SBQ: 101030657(GGPS1)
MMU: 14593(Ggps1)
MCAL: 110308036(Ggps1)
MPAH: 110333828(Ggps1)
RNO: 291211(Ggps1)
MUN: 110558130(Ggps1)
CGE: 100767405(Ggps1)
NGI: 103745123(Ggps1)
HGL: 101698516(Ggps1)
CCAN: 109692621(Ggps1)
OCU: 100340259(GGPS1)
TUP: 102477912 102496659(GGPS1)
CFA: 479198(GGPS1)
VVP: 112917731 112927367(GGPS1)
AML: 100473588(GGPS1)
UMR: 103661894(GGPS1)
UAH: 113259002(GGPS1)
ORO: 101370952(GGPS1)
ELK: 111160525
FCA: 101082438(GGPS1)
PTG: 102952368(GGPS1)
PPAD: 109248883(GGPS1)
AJU: 106982555(GGPS1)
BTA: 780882(GGPS1)
BOM: 102280246(GGPS1)
BIU: 109553875(GGPS1)
BBUB: 102402997(GGPS1)
CHX: 102169552(GGPS1)
OAS: 101114414(GGPS1)
SSC: 100739526(GGPS1)
CFR: 102503638(GGPS1)
CDK: 105088831(GGPS1) 116149599
BACU: 103017222(GGPS1)
LVE: 103083669(GGPS1)
OOR: 101270381(GGPS1) 101270983
DLE: 111163940(GGPS1) 111165604
PCAD: 102979416(GGPS1)
ECB: 100050954(GGPS1)
EPZ: 103547684(GGPS1)
EAI: 106834703(GGPS1)
MYB: 102260376(GGPS1)
MYD: 102771057(GGPS1)
MNA: 107527182(GGPS1)
HAI: 109387736(GGPS1)
DRO: 112306046(GGPS1)
PALE: 102888929(GGPS1)
RAY: 107520046(GGPS1)
MJV: 108408921(GGPS1)
LAV: 100663324(GGPS1)
TMU: 101358569
MDO: 100021237(GGPS1)
SHR: 100918636(GGPS1)
PCW: 110217850(GGPS1)
OAA: 100081573(GGPS1)
GGA: 427092(GGPS1)
MGP: 100551404(GGPS1)
</
CJO: 107311374(GGPS1)