KEGG   ORTHOLOGY: K03087
Entry
K03087                      KO                                     

Name
rpoS
Definition
RNA polymerase nonessential primary-like sigma factor
Pathway
ko02026  Biofilm formation - Escherichia coli
ko05111  Biofilm formation - Vibrio cholerae
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09140 Cellular Processes
  09145 Cellular community - prokaryotes
   05111 Biofilm formation - Vibrio cholerae
    K03087  rpoS; RNA polymerase nonessential primary-like sigma factor
   02026 Biofilm formation - Escherichia coli
    K03087  rpoS; RNA polymerase nonessential primary-like sigma factor
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03021 Transcription machinery
    K03087  rpoS; RNA polymerase nonessential primary-like sigma factor
Transcription machinery [BR:ko03021]
 Prokaryotic type
  Bacterial type
   RNA polymerase
    Sigma factors
     K03087  rpoS; RNA polymerase nonessential primary-like sigma factor
Other DBs
COG: COG0568
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Genes
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SYY: SYNGTS_1135(rpoD) SYNGTS_2057(rpoD) SYNGTS_2456(rpoD)
SYT: SYNGTI_1135(rpoD) SYNGTI_2056(rpoD) SYNGTI_2455(rpoD)
SYS: SYNPCCN_1134(rpoD) SYNPCCN_2055(rpoD) SYNPCCN_2454(rpoD)
SYQ: SYNPCCP_1134(rpoD) SYNPCCP_2055(rpoD) SYNPCCP_2454(rpoD)
SYJ: D082_17870(sigD) D082_23040(sigC) D082_29690(sigB)
SYO: C7I86_05885 C7I86_10735 C7I86_12845
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SYW: SYNW0102 SYNW2427
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SYE: Syncc9902_0139 Syncc9902_2234
SYG: sync_0098 sync_1018 sync_2855
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SYX: SynWH7803_0153(rpoD) SynWH7803_1544(rpoD) SynWH7803_2459
SYP: SYNPCC7002_A0270(sigE) SYNPCC7002_A1202(sigB) SYNPCC7002_A1832(rpoD)
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SYNE: Syn6312_1202 Syn6312_3273
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SYNK: KR100_00350 KR100_01655
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THN: NK55_00725(sigD) NK55_08660(sigE) NK55_10730(sigB)
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LET: O77CONTIG1_01530(sigA2_1) O77CONTIG1_03465(sigA2_3) O77CONTIG1_04209(sigA2_4)
LBO: LBWT_32020 LBWT_52630 LBWT_54340 LBWT_8510
HHG: XM38_005810(rpoD_1) XM38_006680(sigD) XM38_014740(sigC) XM38_043760(rpoD_3)
PSEU: Pse7367_0768
PSER: ABRG53_3829(rpoD)
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PMT: PMT_0127 PMT_1068 PMT_2217
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PMH: P9215_19031(rpoD)
PMJ: P9211_17561
PME: NATL1_20821
PRC: EW14_1987
PRM: EW15_2152
AMR: AM1_1305(rpoD) AM1_2109(rpoD) AM1_2340(rpoD) AM1_3234(rpoD) AM1_3925(rpoD) AM1_4586(rpoD) AM1_B0294 AM1_D0201(rpoD)
THEU: HPC62_05935 HPC62_15720(sigC) HPC62_18085
GLP: Glo7428_2375 Glo7428_4579 Glo7428_4651
GEN: GM3709_3062 GM3709_3618 GM3709_821
GEE: GM3708_1200 GM3708_2866 GM3708_3376
CHON: NIES4102_03240 NIES4102_05590 NIES4102_13290(sigC) NIES4102_18400 NIES4102_18810
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HAO: PCC7418_0212
ENN: FRE64_03560
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CYP: PCC8801_2539 PCC8801_3061 PCC8801_4132
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CYJ: Cyan7822_0154 Cyan7822_1402 Cyan7822_2208 Cyan7822_2213 Cyan7822_5434
CYN: Cyan7425_1584 Cyan7425_1673 Cyan7425_1788
TER: Tery_0784 Tery_1956 Tery_4058 Tery_4426
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OAC: Oscil6304_1212 Oscil6304_3977 Oscil6304_4611
ONI: Osc7112_0214 Osc7112_0549 Osc7112_5673
MPRO: BJP34_19685 BJP34_21360 BJP34_28500
CEP: Cri9333_2744 Cri9333_3717 Cri9333_3892
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GLJ: GKIL_1627(rpoS) GKIL_2910
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NOP: Nos7524_0327 Nos7524_1640 Nos7524_3488 Nos7524_4870
NON: NOS3756_30340 NOS3756_36950 NOS3756_47390 NOS3756_53410 NOS3756_57850
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NOE: CLI64_06440 CLI64_15430 CLI64_26665
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NED: HUN01_02525 HUN01_04590 HUN01_11900 HUN01_16705(sigC) HUN01_20860
AVA: Ava_1164 Ava_1892 Ava_1905 Ava_B0053 Ava_B0111
NAZ: Aazo_0565 Aazo_0572 Aazo_1480
ANB: ANA_C12371(sigC) ANA_C12545(sigD) ANA_C20343(sigB)
ACY: Anacy_0450 Anacy_2691 Anacy_2895 Anacy_5807 Anacy_5817
AWA: AA650_11990 AA650_19510 AA650_20770
ANN: EH233_13300(sigC) EH233_15905 EH233_15975 EH233_16795 EH233_26015
CSG: Cylst_0837 Cylst_3453 Cylst_5095
CALO: Cal7507_1963 Cal7507_3120 Cal7507_5697
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CALH: IJ00_04050 IJ00_17350 IJ00_22760
RIV: Riv7116_0391 Riv7116_1279 Riv7116_1779 Riv7116_1792 Riv7116_3322 Riv7116_4094
FIS: FIS3754_04540 FIS3754_04600 FIS3754_11790 FIS3754_26890 FIS3754_38410
NSP: BMF81_01360(rpoS) BMF81_02088(rpoS_2) BMF81_04429(rpoS_4)
DOU: BMF77_00431(sigA2_1) BMF77_02909(sigA2_2) BMF77_03208(sigA2_3)
DFS: HGD76_08000 HGD76_13905(sigC) HGD76_21710
CCUR: IAR63_04650 IAR63_10255(sigC) IAR63_14070
TOQ: HCG51_13615 HCG51_17365 HCG51_25125 HCG51_28115(sigC)
NCN: BZZ01_00760 BZZ01_02015 BZZ01_25195
CTHE: Chro_0252 Chro_2052 Chro_3338 Chro_5726 Chro_5941
PLP: Ple7327_3249 Ple7327_3573 Ple7327_4608
SCS: Sta7437_0082 Sta7437_2939 Sta7437_3669
STAN: STA3757_17530 STA3757_20650 STA3757_38880
CEO: ETSB_0013(sigB2) ETSB_0813(sigB1) ETSB_0887(sigD)
CER: RGRSB_0770(sigB1) RGRSB_0842(sigD) RGRSB_1054(sigB2)
PLS: VT03_01930(rpoS)
LRS: PX52LOC_04261
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Reference
PMID:8475100
  Authors
Tanaka K, Takayanagi Y, Fujita N, Ishihama A, Takahashi H
  Title
Heterogeneity of the principal sigma factor in Escherichia coli: the rpoS gene product, sigma 38, is a second principal sigma factor of RNA polymerase in stationary-phase Escherichia coli.
  Journal
Proc Natl Acad Sci U S A 90:3511-5 (1993)
DOI:10.1073/pnas.90.8.3511
  Sequence
[eco:b2741]
LinkDB

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