KEGG   ENZYME: 1.1.5.13Help
Entry
EC 1.1.5.13                 Enzyme                                 

Name
(S)-2-hydroxyglutarate dehydrogenase;
L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase;
lhgO (gene name);
ygaF (gene name)
Class
Oxidoreductases;
Acting on the CH-OH group of donors;
With a quinone or similar compound as acceptor
BRITE hierarchy
Sysname
(S)-2-hydroxyglutarate:quinone oxidoreductase
Reaction(IUBMB)
(S)-2-hydroxyglutarate + a quinone = 2-oxoglutarate + a quinol [RN:R12217]
Reaction(KEGG)
Substrate
(S)-2-hydroxyglutarate [CPD:C03196];
quinone [CPD:C15602]
Product
2-oxoglutarate [CPD:C00026];
quinol [CPD:C15603]
Comment
The enzyme, characterized from the bacterium Escherichia coli, contains an FAD cofactor that is not covalently attached. It is bound to the cytoplasmic membrane and is coupled to the membrane quinone pool.
History
EC 1.1.5.13 created 2019
Pathway
ec00310  Lysine degradation
ec01100  Metabolic pathways
ec01120  Microbial metabolism in diverse environments
Orthology
K15736  (S)-2-hydroxyglutarate dehydrogenase
Genes
ECO: b2660(lhgO)
ECJ: JW2635(ygaF)
ECD: ECDH10B_2827(ygaF)
EBW: BWG_2403(ygaF)
ECE: Z3958(ygaF)
ECS: ECs3521
ECF: ECH74115_3902
ETW: ECSP_3605(ygaF)
ELX: CDCO157_3282
EOI: ECO111_3384(ihgO)
EOJ: ECO26_3729(ihgO)
EOH: ECO103_3201(ihgO)
ECOO: ECRM13514_3498(ygaF)
ECOH: ECRM13516_3364(ygaF)
ESL: O3K_06250
ESO: O3O_19395
ESM: O3M_06295
ECK: EC55989_2928(ygaF)
ECG: E2348C_2923(ihgO)
EOK: G2583_3306(ygaF)
ELH: ETEC_2857
ECP: ECP_2623
ENA: ECNA114_2691(ygaF)
ECOS: EC958_2924(ygaF)
ECV: APECO1_3860(ygaF)
ECY: ECSE_2913
ECR: ECIAI1_2756(ygaF)
ECQ: ECED1_3113(ygaF)
EUM: ECUMN_2984(ygaF)
ECT: ECIAI39_2846(ygaF)
EOC: CE10_3078(lhgO)
EBR: ECB_02516(ygaF)
EBL: ECD_02516(lhgO)
EBE: B21_02480(lhgO)
EBD: ECBD_1059
ECI: UTI89_C3015(ygaF)
ECZ: ECS88_2924(ygaF)
ECC: c3208(ygaF)
ESE: ECSF_2457
EKF: KO11_09705(ygaF)
EAB: ECABU_c29230(ygaF)
EDJ: ECDH1ME8569_2576(ygaF)
ELW: ECW_m2857(ygaF)
ELL: WFL_13960(ygaF)
ELC: i14_2939(ygaF)
ELD: i02_2939(ygaF)
ELF: LF82_3127(ygaF)
ECOI: ECOPMV1_02912(lhgO)
ECOJ: P423_14575
EFE: EFER_0412(ygaF)
ESZ: FEM44_03120(lhgO)
STY: STY2910(ygaF)
STT: t2685(ygaF)
STM: STM2790(ygaF)
SEO: STM14_3366(ygaF)
SEY: SL1344_2774(ygaF)
SEJ: STMUK_2778(ygaF)
SEB: STM474_2925(ygaF)
SEF: UMN798_3029(ygaF)
SENR: STMDT2_26951(ygaF)
SEND: DT104_27921(ygaF)
SENI: CY43_14585
SPT: SPA2647(ygaF)
SEK: SSPA2468
SEI: SPC_2833(ygaF)
SEC: SCH_2722(ygaF)
SHB: SU5_03275
SENS: Q786_13400
SED: SeD_A3091
SET: SEN2634(ygaF)
SENA: AU38_13365
SENO: AU37_13375
SENV: AU39_13375
SENQ: AU40_15055
SENL: IY59_13960
SENE: IA1_13320
SBG: SBG_2415(ygaF)
SBZ: A464_2811
SFL: SF2687(ygaF)
SFX: S2872(ygaF)
SFV: SFV_2843(ygaF)
SFE: SFxv_2946(ygaF)
SFN: SFy_3813
SFS: SFyv_3894
SFT: NCTC1_02954(ygaF)
SSN: SSON_2804(ygaF)
SBO: SBO_2859(ygaF)
KPN: KPN_00257(ygaF)
KPU: KP1_1103
KPP: A79E_4033
KPE: KPK_4475
KPJ: N559_4164
KPX: PMK1_02562(lhgO)
KPNU: LI86_21395
KPNK: BN49_1225
KVA: Kvar_4130
EAE: EAE_12080
EAR: CCG31545
CKO: CKO_04007
CPOT: FOB25_16990(lhgO)
CAMA: F384_14490
EBT: EBL_c30570(ygaF)
LER: GNG29_02790(lhgO)
LEA: GNG26_02390(lhgO)
IZH: FEM41_10620(lhgO)
EBF: D782_2800
SMAR: SM39_1436
SMAF: D781_1472
SERF: L085_18880
PAY: PAU_03709
PMR: PMI1053
PHAU: PH4a_16455
PCIB: F9282_10325(lhgO)
PCOL: F1325_10295(lhgO)
XBV: XBW1_1887
XDO: XDD1_1986
XPO: XPG1_1904
RBD: ALSL_1425
VCH: VCA0147
VCS: MS6_A0128
VCI: O3Y_14163
VVU: VV2_0983
VVY: VVA1475
VPA: VPA0190
VAG: N646_3623
VSC: VSVS12_04145(lhgO)
VTA: B0203(ygaF)
VCC: FAZ90_18450(lhgO)
PPR: PBPRB0528(S2872)
SALY: E8E00_07885(lhgO)
SKS: FCN78_05935(lhgO)
PCQ: PcP3B5_44500(lhgO_1)
PPU: PP_2910(lhgO)
PPF: Pput_2781
PPT: PPS_3001
PPI: YSA_10040
PPX: T1E_0472
PPUH: B479_14925
PPUT: L483_12735
PPUN: PP4_29090
PPUD: DW66_3268
PMON: X969_14380
PMOT: X970_14025
PFL: PFL_2432(lhgO)
PPRC: PFLCHA0_c24920(lhgO)
PPRO: PPC_2466
PFC: PflA506_2928(lhgO)
PFB: VO64_0098
PEN: PSEEN1736
PKC: PKB_4026(lhgO)
PSEM: TO66_13985
PSEC: CCOS191_1586(lhgO)
PSOS: POS17_2425
PAGR: E2H98_17320(lhgO)
CPS: CPS_4660
SALH: HMF8227_01585(lhgO)
PIN: Ping_2738
MVS: MVIS_1196
MMAA: FR932_11815(lhgO)
CBU: CBU_1839
CBD: CBUD_0069
CBG: CbuG_0212
CBC: CbuK_0135
ALG: AQULUS_05190(lhgO)
METL: U737_03520
CSA: Csal_1995
HEL: HELO_1526(lhgO)
HCO: LOKO_00413(lhgO)
HBE: BEI_0619(lhgO)
PAUR: FGL86_06860(lhgO)
NCU: F0U83_06120(lhgO)
NIK: F5I99_18495(lhgO)
OCE: GU3_03505
SVA: SVA_1515
BFN: OI25_3177
JAS: FJQ89_27640(lhgO)
HHF: E2K99_22340(lhgO)
ABU: Abu_0665
AMAR: AMRN_0487
NAM: NAMH_1563
GLO: Glov_2542
GBM: Gbem_2022
GEM: GM21_2197
GEB: GM18_2183
DEU: DBW_2912(lhgO)
DAS: Daes_1858
DPI: BN4_10282
PPRF: DPRO_0973(lhgO)
PSEL: GM415_15190(lhgO)
SME: SM_b20101
SMI: BN406_06555(lhgO)
SMER: DU99_32785
SMD: Smed_4036
RLE: pRL90166
RHL: LPU83_pLPU83d1806(lhgO)
SHZ: shn_26255
BME: BMEII0291
BMEL: DK63_2951
BMEE: DK62_2448
BABO: DK55_2910
BABR: DO74_2643
BABT: DK49_3007
BABB: DK48_2887
BABU: DK53_2235
BABS: DK51_2813
BABC: DO78_2827
BMS: BRA1005
BSZ: DK67_2955
BOV: BOV_A0947
BCAR: DK60_2693
BCAS: DA85_15305
BMR: BMI_II998
BPV: DK65_2648
OAN: Oant_1295
OAH: DR92_857
MTUN: MTUNDRAET4_1454(lhgO)
YTI: FNA67_09935(lhgO)
RSP: RSP_0469
ROH: FIU89_15065(lhgO)
MGM: Mmc1_3667
BTM: MC28_0160
BWW: bwei_4104(lhgO)
BMYO: BG05_5007
BMYC: DJ92_3471
BCL: ABC4035
BEO: BEH_06630
GKA: GK2006
GEA: GARCT_00706(lhgO)
HLI: HLI_15335
VPN: A21D_01973(lhgO)
VIM: GWK91_10410(lhgO)
ASOC: CB4_03262(lhgO)
SIV: SSIL_0996
SPAE: E2C16_04220(lhgO)
PANC: E2636_12550(lhgO)
HMO: HM1_1164
MGI: Mflv_3531
MPHL: MPHLCCUG_02489(lhgO_1)
MHAS: MHAS_01916(lhgO)
NFA: NFA_56220
NFR: ERS450000_04239(lhgO)
NCY: NOCYR_5519(lhgO)
NSR: NS506_00571(lhgO)
NOD: FOH10_31805(lhgO)
SCO: SCO4113(SCD17A.05c)
SALB: XNR_2812
SGR: SGR_3901
SGB: WQO_16140
SCT: SCAT_3394
SFA: Sfla_2946
SBH: SBI_05775
SHY: SHJG_4968
SVE: SVEN_3867
SALS: SLNWT_4003
STRP: F750_3836
SFI: SFUL_3882
SALU: DC74_3990
SALL: SAZ_21080
SLV: SLIV_17835(lhgO)
STRE: GZL_04909
SLD: T261_4476
STRM: M444_16840
SAMB: SAM23877_3573(lhgO)
SPRI: SPRI_3964
SRW: TUE45_03618(lhgO_2)
SLE: sle_37720(sle_37720)
SRN: A4G23_02592(lhgO)
SNR: SNOUR_22405(lhgO)
STRD: NI25_20920
SMAL: SMALA_4185
SLAU: SLA_3956
SALF: SMD44_04017(lhgO)
SALJ: SMD11_3678(lhgO)
SLX: SLAV_18160(lhgO)
SFK: KY5_3857
SGE: DWG14_04491(lhgO)
SRJ: SRO_3901
KSK: KSE_43210
LXL: KDY119_00845(glpA)
ART: Arth_2156
ARTP: E5206_03420(lhgO)
AAU: AAur_0968
ACH: Achl_3234
PSNI: NIBR502771_08155(lhgO)
GLU: F0M17_16275(lhgO)
CIG: E7741_12020(lhgO)
BCV: Bcav_1187
PSEI: GCE65_00985(lhgO)
SERW: FY030_14615(lhgO)
JLI: EXU32_01705(lhgO)
ORZ: FNH13_03160(lhgO)
TEH: GKE56_10185(lhgO)
DCO: SAMEA4475696_0715(lhgO)
MPH: MLP_01220
MIK: FOE78_10205(lhgO)
NCA: Noca_0034
PSIM: KR76_09215
TFU: Tfu_1660
NDA: Ndas_3046
NAL: B005_0008
STRR: EKD16_16505(lhgO)
TCU: Tcur_3537
ACTW: F7P10_01945(lhgO)
SRO: Sros_8880
NOW: GBF35_47675(lhgO)
ACE: Acel_1941
NML: Namu_4590
GOB: Gobs_3780
SEN: SACE_1951
SACE: GIY23_19915(lhgO)
SACC: EYD13_00740(lhgO)
AMD: AMED_0195
AMN: RAM_00990
AMM: AMES_0190
AMZ: B737_0191
AOI: AORI_0193(mqo)
AMYY: YIM_01010(lhgO)
PDX: Psed_4483
PSEE: FRP1_06150
PSEH: XF36_16675
PAUT: Pdca_46680
AMI: Amir_0119
SESP: BN6_01530
KAL: KALB_153
ACTI: UA75_00675
ACAD: UA74_00675
AHG: AHOG_00660(lhgO)
ALO: CRK60878
ASE: ACPL_5191
ACTS: ACWT_5061
CAI: Caci_2614
TBI: Tbis_3277
EKE: EK0264_16060(lhgO)
BSOL: FSW04_17990(lhgO)
CWO: Cwoe_2624
ERZ: ER308_03545(lhgO)
SYN: sll1495
SYY: SYNGTS_2994(sll1495)
SYT: SYNGTI_2993(sll1495)
SYS: SYNPCCN_2992(sll1495)
SYQ: SYNPCCP_2992(sll1495)
LET: O77CONTIG1_01355(lhgO)
PMM: PMM1215
CYT: cce_3361
GVI: gll2207
GLJ: GKIL_1380(lhgO)
ANA: alr2826
NSH: GXM_05294
AVA: Ava_1107
NAZ: Aazo_3133
ANN: EH233_20950(lhgO)
CALH: IJ00_20130
DOU: BMF77_00032(lhgO)
CTHE: Chro_0221
CEO: ETSB_1039
STI: Sthe_1858
ATM: ANT_17660
PBF: CFX0092_A0223(lhgO)
DFC: DFI_18040
MRB: Mrub_2053
MIN: Minf_0503
MKC: kam1_624
VBS: EGM51_00570(lhgO)
RBA: RB10062
PSL: Psta_2650
PLM: Plim_3423
PEH: Spb1_00140(lhgO)
PLS: VT03_05645(lhgO)
PLH: VT85_02385(lhgO)
FMR: Fuma_03813(lhgO)
GMR: GmarT_43070(lhgO)
GIM: F1728_23460(lhgO)
GES: VT84_22260(lhgO)
PBOR: BSF38_02551(lhgO)
EDA: GWR55_02345(lhgO)
SUS: Acid_5855
GBA: J421_3515
DORI: FH5T_18705
SRU: SRU_2768
SRM: SRM_02980
RMR: Rmar_2522
MGK: FSB76_19925(lhgO)
ECHI: FKX85_16850(lhgO)
DFE: Dfer_3598
SLI: Slin_5628
SPIK: EXU85_34035(lhgO)
LBY: Lbys_3394
FAE: FAES_3594
RHOZ: GXP67_01390(lhgO)
FLM: MY04_1615
CTAK: 4412677_01094(lhgO)
CTS: Ctha_0218
IAL: IALB_2667
MRO: MROS_0298
CABY: Cabys_716
NDE: NIDE3018
NJA: NSJP_4061
LFC: LFE_1351
THET: F1847_06045(lhgO)
SALR: FQU85_02860(lhgO)
HLA: Hlac_2590
NVR: FEJ81_22005(lhgO)
NMR: Nmar_0409
NCT: NMSP_1317
NEV: NTE_00683
TAA: NMY3_00963(lhgO)
NFN: NFRAN_1938(lhgO)
NBV: T478_1106
NDV: NDEV_0362
 » show all
Taxonomy
Reference
1  [PMID:18390652]
  Authors
Kalliri E, Mulrooney SB, Hausinger RP
  Title
Identification of Escherichia coli YgaF as an L-2-hydroxyglutarate oxidase.
  Journal
J Bacteriol 190:3793-8 (2008)
DOI:10.1128/JB.01977-07
  Sequence
[eco:b2660]
Reference
2  [PMID:30498244]
  Authors
Knorr S, Sinn M, Galetskiy D, Williams RM, Wang C, Muller N, Mayans O, Schleheck D, Hartig JS.
  Title
Widespread bacterial lysine degradation proceeding via glutarate and L-2-hydroxyglutarate.
  Journal
Nat Commun 9:5071 (2018)
DOI:10.1038/s41467-018-07563-6
  Sequence
[eco:b2660]
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 1.1.5.13
IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.1.5.13
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.1.5.13
BRENDA, the Enzyme Database: 1.1.5.13
LinkDB All DBs

DBGET integrated database retrieval system