KEGG   ENZYME: 3.6.1.58
Entry
EC 3.6.1.58                 Enzyme                                 

Name
8-oxo-dGDP phosphatase;
NUDT5;
MTH3 (gene name);
NUDT18
Class
Hydrolases;
Acting on acid anhydrides;
In phosphorus-containing anhydrides
Sysname
8-oxo-dGDP phosphohydrolase
Reaction(IUBMB)
(1) 8-oxo-dGDP + H2O = 8-oxo-dGMP + phosphate [RN:R09877];
(2) 8-oxo-GDP + H2O = 8-oxo-GMP + phosphate [RN:R12595]
Reaction(KEGG)
R09877 R12595
Substrate
8-oxo-dGDP [CPD:C20176];
H2O [CPD:C00001];
8-oxo-GDP [CPD:C22235]
Product
8-oxo-dGMP [CPD:C19968];
phosphate [CPD:C00009];
8-oxo-GMP [CPD:C22274]
Comment
The enzyme catalyses the hydrolysis of both 8-oxo-dGDP and 8-oxo-GDP thereby preventing translational errors caused by oxidative damage. The preferred in vivo substrate is not known. The enzyme does not degrade 8-oxo-dGTP and 8-oxo-GTP to the monophosphates (cf. EC 3.6.1.55, 8-oxo-dGTP diphosphatase) [1,2]. Ribonucleotide diphosphates and deoxyribonucleotide diphosphates are hydrolysed with broad specificity. The bifunctional enzyme NUDT5 also hydrolyses ADP-ribose to AMP and D-ribose 5-phosphate (cf. EC 3.6.1.13, ADP-ribose diphosphatase) [4]. The human enzyme NUDT18 also hydrolyses 8-oxo-dADP and 2-hydroxy-dADP, the latter at a slower rate [6].
History
EC 3.6.1.58 created 2012
Orthology
K01554  8-oxo-dGDP phosphatase
K13987  ADP-sugar pyrophosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-D-ribose pyrophosphorylase
K17817  8-oxo-dGDP phosphatase
Genes
HSA: 11164(NUDT5) 79873(NUDT18)
PTR: 450306(NUDT5) 741929(NUDT18)
PPS: 100977496(NUDT18) 100977876(NUDT5)
GGO: 101132071(NUDT18) 101148720(NUDT5)
PON: 100172071(NUDT5) 100451093(NUDT18)
NLE: 100594282(NUDT18) 100600434(NUDT5)
MCC: 694368(NUDT5) 707061(NUDT18)
MCF: 102118162(NUDT5) 102138807(NUDT18)
CSAB: 103215715(NUDT18) 103237893(NUDT5)
RRO: 104663986(NUDT18) 104664884(NUDT5)
RBB: 108521324(NUDT18) 108538530(NUDT5)
CJC: 100388611(NUDT18) 100414997(NUDT5)
SBQ: 101035792(NUDT5) 101041775(NUDT18)
MMU: 213484(Nudt18) 53893(Nudt5)
MCAL: 110289308(Nudt5) 110309407(Nudt18)
MPAH: 110325824(Nudt18) 110333951(Nudt5)
RNO: 361068(Nudt18) 361274(Nudt5)
MUN: 110551659(Nudt18) 110560543(Nudt5)
CGE: 100765600(Nudt18) 100772118(Nudt5)
NGI: 103738702(Nudt5) 103747768(Nudt18)
HGL: 101710430(Nudt18) 101722031(Nudt5)
CCAN: 109682446(Nudt5) 109690459(Nudt18)
OCU: 100341885(NUDT5) 100357274(NUDT18)
TUP: 102479208(NUDT18) 102481118(NUDT5)
CFA: 478006(NUDT5) 609139(NUDT18)
VVP: 112926826(NUDT18) 112933374(NUDT5)
AML: 100473859(NUDT18) 100482621(NUDT5)
UMR: 103673345(NUDT18) 103676270(NUDT5)
UAH: 113241068(NUDT5) 113270012(NUDT18)
ORO: 101364423(NUDT5) 101380890(NUDT18)
FCA: 101084635(NUDT5) 101090347(NUDT18)
PTG: 102950979(NUDT5) 102972039(NUDT18)
PPAD: 109273729(NUDT5) 109277362(NUDT18)
AJU: 106971034(NUDT5) 106981091(NUDT18)
BTA: 509535(NUDT18) 614149(NUDT5)
BOM: 102283030(NUDT5) 102284141(NUDT18)
BIU: 109562537(NUDT18) 109567873(NUDT5)
BBUB: 102412312(NUDT18) 102413034(NUDT5)
CHX: 102174220(NUDT5) 102178907(NUDT18)
OAS: 101117473(NUDT18) 101117779(NUDT5)
SSC: 100156061(NUDT18) 100511529(NUDT5)
CFR: 102506081(NUDT5) 102521795(NUDT18)
CDK: 105100309(NUDT5) 105102746(NUDT18)
BACU: 103014516(NUDT5) 103015615(NUDT18)
LVE: 103088541(NUDT5) 103089589(NUDT18)
OOR: 101271940(NUDT5) 101288904(NUDT18)
DLE: 111168994(NUDT18) 111178004(NUDT5)
PCAD: 102986174(NUDT5) 102992845(NUDT18)
ECB: 100056631(NUDT18) 100056812(NUDT5)
EPZ: 103563355(NUDT5) 103566265(NUDT18)
EAI: 106826880 106836935(NUDT5) 106847697(NUDT18)
MYB: 102243782(NUDT5) 102258993(NUDT18)
MYD: 102755333(NUDT5) 102755914(NUDT18)
MNA: 107530244(NUDT5) 107543538(NUDT18)
HAI: 109382362(NUDT18) 109390483(NUDT5)
DRO: 112305265(NUDT18) 112322673(NUDT5)
PALE: 102895562(NUDT5) 102895707(NUDT18)
RAY: 107504857(NUDT5) 107509238(NUDT18)
MJV: 108393187(NUDT18) 108395803(NUDT5)
LAV: 100675481(NUDT18) 100677273(NUDT5)
MDO: 100013664(NUDT5) 100033092(NUDT18)
SHR: 100913469(NUDT18) 100926504(NUDT5)
PCW: 110200406(NUDT18) 110217340(NUDT5)
OAA: 100084986(NUDT5) 100087230(NUDT18)
GGA: 426368(NUDT5)
MGP: 100538350(NUDT5)
CJO: 107317497(NUDT5)
NMEL: 110391841(NUDT18) 110392265(NUDT5)
APLA: 101792445(NUDT5)
ACYG: 106046205(NUDT5)
TGU: 100227819(NUDT5)
LSR: 110470929(NUDT5) 110479415(NUDT18)
SCAN: 103813570(NUDT5)
GFR: 102042579(NUDT5)
FAB: 101811306(NUDT5)
PHI: 102100920(NUDT5) 102114450(NUDT18)
PMAJ: 107204378(NUDT5) 107213979(NUDT18)
CCAE: 111923119(NUDT5)
CCW: 104694502(NUDT5)
ETL: 114066636(NUDT5) 114072158(NUDT18)
FPG: 101911346(NUDT5) 101919411(NUDT18)
FCH: 102050796(NUDT18) 102058952(NUDT5)
CLV: 102084865(NUDT5) 102095789(NUDT18)
EGZ: 104135774(NUDT5)
NNI: 104014621(NUDT5)
ACUN: 113475952(NUDT5)
PADL: 103915005(NUDT5)
AAM: 106485164(NUDT18) 106485418(NUDT5)
ASN: 102373059(NUDT5) 102382475(NUDT18)
AMJ: 102562108(NUDT5) 102572685(NUDT18)
PSS: 102447968(NUDT18) 102460805(NUDT5)
CMY: 102935770(NUDT18) 102941929(NUDT5)
CPIC: 101936689(NUDT18) 101938331(NUDT5)
ACS: 100558579(nudt18) 100567214(nudt5)
PVT: 110072074(NUDT18) 110081210(NUDT5)
PBI: 103062314(NUDT18) 103064447(NUDT5)
PMUR: 107283241(NUDT18) 107297192(NUDT5)
TSR: 106542608(NUDT18) 106550928(NUDT5)
PMUA: 114602703(NUDT18) 114605750(NUDT5)
GJA: 107111067(NUDT5) 107120358(NUDT18)
XLA: 108712701(nudt18.S) 108713048(nudt5.S) 432263(nudt5.L)
XTR: 100488091(nudt18) 549367(nudt5)
NPR: 108784813(NUDT5) 108798459(NUDT18)
DRE: 415176(nudt5) 550541(nudt18)
SGH: 107580386 107584018(nudt5)
IPU: 100528701(nudt5) 108265859(nudt18)
PHYP: 113532134(nudt5) 113546096(nudt18)
AMEX: 103022158(nudt18) 103033374(nudt5)
EEE: 113584613(nudt5) 113590238(nudt18)
TRU: 101067864(nudt18) 115246641(nudt5)
LCO: 104930602(nudt5) 104936536(nudt18)
NCC: 104955336(nudt5)
MZE: 101470680(nudt5) 101476216(nudt18)
ONL: 100691676(nudt5) 100701859(nudt18)
OLA: 101160293(nudt18) 101161229(nudt5)
XMA: 102224507(nudt5) 102236783(nudt18)
XCO: 114145251(nudt18) 114161063(nudt5)
PRET: 103459674(nudt5) 103470797(nudt18)
CVG: 107096229(nudt5) 107103145(nudt18)
NFU: 107382591(nudt5) 107386149(nudt18)
KMR: 108245546(nudt5) 108245838(nudt18)
ALIM: 106524598(nudt5)
AOCE: 111579133(nudt5) 111587381(nudt18)
CSEM: 103383109(nudt5) 103398016(nudt18)
POV: 109632774(nudt5) 109645775(nudt18)
LCF: 108874307(nudt5) 108875363(nudt18) 108891412
SDU: 111224766(nudt5) 111236953(nudt18)
SLAL: 111661228 111667281(nudt5)
HCQ: 109525316(nudt18) 109528866(nudt5)
BPEC: 110161767(nudt5) 110162096(nudt18)
MALB: 109957397(nudt18) 109960917(nudt5)
SASA: 100196024(nudt5) 106587023(nudt18) 106609278(NUDT5)
OTW: 112216934 112248922(nudt18)
ELS: 105028521(nudt5) 105031473(nudt18)
SFM: 108929536(nudt18) 108931529(nudt5)
PKI: 111842369(nudt5) 111857588(nudt18)
LCM: 102346525(NUDT18) 102359306(NUDT5)
CMK: 103173152(nudt18) 103187912(nudt5)
RTP: 109922636(nudt18)
SKO: 100371378
DME: Dmel_CG10898(CG10898)
DER: 6554063
DSE: 6606814
DSI: Dsimw501_GD18763(Dsim_GD18763)
DAN: 6501152
DSR: 110186991
DPE: 6594594
DMN: 108155520
DWI: 6648085
DAZ: 108613841
DNV: 108659652
DHE: 111604557
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MDE: 101888835
LCQ: 111690284
AAG: 5569095
AME: 413933
BIM: 100742493
BTER: 100648588
CCAL: 108625211
OBB: 114882897
SOC: 105199750
MPHA: 105840088
AEC: 105148604
ACEP: 105620493
PBAR: 105427990
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HST: 105182173
DQU: 106747881
CFO: 105256419
LHU: 105670594
PGC: 109859396
OBO: 105284576
PCF: 106784337
NVI: 100124005
CSOL: 105361283
MDL: 103570262
TCA: 656819
DPA: 109546344
ATD: 109600989
NVL: 108569754
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PMAC: 106713793
PRAP: 110998304
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SPIS: 111328440
MCA: MCA0333
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ARA: Arad_1531
MOR: MOC_1449
CAK: Caul_3753
PZU: PHZ_c2226
HBA: Hbal_0637
GDI: GDI1308
GDJ: Gdia_2018
GXY: GLX_19050
GXL: H845_3097
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RCE: RC1_1156
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MTU: Rv1700
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MTD: UDA_1700
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MTUT: HKBT1_1790
MTUU: HKBT2_1798
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MBX: BCGT_1514
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MMIC: RN08_1883
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MHAS: MHAS_01741(act) MHAS_02859(nudF)
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MAB: MAB_2365
MABB: MASS_2289
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MSTE: MSTE_02302
MSAL: DSM43276_02085(nudF)
MTER: 4434518_01810(nudF)
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MHIB: MHIB_13080
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CGU: WA5_1363
CGT: cgR_1479
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CPZ: CpPAT10_0964(nudF)
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CUN: Cul210932_1076(nudF)
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CUJ: CUL131002_1060(nudF)
CVA: CVAR_1275
CTER: A606_05185
COA: DR71_123
CSP: WM42_0022
CPHO: CPHO_06335
CGV: CGLAU_06140(nudF)
CAQU: CAQU_06035
CAMG: CAMM_07230
CMIN: NCTC10288_01190(nudF)
CPEG: CPELA_05935(nudF)
CEE: CENDO_05535(nudF)
CGK: CGERO_05255(nudF)
NFA: NFA_20060
NFR: ERS450000_02104(nudF)
NAD: NCTC11293_03123(nudF)
RER: RER_32610(nudF)
REY: O5Y_15020
ROP: ROP_06630(nudF)
REQ: REQ_24660
RHB: NY08_851
RFA: A3L23_04097(nudF)
RHS: A3Q41_04146(nudF)
RHU: A3Q40_01838(act)
RRT: 4535765_02753(nudF)
RCR: NCTC10994_00290(nudF)
GBR: Gbro_2822
GPO: GPOL_c25890(nudF)
GOR: KTR9_2698
GRU: GCWB2_10390(nudF)
GOM: D7316_01308(act)
TPR: Tpau_2376
SRT: Srot_2545
SCO: SCO1775(SCI51.15c)
SALB: XNR_5049
SMA: SAVERM_6505(nudF)
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