KEGG   ORTHOLOGY: K08300Help
Entry
K08300                      KO                                     

Name
rne
Definition
ribonuclease E [EC:3.1.26.12]
Pathway
ko03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K08300  rne; ribonuclease E
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K08300  rne; ribonuclease E
   03009 Ribosome biogenesis
    K08300  rne; ribonuclease E
Enzymes [BR:ko01000]
 3. Hydrolases
  3.1  Acting on ester bonds
   3.1.26  Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
    3.1.26.12  ribonuclease E
     K08300  rne; ribonuclease E
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Prokaryotic type
  Bacterial mRNA degradation factors
   RNA degradosome components
    Ribonucreases
     K08300  rne; ribonuclease E
Ribosome biogenesis [BR:ko03009]
 Prokaryotic type
  rRNA processing factors
   K08300  rne; ribonuclease E
BRITE hierarchy
Other DBs
COG: COG1530
GO: 0008995
Genes
ECO: b1084(rne)
ECJ: JW1071(rne)
ECD: ECDH10B_1155(rne)
EBW: BWG_0932(rne)
ECOK: ECMDS42_0904(rne)
ECE: Z1722(rne)
ECS: ECs1462(rne)
ECF: ECH74115_1463(rne)
ETW: ECSP_1385(rne)
ELX: CDCO157_1397(rne)
EOJ: ECO26_1417(rne)
EOI: ECO111_1361(rne)
EOH: ECO103_1129(rne)
ECOO: ECRM13514_1375(rne)
ECOH: ECRM13516_1332(rne)
ECG: E2348C_1176(rne)
EOK: G2583_1343(rne)
ELR: ECO55CA74_06555(rne)
ESO: O3O_10160(rne)
ESM: O3M_15115(rne)
ESL: O3K_15140(rne)
ECW: EcE24377A_1207(rne)
ELH: ETEC_1149
ECC: c1353(rne)
ECP: ECP_1076
ECI: UTI89_C1209(rne)
ECV: APECO1_166(rne)
ECX: EcHS_A1207(rne)
ECM: EcSMS35_2042(rne)
ECY: ECSE_1147
ECR: ECIAI1_1120(rne)
ECQ: ECED1_1228(rne)
ECK: EC55989_1197(rne)
ECT: ECIAI39_2076(rne)
EOC: CE10_1165(rne)
EUM: ECUMN_1260(rne)
ECZ: ECS88_1098(rne)
ELO: EC042_1153(rne)
ELN: NRG857_05230(rne)
ESE: ECSF_0983
EBR: ECB_01080(rne)
EBD: ECBD_2516
EKF: KO11_17300(rne)
EAB: ECABU_c12980(rne)
EDJ: ECDH1ME8569_1019(rne)
EIH: ECOK1_1192(rne)
ENA: ECNA114_1141(rne)
ELU: UM146_11905(rne)
ELW: ECW_m1191(rne)
ELL: WFL_05820(rne)
ELC: i14_1237(rne)
ELD: i02_1237(rne)
EBL: ECD_01080(rne)
EBE: B21_01088(rne)
ELF: LF82_1909(rne)
ECOA: APECO78_09385(rne)
ECOL: LY180_05625(rne)
ECOI: ECOPMV1_01163(rne)
ECOJ: P423_05835(rne)
ECOS: EC958_1279
EFE: EFER_1844(rne)
EAL: EAKF1_ch0345(rne)
STY: STY1226(ams)
STT: t1734(rne)
SENT: TY21A_08815(rne)
STM: STM1185(rne)
SEO: STM14_1357(rne)
SEY: SL1344_1122(rne)
SEM: STMDT12_C12030(rne)
SEJ: STMUK_1153(rne)
SEB: STM474_1181(rne)
SEF: UMN798_1232(ams)
SETU: STU288_02255(rne)
SETC: CFSAN001921_11250(rne)
SENR: STMDT2_11191(ams)
SEND: DT104_11641(ams)
SENI: CY43_06040(rne)
SEEN: SE451236_11775(rne)
SPT: SPA1666(rne)
SEK: SSPA1548
SEI: SPC_2564(rne)
SEC: SCH_1132(rne)
SHB: SU5_01812
SENH: CFSAN002069_03095(rne)
SEEH: SEEH1578_15155(rne)
SENS: Q786_09335(rne)
SED: SeD_A2187
SEG: SG1937(rne)
SEL: SPUL_0986(rne)
SEGA: SPUCDC_0986(rne)
SET: SEN1863(rne)
SENA: AU38_09645(rne)
SENO: AU37_09650(rne)
SENV: AU39_09655(rne)
SENQ: AU40_10790(rne)
SENL: IY59_09910(rne)
SENJ: CFSAN001992_05715(rne)
SEEC: CFSAN002050_12315(rne)
SEEB: SEEB0189_013645(rne)
SENE: IA1_05840(rne)
SENC: SEET0819_12570(rne)
SBG: SBG_1025(rne)
SBZ: A464_1121
SBV: N643_04870(rne)
SFL: SF1088(rne)
SFX: S1168(rne)
SFV: SFV_1106(rne)
SFE: SFxv_1239(rne)
SFN: SFy_1572
SFS: SFyv_1623
SFT: NCTC1_01141(rne)
SSN: SSON_1104(rne)
SBO: SBO_1980(rne)
SBC: SbBS512_E2241(rne)
SDY: SDY_2067(rne)
SHQ: A0259_09560(rne)
ENC: ECL_02552
ENO: ECENHK_08500(rne)
ENL: A3UG_08490(rne)
ECLE: ECNIH2_09155(rne)
ECLN: ECNIH4_14145(rne)
ECLI: ECNIH5_08195(rne)
ECLX: LI66_08240(rne)
ECLY: LI62_09015(rne)
ECLZ: LI64_08560(rne)
EHM: AB284_16760(rne)
ECLA: ECNIH3_08205(rne)
ECLC: ECR091_08180(rne)
EAU: DI57_10355(rne)
EEC: EcWSU1_01678(rne)
ECLS: LI67_009595(rne)
ENR: H650_24515(rne)
ENX: NI40_008395(rne)
ENF: AKI40_2604(rne)
ESA: ESA_02261
CSK: ES15_2402(rne)
CSZ: CSSP291_10705(rne)
CCON: AFK62_07775(rne)
CDM: AFK67_07925(rne)
CMJ: AFK66_012050(rne)
CUI: AFK65_07680(rne)
CMW: AFK63_10965(rne)
CTU: CTU_16630(rne)
KPN: KPN_01083(rne)
KPU: KP1_2074(rne)
KPP: A79E_3147
KPH: KPNIH24_18725(rne)
KPZ: KPNIH27_09265(rne)
KPV: KPNIH29_09795(rne)
KPW: KPNIH30_10315(rne)
KPY: KPNIH31_09700(rne)
KPG: KPNIH32_10155(rne)
KPC: KPNIH10_09800(rne)
KPQ: KPR0928_09975(rne)
KPT: VK055_1382(rne)
KPE: KPK_3473(rne)
KPO: KPN2242_08480(rne)
KPR: KPR_2129(rne)
KPJ: N559_3205
KPI: D364_05625(rne)
KPX: PMK1_03422(rne)
KPB: FH42_01265(rne)
KPNE: KU54_016345(rne)
KPNU: LI86_16655(rne)
KPNK: BN49_2170(rne)
KVA: Kvar_3298
KPK: A593_19915(rne)
KOX: KOX_17245(rne)
KOE: A225_2302
KOY: J415_20295(rne)
KOM: HR38_15780(rne)
KMI: VW41_08090(rne)
KOK: KONIH1_11260(rne)
KOC: AB185_24880(rne)
EAE: EAE_16335(rne)
EAR: CCG30655
CKO: CKO_01975
CRO: ROD_11461(rne)
CFD: CFNIH1_15430(rne)
CAMA: F384_05380(rne)
GQU: AWC35_01120(rne)
BFL: Bfl410(rne)
BPN: BPEN_422(rne)
BVA: BVAF_412(rne)
BCHR: BCHRO640_433(rne)
BEN: BOBLI757_413(rne)
BED: BTURN675_399(rne)
HDE: HDEF_0352(rne)
SECT: A359_07890
SEHC: A35E_00384
MEN: MEPCIT_156(rne)
MEO: MPC_467(rne)
EBT: EBL_c24220(rne)
ROR: RORB6_09245(rne)
RON: TE10_11315(rne)
RTG: NCTC13098_04465(rne)
CNT: JT31_04345(rne)
CEM: LH23_13675(rne)
CEN: LH86_12980(rne)
CLAP: NCTC11466_02822(rne)
PGE: LG71_18965(rne)
KLE: AO703_08650(rne)
KOR: AWR26_15520(rne)
KRD: A3780_08750(rne)
KIE: NCTC12125_01813(rne_1)
ICP: ICMP_374(rne)
LAX: APT61_14025(rne)
SBW: TGUWTKB_5770(rne)
DEN: MHIR_DE00210(rne)
HED: TPER_HE00292(rne)
GED: FVIR_GE00460(rne)
CMIK: PMARG_ME00075(rne)
PPET: C9I82_408
METY: MRY16398_21220(rne)
AHN: NCTC12129_03131(rne)
EBF: D782_2661
PSTS: E05_36880
YPE: YPO1590(rne)
YPK: y1749(rne)
YPH: YPC_1688(rne)
YPA: YPA_1935
YPN: YPN_2038
YPM: YP_2263(rne)
YPG: YpAngola_A3507(rne)
YPZ: YPZ3_2097
YPT: A1122_17935(rne)
YPD: YPD4_2138
YPX: YPD8_2138
YPW: CH59_246
YPJ: CH55_166
YPV: BZ15_1931
YPL: CH46_3534
YPS: YPTB2479(rne)
YPO: BZ17_4157
YPI: YpsIP31758_1569(rne)
YPY: YPK_1677
YPB: YPTS_2568
YPQ: DJ40_4063
YPU: BZ21_1774
YPR: BZ20_3729
YPC: BZ23_2060
YPF: BZ19_1841
YEN: YE1627(rne)
YEY: Y11_05201
YEW: CH47_1076
YET: CH48_12
YEE: YE5303_14661(rne)
YAL: AT01_894
YFR: AW19_1594
YIN: CH53_14
YKR: CH54_70
YRO: CH64_941
YRU: BD65_49
SPE: Spro_1898
SRL: SOD_c17250(rne)
SRY: M621_09545(rne)
SPLY: Q5A_009405(rne_2)
SSZ: SCc_429(rne)
SMAF: D781_1808
SMAR: SM39_1368(rne)
SMAC: SMDB11_1156(rne)
SLQ: M495_09135(rne)
SERF: L085_19230(rne)
SERS: SERRSCBI_08925(rne)
SFW: WN53_19180(rne)
SFG: AV650_14605(rne)
SFO: Z042_23415(rne)
RAA: Q7S_14950(rne)
ECA: ECA1789(rne)
PATR: EV46_08570(rne)
PATO: GZ59_28130(rne)
PCT: PC1_2511
PCV: BCS7_12590(rne)
PEC: W5S_2797
SGL: SG1052
SOD: Sant_2486(rne)
PES: SOPEG_2138(rne)
SENY: HBA_0399(rne)
DDD: Dda3937_00056(rne)
DZC: W909_12135(rne)
DSO: A4U42_01030(rne)
CED: LH89_21080(rne)
DDQ: DDI_2510
DAQ: DAQ1742_02850(rne)
BGJ: AWC36_05455(rne)
ETA: ETA_20300(ams)
EPY: EpC_21560(ams)
EPR: EPYR_02320(rne)
EAM: EAMY_1466(rne)
EAY: EAM_1450(rne)
EBI: EbC_16470(rne)
ERJ: EJP617_25670(rne)
EGE: EM595_1436(rne)
EHD: ERCIPSTX3056_131(rne)
BUC: BU347(rne)
BAP: BUAP5A_341(rne)
BAU: BUAPTUC7_342(rne)
BUP: CWQ_01850
BAK: BAKON_349(rne)
BUH: BUAMB_326(rne)
BAPF: BUMPF009_CDS00249(rne)
BAPG: BUMPG002_CDS00250(rne)
BAPU: BUMPUSDA_CDS00249(rne)
BAPW: BUMPW106_CDS00249(rne)
BAS: BUsg_335(rne)
BAB: bbp_317(rne)
BAPH: IX46_01795
WBR: rne
PAM: PANA_1475(rne)
PLF: PANA5342_2750(rne)
PAJ: PAJ_0821(rne)
PVA: Pvag_0886(rne)
KLN: LH22_14810(rne)
PANT: PSNIH1_11865(rne)
PANP: PSNIH2_10310(rne)
HHS: HHS_06940
PSTW: DSJ_10625
TCI: A7K98_07515(rne)
TPTY: NCTC11468_01493(rne_1) NCTC11468_01494(rne_2)
PLU: plu2841(rne)
PLUM: A4R40_14165(rne)
PAY: PAU_01696(rne)
PTT: VY86_17105(rne)
PMR: PMI0852(rne)
PMIB: BB2000_0970(rne)
PVL: AOB99_06685(rne)
PHAU: PH4a_13570
XBO: XBJ1_2867(rne)
XBV: XBW1_2497(rne)
XNE: XNC1_2743(rne)
XNM: XNC2_2641(rne)
XDO: XDD1_2511(rne)
XPO: XPG1_1309(rne)
PSI: S70_01710(rne)
PSX: DR96_3506
PRG: RB151_025650(rne)
PHEI: NCTC12003_01655(rne)
PRJ: NCTC6933_02215(rne)
MMK: MU9_2737
ASY: AUT07_00068(rne)
AEN: ARADI_0586(rne)
ANS: ArsFIN_25040(rng_1)
ETR: ETAE_2109
ETD: ETAF_1907
ETE: ETEE_0103(rne)
EDW: QY76_09695(rne)
HAV: AT03_12995(rne)
OPO: DSM2777_14685(rne)
PFQ: QQ39_08990(rne)
LRI: NCTC12151_01931(rne)
KIN: AB182_09515(rne)
PSHI: SAMEA2665130_1855(rne)
HIN: HI0413(rne)
HIT: NTHI0538(rne)
HIU: HIB_05240
HIE: R2846_0165(rne)
HIZ: R2866_0160(rne)
HIK: HifGL_001745(rne)
HIA: H733_0308
HIW: NTHI477_01527(rne)
HIC: NTHIC486_00573(rng_1)
HIX: NTHI723_01274(rne)
HDU: HD_0194(rne)
HPIT: NCTC13334_01983(rne)
HAP: HAPS_1198(rne)
HPAZ: K756_00670
HPAS: JL26_11385
HPAK: JT17_09085
HSO: HS_0715(rne)
HSM: HSM_1126
PMU: PM0991(rne)
PMV: PMCN06_0239(rne)
PMP: Pmu_01760(rne)
PMUL: DR93_982
PDAG: 4362423_02066(rne)
PAET: NCTC13378_00212(rne)
MSU: MS1622(cafA)
MHQ: D650_5210
MHAT: B824_6000
MHX: MHH_c00610(rne)
MHAE: F382_05450
MHAM: J450_04795
MHAO: J451_05690
MHAL: N220_11590
MHAQ: WC39_02625
MHAY: VK67_02630
MVR: X781_3990
MVE: X875_3750
APL: APL_1436(rne)
APJ: APJL_1468(rne)
APA: APP7_1496(rne)
ASU: Asuc_1838
AAT: D11S_1895
AAN: D7S_00682
AACN: AANUM_1238
ASEG: NCTC10977_01927(rne)
BTO: WQG_3940
BTRE: F542_18020
BTRH: F543_19900
BTRA: F544_4330
RPNE: NCTC8284_01277(rne_2) NCTC8284_01278(rne_3) NCTC8284_01279(rne_4)
XFA: XF_2607
XFT: PD_1983(rne)
XCC: XCC2084(rne)
XCB: XC_2098
XCP: XCR_2364
XCV: XCV2423(rne)
XAX: XACM_2212(rne)
XAC: XAC2111(rne)
XCI: XCAW_01601(cafA)
XOO: XOO3073(rne)
XOM: XOO2926(XOO2926)
XOP: PXO_01517
XOR: XOC_2565
XAL: XALC_1617(rne)
SML: Smlt3247(rnE)
SMT: Smal_2678
SMZ: SMD_2823(rnE)
PSUW: WQ53_14885
PSD: DSC_10445
LEZ: GLE_2949(rne)
LEM: LEN_2082
DKO: I596_2594
RBD: ALSL_0969
VCH: VC2030
VCS: MS6_1792
VCI: O3Y_09810
VCR: VC395_2145(rne)
VCM: VCM66_1954(rne)
VVU: VV1_3018
VVY: VV1266
VPA: VP2062
VPB: VPBB_1896
VAG: N646_1138
VSP: VS_1016
VNI: VIBNI_A2371(rne)
VAN: VAA_03351
VAU: VANGNB10_cI1842(rne)
VTA: A1138(rne)
VFI: VF_1748(rne)
VSA: VSAL_I2233(rne)
AWD: AWOD_I_1871(rne)
PPR: PBPRA1186(T1734)
PAE: PA2976(rne)
PAEV: N297_3081
PAEI: N296_3081
PAU: PA14_25560(rne)
PAG: PLES_20861(rne)
PAF: PAM18_1985(rne)
PNC: NCGM2_4090(rne)
PAEB: NCGM1900_3330(rne)
PAEP: PA1S_10515
PAEM: U769_10055
PAEL: T223_10530
PAEU: BN889_03325(rne)
PAEG: AI22_23355
PAEC: M802_3078
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PMY: Pmen_1619
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NGO: NGO1785
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BCT: GEM_2408
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TBD: Tbd_1564
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MMB: Mmol_0821
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AOA: dqs_1738
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KCI: CKCE_0146
KCT: CDEE_0765
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KGA: ST1E_0836
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BPRC: D521_1438
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RRC: RPL_01920
RRH: RPM_01915
RRB: RPN_04975
RRN: RPJ_01915
RRP: RPK_01905
RRM: RRM_01890
RRR: RRR_01880
RMS: RMA_0349(rne)
RMI: RMB_06435
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RAF: RAF_ORF0318(rne)
RJA: RJP_0272(rne)
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RPH: RSA_01890
RAU: MC5_06230
RMO: MCI_05915
RPP: MC1_01910
RRE: MCC_02495
RAM: MCE_02410
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OTS: OTBS_1557(rne)
OTT: OTT_0292(rne)
WOL: WD_0929
WEN: wHa_07810
WED: wNo_09330
WPI: WP0141
WBM: Wbm0496
WOO: wOo_09030
WCL: WCLE_003140(rne)
AMA: AM844(rne)
AMF: AMF_631(rne)
ACN: ACIS_00494(rne)
APH: APH_0345
APY: YYU_01645
APD: YYY_01665
APHA: WSQ_01650
AOH: AOV_03035
ERU: Erum5510
ERW: ERWE_CDS_05780(rne)
ERG: ERGA_CDS_05680(rne)
ECN: Ecaj_0555
ECH: ECH_0470
ECHA: ECHHL_0406
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RBT: NOVO_02255(rne)
MLO: mll0212
MES: Meso_1711
AMIH: CO731_03619(rne)
PLA: Plav_3278
RBS: RHODOSMS8_00749(rne)
SME: SMc01336(rne)
SMX: SM11_chr2248(rne)
SMI: BN406_01058(rne)
SMEL: SM2011_c01336(rne)
SMER: DU99_06920
SMD: Smed_0957
SFH: SFHH103_01048(rne)
SFD: USDA257_c33620(rne)
EAD: OV14_2379
ATU: Atu1339(rne)
ARA: Arad_1932(rne)
ATF: Ach5_12370(rne)
AVI: Avi_1794(rne)
AGR: AGROH133_05784(rne)
RET: RHE_CH01645(rne)
RLE: RL1741
RLG: Rleg_1393
RHT: NT26_1330(rne)
NEN: NCHU2750_13480(rne)
LAA: WSI_02230
LSO: CKC_00820
LAR: lam_208(cafA)
SHZ: shn_07335
BME: BMEI1057
BMEL: DK63_358
BMEE: DK62_502
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PBP: STSP1_00853(rne)
PBAS: SMSP2_02253(rne)
 » show all
TaxonomyKoalaUniProt
Reference
  Authors
Carpousis AJ
  Title
The RNA degradosome of Escherichia coli: an mRNA-degrading machine assembled on RNase E.
  Journal
Annu Rev Microbiol 61:71-87 (2007)
DOI:10.1146/annurev.micro.61.080706.093440
  Sequence
[eco:b1084]
Reference
  Authors
Marcaida MJ, DePristo MA, Chandran V, Carpousis AJ, Luisi BF
  Title
The RNA degradosome: life in the fast lane of adaptive molecular evolution.
  Journal
Trends Biochem Sci 31:359-65 (2006)
DOI:10.1016/j.tibs.2006.05.005
  Sequence
[eco:b1084]
Reference
  Authors
Garrey SM, Blech M, Riffell JL, Hankins JS, Stickney LM, Diver M, Hsu YH, Kunanithy V, Mackie GA
  Title
Substrate binding and active site residues in RNases E and G: role of the 5'-sensor.
  Journal
J Biol Chem 284:31843-50 (2009)
DOI:10.1074/jbc.M109.063263
  Sequence
[eco:b1084]
LinkDB All DBs

KEGG   ORTHOLOGY: K08301Help
Entry
K08301                      KO                                     

Name
rng, cafA
Definition
ribonuclease G [EC:3.1.26.-]
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K08301  rng, cafA; ribonuclease G
   03009 Ribosome biogenesis
    K08301  rng, cafA; ribonuclease G
Enzymes [BR:ko01000]
 3. Hydrolases
  3.1  Acting on ester bonds
   3.1.26  Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
    3.1.26.-  
     K08301  rng, cafA; ribonuclease G
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Prokaryotic type
  Bacterial mRNA degradation factors
   RNA degradosome components
    Ribonucreases
     K08301  rng, cafA; ribonuclease G
Ribosome biogenesis [BR:ko03009]
 Prokaryotic type
  rRNA processing factors
   K08301  rng, cafA; ribonuclease G
BRITE hierarchy
Other DBs
COG: COG1530
Genes
ECO: b3247(rng)
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ECD: ECDH10B_3423(rng)
EBW: BWG_2947(rng)
ECOK: ECMDS42_2710(rng)
ECE: Z4605(cafA)
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EOK: G2583_3966(rng)
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ESL: O3K_02735
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SEI: SPC_3440(rnG)
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