Rickettsia conorii: RC0019
Help
Entry
RC0019 CDS
T00061
Symbol
sca1
Name
(GenBank) cell surface antigen
Organism
rco
Rickettsia conorii
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Autotransporter
Csm2_III-A
PBP_sp32
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AAL02557
UniProt:
Q92JP8
LinkDB
All DBs
Position
17298..23006
Genome browser
AA seq
1902 aa
AA seq
DB search
MNKLTEQHLLKKSRFLKYSLLASISVGAAIPFEGMAMSKEAFRIDLSNKLLNHVSQLNGY
KDTTNNTPQQIGKVIVSEPKINTYTPSEIREMKISNKPKASNPLKDVPIEDHYKVVARSK
SDVGTARKVRPITRCKTFAGIEKTEQSQNTYTPESTEQMPQKPEIIITASSPTVSPASNS
FITAPNTPNTTLTSPEHYTTAPGTPSSTPATPYQSTSDSKPNDSLGANTPPNINTNSKAV
RRLSFSSSGPQQQAVQSSSQVKSEVPPKPTFVPLPIKKSSTEIVAGMVSNISRVNEMIGI
KLAEVTQAIDTTDKKDKERLQKLYTQLTSTQKTTEKLKSRAEEIETKIKIGENKDKIKKL
EKELTSKNNKADRLFQKIEKIDIPANKVSIKSQETVPVTTASTEVSAFQAQQARINEARQ
GVFNKNKSSGGNARKSSAGTKREKKKQEAQKQLSEIKKQEKAIKTASDKAKEVAASAKKE
TSRTALRAMQDKMNGDSEQLNKIEENLKLLTPVVYNSSTGPTYKQSPKATPTIPLSHGVQ
RILGEQPEDEEGYLVPIKVQQQPYQEIEDPIPSHSKDIYEAKVSQYINYLNSIQPNQSNQ
AQIDSVIDGLATEMRKFSADQFSQKLGEIAHLASIKAYEGLFEKLYEIQQARILETQKVY
EQAEISQSYAEYEENSRKSSIPVLSRSSSAKSVISSNFEEKSALLQTTTTDESLRSDNNW
KNSAPYSSSPKLDKRGLEYLDLAGDAFVQNLKQPDTLTIETLGLITPTQNTTVAKSDSSR
KNNVSGSISEIQQLQSEKMRTETLGVQDDLGLDLHYTPQETLTEKSTYLVSSKKKQGNII
KRAVSKVGSILQTNYAENRRRKRDGETSKQRTVDQEGEFGHAWGNENHKESSLSVVSGCI
KKATQLISLLDAKRTAILQTTSPSQRRSVSLVLQEIENDYREAIKISQKLQQVLIRKPED
IKAYNAKAEKKLDAIKSRADKHFNNIETDVDVGFNPNGGNSHSMPTANMDILPKNLAVTP
PTNVGSLYNSPQAQQFQEDHKNIIINDRSQGRLNLVDSTIVRELTDVDASIYNTAPPEVL
KEAEALLDRSQGRLNLVDNTIKKGTQPLSNLSTIYESVSYENLASETIYKTEQPKPSISY
TNTSKRKLPIPLFRSAELDKKLEYLDLEDKLLEVEEARIVKEKEAIAKLNQYQDPENLEF
KRLAMEALDLSSKESQLKQKRKAIEAEFSLNEKSSSTDVSILRSYSIDDISGVLSDAESN
LSRSPSVSGLEDLNNSNVMQLEELKSKHEKIANDYNKELELDTLNKEKIWLEGEIKHLDT
EFKPKVTESKPVFSCSSSVGSINSFSNDDDLSSRDVVTPVDTLNIEINKDYVDTYIRVLS
NKIQKIEEIQKIEELSGSSSRSEELNHIKEAMAYISNRIQDVEELDEKMLLAINAQLQEH
DEKISSLLREEATDILAQLLLQEMLVSDGKSESTLPAGDEEQEDTEVSRQLSSLPALASS
NESALALSDDREKECLALGDSSEDEESYDSGFEEEEETIGQLSDSDGDNLKITEVDTVIP
LEQEAKKEMQTQISENAPTLNQAKVVNTIVNNMIRNRLDASMNMSNNMVAVGAGDEEESH
IKRGLWMRGMYGTNNHGRVENMTGYRGTNKGATIGFDAEIDNNIVGIAYSNVHSVFKFKN
SKNNDKELINSHVVSIYGQKELPKNFALQALVSASKNFIKDKTTYSYGDTKIKSNVKHRN
HSYNAEALLHYNYLLQSKLVITPNIGLRYGKSRDGVYNETGVNVQEIALTMKENNILSGI
VGTKVTVPLKDALKFNNLGLIFQGAVEHNFKEKTQRINRVVKIFDNTFKHNYLIPKQPKT
SYNLGTGIIGSIKNTTISLDYNYYLNKHYRSHQGSVKLKVNL
NT seq
5709 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaataagttaacagaacaacatttactaaaaaaatcaagatttttaaaatattctctg
cttgcctctatttcagtaggagctgcaataccttttgagggtatggcgatgagtaaagaa
gcatttcgtatcgatctcagtaataaattgttgaatcacgtgtcacaattaaacggatac
aaagatacgacaaataataccccgcagcagataggaaaagtaattgtatcggaaccaaaa
ataaacacatatactccatctgaaataagagaaatgaaaatatccaacaaacctaaggca
tctaatccattaaaagatgttcctatagaggatcattataaagtggtagcacgtagtaag
tctgatgtcgggacagcaagaaaagtacgaccaattactagatgcaaaacatttgcaggc
attgaaaaaacagaacaaagtcaaaatacttatactcctgaatcgacagaacaaatgcct
caaaaaccagagattataataacagcgtcttcgcctactgttagcccagcttcaaatagt
tttatcactgcacctaatacaccaaatactaccctgacatcacctgaacattatactacg
gcacctggtactccatcatcaacaccggcgactccgtatcagtctacttcagattctaaa
ccaaatgatagtttaggagctaatacaccaccaaacataaacacaaactcaaaggcagta
cgaagattatcatttagcagtagcggcccgcaacaacaggcagtgcaatctagctcacag
gttaaatcagaagttcctccgaagccgacatttgtaccgttgcctataaaaaaaagcagt
actgaaattgtagcaggaatggtaagtaatatatcacgagttaatgagatgataggaatc
aagttagctgaagtaacacaggctattgataccacagataaaaaagataaagaacgattg
cagaagttgtatacgcagctaacttcaacacaaaaaacaacagaaaaactcaagtcaaga
gctgaagagatagaaacaaaaatcaaaataggtgaaaataaagataaaataaagaaactt
gaaaaagagttaacaagtaaaaacaataaagcagatagattatttcagaaaatagaaaaa
atagatattccagcaaataaagtttcgataaaatcgcaggaaacagttccggttacaacg
gcgtcaaccgaagttagtgcgtttcaagcacagcaagcaagaattaatgaggctcggcaa
ggtgtatttaataaaaataaatcaagcggaggtaatgcaagaaaaagtagtgctggaaca
aaaagagaaaagaaaaaacaagaagcacaaaagcagttatcagaaataaagaaacaagaa
aaagctataaaaacggcatcagataaagctaaagaagtagctgctagtgcgaaaaaagaa
acaagtagaacggcattacgagccatgcaagataaaatgaatggtgattctgaacaatta
aataagatagaggaaaatctaaagttattaactcctgttgtttataatagttctaccggt
cctacttataagcagtcgccaaaagcaacgccaactataccattaagtcatggggttcag
agaattttaggtgaacaaccagaggatgaagaggggtacttagtgccaataaaagttcag
cagcaaccttatcaagaaatagaggaccctattccaagtcattcaaaagatatttatgag
gctaaggtttcacaatacattaattatttgaatagcatacagccaaatcagtcaaatcaa
gctcaaatagatagtgtaatagatggtttagcaacagaaatgagaaagtttagtgcagat
caatttagtcaaaaattaggtgagattgcacatcttgccagtataaaggcatatgaaggt
ttgttcgagaagttatatgaaattcagcaagctagaattctagaaactcaaaaagtatat
gagcaagcggaaatatctcagtcttatgcagagtatgaagagaattcaagaaaaagcagt
attccagtattatcacgttcgtcttcagctaaaagtgtaatatcatcaaattttgaagaa
aaatcagcattgttacaaaccacaactacagatgaaagcttgagatctgacaacaattgg
aaaaattctgcaccatattcttcaagtccaaagcttgataaaagaggattagaatattta
gatttagctggcgacgcgttcgttcagaatctaaaacaacctgatacgttaactatagaa
actcttggtttaataacgccaacacaaaatacaactgttgctaaaagtgactcatcgagg
aaaaataatgtaagtggaagtatttcggagatacaacaactgcaatcagaaaaaatgcgt
acagaaactttaggtgtgcaggatgatctagggctagatttacattatacacctcaagaa
actttaactgaaaaaagtacctatttagtttctagtaagaaaaaacaaggtaatataata
aagagagctgtatcaaaagtagggtcaattttgcaaacaaattatgcagagaacagaaga
aggaaaagagatggagaaacctcaaagcaaagaacagtagatcaagagggagaatttggc
cacgcttggggaaatgagaatcataaggagtctagtttaagtgtagttagtggatgcata
aaaaaggcaactcagcttataagccttttagatgcaaagagaaccgcaatactgcaaaca
accagtccttcacaaagaagatcagttagtttagttttacaggaaatagaaaatgattac
cgagaagcaattaagatctctcaaaaattacagcaggtattaatacgcaaaccggaagat
ataaaagcttataatgcaaaagcagaaaaaaaattggatgctattaaaagcagagcagat
aaacactttaataatatagaaacagatgtagatgttggatttaatccaaatgggggaaat
agtcattctatgccaactgctaatatggatatcttaccaaaaaatttagctgtaacccca
cctacaaatgtagggtcactatataactctccgcaagctcaacaatttcaagaagatcat
aaaaatattataataaatgatagatcacaaggtagactaaatttggttgatagtactata
gtaagagaacttacagatgtagatgcttcaatatataatactgctcctcctgaggtatta
aaagaagctgaagctttacttgatagatcacaaggtagactaaatttggttgataatact
attaaaaaaggtacacagccattatctaatttatctactatatatgagtcggttagttat
gagaatttagcatcagaaacaatatataagacagagcaacctaagccatctataagttac
acgaatactagtaaacgaaaattacctataccattattcagaagtgccgagcttgacaag
aaattagagtatttggatttagaagataaactgttagaagtagaggaagctagaatagtt
aaggaaaaggaagctattgccaaattgaatcaatatcaagatccagaaaacctagaattt
aagcggttagctatggaagcactagacttatcttcaaaagaatcacaattaaaacaaaaa
aggaaagccatagaagcagaattttctttaaatgaaaagtcttcaagcacagatgtatca
atattacgttcctattcaattgatgacataagcggtgtacttagtgatgcagaatcaaat
ctatcccgttcaccttcggttagtggcttagaggatttaaacaattctaatgttatgcaa
ttagaggaattaaaatctaaacatgaaaaaatagccaatgattataataaggaattggag
ttagatactttaaataaagaaaagatttggttagaaggggagataaagcatctagatact
gaatttaaacctaaggtaactgagagtaagccggtattttcatgttcatcttcagttggt
agcataaacagcttctctaatgatgatgatttgagtagtcgtgatgttgtaactccggta
gatactctaaatatagaaattaataaagattatgtagatacctatataagagtattaagc
aataaaatacaaaaaatagaagaaatacaaaaaatagaagaattgtctggctcaagttct
agaagtgaggaacttaatcatattaaagaagcaatggcttatataagtaatcgtatacag
gatgtagaggaattagatgaaaaaatgcttttagcaataaatgcacaattacaagaacat
gatgaaaaaatttcttcgttacttcgcgaagaagctacagatattcttgctcagttattg
ctacaagaaatgttagtgtcggatggtaaatcagaatctaccttacctgcaggagatgaa
gaacaagaagacacagaagtaagtagacaattatcttcattacctgcacttgcatcaagt
aatgagagtgcattagcattaagtgacgatagagaaaaggaatgtttagcattaggcgat
agtagcgaagatgaagaaagttatgattcagggtttgaagaggaagaagaaacaataggg
caattatccgattccgatggggataatcttaaaataacggaagttgatacggttattcct
cttgaacaggaagcaaaaaaagaaatgcaaacgcaaatttcagaaaacgctcctacttta
aatcaagcgaaagttgttaatactattgtaaataatatgattcgtaacagattagatgca
tctatgaatatgtctaataatatggtagcagtgggagccggtgatgaagaagagtctcat
ataaaaagaggtttgtggatgcgtggtatgtacggcactaataatcatggacgcgttgag
aatatgaccggttatagaggtactaacaaaggtgctactatcgggttcgatgctgaaatc
gacaataatatcgtaggtatagcttatagtaatgttcattcagtatttaaatttaaaaat
agtaaaaataatgataaagaacttattaatagtcatgtggtttctatttacggacaaaaa
gaattaccgaagaattttgcactacaagctttagtatctgcttctaaaaactttattaaa
gataaaacaacttattcatatggtgatactaaaattaaaagtaatgtaaaacatcgtaat
catagttataatgcggaagcattactgcattataattatcttttgcagagcaagctcgtt
attaccccgaatatcggcttaagatacgggaagtcacgagacggggtatataatgaaacc
ggtgttaacgtacaagaaatagctcttacaatgaaagagaataatatattgtccggaatt
gtcggtactaaagtcacagtacctttaaaagatgctctaaaatttaataatttaggtcta
atattccaaggagcggtagaacataattttaaagagaaaacccaaagaataaatagagtt
gttaaaatatttgataatacattcaaacataattatctaataccgaagcaaccgaaaaca
tcctataatttaggaacgggtattataggcagtatcaaaaatactactatttcgttggat
tataattattatctaaataaacattatagaagtcatcaaggtagtgttaagcttaaggta
aacctataa
DBGET
integrated database retrieval system
