KEGG   ORTHOLOGY: K00231
Entry
K00231                      KO                                     
Symbol
PPOX, hemY
Name
protoporphyrinogen/coproporphyrinogen III oxidase [EC:1.3.3.4 1.3.3.15]
Pathway
map00860  Porphyrin metabolism
map01100  Metabolic pathways
map01110  Biosynthesis of secondary metabolites
map01240  Biosynthesis of cofactors
Module
M00121  Heme biosynthesis, plants and bacteria, glutamate => heme
M00868  Heme biosynthesis, animals and fungi, glycine => heme
M00926  Heme biosynthesis, bacteria, glutamyl-tRNA => coproporphyrin III => heme
Reaction
R03222  protoporphyrinogen-IX:oxygen oxidoreductase
R04178  coproporphyrinogen-III:oxygen oxidoreductase (coproporphyrin-forming)
Disease
H00202  Hepatic porphyria
H01763  Porphyria
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09108 Metabolism of cofactors and vitamins
   00860 Porphyrin metabolism
    K00231  PPOX, hemY; protoporphyrinogen/coproporphyrinogen III oxidase
Enzymes [BR:ko01000]
 1. Oxidoreductases
  1.3  Acting on the CH-CH group of donors
   1.3.3  With oxygen as acceptor
    1.3.3.4  protoporphyrinogen oxidase
     K00231  PPOX, hemY; protoporphyrinogen/coproporphyrinogen III oxidase
    1.3.3.15  coproporphyrinogen III oxidase (coproporphyrin-forming)
     K00231  PPOX, hemY; protoporphyrinogen/coproporphyrinogen III oxidase
Other DBs
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Genes
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PHK: SK066_15685(hemG)
PNK: AASFL403_11230(hemG)
PPAB: KET34_11390(hemY)
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PGLU: A3958_23915
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PAJN: JNUCC32_06660
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ATHE: K3F53_13920(hemY)
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ANEU: PP175_19790(hemY)
COH: EAV92_03095(hemG)
COHN: KCTCHS21_42630(hemY)
CCHL: FPL14_04720(hemG) FPL14_27730(hemY)
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TUM: CBW65_22640
TAB: CIG75_07235
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SIV: SSIL_0445 SSIL_0714
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SPSY: AZE41_17405
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SPOS: DV702_00945
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SURL: BI350_13980 BI350_14795
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TCP: Q5761_03700(hemG)
SAY: TPY_0403(hemY) TPY_3050
SAP: Sulac_0368 Sulac_0843
STHR: BXT84_04810
HFV: R50_0091
CTHM: CFE_0140
CHY: CHY_0481(hemG)
DBC: MFMK1_001878(hemG)
VPR: Vpar_0218
VAT: B7L28_08445
VRM: 44547418_00239(hemY)
VDN: NCTC11831_00205(hemY)
VNK: VEIT17_02080
VRG: OKW85_01170(hemG)
VOR: VEIS_02040
LPIL: LIP_0709
MTU: Rv2677c(hemY)
MTV: RVBD_2677c
MTC: MT2751(hemG)
MRA: MRA_2705(hemY)
MTF: TBFG_12692
MTB: TBMG_01296
MTK: TBSG_01307
MTZ: TBXG_001287
MTG: MRGA327_16435
MTI: MRGA423_16645
MTE: CCDC5079_2460
MTUR: CFBS_2829(hemY)
MTL: CCDC5180_2430
MTO: MTCTRI2_2729(hemY)
MTD: UDA_2677c(hemY)
MTN: ERDMAN_2939(hemY)
MTUB: MT7199_2709
MTUC: J113_18625
MTUE: J114_14290
MTX: M943_13845
MTUH: I917_18800
MTUL: TBHG_02613
MTUT: HKBT1_2820(hemY)
MTUU: HKBT2_2823(hemY)
MTQ: HKBS1_2827(hemY)
MBO: BQ2027_MB2696C(hemY)
MBB: BCG_2690c(hemY)
MBT: JTY_2684(hemY)
MBM: BCGMEX_2683c(hemY)
MBK: K60_027690
MBX: BCGT_2509
MAF: MAF_26810(hemY)
MMIC: RN08_2961
MCE: MCAN_27031(hemY)
MCQ: BN44_60128(hemY)
MCV: BN43_40349(hemY)
MCX: BN42_40651(hemY)
MCZ: BN45_51056(hemY)
MORY: MO_002798
MLE: ML1044(hemY)
MLB: MLBr01044(hemY)
MPA: MAP_2798c(hemY')
MAO: MAP4_1014
MAVI: RC58_04990
MAVM: MAA44156_01897(hemY)
MIT: OCO_34030
MIA: OCU_34050
MID: MIP_05125
MYO: OEM_34410
MCHI: AN480_18030
MIR: OCQ_35250
MMAL: CKJ54_15905
MLP: MLM_1545
MMAN: MMAN_03960(hemY)
MSER: MTY59_51550(hemY)
MSA: Mycsm_02633
MUL: MUL_3311(hemY)
MMI: MMAR_2039(hemY)
MMAE: MMARE11_19630(hemY)
MLI: MULP_02213(hemY)
MPSE: MPSD_20650(hemY)
MSHO: MSHO_51440(hemY)
MMC: Mmcs_2213
MKM: Mkms_2259
MJL: Mjls_2202
MMM: W7S_17020
MKN: MKAN_22950 MKAN_25525
MYV: G155_13095
MYE: AB431_12015
MHAD: B586_14400
MDX: BTO20_21225 BTO20_34475
MSHG: MSG_01851(hemY)
MFJ: MFLOJ_08610 MFLOJ_13980(hemY) MFLOJ_19570 MFLOJ_55990 MFLOJ_56020 MFLOJ_56100(hemG_1) MFLOJ_56150 MFLOJ_56310 MFLOJ_56330(hemG_2) MFLOJ_56560 MFLOJ_57370(hemG_3) MFLOJ_57510
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AG: BAA96808(POX1)
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Reference
PMID:8771201
  Authors
Dailey TA, Dailey HA
  Title
Human protoporphyrinogen oxidase: expression, purification, and characterization of the cloned enzyme.
  Journal
Protein Sci 5:98-105 (1996)
DOI:10.1002/pro.5560050112
  Sequence
[hsa:5498]
Reference
PMID:8621504
  Authors
Dailey HA, Dailey TA
  Title
Protoporphyrinogen oxidase of Myxococcus xanthus. Expression, purification, and characterization of the cloned enzyme.
  Journal
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DOI:10.1074/jbc.271.15.8714
  Sequence
[mxa:MXAN_1293]
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PMID:10982422
  Authors
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  Title
Molecular characterization and subcellular localization of protoporphyrinogen oxidase in spinach chloroplasts.
  Journal
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  Sequence
[ag:BAA96808]
Reference
PMID:19944166
  Authors
Qin X, Sun L, Wen X, Yang X, Tan Y, Jin H, Cao Q, Zhou W, Xi Z, Shen Y
  Title
Structural insight into unique properties of protoporphyrinogen oxidase from Bacillus subtilis.
  Journal
J Struct Biol 170:76-82 (2010)
DOI:10.1016/j.jsb.2009.11.012
  Sequence
[bsu:BSU10140]
LinkDB

KEGG   ENZYME: 1.3.3.15
Entry
EC 1.3.3.15                 Enzyme                                 
Name
coproporphyrinogen III oxidase (coproporphyrin-forming);
hemY (gene name)
Class
Oxidoreductases;
Acting on the CH-CH group of donors;
With oxygen as acceptor
Sysname
coproporphyrinogen-III:oxygen oxidoreductase (coproporphyrin-forming)
Reaction(IUBMB)
coproporphyrinogen III + 3 O2 = coproporphyrin III + 3 H2O2 [RN:R04178]
Reaction(KEGG)
R04178
Substrate
coproporphyrinogen III [CPD:C03263];
O2 [CPD:C00007]
Product
coproporphyrin III [CPD:C05770];
H2O2 [CPD:C00027]
Comment
Contains FAD. The enzyme, present in Gram-positive bacteria, participates in heme biosynthesis. It can also catalyse the reaction of EC 1.3.3.4, protoporphyrinogen oxidase, at a lower level.
History
EC 1.3.3.15 created 2016
Pathway
ec00860  Porphyrin metabolism
ec01100  Metabolic pathways
ec01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Orthology
K00231  protoporphyrinogen/coproporphyrinogen III oxidase
Genes
HSA: 5498(PPOX)
PTR: 457450(PPOX)
PPS: 100979906(PPOX)
GGO: 101152084(PPOX)
PON: 100462288(PPOX)
PPYG: 129045323(PPOX)
NLE: 100601810(PPOX)
HMH: 116473342(PPOX)
SSYN: 134734463(PPOX)
MCC: 719910(PPOX)
MCF: 101867136(PPOX)
MNI: 105498203(PPOX)
CSAB: 103223691(PPOX)
CATY: 105589252(PPOX)
PANU: 101000670(PPOX)
TGE: 112621929(PPOX)
MLEU: 105536745(PPOX)
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PTEH: 111543896(PPOX)
CANG: 105522941(PPOX)
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BAI: BAA_1161(hemY1) BAA_2477(hemY2)
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BANR: A16R_11490 A16R_24780
BANS: BAPAT_1017 BAPAT_2313
BANH: HYU01_05635 HYU01_12030
BANV: DJ46_1208(hemG) DJ46_5525(hemG)
BAL: BACI_c11130(hemY1) BACI_c23670(hemY2)
BCE: BC1070 BC2354
BCA: BCE_1169(hemY) BCE_2450(hemY)
BCZ: BCE33L0988(hemY) BCE33L2172(hemY)
BCR: BCAH187_A1232(hemY1) BCAH187_A2517(hemY2)
BCB: BCB4264_A1105(hemY1) BCB4264_A2383(hemY2)
BCU: BCAH820_1154(hemY1) BCAH820_2436(hemY2)
BCG: BCG9842_B2948(hemY2) BCG9842_B4200(hemY1)
BCQ: BCQ_1140(hemY) BCQ_2341(hemY)
BCX: BCA_1120(hemY1) BCA_2486(hemY2)
BNC: BCN_1049 BCN_2338
BCF: bcf_05420 bcf_12035
BCER: BCK_02970 BCK_22830
BCEF: BcrFT9_00925 BcrFT9_01922
BCY: Bcer98_0826 Bcer98_1774
BTK: BT9727_0986(hemY) BT9727_2212(hemY)
BTL: BALH_0952 BALH_2156
BTB: BMB171_C0944(hemY1) BMB171_C2116(hemY2)
BTT: HD73_1224 HD73_2639
BTHR: YBT1520_06115 YBT1520_12920
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BTC: CT43_CH1023(hemY1) CT43_CH2314(hemY2)
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BTM: MC28_0304 MC28_1635
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BPUM: BW16_05205
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BMET: BMMGA3_04150(hemY)
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GCS: MUN88_12020(hemY)
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NCM: QNK12_04905(hemG) QNK12_06550(hemY)
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MEKU: HUW50_11305(hemG)
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MHRF: QLQ22_05145(hemY)
AIA: AWH56_001190(hemY)
BLEN: NCTC4824_03025(hemY)
SEDD: ERJ70_04595(hemY)
BVQ: FHE72_07685(hemY) FHE72_11290
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RAZ: U9J35_07735(hemY) U9J35_11340
ROD: P8596_07925(hemY) P8596_11805
ROSS: V2W31_07660(hemY) V2W31_11220
BCK: BCO26_0695 BCO26_0779
BAG: Bcoa_0402 Bcoa_0474
BCOA: BF29_3226(hemG) BF29_3310(hemG)
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MJO: FOF60_19885(hemY)
MSUT: LC048_02470(hemY)
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ECTO: MUG87_16750(hemY)
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ALKG: MOJ78_04130(hemY)
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VRM: 44547418_00239(hemY)
VDN: NCTC11831_00205(hemY)
VNK: VEIT17_02080
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VOR: VEIS_02040
LPIL: LIP_0709
MTU: Rv2677c(hemY)
MTV: RVBD_2677c
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MRA: MRA_2705(hemY)
MTF: TBFG_12692
MTB: TBMG_01296
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MTE: CCDC5079_2460
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MTX: M943_13845
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MORY: MO_002798
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MIT: OCO_34030
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MID: MIP_05125
MYO: OEM_34410
MCHI: AN480_18030
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MMAL: CKJ54_15905
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MMC: Mmcs_2213
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MKN: MKAN_22950 MKAN_25525
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MYE: AB431_12015
MHAD: B586_14400
MDX: BTO20_21225 BTO20_34475
MSHG: MSG_01851(hemY)
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MSTO: MSTO_15480(hemY) MSTO_60160
MSIM: MSIM_04780(hemY)
MSAK: MSAS_56530(hemY)
MKU: I2456_10025
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MCOO: MCOO_02750(hemY)
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MHEK: JMUB5695_03081(hemY)
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MBRD: MBRA_44970(hemY)
MSHJ: MSHI_20330(hemY)
MMAM: K3U93_09050
MSPG: F6B93_08305
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MLM: MLPF_2053(hemY)
MPAA: MKK62_15020
MMEH: M5I08_18220
MKY: IWGMT90018_38020 IWGMT90018_43040 IWGMT90018_44240 IWGMT90018_44530(hemG_1) IWGMT90018_45460 IWGMT90018_45640(hemG_2) IWGMT90018_45880 IWGMT90018_45940 IWGMT90018_46060 IWGMT90018_56120
MADI: A7U43_18515
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MYW: BVC93_29505
MYJ: BCA37_13290
MSM: MSMEG_2781(hemG)
MSG: MSMEI_2712(hemY)
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MGI: Mflv_3918
MSP: Mspyr1_32630
MCB: Mycch_2181
MNE: D174_16320 D174_26415
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MFX: MFAL_04870(hemG)
MAIC: MAIC_20960(hemG)
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MANY: MANY_07430(hemY_1) MANY_39530(hemY_2)
MAUB: MAUB_57010(hemG)
MPOF: MPOR_27950(hemG_2)
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MMUC: C1S78_012325
MMAT: MMAGJ_58350(hemG)
MBOK: MBOE_47950(hemG)
MFG: K6L26_16765 K6L26_19135
MSEI: MSEDJ_36080(hemG)
MFLV: NCTC10271_03056(hemY)
MCEE: MCEL_12980(hemG)
MBRM: L2Z93_002290
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MHOL: K3U96_15395
MSEN: K3U95_12900
MPAE: K0O64_11685
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MCRO: MI149_12550
MGRO: FZ046_17260
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MBUG: MU0053_003022
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MFLU: HZU40_17095
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MPAT: MPNTM1_04576(hemG)
MKR: MKOR_14960(hemY)
MPAK: MIU77_11585
MAB: MAB_2985c
MMV: MYCMA_1647
MABB: MASS_2920
MABL: MMASJCM_2984
MCHE: BB28_15000
MIZ: BAB75_16050
MSTE: MSTE_02950
MSAO: MYCSP_13475
MSAL: DSM43276_02765(hemY)
MJD: JDM601_2423(hemY)
MTER: 4434518_01694(hemY_1) 4434518_02355(hemY_2)
MMIN: MMIN_01290(hemY)
MHIB: MHIB_18730(hemY)
MHER: K3U94_13740
MVM: MJO54_13885
MKK: MU0083_002265
ASD: AS9A_1781
CGL: Cgl0436(Cgl0436)
CGB: cg0517(hemY)
CGU: WA5_0421(HemY)
CGT: cgR_0506
CGS: C624_02540
CGG: C629_02540
CGM: cgp_0517
CGJ: AR0_02730
CGQ: CGLAR1_02595
CGX: SB89_02410
CEF: CE0459
CDI: DIP0408(hemG)
CDP: CD241_0347(hemG)
CDH: CDB402_0322(hemG)
CDT: CDHC01_0348(hemG)
CDE: CDHC02_0358(hemG)
CDR: CDHC03_0338(hemG)
CDA: CDHC04_0319(hemG)
CDZ: CD31A_0409(hemG)
CDB: CDBH8_0347(hemG)
CDS: CDC7B_0353(hemG)
CDD: CDCE8392_0360(hemG)
CDW: CDPW8_0408(hemG)
CDV: CDVA01_0302(hemG)
CDIP: ERS451417_00331(hemG)
CJK: jk1074(hemG)
CUR: cu0916
CUA: CU7111_0902(hemG)
CAR: cauri_0305(hemG)
CKP: ckrop_1048
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CPSE: CPTA_00810
CPSU: CPTB_00722
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CRD: CRES_1165(hemG)
CUL: CULC22_00326(hemY)
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CUE: CULC0102_0371(hemY)
CUN: Cul210932_0339(hemY)
CUQ: Cul210931_0324(hemY)
CUZ: Cul05146_0348(hemY)
CUJ: CUL131002_0325(hemY)
CUS: CulFRC11_0321(hemY)
CVA: CVAR_1567(hemG)
CHN: A605_02095
CCN: H924_01885
CTER: A606_06220
CMD: B841_02150
CAZ: CARG_00955
CFN: CFAL_06020
CCG: CCASEI_02350 CCASEI_09250
CVT: B843_01910
CGY: CGLY_02545 CGLY_08070
CAX: CATYP_01675
CII: CIMIT_01380
CUV: CUREI_01115
COA: DR71_2111(hemG)
CDO: CDOO_02415
CHM: B842_01485
CSX: CSING_01750(hemG)
CMQ: B840_01585
CKU: UL82_01285(hemY)
CCJ: UL81_01350(hemG)
CMV: CMUST_01710(hemY)
CEI: CEPID_11060(hemY)
CTED: CTEST_01685
CUT: CUTER_01280
CLW: CLAC_05750
CDX: CDES_02385
CSP: WM42_1051(hemG)
CSTA: CSTAT_02010
CCJZ: ccrud_02270
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CPHO: CPHO_01680
CFC: CFLV_01810
CGV: CGLAU_01380(hemY)
CSTR: CBE89_12040
CAQU: CAQU_01425
CSPH: CSPHI_05950
CAMG: CAMM_02050 CAMM_08700
CMIN: NCTC10288_02224(hemG)
CPEG: CPELA_09865(hemY)
CXE: FOB82_11605(hemG)
CEE: CENDO_01595(hemY)
CSAN: E3227_02750
CGK: CGERO_09665(hemY)
CRF: FRC0190_00407
CRL: NCTC7448_01151(hemY)
CCHO: CCHOA_10475(hemY)
CPRE: Csp1_12830(hemY)
CPSO: CPPEL_10055(hemY)
CSUR: N24_0575(hemY)
CCYS: SAMEA4530656_2160(hemY)
CMAT: HBA49_08410
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CKF: I6I12_11320
CANS: GP473_04955(hemG)
CLIA: C3E79_01335
CPRP: I6I69_03880
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CGLU: I6J20_07785
CUO: CUROG_05495(hemY)
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CCOE: CETAM_01960(hemY)
COK: COCCU_01995(hemY)
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CORY: FQV43_08890
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CWK: IA203_01910
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CACC: CACC_01825(hemY)
CFY: I6L56_02055(hemG)
CPSL: KBP54_01295
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CPSP: L9H27_09060(hemG)
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CHEI: CHEID_05590(hemY)
CIHU: CIHUM_01430(hemY)
CCOY: CCOY_01285(hemY)
CHAD: CHAD_01280(hemY)
CFG: CFREI_01290(hemY)
CAQM: CAQUA_01355(hemY)
CCAW: CCANI_01340(hemY)
CAUI: CAURIS_01510(hemY)
CFAC: CFAEC_01855(hemY)
CFOU: CFOUR_01160(hemY)
CFEU: CFELI_01365(hemY)
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CATR: CATRI_01655(hemY)
CDUR: CDUR_01680(hemY)
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CHAN: CHAN_06285(hemY)
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GOP: ACE11G_09700(hemG)
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TPR: Tpau_1893
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NBG: DV706_19290(hemG)
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Reference
1  [PMID:7928957]
  Authors
Hansson M, Hederstedt L
  Title
Bacillus subtilis HemY is a peripheral membrane protein essential for protoheme IX synthesis which can oxidize coproporphyrinogen III and protoporphyrinogen IX.
  Journal
J Bacteriol 176:5962-70 (1994)
DOI:10.1128/JB.176.19.5962-5970.1994
Reference
2  [PMID:9784236]
  Authors
Corrigall AV, Siziba KB, Maneli MH, Shephard EG, Ziman M, Dailey TA, Dailey HA, Kirsch RE, Meissner PN.
  Title
Purification of and kinetic studies on a cloned protoporphyrinogen oxidase from the aerobic bacterium Bacillus subtilis.
  Journal
Arch Biochem Biophys 358:251-6 (1998)
DOI:10.1006/abbi.1998.0834
Reference
3  [PMID:19944166]
  Authors
Qin X, Sun L, Wen X, Yang X, Tan Y, Jin H, Cao Q, Zhou W, Xi Z, Shen Y
  Title
Structural insight into unique properties of protoporphyrinogen oxidase from Bacillus subtilis.
  Journal
J Struct Biol 170:76-82 (2010)
DOI:10.1016/j.jsb.2009.11.012
  Sequence
[bsu:BSU10140]
Reference
4  [PMID:25646457]
  Authors
Dailey HA, Gerdes S, Dailey TA, Burch JS, Phillips JD
  Title
Noncanonical coproporphyrin-dependent bacterial heme biosynthesis pathway that does not use protoporphyrin.
  Journal
Proc Natl Acad Sci U S A 112:2210-5 (2015)
DOI:10.1073/pnas.1416285112
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 1.3.3.15
IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.3.3.15
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.3.3.15
BRENDA, the Enzyme Database: 1.3.3.15
LinkDB

KEGG   REACTION: R04178
Entry
R04178                      Reaction                               
Name
coproporphyrinogen-III:oxygen oxidoreductase (coproporphyrin-forming)
Definition
Coproporphyrinogen III + 3 Oxygen <=> Coproporphyrin III + 3 Hydrogen peroxide
Equation
C03263 + 3 C00007 <=> C05770 + 3 C00027
Comment
multi-step reaction
Reaction class
RC00885  C03263_C05770
Enzyme
1.3.3.15
Pathway
rn00860  Porphyrin metabolism
rn01100  Metabolic pathways
rn01110  Biosynthesis of secondary metabolites
rn01240  Biosynthesis of cofactors
Module
M00926  Heme biosynthesis, bacteria, glutamyl-tRNA => coproporphyrin III => heme
Brite
Enzymatic reactions [BR:br08201]
 1. Oxidoreductase reactions
  1.3  Acting on the CH-CH group of donors
   1.3.3  With oxygen as acceptor
    1.3.3.15
     R04178  Coproporphyrinogen III + 3 Oxygen <=> Coproporphyrin III + 3 Hydrogen peroxide
Orthology
K00231  protoporphyrinogen/coproporphyrinogen III oxidase [EC:1.3.3.4 1.3.3.15]
Other DBs
RHEA: 43439
LinkDB

DBGET integrated database retrieval system