KEGG   ORTHOLOGY: K21636
Entry
K21636                      KO                                     
Symbol
nrdD
Name
ribonucleoside-triphosphate reductase (formate) [EC:1.1.98.6]
Pathway
map00230  Purine metabolism
map00240  Pyrimidine metabolism
map01100  Metabolic pathways
map01232  Nucleotide metabolism
Reaction
R11633  GTP:formate 2'-oxidoreductase
R11634  ATP:formate 2'-oxidoreductase
R11635  UTP:formate 2'-oxidoreductase
R11636  CTP:formate 2'-oxidoreductase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09104 Nucleotide metabolism
   00230 Purine metabolism
    K21636  nrdD; ribonucleoside-triphosphate reductase (formate)
   00240 Pyrimidine metabolism
    K21636  nrdD; ribonucleoside-triphosphate reductase (formate)
Enzymes [BR:ko01000]
 1. Oxidoreductases
  1.1  Acting on the CH-OH group of donors
   1.1.98  With other, known, physiological acceptors
    1.1.98.6  ribonucleoside-triphosphate reductase (formate)
     K21636  nrdD; ribonucleoside-triphosphate reductase (formate)
Other DBs
COG: COG1328
GO: 0008998
Genes
ECO: b4238(nrdD)
ECJ: JW4197(nrdD)
ECD: ECDH10B_4433(nrdD)
EBW: BWG_3946(nrdD)
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ECE: Z5848(nrdD)
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EOI: ECO111_5123(nrdD)
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EBE: B21_04070(nrdD)
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ECI: UTI89_C4842(nrdD)
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SENS: Q786_21935
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SEG: SG4277(nrdD)
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SET: SEN4202(nrdD)
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SSUR: ATE40_023040
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SNEM: NLX84_02155(nrdD)
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SSAR: SSARUM_000426(nrdD)
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SERN: GUC32_02280(nrdD)
SERT: TAN611_0512(nrdD)
SERH: GF111_10605(nrdD)
SFO: Z042_15845
RAH: Rahaq_0518
RACE: JHW33_19245(nrdD)
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RAA: Q7S_02580
ROX: BV494_14160
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RBON: QNM34_02505(nrdD)
RIU: I2123_04655(nrdD)
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NKR: NKOR_08860
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NIN: NADRNF5_0252
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NIU: DSQ19_00815
NCK: QVH35_04355(nrdD)
CCAI: NAS2_0107
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NEQ: NEQ345
LOKI: Lokiarch_04120(nrdD_1) Lokiarch_05230 Lokiarch_36540 Lokiarch_53150(nrdD_2)
 » show all
Reference
PMID:12655046
  Authors
Logan DT, Mulliez E, Larsson KM, Bodevin S, Atta M, Garnaud PE, Sjoberg BM, Fontecave M
  Title
A metal-binding site in the catalytic subunit of anaerobic ribonucleotide reductase.
  Journal
Proc Natl Acad Sci U S A 100:3826-31 (2003)
DOI:10.1073/pnas.0736456100
  Sequence
[eco:b4238]
Reference
PMID:8421692
  Authors
Sun X, Harder J, Krook M, Jornvall H, Sjoberg BM, Reichard P
  Title
A possible glycine radical in anaerobic ribonucleotide reductase from Escherichia coli: nucleotide sequence of the cloned nrdD gene.
  Journal
Proc Natl Acad Sci U S A 90:577-81 (1993)
DOI:10.1073/pnas.90.2.577
  Sequence
[eco:b4238]
LinkDB

KEGG   ENZYME: 1.1.98.6
Entry
EC 1.1.98.6                 Enzyme                                 
Name
ribonucleoside-triphosphate reductase (formate);
nrdD (gene name);
class III ribonucleoside-triphosphate reductase;
anaerobic ribonucleotide reductase;
anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase
Class
Oxidoreductases;
Acting on the CH-OH group of donors;
With other, known, physiological acceptors
Sysname
ribonucleoside-5'-triphosphate:formate 2'-oxidoreductase
Reaction(IUBMB)
ribonucleoside 5'-triphosphate + formate = 2'-deoxyribonucleoside 5'-triphosphate + CO2 + H2O [RN:R11592]
Reaction(KEGG)
R11592 > R11633 R11634 R11635 R11636
Substrate
ribonucleoside 5'-triphosphate [CPD:C03802];
formate [CPD:C00058]
Product
2'-deoxyribonucleoside 5'-triphosphate [CPD:C00677];
CO2 [CPD:C00011];
H2O [CPD:C00001]
Comment
The enzyme, which is expressed in the bacterium Escherichia coli during anaerobic growth, contains an iron sulfur center. The active form of the enzyme contains an oxygen-sensitive glycyl (1-amino-2-oxoethan-1-yl) radical that is generated by the activating enzyme NrdG via chemistry involving S-adenosylmethionine (SAM) and a [4Fe-4S] cluster. The glycyl radical is involved in generation of a transient thiyl (sulfanyl) radical on a cysteine residue, which attacks the substrate, forming a ribonucleotide 3'-radical, followed by water loss to form a ketyl (alpha-oxoalkyl) radical. The ketyl radical gains an electron from a cysteine residue and a proton from formic acid, forming 3'-keto-deoxyribonucleotide and generating a thiosulfuranyl (1lambda4-disulfan-1-yl) radical bridge between methionine and cysteine residues. Oxidation of formate by the thiosulfuranyl radical results in the release of CO2 and regeneration of the thiyl radical. cf. EC 1.17.4.1, ribonucleoside-diphosphate reductase and EC 1.17.4.2, ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin).
History
EC 1.1.98.6 created 2017
Pathway
ec00230  Purine metabolism
ec00240  Pyrimidine metabolism
ec01100  Metabolic pathways
Orthology
K21636  ribonucleoside-triphosphate reductase (formate)
K26032  Straboviridae anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase
Genes
ECO: b4238(nrdD)
ECJ: JW4197(nrdD)
ECD: ECDH10B_4433(nrdD)
EBW: BWG_3946(nrdD)
ECOK: ECMDS42_3679(nrdD)
ECOC: C3026_22875
ECE: Z5848(nrdD)
ECS: ECs_5215(nrdD)
ECF: ECH74115_5758(nrdD)
ETW: ECSP_5339(nrdD)
ELX: CDCO157_4901
EOI: ECO111_5123(nrdD)
EOJ: ECO26_5408(nrdD)
EOH: ECO103_5034(nrdD)
ECOO: ECRM13514_5502(nrdD)
ECOH: ECRM13516_5110(nrdD)
ESL: O3K_22450
ESO: O3O_02935
ESM: O3M_22355
ECK: EC55989_4796(nrdD)
ECG: E2348C_4564(nrdD)
EOK: G2583_5067(nrdD)
ELR: ECO55CA74_24300
ELH: ETEC_4586
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EUN: UMNK88_5184(nrdD)
ECP: ECP_4487
ENA: ECNA114_4460(nrdD)
ECOS: EC958_4731(nrdD)
ECV: APECO1_2154(nrdD)
ECOA: APECO78_02160
ECX: EcHS_A4492(nrdD)
ECM: EcSMS35_4718(nrdD)
ECY: ECSE_4543
ECR: ECIAI1_4470(nrdD)
ECQ: ECED1_5093(nrdD)
EUM: ECUMN_4771(nrdD)
ECT: ECIAI39_4713(nrdD)
EOC: CE10_4984(nrdD)
EBR: ECB_04106(nrdD)
ECOB: C3029_02890
EBL: ECD_04106(nrdD)
EBE: B21_04070(nrdD)
EBD: ECBD_3796
ECI: UTI89_C4842(nrdD)
EIH: ECOK1_4754(nrdD)
ECZ: ECS88_4828(nrdD)
ECC: c5337(nrdD)
ELO: EC042_4716(nrdD)
ELN: NRG857_21555
ESE: ECSF_4127
ECL: EcolC_3773
EKF: KO11_22825(nrdD)
EAB: ECABU_c48040(nrdD)
EDH: EcDH1_3756
EDJ: ECDH1ME8569_4094(nrdD)
ELU: UM146_21450
ELW: ECW_m4599(nrdD)
ELL: WFL_22385(nrdD)
ELC: i14_4840(nrdD)
ELD: i02_4840(nrdD)
ELP: P12B_c4343(nrdD)
ELF: LF82_1513(nrdD)
ECOL: LY180_22255
ECOI: ECOPMV1_04706(nrdD)
ECOJ: P423_23600
EFE: EFER_4320(nrdD)
EAL: EAKF1_ch1586(nrdD)
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ESF: ACK8NJ_20625(nrdD)
STY: STY4791(nrdD)
STT: t4486(nrdD)
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SENT: TY21A_22825
STM: STM4452(nrdD)
SEO: STM14_5343(nrdD)
SEV: STMMW_43961
SEY: SL1344_4382(nrdD)
SEM: STMDT12_C45790
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SEH: SeHA_C4853(nrdD)
SHB: SU5_0501
SENH: CFSAN002069_09930
SEEH: SEEH1578_08325
SEE: SNSL254_A4798(nrdD)
SENN: SN31241_8220
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SEA: SeAg_B4734(nrdD)
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SED: SeD_A4832(nrdD)
SEG: SG4277(nrdD)
SEL: SPUL_4425(nrdD)
SEGA: SPUCDC_4411(nrdD)
SET: SEN4202(nrdD)
SENA: AU38_21690
SENO: AU37_21705
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SENQ: AU40_24250
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SEEC: CFSAN002050_05680
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SENE: IA1_21705
SENC: SEET0819_06130
SES: SARI_03201
SBG: SBG_3875(nrdD)
SBZ: A464_4441
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SFL: SF4252(nrdD)
SFX: S4514(nrdD)
SFV: SFV_4253(nrdD)
SFE: SFxv_4637(nrdD)
SFN: SFy_6101
SFS: SFyv_6170
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SDZ: Asd1617_05589
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RAO: DSD31_23165
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CRO: ROD_33091(nrdD)
CKO: CKO_03580
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Reference
1  [PMID:1460049]
  Authors
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  Authors
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  Journal
J Am Chem Soc 136:9001-13 (2014)
DOI:10.1021/ja5030194
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 1.1.98.6
IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.1.98.6
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.1.98.6
BRENDA, the Enzyme Database: 1.1.98.6
LinkDB

KEGG   REACTION: R11633
Entry
R11633                      Reaction                               
Name
GTP:formate 2'-oxidoreductase
Definition
GTP + Formate <=> dGTP + CO2 + H2O
Equation
C00044 + C00058 <=> C00286 + C00011 + C00001
Reaction class
RC00613  C00044_C00286
Enzyme
1.1.98.6
Pathway
rn00230  Purine metabolism
rn01100  Metabolic pathways
rn01232  Nucleotide metabolism
Brite
Enzymatic reactions [BR:br08201]
 1. Oxidoreductase reactions
  1.1  Acting on the CH-OH group of donors
   1.1.98  With other, known, physiological acceptors
    1.1.98.6
     R11633  GTP + Formate <=> dGTP + CO2 + H2O
IUBMB reaction hierarchy [BR:br08202]
 1. Oxidoreductase reactions
  1.1.98.6
   R11592  Ribonucleoside triphosphate <=> Deoxynucleoside triphosphate
    R11633  GTP <=> dGTP
Orthology
K21636  ribonucleoside-triphosphate reductase (formate) [EC:1.1.98.6]
Other DBs
RHEA: 51627
LinkDB

DBGET integrated database retrieval system