KEGG   ORTHOLOGY: K22013
Entry
K22013                      KO                                     
Symbol
SGR, SGRL
Name
magnesium dechelatase [EC:4.99.1.10]
Pathway
map00860  Porphyrin metabolism
map01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Reaction
R08584  chlorophyll-a magnesium-lyase (pheophytin-a-forming)
R09033  chlorophyllide magnesium-lyase (pheophorbide-forming)
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09108 Metabolism of cofactors and vitamins
   00860 Porphyrin metabolism
    K22013  SGR, SGRL; magnesium dechelatase
Enzymes [BR:ko01000]
 4. Lyases
  4.99  Other lyases
   4.99.1  Sole sub-subclass for lyases that do not belong in the other subclasses
    4.99.1.10  magnesium dechelatase
     K22013  SGR, SGRL; magnesium dechelatase
Genes
ATH: AT1G44000 AT4G11910 AT4G11911 AT4G22920(NYE1)
ALY: 110227542 9303816 9310800 9330036
CRB: 17880941 17882664 17898091
CSAT: 104707485 104707486 104718013 104718062 104718066 104722741 104731201 104737198 104737199 104742156 104757939 104777551
EUS: EUTSA_v10011724mg EUTSA_v10025991mg EUTSA_v10028881mg EUTSA_v10029210mg
BRP: 103834271 103847714 103858612 103860469(NYE1) 103861346
BNA: 106368456 106375753 106375754 106379154 106388569 106405908 106411225 106416069 106438786 106440469 111197916
BOE: 106296745 106306852 106311628 106325928 106332354 106332703
RSZ: 108810996 108820491 108820492 108820494 108843007 108844784 108846175 108849663 108849678
THJ: 104801615 104813011 104814157
CPAP: 110817458 110818153
CIT: 102607042 102625350
CIC: CICLE_v10002160mg CICLE_v10021651mg
PVY: 116135361 116138000
MINC: 123203048 123204564 123211317 123229230
TCC: 18592454 18606423
GRA: 105789173 105792158 105797117
GHI: 107910395 107915295 107926912 107929203 107929996 107951459 107963689
GAB: 108468973 108475537 108482352
HSYR: 120117375 120139976 120142869 120163535 120166864 120191113 120203617 120218561
DZI: 111277574 111290791 111305955 111311217
EGR: 104443756 104449661
GMX: 100780387 100783248 100792871 100795181 732541(SGR2) 732647(SGR1)
GSJ: 114377595 114391897 114393255 114410371 114415466 114424266
PVU: PHAVU_002G153100g PHAVU_009G132100g
VRA: 106776916 106778818
VAR: 108330991 108335192
VUN: 114162819 114173885
VUM: 124835055 124835056 124836970
CCAJ: 109800609 109804690
APRC: 113851144 113853161 113869257
MTR: 11441009 25489732
TPRA: 123908863 123909368
CAM: 101506979 101509366
PSAT: 127082731
VVO: 131632585 131652420 131655683
LJA: 130739837 130741132
ADU: 107460607 107488169 107489309
AIP: 107605991 107618299 107642980
AHF: 112706005 112722274 112749554 112764929 112800846 112805413
LANG: 109331955 109331956 109332267 109344325 109348932 109362567
PCIN: 129294262 129311495
QSA: O6P43_015101 O6P43_024250
FVE: 101291680 101309347
RCN: 112173708 112176610
PPER: 18768837 18778046
PMUM: 103337376 103342717
PAVI: 110747541 110763612 110769037
PDUL: 117628671 117637760
MDM: 103444765 114823090 114824730
MSYL: 126619455 126620934 126625108
PXB: 103938096 103938102 103952867 103956540
ZJU: 107423441
MNT: 21395814 21405919
CSAV: 115716985 115723236
CSV: 101206296 101219336
CMO: 103482692 103485669
BHJ: 120068030 120075133
MCHA: 111011794 111023234
CMAX: 111486879 111489764 111491161
CMOS: 111445411 111459528 111461394
CPEP: 111795404 111805902 111809060
RCU: 8270942 8272496
MEAN: 126677077 126678177
JCU: 105639018 105645904
HBR: 110640007 110646425 110649907 110669045
MESC: 110603639 110606316 110621067
POP: 18099608 7465829 7466435 7478087
PEU: 105112324 105128975 105132188
PALZ: 118028540 118029299 118033782 118033793
JRE: 108980093 108990686 108990827 109010899
CILL: 122280494 122290255 122296301 122298593
CAVE: 132175288 132184735
QSU: 111989332 112030813
QLO: 115962097 115962147
TWL: 119980726 119996870 119997914 120017095
VVI: 100252353 100265112
VRI: 117905826 117906021 117927199
SLY: 101252980 101258237 778212(SGR1)
SPEN: 107006840 107018015 107027953
SOT: 102586926 102597935 102599319
SSTN: 125842119 125854231 125863168
SDUL: 129889350 129889956 129904044
CANN: 107849956 107866321 107867750
LBB: 132603860 132627192 132634993
NTA: 107763781 107780670 107804241 107817134 107818616 107819767 107824323
NSY: 104224916 104245095 104248440
NTO: 104097631 104101412 104101414 104117176
NAU: 109222385 109229634 109235637 109238401 109240001
INI: 109151097 109153247 109183467
ITR: 116018990 116026596 116027337
SIND: 105157242 105159434 105180060
OEU: 111368827 111379051 111397487 111407518
EGT: 105958581 105963408
SSPL: 121769405 121772425 121779761 121785958 121788883 121793744 121800140 121810882
SMIL: 130994634 130994644 131011797 131026493
SHIS: 125193596 125205617 125217062 125222570
APAN: 127243656 127246701 127250678
HAN: 110864360 110864361 110921816 110941208
ECAD: 122578174 122578492 122582843
LSV: 111901931 111920775
CCAV: 112502612 112521276 112527422
DCR: 108192640 108205944 108206688 108216602
CSIN: 114262638 114274922 114288037 114288212 114303382 114303859
RVL: 131331846 131331847
AEW: 130753041 130758024 130758687 130765283 130776665 130793708
BVG: 104892367 104894688
SOE: 110782028 110784352
CQI: 110685908 110702530 110719427 110725760
ATRI: 130800522 130803937 130811507
MOF: 131161650 131164648
NNU: 104596219 104599529 104608345
MING: 122062554 122094258
TSS: 122665171 122667503 122668442
PSOM: 113272243 113275025 113302415 113305294 113346460 113356451
OSA: 4347672(P0515E01.8)
OBR: 102711183
OGL: 127759582 127783900
BDI: 100822302 100837300
ATS: 109750543 109757653
TDC: 119302596 119311272 119357340 119366651
TAES: 123055433 123104541 123112817 123122300 123175465 123191256
TUA: 125510103 125540489
LPER: 127302582 127345910
LRD: 124654598 124661652 124665453
SBI: 8054896 8073690
ZMA: 100192013 606425 606426
MFLO: 136493218 136493296 136497396 136542182 136552184
SITA: 101765893 106804238
SVS: 117843798 117848460
PVIR: 120642225 120661350 120683068 120685287
PHAI: 112881901 112901722
PDA: 103716073 103718704
EGU: 105034133 105034966
MUS: 103971055 103973357 103979345 103993530
ZOF: 121983394 121983395 122039859 122042644 122047150 122049295
DCT: 110099840 110102081
PEQ: 110019890 110025696
AOF: 109821600
MSIN: 131233398 131236561 131249054
NCOL: 116248984 116260051
ATR: 18424250 18436871
SMO: SELMODRAFT_15573 SELMODRAFT_15575
PPP: 112273408 112279759 112286188 112294044
CSL: COCSUDRAFT_61770
CVR: CHLNCDRAFT_142305
APRO: F751_5480
OLU: OSTLU_27130 OSTLU_29779
OTA: OT_ostta13g01560
BPG: Bathy17g02020
MIS: MICPUN_101002
MPP: MICPUCDRAFT_48109
 » show all
Reference
PMID:27604697
  Authors
Shimoda Y, Ito H, Tanaka A
  Title
Arabidopsis STAY-GREEN, Mendel's Green Cotyledon Gene, Encodes Magnesium-Dechelatase.
  Journal
Plant Cell tpc.00428.2016 (2016)
DOI:10.1105/tpc.16.00428
  Sequence
[ath:AT4G22920 AT4G11910 AT1G44000]
LinkDB

KEGG   ENZYME: 4.99.1.10
Entry
EC 4.99.1.10                Enzyme                                 
Name
magnesium dechelatase;
SGR (gene name);
SGRL (gene name);
Mg-dechelatase
Class
Lyases;
Other lyases;
Sole sub-subclass for lyases that do not belong in the other subclasses
Sysname
chlorophyll a magnesium lyase
Reaction(IUBMB)
(1) chlorophyll a + 2 H+ = pheophytin a + Mg2+ [RN:R08584];
(2) chlorophyllide a + 2 H+ = pheophorbide a + Mg2+ [RN:R09033]
Reaction(KEGG)
R08584 R09033
Substrate
chlorophyll a [CPD:C05306];
H+ [CPD:C00080];
chlorophyllide a [CPD:C02139]
Product
pheophytin a [CPD:C05797];
Mg2+ [CPD:C00305];
pheophorbide a [CPD:C18021]
Comment
Inhibited by Ca2+, Mg2+ and especially Hg2+. SGR has very low activity with chlorophyllide a and none with chlorophyll b. It acts on chlorophyll a both in its free form and in protein complex. SGRL, on the other hand, is more active with chlorophyllide a than with chlorophyll a. The magnesium formed is scavenged by MCS (metal-chelating substance).
History
EC 4.99.1.10 created 2017
Pathway
ec00860  Porphyrin metabolism
ec01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Orthology
K22013  magnesium dechelatase
Genes
ATH: AT1G44000 AT4G11910 AT4G11911 AT4G22920(NYE1)
ALY: 110227542 9303816 9310800 9330036
CRB: 17880941 17882664 17898091
CSAT: 104707485 104707486 104718013 104718062 104718066 104722741 104731201 104737198 104737199 104742156 104757939 104777551
EUS: EUTSA_v10011724mg EUTSA_v10025991mg EUTSA_v10028881mg EUTSA_v10029210mg
BRP: 103834271 103847714 103858612 103860469(NYE1) 103861346
BNA: 106368456 106375753 106375754 106379154 106388569 106405908 106411225 106416069 106438786 106440469 111197916
BOE: 106296745 106306852 106311628 106325928 106332354 106332703
RSZ: 108810996 108820491 108820492 108820494 108843007 108844784 108846175 108849663 108849678
THJ: 104801615 104813011 104814157
CPAP: 110817458 110818153
CIT: 102607042 102625350
CIC: CICLE_v10002160mg CICLE_v10021651mg
PVY: 116135361 116138000
MINC: 123203048 123204564 123211317 123229230
TCC: 18592454 18606423
GRA: 105789173 105792158 105797117
GHI: 107910395 107915295 107926912 107929203 107929996 107951459 107963689
GAB: 108468973 108475537 108482352
HSYR: 120117375 120139976 120142869 120163535 120166864 120191113 120203617 120218561
DZI: 111277574 111290791 111305955 111311217
EGR: 104443756 104449661
GMX: 100780387 100783248 100792871 100795181 732541(SGR2) 732647(SGR1)
GSJ: 114377595 114391897 114393255 114410371 114415466 114424266
PVU: PHAVU_002G153100g PHAVU_009G132100g
VRA: 106776916 106778818
VAR: 108330991 108335192
VUN: 114162819 114173885
VUM: 124835055 124835056 124836970
CCAJ: 109800609 109804690
APRC: 113851144 113853161 113869257
MTR: 11441009 25489732
TPRA: 123908863 123909368
CAM: 101506979 101509366
PSAT: 127082731
VVO: 131632585 131652420 131655683
LJA: 130739837 130741132
ADU: 107460607 107488169 107489309
AIP: 107605991 107618299 107642980
AHF: 112706005 112722274 112749554 112764929 112800846 112805413
LANG: 109331955 109331956 109332267 109344325 109348932 109362567
PCIN: 129294262 129311495
QSA: O6P43_015101 O6P43_024250
FVE: 101291680 101309347
RCN: 112173708 112176610
PPER: 18768837 18778046
PMUM: 103337376 103342717
PAVI: 110747541 110763612 110769037
PDUL: 117628671 117637760
MDM: 103444765 114823090 114824730
MSYL: 126619455 126620934 126625108
PXB: 103938096 103938102 103952867 103956540
ZJU: 107423441
MNT: 21395814 21405919
CSAV: 115716985 115723236
CSV: 101206296 101219336
CMO: 103482692 103485669
BHJ: 120068030 120075133
MCHA: 111011794 111023234
CMAX: 111486879 111489764 111491161
CMOS: 111445411 111459528 111461394
CPEP: 111795404 111805902 111809060
RCU: 8270942 8272496
MEAN: 126677077 126678177
JCU: 105639018 105645904
HBR: 110640007 110646425 110649907 110669045
MESC: 110603639 110606316 110621067
POP: 18099608 7465829 7466435 7478087
PEU: 105112324 105128975 105132188
PALZ: 118028540 118029299 118033782 118033793
JRE: 108980093 108990686 108990827 109010899
CILL: 122280494 122290255 122296301 122298593
CAVE: 132175288 132184735
QSU: 111989332 112030813
QLO: 115962097 115962147
TWL: 119980726 119996870 119997914 120017095
VVI: 100252353 100265112
VRI: 117905826 117906021 117927199
SLY: 101252980 101258237 778212(SGR1)
SPEN: 107006840 107018015 107027953
SOT: 102586926 102597935 102599319
SSTN: 125842119 125854231 125863168
SDUL: 129889350 129889956 129904044
CANN: 107849956 107866321 107867750
LBB: 132603860 132627192 132634993
NTA: 107763781 107780670 107804241 107817134 107818616 107819767 107824323
NSY: 104224916 104245095 104248440
NTO: 104097631 104101412 104101414 104117176
NAU: 109222385 109229634 109235637 109238401 109240001
INI: 109151097 109153247 109183467
ITR: 116018990 116026596 116027337
SIND: 105157242 105159434 105180060
OEU: 111368827 111379051 111397487 111407518
EGT: 105958581 105963408
SSPL: 121769405 121772425 121779761 121785958 121788883 121793744 121800140 121810882
SMIL: 130994634 130994644 131011797 131026493
SHIS: 125193596 125205617 125217062 125222570
APAN: 127243656 127246701 127250678
HAN: 110864360 110864361 110921816 110941208
ECAD: 122578174 122578492 122582843
LSV: 111901931 111920775
CCAV: 112502612 112521276 112527422
DCR: 108192640 108205944 108206688 108216602
CSIN: 114262638 114274922 114288037 114288212 114303382 114303859
RVL: 131331846 131331847
AEW: 130753041 130758024 130758687 130765283 130776665 130793708
BVG: 104892367 104894688
SOE: 110782028 110784352
CQI: 110685908 110702530 110719427 110725760
ATRI: 130800522 130803937 130811507
MOF: 131161650 131164648
NNU: 104596219 104599529 104608345
MING: 122062554 122094258
TSS: 122665171 122667503 122668442
PSOM: 113272243 113275025 113302415 113305294 113346460 113356451
OSA: 4347672(P0515E01.8)
OBR: 102711183
OGL: 127759582 127783900
BDI: 100822302 100837300
ATS: 109750543 109757653
TDC: 119302596 119311272 119357340 119366651
TAES: 123055433 123104541 123112817 123122300 123175465 123191256
TUA: 125510103 125540489
LPER: 127302582 127345910
LRD: 124654598 124661652 124665453
SBI: 8054896 8073690
ZMA: 100192013 606425 606426
MFLO: 136493218 136493296 136497396 136542182 136552184
SITA: 101765893 106804238
SVS: 117843798 117848460
PVIR: 120642225 120661350 120683068 120685287
PHAI: 112881901 112901722
PDA: 103716073 103718704
EGU: 105034133 105034966
MUS: 103971055 103973357 103979345 103993530
ZOF: 121983394 121983395 122039859 122042644 122047150 122049295
DCT: 110099840 110102081
PEQ: 110019890 110025696
AOF: 109821600
MSIN: 131233398 131236561 131249054
NCOL: 116248984 116260051
ATR: 18424250 18436871
SMO: SELMODRAFT_15573 SELMODRAFT_15575
PPP: 112273408 112279759 112286188 112294044
CSL: COCSUDRAFT_61770
CVR: CHLNCDRAFT_142305
APRO: F751_5480
OLU: OSTLU_27130 OSTLU_29779
OTA: OT_ostta13g01560
BPG: Bathy17g02020
MIS: MICPUN_101002
MPP: MICPUCDRAFT_48109
 » show all
Reference
1  [PMID:11204197]
  Authors
Tang L, Okazawa A, Fukusaki E, Kobayashi A
  Title
Removal of magnesium by Mg-dechelatase is a major step in the chlorophyll-degrading pathway in Ginkgo biloba in the process of autumnal tints.
  Journal
Z Naturforsch C 55:923-6 (2000)
DOI:10.1515/znc-2000-11-1213
Reference
2
  Authors
Costa MA, Civello PM, Chaves AR, Martinez GA.
  Title
Characterization of Mg-dechelatase activity obtained from Fragaria x ananassa fruit.
  Journal
Plant Physiol Biochem 40:111-118 (2002)
Reference
3  [PMID:15154496]
  Authors
Wang T, Quisenberry SS, Ni X, Tolmay V
  Title
Enzymatic chlorophyll degradation in wheat near-isogenic lines elicited by cereal aphid (Homoptera: Aphididae) feeding.
  Journal
J Econ Entomol 97:661-7 (2004)
DOI:10.1603/0022-0493-97.2.661
Reference
4  [PMID:15890522]
  Authors
Suzuki T, Kunieda T, Murai F, Morioka S, Shioi Y
  Title
Mg-dechelation activity in radish cotyledons with artificial and native substrates, Mg-chlorophyllin a and chlorophyllide a.
  Journal
Plant Physiol Biochem 43:459-64 (2005)
DOI:10.1016/j.plaphy.2005.03.009
Reference
5
  Authors
Kunieda T, Amano T, Shioi Y.
  Title
Search for chlorophyll degradation enzyme, Mg-dechelatase, from extracts of Chenopodium album with native and artificial substrates.
  Journal
Plant Sci 169:177-183 (2005)
Reference
6  [PMID:27604697]
  Authors
Shimoda Y, Ito H, Tanaka A
  Title
Arabidopsis STAY-GREEN, Mendel's Green Cotyledon Gene, Encodes Magnesium-Dechelatase.
  Journal
Plant Cell tpc.00428.2016 (2016)
DOI:10.1105/tpc.16.00428
  Sequence
[ath:AT4G22920 AT4G11910 AT1G44000]
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 4.99.1.10
IUBMB Enzyme Nomenclature: 4.99.1.10
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 4.99.1.10
BRENDA, the Enzyme Database: 4.99.1.10
LinkDB

KEGG   REACTION: R08584
Entry
R08584                      Reaction                               
Name
chlorophyll-a magnesium-lyase (pheophytin-a-forming)
Definition
Chlorophyll a + 2 H+ <=> Pheophytin a + Magnesium cation
Equation
C05306 + 2 C00080 <=> C05797 + C00305
Reaction class
RC01012  C05306_C05797
Enzyme
4.99.1.10
Pathway
rn00860  Porphyrin metabolism
rn01110  Biosynthesis of secondary metabolites
Brite
Enzymatic reactions [BR:br08201]
 4. Lyase reactions
  4.99  Other lyases
   4.99.1  Sole sub-subclass for lyases that do not belong in the other subclasses
    4.99.1.10
     R08584  Chlorophyll a + 2 H+ <=> Pheophytin a + Magnesium cation
Orthology
K22013  magnesium dechelatase [EC:4.99.1.10]
Other DBs
RHEA: 52791
LinkDB

DBGET integrated database retrieval system