Adelges cooleyi (spruce gall adelgid): 126836463
Help
Entry
126836463 CDS
T09500
Name
(RefSeq) CCR4-NOT transcription complex subunit 1-like
KO
K12604
CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
acoo
Adelges cooleyi (spruce gall adelgid)
Pathway
acoo03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
acoo00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
126836463
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
acoo03019
]
126836463
Messenger RNA biogenesis [BR:
acoo03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
mRNA cycle factors
P-body specific factors
126836463
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Ccr4-NOT complex
126836463
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Not1
CNOT1_CAF1_bind
CNOT1_TTP_bind
ARM_Cnot1
NOT1_connector
CNOT1_HEAT
DUF3819
CNOT1_1st
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
126836463
NCBI-ProteinID:
XP_050425870
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
2412 aa
AA seq
DB search
MNLDSLSYTLSQISFLVANLSRKNYTSSVQEILNAIQLQGFEVDRHLLRCLLSHIDLRDS
EGPRSTSHKDYYQALLLAQQCKTLLNKPSLFSILCFALDNPLANSKLLKPSIKFFIQLSR
LLHLSPVQEVVFGIVCLESVNYSTYALEYVKQKLPELIKFYINLEDHSNQVTEGGLHDSS
PEVLHLILCHIFSVTNRDFGISKEVKNSLLLNLRRDFPLEVAPVLLAPLIYSNKPDHPMV
KMDQETINIKMLDTSLADFMMEIGYSFCVSKDECKKNLMSIIAGNDVTFVFGPKSIANVL
IMMIRSHSGLETQPLLSFWVGDNRIDLSDLTTSNANLTTWNVEAFVGAVLDVNPLLSWTE
VVKELDQSDFMIKDRKGLVLLITTLRLALKKQKFLRESFPIKMFYYQWTNSDSQMSLLQY
CLQNSDIFCFNDYPCRRVNVDFLNVRPGTENQDINNWRSIDLVDALFGLAERGHCYEIQD
CLKYPVHNCPDILALALIQSNEPLNIIRHEVFSVIFSIFLGNHSNSDIVLNRAWNHQNTG
LKHTLAQSMCDWYMRSDCDHVKLARILDIAQDLKALSFLLSVHQFTFIIDLACLASQREY
LKLDKWLSDKIREHGENFIASCVKFLQKRCPQLTGYLAKDENFSKYTTLSSDTVLTMLNC
LRNINSGNITPNLLEAIMIMVTNYTNMYMTKVPRINPIGPPPTLIRQPQHLRTMEASSSQ
IYVNQLSGLATSLTNIGLNPTSGSAFTLPVSLGHLIQAPISPSQNMFGNPSGFNNFSIMT
SPSTSVQCTNMWSHLSVPPNMMSCMSPLPVTTPAITPPTKPIQNFENSMFLDNISDPMPK
EIEDEANSYFQRIYSLTPTIDSLSIDGVLDMLKRFLESSVKREKDVFCCVLRNLFDEYRF
FHEYPETELNITAQLFGGVIQHGFIVNYKVLCLALRFVLDSLKSPPDTKMYNFGIIALNR
FKNRLKDYHQYCTHIAAIPHYHQFPPHLIEYVEYGKTSQEPPPSSRLIEQTEMVQGPVTG
DQQSSVNIAVNTTIASGIPATVNMSTNSLNALKPSRPSFAIIPSVDSLLDTKNKNIIIPP
ESVQDKIAFIFNNLSQVNVQVKCNEAKEIIINDYLPWLSQYLIMRRVIIETNFHALYLNF
VDCFDNARFNSLIMEDTLKSIKVLLGCAKDLNNFSERNLLKNLGHWYGMITIGKNRPVLM
KDVDLKMLLVDSYSKGVKELLYTVPFITKVLESCSRSRIFKPKNPWTMAIMNSLAELHRT
PALKLSLKFEVEVLCKTLQLNLMELQPSCILNNPELQKNPNEKPITDVEEVPVEEQMETD
IPAIMTSEMQHTKIASAVQSVFIFNDEMVTEIVASGGIRTLTSSISEISPSPMIDDKYNL
STLENASLMSPIIAINTLVPRFVKIPKLKGCVWAAVHRTVRDWIEPVVQRTVKIAADTTI
AIVKKDFSMDPDELLMRKAAHLFIEKITSSNALDRIREHVLYTLNLNLKQYFISVIASPK
QAQIELIDKASTICANDHLGLTCSFIHQNVSQKAKLEIDDTLKTEYEKCKMESRRYAGQD
VASNQAAQFLPDLLRNKVNLPTPQVLDLYDEYSKSIPSFQPLDQSAIALFVAKNSNPPDE
MTIIYEKLINDVETLLQLYLANQRILSNSTQPTNLHSVLEALISLRRSRDVVTAANVVNK
VLESFLDGLNPTANRDLDMTIRYRDTLLNIFRAFQDPRAYNIQWTNKTLTKALIGARDDL
RYNLDAIDILIRAGMVNMTMYDTYLAMSMENGTNYVAMAYVKQFLQNYLIDNRTNSPITQ
QHLQSSIDAISSILQSGLTTPEGLASILEVIRPSHAESDSIDRLTNNNNTSTLKIQHGML
RGRDVDDPPGLLEKTEYLLKEWLTLYTSSPNRDPAKTFNIYIHQMNVQGILKSDDIITRF
FRLSSQLIVELCYRQLPDSTPSSTAVRTKLSNTIDAYVNLIVMLVKHSGDTNAITIKTNL
LNKVLGIIVGVLLQDHQLQGPGFYQLPYHRMLSMLFLELNTPDPVLESINSATLAAYCHT
YHLLRPKKVPGFAFAWIELISNRVFIGRILSLTTQEKRQNTNDQKQNTDVQGWNFYAQLL
VDLLKYLAPFLRNTELAKPVQLLYKGALRIMLILLHDFPEFLCEYHYGFCDAVPPNCVQM
RNLILSAFPRNMRLPDPFTPNLKVDVLKEIAISPKIGPDFQSNIQPQTFKNNLDLYLKTR
SPVTFLSDIRSTLQQTSVEPGMRYNLSLLNAIVLYVGTQAIQHIRSKGQVPNTSTIAHSA
HMDIFQNLSVDLDNEGRYLFLNSMVNHLRFPNSHTHYFSCTLLLLFAEANSEAIQEQITR
VLLERLIVNRPHPWGLLITFIELIKNPLYKFWDHEFVHCAPEIEKLFESVARSCMVHKQT
SQPPTFASMSRM
NT seq
7239 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaacttggattctttgtcttatacattatcacaaatcagctttctcgtcgctaatttg
tcaaggaaaaattacacttctagtgttcaagaaatattgaacgccatccaattacaagga
tttgaagttgatcgacatttactgcgttgcttactttctcatatagatttgagagacagt
gaaggaccacgaagtacatctcataaagattattatcaagctctacttttagcgcaacaa
tgtaaaactcttttgaacaagccctcgcttttttcaattttgtgttttgcactagacaat
ccacttgctaattcaaaactattgaaaccttcgataaagtttttcatacagctaagtagg
cttttacatctaagtcctgtacaagaagtggtttttggaattgtatgtttggaatcagtc
aactactccacatatgccttagagtatgtgaaacaaaaattaccagaactaattaaattc
tatattaatttagaagaccatagtaatcaagtcactgaagggggattgcatgattctagt
cctgaagttcttcatttaatactatgccacatattttctgtcaccaatcgagattttggt
attagtaaagaagtaaagaatagtttgttgttaaacttacgtcgtgattttcctttagag
gttgccccggttttattggctcctttgatatattcaaataagcctgaccaccctatggtt
aaaatggatcaagaaacaattaatattaagatgttggatacatcgttagccgatttcatg
atggaaataggctactcattttgcgtttcaaaagatgagtgcaagaagaatttgatgtca
attattgctggaaatgatgtgacattcgtttttggcccaaaatctattgctaatgtgtta
ataatgatgatacgtagtcactctggtttagaaacacagccactcttgtccttctgggtg
ggagataaccgtattgatttgagtgatttgactacttctaacgctaatttaactacatgg
aatgttgaagcatttgtgggcgcagttctagacgtgaatccacttttatcatggacagag
gtagttaaagaattagatcagtctgactttatgattaaagatagaaaaggtttagtcctg
cttattactactcttcgtcttgctttgaagaaacaaaaattcctcagagaaagcttccca
attaaaatgttttattaccagtggacaaattctgactcacagatgtccttattacaatat
tgtcttcaaaattctgatatattctgttttaatgattatccttgtcgtagagttaatgtt
gactttttaaatgttaggccgggtacagaaaaccaagacataaacaattggcgttcaatt
gatttagtcgatgcattgtttggtttggcggaacgaggtcattgttatgaaatacaagat
tgcttgaagtatccagttcataattgtcctgatatattagctcttgctcttatacaatcc
aatgagcctctcaatataattagacatgaagtttttagtgttattttctcaattttcctt
ggaaaccacagcaattccgatattgttttaaatcgtgcatggaatcatcagaacacaggg
cttaaacatactttagctcagtcaatgtgtgactggtatatgcgaagcgattgtgaccat
gtaaaacttgcacgaatattagatatagcacaagacctaaaagcattatcatttttactg
agtgttcaccagtttacctttattatagatctagcttgtttagcttctcagcgtgaatac
ttgaaattggataaatggctttcagataaaattcgcgaacatggtgaaaattttattgcc
tcgtgtgtcaaatttttacagaaacgttgccctcaactaactggatatttagctaaagat
gagaatttctcaaaatatacaacgttatcatctgacactgttttaacaatgttaaattgc
ttgcgaaatataaactcaggaaacattactccaaatttgttagaagctattatgataatg
gtaacaaattatactaatatgtatatgaccaaagtgccacgcattaacccaatcggcccc
ccaccaactttaatacgtcaaccacaacatcttcgtactatggaagcatcatcttcccaa
atatatgtgaaccagttgtcaggacttgctactagtcttactaatattggactcaatcct
acgtcaggctctgcgtttaccttaccagtgtcattgggacatttaattcaagcccctatt
tcaccatctcaaaatatgtttgggaatccctctggatttaataacttctcaattatgaca
tctccatcaacaagcgttcaatgtacgaacatgtggagccatttaagtgtgccacctaat
atgatgagttgtatgtcgccactaccagttactacaccagctattacaccacctactaaa
cctatacaaaattttgaaaacagtatgtttttggataacatatcagatccaatgccaaaa
gaaatagaagacgaagctaatagctactttcagcgtatttatagtttgacgcctactatt
gactcattaagtattgatggtgtactagacatgttaaagagatttctcgagtcgtctgtt
aaacgtgaaaaggatgtattttgctgcgtgttaaggaatttatttgacgaatatagattt
tttcatgagtatccagaaacagaacttaatataacagcccaattatttggcggtgttata
caacatggttttattgtaaattataaagttctatgtttagctctccgttttgttttggat
tccttaaaatcacctccagacacaaaaatgtataattttggaataattgcgttgaaccgt
tttaaaaatcgattgaaggattatcatcagtattgcacccacattgcagctattcctcat
tatcaccaatttcctccgcatcttattgagtatgtagaatatggcaaaacttctcaagag
ccaccaccatcatctagacttatagaacagactgagatggtacaagggccagttacaggc
gatcaacagagttcagtaaatattgctgttaataccacgatagcctcagggataccagca
acagtaaatatgagtacgaactctttaaatgctttaaagccatcaagaccttcgtttgca
attattccatctgtagattcattacttgacacaaaaaataaaaacattatcattccaccc
gaaagcgttcaagataaaatagcttttatctttaacaacttgagtcaagttaatgttcaa
gtaaagtgcaacgaagccaaagaaattatcattaatgattatttgccgtggctatctcaa
tatctaattatgagacgagtcattattgaaacaaatttccatgcattatatttaaatttt
gtagactgttttgataatgcaagatttaattctttgattatggaagacactttaaaaagt
ataaaagtgctgttgggctgcgctaaagatttgaacaatttttcagaaagaaatttgtta
aaaaatttaggccattggtatgggatgattacaataggaaaaaatagacccgtattgatg
aaagatgtcgaccttaaaatgttgttggttgattcgtacagtaaaggtgttaaagaatta
ctatatactgtaccatttataacaaaagttttagaatcgtgttctagaagtagaatattt
aaaccgaagaatccttggacgatggctattatgaactctttagctgaacttcaccgtact
cctgctttaaagttatcattaaagtttgaagtggaagtactttgtaaaactttacaactt
aatctcatggagttgcagccttcttgtatacttaataatcctgaattacaaaagaatccg
aatgagaaaccaattactgatgttgaggaagtgccagtagaagaacagatggaaacagat
attcctgcgattatgacttccgaaatgcaacacacaaagatcgcttcagctgtacaatca
gtgtttatatttaatgatgagatggttactgaaatagtggcatctggaggaattagaaca
cttacgtcatctattagtgaaatttcaccttcacctatgatcgacgataaatataacctt
tcaactcttgaaaatgcatcactgatgtcgccaattattgctattaatactctagtacca
cgatttgtaaaaataccaaaacttaagggttgtgtatgggcagctgtccaccgaacagtc
cgagattggatcgaaccggtagtgcaaagaactgttaaaatagctgccgatactactata
gctattgtcaaaaaagattttagtatggatccagatgaattgcttatgaggaaagcggct
catttatttatagaaaaaataacttcgtcaaacgcattggatagaattcgggaacacgtt
ttgtacacgttaaatttaaatttaaaacaatactttataagtgtaatcgcgtcacctaaa
caagcccagatagaactaattgacaaagcatctactatttgtgcaaatgatcatttagga
ttgacatgttcttttattcatcaaaatgtatctcaaaaagcaaaacttgaaattgacgac
actttaaaaacagaatatgaaaagtgcaaaatggaatcgcgtcgttatgctggacaagat
gtagctagtaatcaagcagctcaattcttaccagatttgcttcgtaacaaagttaattta
ccaactcctcaggtgttagacctttatgacgaatactcaaaatctataccaagctttcaa
ccattggaccaatcggcaattgcattattcgtggccaagaatagtaacccacccgatgag
atgactattatttatgaaaaacttatcaatgatgttgaaacacttttacaattgtacttg
gcaaatcaacgaattctttctaattcaacacaaccaacaaacttgcatagtgtattggaa
gcattaatatcattgagaagaagccgtgatgttgttactgcagcaaatgttgtcaataaa
gttctcgagagctttttagacggtttaaatcctactgcaaatcgagatttggatatgaca
atcagatatcgtgacacgctccttaatatatttagggcatttcaagatcctcgagcatac
aacatacagtggactaacaaaacattgaccaaggctcttattggagctagagatgatttg
cgatacaatctggatgcaattgacatactgattcgtgctggtatggtgaatatgactatg
tatgatacgtacttagctatgtctatggagaatggaaccaactatgtcgctatggcatat
gttaaacaatttttgcaaaattatttaatcgacaatcggactaattctccaattacccaa
cagcatttacaatcgtcaatcgatgctataagttcaattttgcaaagtggtctcactaca
cccgagggactggcaagtattcttgaagtgataagaccgtcgcatgcagaaagtgattct
atagatagactgacaaataataataacacatcaacactaaaaattcagcatggaatgtta
cgaggaagagatgttgatgatcctcctggtttgcttgaaaaaactgaatatttactaaaa
gaatggttgactctttataccagttcaccaaatagagatcctgcgaaaacatttaatatt
tatattcatcaaatgaacgttcaaggaattttgaagtccgatgacatcattactcgtttt
ttccgacttagctcccagttgatagtggagttatgttatcgtcaactaccagactcaact
ccgtcttcgacagcagtgcggacaaaactttccaacactatcgatgcctatgtaaacctc
atagtgatgttagtgaaacattctggcgatacaaacgccataactatcaaaactaatctt
ttaaataaagtacttggtattattgttggtgtattacttcaagatcatcagctacaaggt
cccggtttttatcaattgccatatcacagaatgttaagtatgctctttcttgagttgaac
acaccggatccagtactagaatcaatcaatagcgctacattagctgcctattgccatact
tatcacctacttcgacctaagaaagttcctggttttgcttttgcttggatagaattgata
tctaatcgtgtatttattggtcgaattctaagtttaactacacaggaaaagcggcagaac
acaaatgatcaaaagcaaaataccgatgtccaaggatggaatttctatgctcaactgctc
gttgatctgttaaaatacttagcgccatttttacgaaatactgagctagctaaacctgtt
cagttattatacaaaggagcattgcgaataatgttgatattgttgcatgattttccagag
tttttgtgcgagtatcattatggattttgtgatgccgtaccgcccaattgcgttcagatg
aggaacttaatattgtctgcttttccacggaatatgcgcttaccagatccgtttactccg
aatttaaaagtagatgttcttaaagaaatagcaatatctccaaaaattggtccagacttc
caaagcaacattcaacctcaaactttcaaaaataatttggatttgtatctaaagacacgg
tctccagttacttttttgtctgacatccgttctactttgcaacaaaccagtgtcgaacca
gggatgcgttataatttatcactcttaaatgctattgttttgtatgttgggacccaagct
atacaacacattagaagtaaaggtcaagtgcctaacacttcaacgattgcacattctgca
catatggacatatttcaaaatttatcagtggaccttgacaacgaaggtcgatatttgttt
ttaaattccatggtaaatcatttacgttttcctaacagtcacacacactattttagttgt
acccttttgttattgtttgctgaagctaacagtgaagctattcaagaacaaataacacga
gtacttttggaaagacttattgtaaatagaccacatccttggggcttgttgatcacgttt
attgaattaattaagaacccactttataaattttgggaccacgaatttgtacactgcgca
cctgaaatagaaaaactttttgaatcagttgctcgttcttgtatggtccataaacaaaca
agccagccaccaacttttgccagtatgtcaagaatgtga
DBGET
integrated database retrieval system