Dictyostelium discoideum (cellular slime mold): DDB_G0289175
Help
Entry
DDB_G0289175 CDS
T00245
Symbol
DG1091
Name
(RefSeq) tetratricopeptide-like helical domain-containing protein
KO
K12600
superkiller protein 3
Organism
ddi
Dictyostelium discoideum (cellular slime mold)
Pathway
ddi03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ddi00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
DDB_G0289175 (DG1091)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
ddi03019
]
DDB_G0289175 (DG1091)
Messenger RNA biogenesis [BR:
ddi03019
]
Eukaryotic type
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Ski complex
DDB_G0289175 (DG1091)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
TPR_2
TPR_19
TPR_12
TPR_14
TPR_17
TPR_1
TPR_8
TPR_7
TPR_10
NELF-A_N
ARM_TT21
BTAD
Wheel
LuxT_C
DUF627
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
8627012
NCBI-ProteinID:
XP_636339
dictyBase:
DDB_G0289175
UniProt:
Q54HV0
LinkDB
All DBs
Position
5:complement(2479410..2485114)
Genome browser
AA seq
1825 aa
AA seq
DB search
MDYIKSKLKETREAIDKKDYKTALENCNEIVQYDDQNFMIHLFLGVSNFNLNNLAAAEKS
YIAALKIQNSPVPLRGLLELYNKTNENDKLSNTLKELIPLTTDKQKKKELVFRLIEISYF
LKDYKTTIDLISPILFENEKSSDDGENDSESSKIDRIKLLEKFEDANYQYYLNTLKTKID
EKLREKNIPIVDYSKLHVLGAIQHTPEQKQERDKIEFELNKSLINNFNLKVYEELLTKIN
LNILTNEQMIRIYTHFIQILIGKRRIYSNEENKDEEKQKQLYKEIYENCERMNEMLSTPI
YSLENLINLLEEEFNFNDDDDDEDDDQESKNNNELYEKINEISNILTNKYANRGLGWIGL
GFYKVFKLKDYSEQSKQLIEKGFSNSGSTESLLGYLALSKWYLKVENHERVRDIVKKSMI
VYEQKQRSVGGANYFNNIFIKLQLILVESLSFNCNFELASSLLESLINKFPIHFNYLTFS
QSKLNFYSIKDYKKSKELFQLIINNNQNNNQNNNQNKKIIELSKIYLIWIDILLKESKES
LIKSKDNLKEIIELNGETANNYLNYYVYGLVLMELNKIENNNNNDNNNDNCSFIIQQFLK
SAKLNSNHSDTFAKLGTLYKMIGQKERSKKCYQKSLQLDILNGEAGFELGEIYAESGQTS
LVMSLYKEITDFCLSAKQIKRFPINVIKCSWAFYRLAIYQMDNKDIHNSVVSLLNAIKGE
PLNESYWRTLAEAYRRQFKYVAALKSLKKAEEILDNENRIATDINFQIATLSKTLGLYDD
AINEYDRVLKQLENNVPSLKGKAECLLQLSIEQYKFRNFRQSLIHLELAESSIKIALEKE
NNFHSLWRLYADISSYFLNLPNNNNNNSNSNNNNNYDYLIEKSKQSSNAYFNCVRIHSNS
HSLQDLSIGYYNQYIIFKNYLKQQGKQQQEKNLKVTKEETENLLKSSIKCVVEALNLSPS
DPMLWNLLGVVLMDKFPAQSQHALIRSIQLDSSKSEPYNNLTLLYFEYGFIEQSDKSLMI
AKNNNIDSVISWSLQGLINEVKSSNKNINNNNNNDNNNNNSTGREDYNYIDNALESSPIG
QGLLGYGITSLLEGYSETSYSVLYKYVELNPNSIEGNNSLALVYSHQNDYENSEKYFKSA
LNLLSNSSNSSKTIIKNNDNDNESKITLNNNNSSCSIGSILFSDKPLNDGIEFSNDEKLK
YVKINLSRTQYYLGKFDEALETIKPYITTTQTTEPSLSNSILFELVSLIYCKLNKLNESI
DAMKKSISQIPKSLETATIRKQNLLFTLAKIQYTCNNNNNSGKKQQIDTIVKTLEAIITI
DKRFYKSWYYLAAIYIDCGKNDLAKNVLIKLQTTVEQLESNSYLLLSKIHLLNNEIEEAR
KQLQKLIHLFPLEPIGWTSLADLEMKYFINNSNSNSNSENNDPCNLPLSLLNHSLNKKQS
QEYSGMGQLSVGPDHKVLQPPTIKELEIIAKANLYDLQSPWTKCLDNAIVIIKRIIHSNP
LSTTNNNIQPWVHLQNLLYWRSLYTDNKEDWESTKSCWNVVQYLLTKTTTTTTTITEEFK
FQQILIELEFKLALSITSEGDSGTTDDIAEFDKLISNYQKQTNYTNEKKSVLLSLEAKKF
LKQGDKVKALSILKDALKLEPNSIPIYHNLCDIYQSNDQLDASLLCLNRSLLVLKQQTTN
NNNYNNNNNNGLILTTISKIIRIYCIQKKFKDSLKLLEENLNNNNYLDNPVIKLLKGILI
IGSSKLTNNNLKQFTNDMKNALNLLEESSTINSKLSLTNFYSAVVQFNLKNFSLSDILLQ
KELNLTPSLSLQINSLQEKIKQFTK
NT seq
5478 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggactatattaaaagtaaattaaaagagacaagggaggctattgataaaaaagattat
aagacagcattagaaaattgtaatgagatagtacaatatgatgatcaaaatttcatgatt
catctttttttaggtgtttcaaattttaatttaaataatttagctgctgctgaaaaatca
tatattgctgcattaaaaatacagaattcaccagttccattaaggggtttactagaatta
tataataaaacaaatgaaaatgataaattatcaaacacattaaaagaattaattccatta
acaacagataaacaaaaaaaaaaagaattggtatttagattaattgaaattagttacttt
ttaaaagattataaaactacaattgatttgatttcaccaattttatttgaaaatgaaaaa
agtagtgatgatggagaaaatgatagtgaatcatcaaaaatagatagaattaaattatta
gaaaaatttgaagatgcaaattatcaatactatttaaacactttaaaaactaaaatcgat
gaaaaattacgtgagaagaatataccaattgtagattactcaaaattacatgtattaggt
gcaattcaacatacacctgaacaaaaacaagaaagagataaaattgaatttgaattaaat
aaatcattaattaataattttaatttaaaagtttatgaagaattattaacaaaaataaat
ttaaatattttaacaaatgaacaaatgataagaatttatactcatttcattcaaatatta
attggtaaaagaagaatttatagtaatgaagagaataaagatgaagaaaaacaaaaacaa
ctttataaagaaatttatgaaaattgtgaaagaatgaatgaaatgttatcaacaccaatt
tattcattagaaaatttaataaatttattagaagaagaatttaattttaatgatgatgat
gatgatgaagatgatgatcaagaatcaaagaataataatgaattatatgaaaaaattaat
gaaatttcaaatattttaacaaataaatatgcaaataggggattaggttggatagggtta
ggattttataaagtttttaaattaaaagattatagtgaacaaagtaaacaattaatagag
aaaggattttcaaattcaggtagtaccgaatcattattaggttatttagcattatcaaaa
tggtatttaaaagttgaaaatcatgaacgtgttagagatatagttaaaaagtcaatgatt
gtctatgagcaaaaacaaagatcagttggtggtgccaattattttaataatattttcatt
aaacttcaattgattttagttgaatcattatcattcaattgtaattttgaattggcatca
tcattattagaatcattaattaataaattcccaattcattttaattatttaacattttca
caaagtaaattaaatttttattcaattaaagattataaaaaatcaaaagaattatttcaa
ttaattattaataataatcaaaataataatcaaaataataatcaaaataagaaaattatt
gaattatcaaaaatttatttaatttggattgatattttattaaaagaatcaaaagaatca
ttaattaaaagtaaagataatttaaaagaaataattgaattaaatggtgaaactgctaat
aattatttaaattattatgtttatggtttagttttaatggaattaaataaaattgaaaat
aataataataatgataataataatgataattgttcatttataattcaacaatttttaaaa
tcagcaaaattaaattcaaatcattctgatacgtttgcaaaattaggtacactttataaa
atgattggtcaaaaagagagatcaaagaaatgttatcaaaaaagtttacaattggatatt
ttaaatggtgaagcaggatttgagttgggtgaaatctatgcagagagtggtcaaacttca
ttggtgatgtcattgtataaagagattaccgatttttgtttatcagctaaacaaattaaa
agattcccaattaatgttataaaatgttcatgggcattctatagacttgcaatctatcaa
atggataataaagatatacataattccgtagtatccctattgaatgcaattaagggtgag
cctttgaatgagagttattggcgtacattggccgaagcatatcgtagacaattcaaatat
gttgcagctttaaaatctttgaaaaaggcagaagagattttagataatgaaaatcgtatt
gcaactgatatcaattttcaaattgcaacattatcaaaaactttaggtctctatgatgat
gctatcaatgaatatgatagagttttaaaacaattggaaaataatgttccttcattaaaa
ggtaaagctgaatgtttattacaattatctattgaacaatataaatttagaaattttcgt
caatctttaattcatctcgaattagctgaatcttcaattaaaattgcattagaaaaagaa
aataattttcattcattatggagattatatgctgatatttcaagttatttcttaaattta
ccaaataataataataacaatagtaatagtaataataataataattatgattatttaatt
gaaaaatcaaaacaatcttcaaatgcatattttaattgtgttagaattcattcaaattcc
cattcattacaagatttatcaattggttattataatcaatatattatttttaaaaattat
ttaaaacaacaaggaaagcaacaacaagagaaaaatttaaaagttacaaaagaagaaaca
gagaatttattaaaatcatcaattaaatgtgttgttgaagctttaaatttatcaccatca
gacccaatgttatggaatttattaggtgttgttttaatggacaaattccctgcccaaagt
caacatgccctaattagatcgattcaattagattcttcaaaatctgaaccatataataat
ttaactttattatattttgaatatggtttcattgaacaatctgataaatctttaatgatt
gccaaaaataataatattgattctgttatttcttggtctttgcaaggtttaattaatgaa
gttaaatcaagtaataaaaatattaataataataataataatgataataataataataat
tcaacaggtagagaagattataattatattgataatgcattagaatcatcaccaattggt
caagggttattaggttatggtataacatcattattagaaggttatagtgaaactagttat
tcagtattatacaaatacgttgaattaaatccaaattcaattgaaggaaataattcatta
gctttagtttacagccatcaaaatgattatgaaaattctgaaaaatattttaaatctgct
ttaaatttattatcaaatagtagcaacagtagtaaaaccatcattaaaaataatgataat
gataatgaatcaaagattacattaaataataataattcaagttgttcaattggttcaata
ttattctctgataaaccattaaatgatggtattgaattttcaaatgatgaaaaattaaaa
tatgttaaaattaatttatcaagaactcaatattatttaggtaaatttgatgaagcatta
gaaacaattaaaccatatattacaacaactcaaacaacagaaccatcattatcaaatagt
atattatttgaattggtttcattaatttattgtaaattaaataaattaaatgaatcaatt
gatgcaatgaagaaatcaatttcacaaattccaaaatcattagaaactgcaaccattaga
aaacaaaatttattatttacattagcaaagattcaatatacttgtaataataataataat
agtggtaaaaaacaacaaattgatacaattgttaaaactttagaagcaattataacaatt
gacaaaagattctataaatcatggtattatttagctgcaatctatattgattgtggtaaa
aatgatttagcaaagaatgttttaattaaattacaaacaacagttgaacaattggaatcc
aatagctatttattattatcaaaaattcatttattaaataatgaaattgaagaagccaga
aaacaattacaaaaattaattcatttattcccattagagccaattggttggacaagttta
gctgatttagaaatgaaatatttcattaataatagtaatagtaatagtaatagtgaaaat
aatgatccatgtaatttaccattatcattattaaatcattcattaaataagaaacaaagt
caagaatattctggtatgggtcaattaagtgttggtcctgatcacaaagtattacaacca
ccaactattaaagaattggaaatcattgcaaaagcaaatctttatgatttacaatcacct
tggacaaaatgtttagataatgccattgttataatcaaacgtatcattcattcaaatcca
ttatcaactactaataataatattcaaccttgggttcatcttcaaaatttactttattgg
cgttcactttatactgataataaagaggattgggaatcaactaaatcatgttggaatgtt
gtacaatatttgttaacaaaaacaacaacaacaacaacaacaataacagaagaatttaaa
tttcaacaaattttaattgaacttgaatttaaattagcactttcaattacaagtgaaggt
gatagtggtaccactgatgatattgctgaatttgataaactaatttcaaattatcaaaaa
caaacaaattatacaaatgaaaagaaatctgtattattatcactagaagcaaagaaattt
ttaaaacaaggcgataaagttaaagcattatcaattttaaaggatgcattaaaattagaa
ccaaattcaattccaatctatcataatctttgtgatatttatcaaagtaatgatcaatta
gatgcttctttactttgtttaaatagatcacttttagtattaaaacaacaaacaaccaat
aacaataattataataataataataataatggtttaattttaacaacaatatcgaaaatt
attagaatttattgtattcaaaagaaatttaaagattcattaaaattattagaagaaaat
ttaaataataataattatttagataatccagttataaaattattaaaaggtattctaatt
attggttcaagtaaattaacaaataataatttaaaacaattcacaaatgatatgaagaat
gctttaaatttattagaggaatcatcaaccattaattcaaaactatccttaactaatttt
tattctgctgttgttcaatttaatttaaaaaatttcagtttatctgatatattattacaa
aaagaattaaatttaactccttctctctcgctacaaattaattccttacaagaaaaaatt
aaacaatttacaaaataa
DBGET
integrated database retrieval system
