Onion yellows phytoplasma OY-M: PAM_355
Help
Entry
PAM_355 CDS
T00154
Symbol
uvrD
Name
(GenBank) ATP-dependent DNA helicase
KO
K03657
ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA [EC:
5.6.2.4
]
Organism
poy
Onion yellows phytoplasma OY-M
Pathway
poy03420
Nucleotide excision repair
poy03430
Mismatch repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
poy00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
PAM_355 (uvrD)
03430 Mismatch repair
PAM_355 (uvrD)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
poy03400
]
PAM_355 (uvrD)
Enzymes [BR:
poy01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
PAM_355 (uvrD)
DNA repair and recombination proteins [BR:
poy03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
GGR (global genome repair) factors
PAM_355 (uvrD)
MMR (mismatch excision repair)
Other MMR factors
PAM_355 (uvrD)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
UvrD-helicase
UvrD_C
AAA_19
Viral_helicase1
UvrD_C_2
AAA_22
GvpD_P-loop
AAA_30
AAA_16
cobW
AAA_11
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BAD04440
UniProt:
Q6YQL8
LinkDB
All DBs
Position
401509..404625
Genome browser
AA seq
1038 aa
AA seq
DB search
MLFNLSKEQKDIINSDASCMYIHGGAGSGKTTILIEKLRQKEKEKPLILVATNATKNIIY
DKLFSSLKEDYPSYNDDELEKYLKDNYEIRTFHSFAYSCYLKYNIFNETAKQRKFIDDET
KLNILKLILKENQDLKLYFKEQRKYSFRKLLQELNNLIRLTFQKENCYSSIKIDDKVLKK
SFELLLNLYYEKLNYYNLITFDGLLIETSDFIEFVERNNGLIYNRPVFIDEFQDLNYFYY
FIIKELLFNKPNSLYCFGDYTQNIYSFFGSSERILELFVKDFKPEKHFLNVNYRSKGINI
VKAANELIDNKEYLQLSFSEKKYRDFINFSFFDNFDQQINYLCEKIKNSLIYSTTVLCRS
NGELQKLKDEFEKNQIPFTISDNNSKENEIVLSTIHGYKGYENEFVYLIGWQNRNESQDK
VLEKKLIYTAITRAKRDIEILTLNDSSIFIDYFYSLIKKELISDDFIKGLNDKIFDLDYL
KICLPNSKDIEIYDELSTTIKIYNEKVNQLEKQHKFNQITESYYKKCYLKLCVLFKEISK
NIYKVQKKDNGYETRLKGFNYSMFEPLERIKCYKKHLKEKKEERYLSLSDDDLKLDYSLK
KQLKEIKLQEIKPKSKILRHYRDSSQNAKDKLLYNFKDSKKISFITLTAPYDDLKGKTIK
YTHEPDIMGQVRKRFIRLVRKNYLSNLFQQFSQKDLVYSKMQDFRYFWSLETTKLGVIHY
HIIFNIDVLNSFGVYSRYLCTDKDYALGLKNRPIKGNKSIFYDDYLMHKIDEKGNIKIPQ
NYYEKKNVKVSKITLLWANAYASVMNKNNIKHYKHLNPISQNVQIFRPSKTNLLFEKIEI
SKCKVFYKGTFDKKDYVNKIVSYVSKYVSKNDKQIESNSNKGIDFYSRHLFGFSRTCFSC
PQESFLALFPYDIIKEIELSSFPIVNFNFSNIFEWNIKQRVNGRNIKIPHNLTLLFKSYM
NPNQFQNSNYFSLNLSSIQPKNYFLNNNFKKYFKLQKLKLKLKKDYEKQDIKILNKVECQ
YWYRYLENNYIQSLQLSP
NT seq
3117 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttatttaatttatcaaaagaacaaaaagatattattaattcagatgcttcttgcatg
tatatacatggtggagctggttctggcaaaactaccattttaattgaaaaattaagacaa
aaagaaaaagaaaaacctttaattttggtagctactaatgctactaaaaatattatttat
gataaattattttcatcattaaaagaagattatccttcttataatgatgatgaattagaa
aaatatttaaaagataattatgaaattagaacatttcatagttttgcttattcttgttat
ttaaaatataatatttttaatgaaacagcaaaacaacgaaaatttattgatgatgaaact
aaattaaatattttaaaactgattttaaaagaaaatcaagatttaaaattgtattttaaa
gaacaaagaaaatattcatttagaaagcttttacaggaattaaataatttaatacgttta
acttttcaaaaagaaaactgttattcatctattaaaattgatgataaagttttaaaaaaa
tcttttgaattgttattaaatttgtattatgaaaaattaaattattataatttaataact
tttgatggtttattaattgaaactagtgattttattgaatttgttgaaagaaataatggt
ttaatttataatcgtcctgtttttattgatgaatttcaagatttaaattatttttattat
tttattataaaagaacttttatttaataaaccaaattctttatattgttttggtgattat
actcaaaatatttatagtttttttggttctagtgaacgtattttggaactttttgtaaaa
gattttaaacctgaaaaacattttttaaatgttaattatcgttctaaaggtattaatatt
gttaaagcagctaatgaattaattgataataaggaatatttacaattatcttttagtgaa
aaaaaatatagagattttataaatttttctttttttgataattttgatcaacaaattaat
tatttgtgtgaaaaaattaaaaattctttaatttattctacaactgttctttgccgtagt
aatggtgaattacaaaaacttaaagatgagtttgaaaaaaaccaaattccttttactata
tctgataataatagtaaagaaaatgaaattgttttgtcaacgatacatggatataaagga
tatgaaaatgaattcgtttatttaattggttggcaaaaccgaaatgaatcccaagataaa
gttttagaaaaaaaattaatttatactgcaataactcgtgctaaacgtgatattgaaatt
ttaactttaaatgattcttctatttttatagattatttttattctttaataaaaaaagaa
ttaatttctgatgattttataaaaggattaaatgataaaatttttgatttagattattta
aaaatttgtttacctaattcaaaagatatagaaatttatgatgaattatctactactatt
aaaatttataatgaaaaagttaaccaattagaaaaacaacataaatttaatcaaattact
gaatcttattataagaaatgttatttaaaattatgtgttttatttaaggaaatttctaaa
aatatttataaagtacaaaaaaaagataatggctatgagactcgtttaaaagggtttaat
tattctatgtttgaacctttggaacgaattaaatgttataaaaaacatttaaaagaaaaa
aaagaagaaaggtatttgtcattaagtgatgatgatttgaaattggattattctttaaaa
aaacaattaaaagaaattaaattgcaagaaattaaaccaaaatcaaaaattttaagacat
tatcgagattcttcacaaaatgctaaggataaacttttatataatttcaaagattctaaa
aaaatatcttttattactttgacagctccttatgatgatttaaaaggtaaaactataaaa
tatactcatgaacctgatattatggggcaggtaaggaaacgttttattcgtttagtgaga
aaaaattatttatcaaatttatttcaacaattctctcaaaaagatttggtttattccaaa
atgcaagattttcgttatttttggtctttggaaactactaaattaggagttattcattat
catattatttttaatattgatgttttaaattcttttggtgtatattctcgttatttgtgt
actgataaagattatgctttgggtttaaaaaaccgacctattaaaggaaataagagtatt
ttttatgatgattatttaatgcataaaatagatgaaaaaggtaatattaaaatacctcaa
aattattatgagaaaaagaatgttaaagtgtcaaaaattactttgctttgggctaatgct
tatgcatctgttatgaataaaaataatataaaacattataaacatttaaatccaattagt
caaaatgttcaaatttttagaccatcaaaaacaaatcttttatttgaaaaaattgaaatt
agtaaatgtaaagttttttataaaggtacttttgataaaaaagattatgttaataaaatt
gtttcatatgttagtaaatatgtttctaaaaatgataaacaaattgaatcaaattctaat
aaaggaattgatttttatagtcgtcatttgtttggattttctcgtacatgtttttcttgt
cctcaagaatcttttttggcattatttccttatgatataattaaagaaatagaattaagt
tcatttccaattgttaattttaacttttctaatatatttgaatggaatattaaacaaaga
gttaatggaagaaatattaaaattccacataatttaactttgttgtttaaatcttatatg
aatccaaatcaatttcaaaattctaattattttagtttaaatttatctagtattcaacca
aaaaattattttcttaataataattttaaaaaatattttaaattacaaaaacttaaatta
aaacttaaaaaagattatgaaaaacaagatattaaaatattaaataaagttgaatgtcaa
tattggtatagatatcttgaaaataattatattcaaagtttacaactttctccttaa
DBGET
integrated database retrieval system
