KEGG   Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid): 113559242
Entry
113559242         CDS       T06065                                 
Name
(RefSeq) CCR4-NOT transcription complex subunit 1-like
  KO
K12604  CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
rmd  Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid)
Pathway
rmd03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:rmd00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    113559242
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis [BR:rmd03019]
    113559242
Messenger RNA biogenesis [BR:rmd03019]
 Eukaryotic type
  mRNA surveillance and transport factors
   mRNA cycle factors
    P-body specific factors
     113559242
  mRNA degradation factors
   3'-5' decay
    Ccr4-NOT complex
     113559242
SSDB
Motif
Pfam: Not1 CNOT1_CAF1_bind CNOT1_TTP_bind ARM_Cnot1 NOT1_connector DUF3819 CNOT1_HEAT CNOT1_1st
Other DBs
NCBI-GeneID: 113559242
NCBI-ProteinID: XP_026820699
LinkDB
Position
3:46677008..46694380
AA seq 2444 aa
MNLDSLSYALAQISYLVSNLSKKNYKPSVQEISDVIQLQGFEADRHLLRCLFSHIDLKDT
EGPRNTSHKDYYQAQLLAHQCTTLLNKPSLTSILCFALDNPLFSQKAQKPSIQQFTQLSR
ILHLSPVQEVVFGLVCLESTNYSTYALQFVKQKLPLLIKNYINSDTNSNQVVEGGLHDSS
PEVLHLILSHVFNADDQLFGISKEVKKVLLLNLRRDFPLEVAPVLLAPLIYSDKPDHPMD
KINSDTSTIPKIMETPSLPNLIMEMGYSVCSSLEECRRNLLSVTNGCIPSITFGPESIAK
VISMMIRTHTGLDSQLPLPYWIEDDTDHDIDKNISSNSITWNIEVFVNTIKELNPSLSWM
DLIKELDHEHFYVKDRQGLVLLFLALRIGLNSPGYHIENFPINMIYRRWKNSDAQMSLIQ
HILRSSDVFCFADYPYRSVSIDSLKTIPDADNKDINTWRSIELVDLLLYLAERGLYYEVQ
ECLKFPAQKCPDILALALIESNGPLNIIRHEIISSLMPIFLGNHSNSAIILHHAWNHQNV
GLKHTLAQAMSDWYMRSDYDNVKLSRILDIAQDLKALSLLLSVQQFPFIIDLACLASRRE
YLKLDKWLTDKIHEQGEGFVSACVKFVQKRYPQLCGSSAKEENTSKYTPLSSETLLIILN
CLHNITGTVSQELTETIIQMVTNYTNIYMPKTPSIRVNPAAPPTPIFRPTHQRPIGQIEG
PALQVMVDQLTGLATSLASLGLNPTTQNTSTFTLPGSLGQLVQTPGSPSRSLVSNVSGLG
GFSIMTPSTINAPGPNISSQLSGSSNMLSRLPQQQVLPSVIGKSNHIIDNSLFMDGNMPV
SVPKDIEDEANSYFQRIYNLAPHNSLSIDEVLETLKRFQESPVKREREVFCCMLRNLFEE
YRFFPAYPEKELITTAHLFGGIIEHNLVSNYKALGLALRFILDALKKSPNSKMYNFGITA
LDRFKNRLKDYHQYCSHITAIPHFHQFPQHLIEFVEYGKTSLEPPATSRIPDLVGISNNT
IPPGTFIPSLHNIFKAQSITTTTTTTTPMTCTSSKLVTTNSLLTSRPSIANTTNIDTLLV
ATEKDDKLIVPPENLQDKIAFIFNNLSQINLQTKCDEIREIINNDYLQWLSQYLVMKRVS
IEFNFHSLYSNFLDCLNNDKLNYLINLETFRNIRILLKSDKGMDNFSDRSLLKNLGHWLG
MITLAKNKPLILDDIDLKMLLVEAYNKGHQELLFTVPFIAKVLESCAKSRVFKPRNPWTM
SLMNCLAELHQEPELKLTLKFEVEVLCKALNIDIQDLKPGYVLKNPEIAKNLIPQLSDEE
NSKPQIHCVLDLPKPVTTSQQHTSIYQTISSQQHNMISTISSMNSNSRFNDELVGHVVSA
GGVTSMSSNGCIGISGMTEMSPTLPSFEPKYNYVTFNAANSAQIMSMIVINSQIPLFVNH
PALKNYVQAVIERSIQDWLNPVVDRSVKVAATTTENIVKKDFGMDPDESHLRKAAHCMVR
NLTSGLAMITCREQVVQLLTSNLKQHFLSVLMTPTPNQKEMIDQACTMCANDNLELACAF
VQKTATEKAVIEIDKYLKTEFERRNVSRMEGRRYCDPMVMSGQAEYLPDSLRNKIGLPLP
QMIGIYEEFARNIPGFLPLDREAVSLFMPKTTIQLDEMTVLYEKIINDIEVLLQLYMSNQ
RLMSNTTQPANLHSVLEAMISLRRSRDIVNATNIIHKIVESFLEGLCPPANQDLDMSIRF
RDVHLNIIRAFQDPRAYNMQWTNKILTKAVVESREEIRFNIEAIDIFIRAGMLNIGIYDM
HLAMSMDNGTNYVSIVYVKQFLQHYLIDNRSNSPINESHFQATIEALNTIVLSGRPIPDG
LTVLLEMIRPSQTDNSLVNQLVGSTSTNTSHSLLQGRDYDDPPGLLEKTEFLLKEWLTIY
NTAPNRDPSKTFSSYIQQMNVQGILKSDDIITRFFRLSTQMMVELCYRQIPDQTQSPSTI
RAKLFHTIDAYVKLIVLLIKHSGDANAVTTKTNLLNKVLGIVVGVLLQDHDVQATDFHQL
PYHRILITLFLDLNAPDPVLESINYPILAVFCHTFHLLRPRKVPGFTYAWLELISHRIFI
GRLLGLNSQQKRSYEQTSTNDLQGWNFYAQLLVDLFKYLAPFLRNAELAKPVHLLYKGTL
RVLLILLHDFPEFLCEYHYGFCDVIPPNCIQMRNLILSAFPRNMRLPDPFTPNLKVDVLQ
EISVAPKISPDFQSFIQPISFKKDLDLYLKTRSPVTFLSEIRTTMQQSCCEPGMRYDLSL
LNAIVLYVGTQAIQQIRSKGLVPNTSTITHSAHMDIFQNLSVDLDTEGRYLFLNAIANQL
RYPNSHTHYFSCTLLYLFAEANSEVIQEQITRVLLERLIVNRPHPWGLLITFIELIKNPA
YKFWTHEFVHCAPEIEKLFESVARSCMVPKQPTTSMDDENLPNI
NT seq 7335 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgaacctggattcattgtcatacgcgttggcccaaattagttatctcgtcagtaatttg
tcgaagaaaaactacaagccgagcgtacaagaaatatctgacgtcattcaattgcaagga
tttgaagctgatcgacatctattgcgttgcctgttttcccatatcgatttaaaggacacc
gaaggaccaagaaatacatctcataaggattactatcaagctcaattactagcacaccag
tgtactactctcttgaacaaaccttcactaacttcaatattgtgttttgcccttgataat
ccacttttttctcaaaaagcacaaaaaccatcaatacagcaatttacacagttgagtaga
atactgcatttaagtcctgttcaagaagttgtgtttgggcttgtttgcttagagtcaaca
aattactctacttacgctttacaatttgttaaacagaagttaccacttcttattaaaaat
tatatcaattcagatactaattctaatcaagtcgttgaaggtggtttgcatgattctagt
cctgaagttcttcatctgattttgagccacgtatttaatgctgatgatcaactatttggg
ataagtaaagaagtaaaaaaagttttactactgaatctacgtcgtgattttccacttgag
gttgctccagtattattagcaccgttaatatattcagataagccagaccacccaatggat
aaaatcaattcagatacatctactattcctaaaataatggaaactccatcattacccaat
ttaataatggaaatgggctattctgtttgttcatcattggaagaatgccggagaaattta
ttatctgtaactaatggatgtattccgtcaataacttttggtcctgaatctattgctaaa
gtaatatcaatgatgattcgtacacataccgggctagattctcaattacccttaccttat
tggatagaagatgatactgaccacgatatagacaaaaacatatcttcaaattccattaca
tggaatattgaagtgtttgttaacacaatcaaagaattaaatccatcattgtcttggatg
gacttaataaaagagcttgatcatgaacatttttatgttaaggatagacaaggtttagtc
cttctgtttttagctttaagaattggtttaaattctccaggataccatattgaaaacttt
cctataaatatgatttatcgacgctggaaaaattctgatgcacagatgtctcttattcaa
catatattacgaagttctgatgtgttttgttttgctgattatccttatagatcagtatct
atagattctttaaaaaccattccagatgcagataacaaggacatcaacacttggcgttca
attgaacttgttgacttattgctctatttagctgaacgaggtctttattatgaagtacaa
gaatgtttgaagtttcctgctcaaaaatgtcctgatatcttagcacttgccttgatagaa
tcgaatggcccattgaatattattagacatgaaataattagtagtctgatgccaatattt
ttaggaaatcacagtaattcagctataattttacatcatgcatggaatcatcagaatgtt
ggactcaaacatactttggcacaggcaatgagtgactggtatatgcgaagtgattatgat
aatgttaaactatctcggatattagatattgctcaagatttaaaagcattgtcgttgttg
ttgagtgttcagcaatttccatttattatagatttagcctgtttggcatctcgacgagaa
tatttaaaattggataaatggctgactgataaaattcatgaacaaggggaaggatttgta
tcagcttgtgttaaatttgtacagaaacgttatcctcaactatgtggatcatcagctaaa
gaagaaaatacatcaaaatatactcctttgtcatcagaaactctacttataattttaaat
tgcttacataacataactggaacagtttcacaagaacttacagaaacaattattcaaatg
gttacaaattataccaatatttacatgccaaaaacaccatcaattcgtgtaaaccctgct
gctccacccactcctatttttcgtcctacacatcaaagaccaattggtcaaatagaaggc
ccagctcttcaagttatggttgaccagcttactgggcttgccactagtttggctagcctt
ggactgaatcctactactcaaaatacttctacatttacattacctgggtctttggggcaa
ttggttcaaacgcctgggtcaccttctcgaagtctcgttagtaatgtatctggtctagga
ggtttttccattatgacaccttcaactataaatgctccgggtccaaatatatcaagtcaa
ttatctggttcatccaatatgttgagccgtttaccacaacaacaagttttgccatcagtg
attggcaaatctaatcacataattgataacagtttatttatggatggtaatatgccagtt
tccgttcccaaagatattgaggatgaagcaaatagttattttcagcgtatttacaacttg
gcacctcataactcgttatctatagatgaagtacttgaaactcttaaaagattccaagaa
tcacctgttaaacgtgaaagggaagtattttgttgcatgcttcgaaatttatttgaagag
tacagattttttccggcgtatcctgaaaaagagctcattacaacagctcatctatttggt
ggtattatcgaacacaatcttgtttcaaattataaagctttgggacttgcacttcgtttc
attttggatgctcttaagaaaagccccaattccaaaatgtataattttgggataactgcg
ttggaccgttttaagaatcgtttaaaagattatcatcaatattgttctcatataacagca
attcctcattttcatcaattccctcaacatcttattgaatttgtggagtatggaaaaact
tcactagagccaccagccacttctcgaatcccagatttagtcggaattagtaacaataca
attccaccaggaacatttataccaagcttacataatatatttaaagctcaaagtattact
actactactacgactactactcctatgacatgtacatcatctaaacttgtaaccacaaac
tctcttttaacatctagaccttcaattgcaaatactacaaacattgatactttattagtt
gcaactgaaaaagatgataaattaattgtaccaccagaaaatctacaagacaagatagct
ttcatttttaataatttaagccaaattaatctccaaactaagtgcgacgaaattagagaa
atcatcaacaatgattatttacagtggctttctcaatatttagtcatgaaacgagttagc
attgagtttaacttccattcactatactccaatttcctagactgtttgaataatgacaaa
ttaaattatttgattaatttggaaacatttagaaatatcagaatattattaaaaagtgac
aaaggaatggacaatttttctgatagatcgttattaaaaaatttaggccactggcttggt
atgataactttagctaagaataaacctcttatacttgatgatattgatcttaaaatgcta
ttggtggaggcttacaacaaaggacatcaagaattactttttacagtaccatttattgct
aaagtccttgagtcttgtgctaaaagtagggtatttaaaccaagaaatccatggacaatg
tctctaatgaattgtttagctgaacttcatcaagagcccgaattgaaattaactttaaag
tttgaagttgaagtattatgtaaagcgttaaacattgatatacaagatttaaaaccagga
tatgtacttaaaaatcctgaaatagcgaaaaatttaataccacagctctccgatgaagaa
aattctaaaccacaaattcattgtgttctagatctacctaaaccagtaacaacttctcag
cagcatacttctatttatcaaacaatttcttctcaacaacataatatgatctcaacaatt
tcatcaatgaattctaatagtcggtttaatgatgaactagttggtcatgtagtatcagca
ggtggtgttacgtctatgtcgtcaaatggatgtattggtataagtggtatgacagaaatg
tctcctactttaccctcattcgagcctaaatacaattatgtgactttcaatgcagcaaat
tcagcacaaataatgtcaatgatagtcataaattctcaaattccattatttgttaatcat
ccagcattaaagaactatgtacaagctgttattgaacgttcaattcaagattggttaaat
cctgttgtggatagatcagtaaaagtagcagctactacaacagaaaatattgtcaaaaaa
gattttggtatggacccagatgaatctcatttgcgaaaagcagcccattgtatggttaga
aatttaacttctggcttagcaatgataacatgcagagaacaagttgttcaattattaaca
tccaacttaaaacaacattttttaagtgttttaatgacgcctaccccaaatcaaaaagaa
atgattgatcaggcttgtacaatgtgtgcaaatgataatttggaattagcttgtgcattt
gtacagaaaactgctactgaaaaagcagttatcgaaattgataaatatttgaaaactgaa
tttgaaagacgtaatgtatcgagaatggaaggacgtcgttattgtgatccaatggttatg
agcggtcaagctgaatatcttcctgactctctgcgtaacaaaataggattgccattacct
caaatgattggaatttatgaagaattcgctagaaacatccctggattcttaccgcttgac
agagaagccgtatcgttatttatgccaaaaactacaatccaacttgacgaaatgacagtt
ttatatgaaaaaattataaatgatattgaagtgcttctacaattatacatgagcaatcaa
agactgatgagtaatacaactcaaccagcaaatcttcatagtgtattagaagctatgatt
tctttaagaaggtctcgtgatattgttaatgcaacaaatattatccacaaaattgttgaa
agtttcctcgaaggactttgtccacctgctaaccaagatttggatatgagtattagattc
cgtgatgtgcatcttaacataattagagctttccaagatccacgtgcttacaatatgcaa
tggactaataaaatactaaccaaggccgttgtagagtctagagaagaaatacgttttaat
attgaagctattgatatatttattcgtgccggaatgttgaacattggcatatatgatatg
catttagctatgtcaatggataatggtaccaattatgtatccatagtttatgtaaaacag
tttttgcagcattatttaatagataatagatctaattcaccaattaatgaaagtcatttt
caagccacaattgaagcattaaatactattgtacttagtggacgtcctattccagatggt
ttaaccgttcttttggaaatgataagaccatcacagacagataatagtcttgtaaatcaa
ttggtaggcagtacatctactaatacatcacatagcttattacaaggtagagactatgat
gatcctccaggtttgttagaaaaaactgaatttttgttgaaagaatggttgactatttat
aatacagctcctaatagagatcctagcaaaacatttagcagttacattcaacaaatgaat
gttcaaggaattttgaaatctgatgacattataactcgttttttccgcctcagtacccaa
atgatggtagaattatgttatagacaaatacctgatcaaacacaatctccttctactata
cgagctaaactttttcatactattgatgcttatgttaaactcatagtgttattaattaaa
cattcgggtgatgcaaatgctgttactacaaaaaccaatcttttgaacaaggtcctagga
attgtggtaggtgttttacttcaagatcatgatgttcaagcaacagattttcatcaatta
ccatatcatagaattttgataacactatttcttgacttgaatgctcctgatccggtactt
gaatcaatcaactatccaatacttgctgttttttgccatacttttcatcttctccgccca
agaaaagttccaggtttcacatatgcatggctggagcttatatctcatcgtatatttatt
ggtcgccttttaggattaaattctcaacaaaaacgttcatacgaacaaacatcaactaat
gatcttcaagggtggaatttctatgctcaactattagttgacttatttaaatatttggca
ccattcttacgtaatgctgaacttgccaaacctgttcatttgctgtacaaaggaacattg
agagtgcttctaatattgctacacgactttccagaattcttgtgcgagtatcattatggt
ttttgtgatgtaatacctcctaattgcattcaaatgagaaatttaatattatccgctttt
ccgcgtaacatgcgtcttccagacccatttacaccaaatttgaaagttgatgttcttcaa
gaaatatctgtagcgccaaaaattagcccagacttccagagttttattcagcctattagt
tttaaaaaagatttagatttatatttgaaaactcgatcaccagtgacatttttgtctgaa
atccgaactactatgcaacaaagttgttgtgaaccaggcatgcgctatgatctatcactt
ttaaatgccattgttttgtatgttggaactcaagccatacagcaaatacgcagcaaaggc
ttggtaccaaatacttctacaattactcattccgctcacatggatatatttcaaaattta
tctgttgatctcgatacagaaggtcgttacttgtttttgaatgcaattgctaatcaattg
cgttacccaaatagccatacacattattttagctgtactcttctatacctatttgctgaa
gcaaatagtgaagtcattcaagaacaaataacaagagttcttttggagagattaatcgtg
aaccggccacatccatggggtttattaataacattcattgaattgattaaaaatccagct
tataagttttggactcatgaatttgtacactgtgcgcctgaaattgagaaactttttgag
tctgtggcccgttcatgtatggttcctaaacaacctactacttcaatggacgatgaaaac
ttaccaaacatatga

DBGET integrated database retrieval system