Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid): 113559242
Help
Entry
113559242 CDS
T06065
Name
(RefSeq) CCR4-NOT transcription complex subunit 1-like
KO
K12604
CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
rmd
Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid)
Pathway
rmd03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rmd00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
113559242
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
rmd03019
]
113559242
Messenger RNA biogenesis [BR:
rmd03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
mRNA cycle factors
P-body specific factors
113559242
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Ccr4-NOT complex
113559242
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Not1
CNOT1_CAF1_bind
CNOT1_TTP_bind
ARM_Cnot1
NOT1_connector
DUF3819
CNOT1_HEAT
CNOT1_1st
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
113559242
NCBI-ProteinID:
XP_026820699
LinkDB
All DBs
Position
3:46677008..46694380
Genome browser
AA seq
2444 aa
AA seq
DB search
MNLDSLSYALAQISYLVSNLSKKNYKPSVQEISDVIQLQGFEADRHLLRCLFSHIDLKDT
EGPRNTSHKDYYQAQLLAHQCTTLLNKPSLTSILCFALDNPLFSQKAQKPSIQQFTQLSR
ILHLSPVQEVVFGLVCLESTNYSTYALQFVKQKLPLLIKNYINSDTNSNQVVEGGLHDSS
PEVLHLILSHVFNADDQLFGISKEVKKVLLLNLRRDFPLEVAPVLLAPLIYSDKPDHPMD
KINSDTSTIPKIMETPSLPNLIMEMGYSVCSSLEECRRNLLSVTNGCIPSITFGPESIAK
VISMMIRTHTGLDSQLPLPYWIEDDTDHDIDKNISSNSITWNIEVFVNTIKELNPSLSWM
DLIKELDHEHFYVKDRQGLVLLFLALRIGLNSPGYHIENFPINMIYRRWKNSDAQMSLIQ
HILRSSDVFCFADYPYRSVSIDSLKTIPDADNKDINTWRSIELVDLLLYLAERGLYYEVQ
ECLKFPAQKCPDILALALIESNGPLNIIRHEIISSLMPIFLGNHSNSAIILHHAWNHQNV
GLKHTLAQAMSDWYMRSDYDNVKLSRILDIAQDLKALSLLLSVQQFPFIIDLACLASRRE
YLKLDKWLTDKIHEQGEGFVSACVKFVQKRYPQLCGSSAKEENTSKYTPLSSETLLIILN
CLHNITGTVSQELTETIIQMVTNYTNIYMPKTPSIRVNPAAPPTPIFRPTHQRPIGQIEG
PALQVMVDQLTGLATSLASLGLNPTTQNTSTFTLPGSLGQLVQTPGSPSRSLVSNVSGLG
GFSIMTPSTINAPGPNISSQLSGSSNMLSRLPQQQVLPSVIGKSNHIIDNSLFMDGNMPV
SVPKDIEDEANSYFQRIYNLAPHNSLSIDEVLETLKRFQESPVKREREVFCCMLRNLFEE
YRFFPAYPEKELITTAHLFGGIIEHNLVSNYKALGLALRFILDALKKSPNSKMYNFGITA
LDRFKNRLKDYHQYCSHITAIPHFHQFPQHLIEFVEYGKTSLEPPATSRIPDLVGISNNT
IPPGTFIPSLHNIFKAQSITTTTTTTTPMTCTSSKLVTTNSLLTSRPSIANTTNIDTLLV
ATEKDDKLIVPPENLQDKIAFIFNNLSQINLQTKCDEIREIINNDYLQWLSQYLVMKRVS
IEFNFHSLYSNFLDCLNNDKLNYLINLETFRNIRILLKSDKGMDNFSDRSLLKNLGHWLG
MITLAKNKPLILDDIDLKMLLVEAYNKGHQELLFTVPFIAKVLESCAKSRVFKPRNPWTM
SLMNCLAELHQEPELKLTLKFEVEVLCKALNIDIQDLKPGYVLKNPEIAKNLIPQLSDEE
NSKPQIHCVLDLPKPVTTSQQHTSIYQTISSQQHNMISTISSMNSNSRFNDELVGHVVSA
GGVTSMSSNGCIGISGMTEMSPTLPSFEPKYNYVTFNAANSAQIMSMIVINSQIPLFVNH
PALKNYVQAVIERSIQDWLNPVVDRSVKVAATTTENIVKKDFGMDPDESHLRKAAHCMVR
NLTSGLAMITCREQVVQLLTSNLKQHFLSVLMTPTPNQKEMIDQACTMCANDNLELACAF
VQKTATEKAVIEIDKYLKTEFERRNVSRMEGRRYCDPMVMSGQAEYLPDSLRNKIGLPLP
QMIGIYEEFARNIPGFLPLDREAVSLFMPKTTIQLDEMTVLYEKIINDIEVLLQLYMSNQ
RLMSNTTQPANLHSVLEAMISLRRSRDIVNATNIIHKIVESFLEGLCPPANQDLDMSIRF
RDVHLNIIRAFQDPRAYNMQWTNKILTKAVVESREEIRFNIEAIDIFIRAGMLNIGIYDM
HLAMSMDNGTNYVSIVYVKQFLQHYLIDNRSNSPINESHFQATIEALNTIVLSGRPIPDG
LTVLLEMIRPSQTDNSLVNQLVGSTSTNTSHSLLQGRDYDDPPGLLEKTEFLLKEWLTIY
NTAPNRDPSKTFSSYIQQMNVQGILKSDDIITRFFRLSTQMMVELCYRQIPDQTQSPSTI
RAKLFHTIDAYVKLIVLLIKHSGDANAVTTKTNLLNKVLGIVVGVLLQDHDVQATDFHQL
PYHRILITLFLDLNAPDPVLESINYPILAVFCHTFHLLRPRKVPGFTYAWLELISHRIFI
GRLLGLNSQQKRSYEQTSTNDLQGWNFYAQLLVDLFKYLAPFLRNAELAKPVHLLYKGTL
RVLLILLHDFPEFLCEYHYGFCDVIPPNCIQMRNLILSAFPRNMRLPDPFTPNLKVDVLQ
EISVAPKISPDFQSFIQPISFKKDLDLYLKTRSPVTFLSEIRTTMQQSCCEPGMRYDLSL
LNAIVLYVGTQAIQQIRSKGLVPNTSTITHSAHMDIFQNLSVDLDTEGRYLFLNAIANQL
RYPNSHTHYFSCTLLYLFAEANSEVIQEQITRVLLERLIVNRPHPWGLLITFIELIKNPA
YKFWTHEFVHCAPEIEKLFESVARSCMVPKQPTTSMDDENLPNI
NT seq
7335 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaacctggattcattgtcatacgcgttggcccaaattagttatctcgtcagtaatttg
tcgaagaaaaactacaagccgagcgtacaagaaatatctgacgtcattcaattgcaagga
tttgaagctgatcgacatctattgcgttgcctgttttcccatatcgatttaaaggacacc
gaaggaccaagaaatacatctcataaggattactatcaagctcaattactagcacaccag
tgtactactctcttgaacaaaccttcactaacttcaatattgtgttttgcccttgataat
ccacttttttctcaaaaagcacaaaaaccatcaatacagcaatttacacagttgagtaga
atactgcatttaagtcctgttcaagaagttgtgtttgggcttgtttgcttagagtcaaca
aattactctacttacgctttacaatttgttaaacagaagttaccacttcttattaaaaat
tatatcaattcagatactaattctaatcaagtcgttgaaggtggtttgcatgattctagt
cctgaagttcttcatctgattttgagccacgtatttaatgctgatgatcaactatttggg
ataagtaaagaagtaaaaaaagttttactactgaatctacgtcgtgattttccacttgag
gttgctccagtattattagcaccgttaatatattcagataagccagaccacccaatggat
aaaatcaattcagatacatctactattcctaaaataatggaaactccatcattacccaat
ttaataatggaaatgggctattctgtttgttcatcattggaagaatgccggagaaattta
ttatctgtaactaatggatgtattccgtcaataacttttggtcctgaatctattgctaaa
gtaatatcaatgatgattcgtacacataccgggctagattctcaattacccttaccttat
tggatagaagatgatactgaccacgatatagacaaaaacatatcttcaaattccattaca
tggaatattgaagtgtttgttaacacaatcaaagaattaaatccatcattgtcttggatg
gacttaataaaagagcttgatcatgaacatttttatgttaaggatagacaaggtttagtc
cttctgtttttagctttaagaattggtttaaattctccaggataccatattgaaaacttt
cctataaatatgatttatcgacgctggaaaaattctgatgcacagatgtctcttattcaa
catatattacgaagttctgatgtgttttgttttgctgattatccttatagatcagtatct
atagattctttaaaaaccattccagatgcagataacaaggacatcaacacttggcgttca
attgaacttgttgacttattgctctatttagctgaacgaggtctttattatgaagtacaa
gaatgtttgaagtttcctgctcaaaaatgtcctgatatcttagcacttgccttgatagaa
tcgaatggcccattgaatattattagacatgaaataattagtagtctgatgccaatattt
ttaggaaatcacagtaattcagctataattttacatcatgcatggaatcatcagaatgtt
ggactcaaacatactttggcacaggcaatgagtgactggtatatgcgaagtgattatgat
aatgttaaactatctcggatattagatattgctcaagatttaaaagcattgtcgttgttg
ttgagtgttcagcaatttccatttattatagatttagcctgtttggcatctcgacgagaa
tatttaaaattggataaatggctgactgataaaattcatgaacaaggggaaggatttgta
tcagcttgtgttaaatttgtacagaaacgttatcctcaactatgtggatcatcagctaaa
gaagaaaatacatcaaaatatactcctttgtcatcagaaactctacttataattttaaat
tgcttacataacataactggaacagtttcacaagaacttacagaaacaattattcaaatg
gttacaaattataccaatatttacatgccaaaaacaccatcaattcgtgtaaaccctgct
gctccacccactcctatttttcgtcctacacatcaaagaccaattggtcaaatagaaggc
ccagctcttcaagttatggttgaccagcttactgggcttgccactagtttggctagcctt
ggactgaatcctactactcaaaatacttctacatttacattacctgggtctttggggcaa
ttggttcaaacgcctgggtcaccttctcgaagtctcgttagtaatgtatctggtctagga
ggtttttccattatgacaccttcaactataaatgctccgggtccaaatatatcaagtcaa
ttatctggttcatccaatatgttgagccgtttaccacaacaacaagttttgccatcagtg
attggcaaatctaatcacataattgataacagtttatttatggatggtaatatgccagtt
tccgttcccaaagatattgaggatgaagcaaatagttattttcagcgtatttacaacttg
gcacctcataactcgttatctatagatgaagtacttgaaactcttaaaagattccaagaa
tcacctgttaaacgtgaaagggaagtattttgttgcatgcttcgaaatttatttgaagag
tacagattttttccggcgtatcctgaaaaagagctcattacaacagctcatctatttggt
ggtattatcgaacacaatcttgtttcaaattataaagctttgggacttgcacttcgtttc
attttggatgctcttaagaaaagccccaattccaaaatgtataattttgggataactgcg
ttggaccgttttaagaatcgtttaaaagattatcatcaatattgttctcatataacagca
attcctcattttcatcaattccctcaacatcttattgaatttgtggagtatggaaaaact
tcactagagccaccagccacttctcgaatcccagatttagtcggaattagtaacaataca
attccaccaggaacatttataccaagcttacataatatatttaaagctcaaagtattact
actactactacgactactactcctatgacatgtacatcatctaaacttgtaaccacaaac
tctcttttaacatctagaccttcaattgcaaatactacaaacattgatactttattagtt
gcaactgaaaaagatgataaattaattgtaccaccagaaaatctacaagacaagatagct
ttcatttttaataatttaagccaaattaatctccaaactaagtgcgacgaaattagagaa
atcatcaacaatgattatttacagtggctttctcaatatttagtcatgaaacgagttagc
attgagtttaacttccattcactatactccaatttcctagactgtttgaataatgacaaa
ttaaattatttgattaatttggaaacatttagaaatatcagaatattattaaaaagtgac
aaaggaatggacaatttttctgatagatcgttattaaaaaatttaggccactggcttggt
atgataactttagctaagaataaacctcttatacttgatgatattgatcttaaaatgcta
ttggtggaggcttacaacaaaggacatcaagaattactttttacagtaccatttattgct
aaagtccttgagtcttgtgctaaaagtagggtatttaaaccaagaaatccatggacaatg
tctctaatgaattgtttagctgaacttcatcaagagcccgaattgaaattaactttaaag
tttgaagttgaagtattatgtaaagcgttaaacattgatatacaagatttaaaaccagga
tatgtacttaaaaatcctgaaatagcgaaaaatttaataccacagctctccgatgaagaa
aattctaaaccacaaattcattgtgttctagatctacctaaaccagtaacaacttctcag
cagcatacttctatttatcaaacaatttcttctcaacaacataatatgatctcaacaatt
tcatcaatgaattctaatagtcggtttaatgatgaactagttggtcatgtagtatcagca
ggtggtgttacgtctatgtcgtcaaatggatgtattggtataagtggtatgacagaaatg
tctcctactttaccctcattcgagcctaaatacaattatgtgactttcaatgcagcaaat
tcagcacaaataatgtcaatgatagtcataaattctcaaattccattatttgttaatcat
ccagcattaaagaactatgtacaagctgttattgaacgttcaattcaagattggttaaat
cctgttgtggatagatcagtaaaagtagcagctactacaacagaaaatattgtcaaaaaa
gattttggtatggacccagatgaatctcatttgcgaaaagcagcccattgtatggttaga
aatttaacttctggcttagcaatgataacatgcagagaacaagttgttcaattattaaca
tccaacttaaaacaacattttttaagtgttttaatgacgcctaccccaaatcaaaaagaa
atgattgatcaggcttgtacaatgtgtgcaaatgataatttggaattagcttgtgcattt
gtacagaaaactgctactgaaaaagcagttatcgaaattgataaatatttgaaaactgaa
tttgaaagacgtaatgtatcgagaatggaaggacgtcgttattgtgatccaatggttatg
agcggtcaagctgaatatcttcctgactctctgcgtaacaaaataggattgccattacct
caaatgattggaatttatgaagaattcgctagaaacatccctggattcttaccgcttgac
agagaagccgtatcgttatttatgccaaaaactacaatccaacttgacgaaatgacagtt
ttatatgaaaaaattataaatgatattgaagtgcttctacaattatacatgagcaatcaa
agactgatgagtaatacaactcaaccagcaaatcttcatagtgtattagaagctatgatt
tctttaagaaggtctcgtgatattgttaatgcaacaaatattatccacaaaattgttgaa
agtttcctcgaaggactttgtccacctgctaaccaagatttggatatgagtattagattc
cgtgatgtgcatcttaacataattagagctttccaagatccacgtgcttacaatatgcaa
tggactaataaaatactaaccaaggccgttgtagagtctagagaagaaatacgttttaat
attgaagctattgatatatttattcgtgccggaatgttgaacattggcatatatgatatg
catttagctatgtcaatggataatggtaccaattatgtatccatagtttatgtaaaacag
tttttgcagcattatttaatagataatagatctaattcaccaattaatgaaagtcatttt
caagccacaattgaagcattaaatactattgtacttagtggacgtcctattccagatggt
ttaaccgttcttttggaaatgataagaccatcacagacagataatagtcttgtaaatcaa
ttggtaggcagtacatctactaatacatcacatagcttattacaaggtagagactatgat
gatcctccaggtttgttagaaaaaactgaatttttgttgaaagaatggttgactatttat
aatacagctcctaatagagatcctagcaaaacatttagcagttacattcaacaaatgaat
gttcaaggaattttgaaatctgatgacattataactcgttttttccgcctcagtacccaa
atgatggtagaattatgttatagacaaatacctgatcaaacacaatctccttctactata
cgagctaaactttttcatactattgatgcttatgttaaactcatagtgttattaattaaa
cattcgggtgatgcaaatgctgttactacaaaaaccaatcttttgaacaaggtcctagga
attgtggtaggtgttttacttcaagatcatgatgttcaagcaacagattttcatcaatta
ccatatcatagaattttgataacactatttcttgacttgaatgctcctgatccggtactt
gaatcaatcaactatccaatacttgctgttttttgccatacttttcatcttctccgccca
agaaaagttccaggtttcacatatgcatggctggagcttatatctcatcgtatatttatt
ggtcgccttttaggattaaattctcaacaaaaacgttcatacgaacaaacatcaactaat
gatcttcaagggtggaatttctatgctcaactattagttgacttatttaaatatttggca
ccattcttacgtaatgctgaacttgccaaacctgttcatttgctgtacaaaggaacattg
agagtgcttctaatattgctacacgactttccagaattcttgtgcgagtatcattatggt
ttttgtgatgtaatacctcctaattgcattcaaatgagaaatttaatattatccgctttt
ccgcgtaacatgcgtcttccagacccatttacaccaaatttgaaagttgatgttcttcaa
gaaatatctgtagcgccaaaaattagcccagacttccagagttttattcagcctattagt
tttaaaaaagatttagatttatatttgaaaactcgatcaccagtgacatttttgtctgaa
atccgaactactatgcaacaaagttgttgtgaaccaggcatgcgctatgatctatcactt
ttaaatgccattgttttgtatgttggaactcaagccatacagcaaatacgcagcaaaggc
ttggtaccaaatacttctacaattactcattccgctcacatggatatatttcaaaattta
tctgttgatctcgatacagaaggtcgttacttgtttttgaatgcaattgctaatcaattg
cgttacccaaatagccatacacattattttagctgtactcttctatacctatttgctgaa
gcaaatagtgaagtcattcaagaacaaataacaagagttcttttggagagattaatcgtg
aaccggccacatccatggggtttattaataacattcattgaattgattaaaaatccagct
tataagttttggactcatgaatttgtacactgtgcgcctgaaattgagaaactttttgag
tctgtggcccgttcatgtatggttcctaaacaacctactacttcaatggacgatgaaaac
ttaccaaacatatga
DBGET
integrated database retrieval system