Lepeophtheirus salmonis (salmon louse): 121123144
Help
Entry
121123144 CDS
T08214
Name
(RefSeq) neurogenic locus Notch protein-like isoform X1
KO
K02599
Notch 1
Organism
lsm
Lepeophtheirus salmonis (salmon louse)
Pathway
lsm04330
Notch signaling pathway
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
lsm00001
]
09130 Environmental Information Processing
09132 Signal transduction
04330 Notch signaling pathway
121123144
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EGF
hEGF
EGF_CA
Ank_2
Ank
Notch
Ank_4
Ank_3
Ank_5
EGF_3
EGF_2
NODP
NOD
C8A_B_C6_EGF-like
DL-JAG_EGF-like
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
121123144
NCBI-ProteinID:
XP_040574197
LinkDB
All DBs
Position
8:8692255..8711242
Genome browser
AA seq
2497 aa
AA seq
DB search
MERPVFLLLFLALLSSWDTAAGFKSCSPTPCKNGGQCISVDSQSAKCRCPTEYVGEYCQL
KNPCNPGVCQNGGTCEVEMSPDRKPTFKCICPVGYKESLCEVEEAFNACKNLPCHHGGTC
LLTSLTEFSCICPVGWRGRNCTETDYCVNNPCVHGVCESTRTSFVCTCDPGYEGSLCEKD
INECRIYNNPCEEGNCVNTDGDYKCMCNPGFTGKNCETQYYPCSPNPCEYGGRCTKVGDY
EYECTCPKGFKGRRCEINLDDCGRHLCENNATCVDGVNNYSCKCPPEYTGIYCTKDVNEC
ELKDNPCQNGATCTNEDGGYSCICVNGYAGKNCETDVDDCALRPCLNGGTCHDRVSDYDC
ECPVGKTGLLCHLDDLCVNNPCNGEAICETSMVSGNYACSCPKGRTGPKCDEDIDECAEG
SPCEHEGTCVNTPGSFRCDCKKGFKGLRCEENINECDTSPCINHGTCIDERGGYRCICMP
GYGGDNCELDEDECKSFPCQNGGICTDDVNNYKCQCVEGFTGVNCEKNINDCERYPCLNG
GTCRNSIIAYKCDCLPGFEGLNCERNKNDCKGEPCKNGECFDGTDAFTCKCYPGYTGQLC
EHEIDQCEPSPCKHGGRCERHANGFKCNCPLGTWGQRCEEQKNECYSNPCYNGKCEDGFG
IYTCICDPGFSGVNCETPINECKSSPCENNGLCIDLIAGYKCDCPSGYYGPRCTSDVNEC
SPDPCLNGATCENEFNDYVCRCQPGYEGKRCEYEVNECKSNPCQHGGKCLTHFNSYSCIC
PSGFTGNNCESNIDDCRLFPCKNSGLCIDQVDGFKCICSAPYTGKTCESEMNPCNEHSCA
ANGAVCKPTPDYKDYFCSCPLGFKGRYCSVDIDECLTYPCHNGASCVNTEGSYECKCEEG
FEGRDCLLNIDDCASSPCVNGGTCLDETAGFKCLCVDGFGGNLCEEDINECASNPCKNGA
ICHEYVNSYTCECKIGFSGTNCQTNDEDCTASSCMNGGKCIDGVNNYTCVCPRGYSGRNC
QTRINPCDKNPCQNNGTCVDGGYNDYSCHCSSGWTGRNCDRLVDWCQQGASPCENGRCYQ
SGTSYNCVCEDGWTGKVCDVRKVSCRIAAKLRSVDVSDLCLNGGRCRDEWNSHVCECQDG
FYGSYCQYKKDECVSSPCQNGASCKSMIGTYSCQCLRGFQGHNCEFNIDECDPNPCQNEG
VCHDLIDGFQCTCPYGTVGKLCEFNINECLEGTCHHGGTCIDKIGGYECQCRPGFVGQRC
EGDINECLTSRCSPYGTQDCIQLTNAYKCQCKPDYMGKYCETKKNFCESSPCENGGGCTN
LIDGSGHKCSCLYGYSGQNCEFYGSVCQSNPCRHGGTCLEHSGGGFTCVCPPGTTGSFCE
QDTRNECAYNPCQKGYCIDKIGDYDCFCNPRFVGKNCDISDPSSPGGIYFQGIAEEIDLR
TEKIKCLQNGCQTKAGNNICEKECNTYACDFDGGDCRLGINLWMNCNATVGKEQKRCWEV
FQNDYCNEECNNRDCLFDGRDCDGDRTSCNSNYDVYCTDHYANGRCDESCNNEACGWDGL
DCEPPSEIHRIIPGSFYVVLHMTLEAFNSNIRKRFERYLSLELGTNFRIKKDLETDEEMI
YNFNPALLSGKFSNHAFDSTPFNQGNSSIIVYLEIDNVKCVLEERDNCIGDATGYANHFS
AVFSDNKLREPWGIAQVGASGSGRGSGSGSGSGNSNVTYSVIGIMIVLIVLAIGIVTQKN
KKRKGGITWFPDGFFTNNNHASSSKSHAQEMFPSYGSGVHKFEVPHHHFSQKDYPIDGWS
DDGDMSEHHPSKRQKRTEYSSGQTVVTDYEEDHNGDQRTWTKQHLNAADIKNPDLMGALT
PPQGEVIKQEQMTNDPDVRGPMGMTPLMIASFRGGGLDTGVDPENVDEDGDGSPAIIADL
INQGANLTSQMDKSGESPLHLAARYARADAAKKLLDAGADANAEDFTGRSPLHAAIAADA
QGVFQILLRNRATNLNAKAYDGTTPLILAARLAIEGMVEDLINAEADINASDDNGKTALH
WASAVNNVEAVNVLLANGANRDAQDAKDETPLFLSAREGSYQAARVLLDHCANRDIQDHM
DRLPLTIAREKLHHDIVTLLEEHIPPAPQMNKSPQFNPQLLGSPPMMGHHVPGKRGPNKR
KAKDDFGNNTLPRQPHQRKPSVKKSTKKSIAELDILLTPEGGFKEEPKFSPLAGSHPNLD
ELFKQQHLRHHQVQGTAHPPSYEAALLGRSMHALQGGMPGQSNLESQYNNSGNNGGGGFP
PPPQQQQLHSRQQSMPVSINSYNNQTPPHVNLSPSHVPGVMSPPHSVQSSTNMSPPQQAI
LNSIGNNNNNPSPVKSSRNNVNLPTSPTHFAALRGAAAAPRQQSFDFSSTSTQQLQQNEM
LMHHHLTQQQQQVQQQQQPPSQRFYYSQHQGMTTPSPDSPGITLSPQSEWSSEGNNDVHS
PPSSSYPQQYLTLQQQQQVQQAVQSQQGVIRSDGVLI
NT seq
7494 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggagcgacccgtattccttcttttgttcctagctctgttgtcctcctgggataccgca
gccggctttaaatcctgttcaccaacaccctgtaaaaatggtggtcaatgtatttccgtg
gactcccaatccgccaagtgcagatgtcctaccgaatatgtgggcgaatactgtcaactc
aaaaacccttgtaatcccggcgtatgtcaaaatggagggacctgcgaagtagaaatgagt
ccggatcgaaaaccaactttcaaatgtatttgtcctgtcggatacaaagaaagtttatgc
gaggtggaagaggcttttaatgcatgcaagaatctaccttgtcatcatggagggacttgt
cttctcacatccttgacagagttctcttgtatttgtcctgttggctggagaggacgaaat
tgcactgagactgattattgcgtgaacaatccttgcgttcatggtgtttgtgaatccact
cggacaagcttcgtttgtacctgtgatcccggctatgaggggtctctttgtgaaaaagat
atcaatgagtgccgtatctataacaacccttgcgaagagggaaactgtgtgaatacagac
ggcgactataaatgtatgtgcaatccgggattcactggaaagaactgtgagacacaatac
tatccctgttcacctaatccttgtgagtatggtggtcgctgtacaaaagttggcgactat
gaatatgaatgcacgtgtccaaaaggtttcaaagggaggagatgtgagataaacttggat
gactgtggacgtcatttatgtgaaaataatgctacgtgtgtggatggagttaataactat
tcctgcaaatgccctcctgaatacacagggatctattgtactaaagacgtaaatgaatgt
gaactaaaagataatccctgtcaaaacggcgccacttgtacaaatgaagacggtggatac
tcttgtatctgtgttaacggatatgcgggcaaaaactgtgagacggatgtagatgactgc
gctctaagaccctgtctaaatggaggaacctgccatgatcgtgtgagtgactatgactgt
gaatgtccagtcgggaaaactggacttctttgtcatttggatgacctttgtgttaataat
ccctgtaatggggaagccatttgtgaaacctccatggtgagtgggaactatgcctgtagt
tgtccaaaggggcgaactgggcctaaatgtgatgaggacatcgatgagtgtgctgaagga
tcgccctgtgaacatgaaggaacatgcgttaacacaccaggttctttccgttgcgattgt
aaaaaagggtttaagggtcttcgctgtgaggaaaatatcaatgagtgtgatacaagtcct
tgtattaaccatggaacttgtattgatgaacgaggtggatatagatgcatttgcatgcct
ggatatgggggagataattgtgaattggatgaggatgaatgtaaatcctttccttgtcaa
aatggagggatttgtactgacgatgtaaacaattataaatgccaatgtgttgaaggcttt
actggagttaattgtgaaaaaaatataaatgactgtgaaagatatccttgtctcaacggt
ggaacttgtcgtaattcaatcattgcatataaatgtgattgtctccctggatttgaaggt
ttgaattgcgaacgtaacaaaaatgattgtaagggcgaaccttgcaagaacggcgaatgc
tttgatggtacggatgcctttacatgtaaatgttatcctggatatactggccagctctgt
gaacatgaaattgatcaatgcgaaccaagcccctgcaaacatggtggacgctgtgaaaga
catgcaaatggttttaagtgcaattgtcctttgggaacatggggacaacgttgtgaagaa
caaaaaaatgaatgctactcaaatccctgttataatggcaaatgtgaggatggatttggt
atatacacttgtatatgtgatcctggtttttcgggcgtgaattgtgaaactcccatcaat
gaatgcaaaagttctccatgtgagaacaatggtttgtgtattgatcttatcgccggatat
aaatgtgattgcccaagtggatactatggccctagatgtacatcagatgtaaatgaatgc
agtccggatccatgtctcaatggtgctacctgcgaaaatgagtttaatgactatgtatgt
cgctgtcaacctgggtatgaaggtaaaaggtgtgaatatgaagttaatgagtgtaaatcc
aatccatgtcaacacggtgggaaatgcctcacacatttcaattcttattcatgcatctgt
ccatcaggattcactggaaataattgtgaatccaacattgacgattgtcgacttttccct
tgcaaaaatagtggtctttgtattgaccaagtcgatggcttcaaatgtatttgctctgct
ccatacacggggaaaacttgtgaaagtgaaatgaatccatgcaatgaacattcatgtgct
gccaacggagcagtctgcaaacctaccccagactacaaggattatttttgtagttgccca
ctcggatttaagggaagatattgctcagtggatattgatgaatgtctgacttacccatgc
cataatggagcttcttgtgtaaacaccgagggaagttatgagtgtaaatgtgaagagggc
tttgaaggaagagactgtctactcaacattgatgattgtgcttcctctccctgtgttaat
ggaggaacatgtcttgatgaaactgctggattcaaatgtctttgtgtagatggttttggt
ggaaatttatgtgaagaagatatcaacgaatgtgcctcaaatccctgtaaaaacggcgct
atttgtcatgaatatgtgaattcatatacttgtgagtgcaaaattggcttttcaggaaca
aattgtcaaacaaatgatgaggactgtacagcttcctcctgtatgaatggtggaaaatgt
atcgatggagtcaataattacacttgtgtatgtcctagaggctattccggaagaaattgt
cagactcgaattaatccatgcgataagaatccttgtcaaaataatggtacatgcgttgat
ggaggatacaatgattactcttgtcattgttcttcgggttggactggtagaaattgtgat
agactagttgattggtgtcaacaaggagcatctccttgtgaaaatggacgttgctatcaa
agtggtacttcctacaattgtgtttgcgaggacggttggactggaaaagtctgtgatgtt
cgtaaggtgtcttgtcgtattgcagccaaacttcgaagtgtagatgtgtctgacctatgt
ctcaacggtggaagatgtagggatgaatggaatagtcatgtttgtgaatgtcaagatggt
ttttatggtagttactgccaatacaagaaagacgaatgtgtctcttctccatgtcagaat
ggcgcttcgtgtaagagtatgattggtacatactcatgccaatgcttaagaggatttcaa
ggacataattgtgaatttaatattgatgaatgtgatcccaatccgtgtcaaaatgaagga
gtttgtcatgacctaattgatggttttcaatgcacatgtccttacggtactgttggaaag
ctatgtgaattcaatattaatgaatgtttagagggcacgtgtcatcatgggggtacttgt
attgataaaattggaggatatgaatgtcaatgtcgacctggatttgtgggacagagatgt
gaaggcgatatcaatgaatgtttgacgagtaggtgttctccttatggaactcaggattgc
atacaacttactaatgcttataaatgtcaatgtaagccagactacatggggaaatattgt
gagactaagaaaaatttctgtgagagtagcccttgtgagaatgggggtggatgtaccaac
ttgatagatgggagtggccataaatgttcttgtctctatgggtactctggacaaaattgt
gaattctatggcagtgtgtgccaaagtaatccatgtcgtcatggaggaacatgtttggaa
cattctgggggtggatttacttgtgtctgtcctcctggcaccactggatccttttgtgaa
caagacacacgaaatgagtgcgcatataatccttgtcagaaaggatactgcattgataaa
atcggcgactatgattgtttttgcaatccacgctttgttggcaaaaactgtgatatatct
gacccttcaagtcctggaggtatttatttccaaggtatagcggaagaaattgacctaaga
acagagaagataaagtgccttcaaaatggttgtcaaaccaaagctggtaataatatttgt
gaaaaagagtgcaatacatatgcatgcgattttgatggtggagactgtcgtcttggaatt
aatctctggatgaattgcaacgccactgttggtaaagagcaaaagcgatgttgggaagta
tttcaaaatgactactgtaatgaggaatgtaataatagagattgtctcttcgacggaaga
gactgtgatggagatcgcacaagctgtaattccaactatgatgtctactgtactgatcat
tatgccaatggaagatgtgatgaaagctgtaataatgaggcctgcggttgggatggactt
gactgtgagcctccatctgaaattcacagaataatacctgggtcgttctatgttgtgcta
catatgactcttgaggccttcaattctaatattcgcaaaaggtttgagcgttatttgtct
cttgaattaggaaccaactttcgtattaagaaagatttagagacagacgaagaaatgatt
tataactttaatcctgctctactctcgggaaagttctctaatcacgcctttgatagcact
cccttcaatcaagggaactcgagcatcattgtatacttagagattgataatgtgaagtgc
gttcttgaagaaagggataattgtattggtgatgccacaggatatgcaaatcattttagt
gcagtttttagtgataataagttaagagaaccatggggtattgctcaagtaggagcaagt
ggcagtggacggggaagtggatcgggttctggaagtggaaattctaatgttacttattca
gttatcgggataatgatcgttctaattgttcttgccattggaattgtgacacaaaagaat
aaaaaacgtaaaggtggaatcacatggtttcctgatggattctttacaaacaataatcat
gcttctagttcaaaatctcatgcacaagaaatgtttcctagttatggctctggagtgcac
aagtttgaagttcctcatcaccatttttctcaaaaggattatcctattgacggttggtcg
gatgatggagatatgtctgagcatcatccgtccaagcgtcaaaaaagaacagaatactca
tctggccaaacggttgtcaccgactacgaagaggatcacaatggggaccaacgtacatgg
acaaaacaacatctcaacgctgcagatattaaaaatcctgatttgatgggggccctcaca
cctccccaaggagaagttataaaacaagagcaaatgacaaatgaccctgatgttcgtggt
ccaatgggaatgacacctctaatgattgcttcatttagaggaggaggacttgatacgggt
gtagatcctgaaaatgttgatgaagatggagatggttctcctgcaattatagcggattta
attaaccaaggagctaatttaacatctcaaatggataagtctggtgagagccctcttcat
ttagccgcaagatacgctcgagctgatgctgctaaaaaattgcttgatgctggagctgat
gcaaatgctgaggactttacaggtcgtagtccacttcatgcggcaatcgctgctgatgct
caaggtgttttccaaattcttctccgaaatagagcaacaaatttgaatgcaaaggcttat
gatggaacgacacctctcatacttgcagcaagactggctattgaaggaatggttgaggat
ctaattaacgctgaagcagatattaatgcctctgatgataatggtaaaactgcacttcat
tgggcatcggctgtcaataatgttgaggctgtgaatgttctattagccaatggtgcaaat
agggatgctcaagatgccaaagatgaaactccactgttcttatcggcacgtgaaggatcc
tatcaggctgctagagttttactggatcattgtgcaaatagggatattcaagatcatatg
gatcggcttcctctcactatagctcgtgagaaacttcatcatgacattgtcacccttctt
gaagagcatattccaccagctcctcaaatgaacaaatcccctcagtttaaccctcaatta
ctgggctctccaccaatgatgggacatcatgttcctggaaagcgaggtccaaacaagaga
aaagccaaggatgactttggaaataatactctcccccgacagcctcatcaaagaaaacct
tcagttaaaaaatcaacaaaaaaatccatagctgaattagacattcttttgactcctgag
ggtgggttcaaggaagagcctaaattttcccctttagctgggagtcaccctaatttagat
gaattattcaagcagcagcaccttcgacatcatcaagtacagggaacagcgcatcctcca
agctatgaagcagctttgcttggacgctcaatgcacgctcttcaaggcggtatgcctgga
caatcaaatttagaatctcaatacaacaacagtggcaacaatggtggcggtggctttcct
cctcctcctcaacagcaacaactccattccagacagcaatccatgcctgtctcgatcaac
tcctacaataatcaaacgccacctcatgttaatctgagtccctcacatgtacccggggta
atgagtcccccacactctgtgcaatcaagtacgaacatgtcacctccacaacaagcaata
ttgaatagtattggcaacaataacaacaatccatcccctgtcaaatcatctcggaacaac
gttaatcttccaacaagtcccactcactttgctgctctccgtggtgcagcggctgctcca
cgacaacagtcatttgatttctcaagtacatctacacagcaactacaacaaaacgaaatg
ttgatgcatcatcatttaactcagcagcaacaacaggtgcagcaacaacaacaacctcct
tctcaacgtttttattattcacagcatcaaggaatgacgaccccaagtccagactctcct
ggaattactctttctccccaatcagaatggtcttctgaagggaataatgacgttcattct
ccaccttcctcttcataccctcagcagtatcttacacttcaacaacagcaacaagtccaa
caagctgtacaatctcagcaaggtgtgattcgctctgatggagtcttgatataa
DBGET
integrated database retrieval system
