Plasmodium falciparum 3D7: PF3D7_1103800
Help
Entry
PF3D7_1103800 CDS
T00095
Name
(RefSeq) CCR4-NOT transcription complex subunit 1, putative
KO
K12604
CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
pfa
Plasmodium falciparum 3D7
Pathway
pfa03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
pfa00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
PF3D7_1103800
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
pfa03019
]
PF3D7_1103800
Messenger RNA biogenesis [BR:
pfa03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
mRNA cycle factors
P-body specific factors
PF3D7_1103800
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Ccr4-NOT complex
PF3D7_1103800
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Not1
DUF3819
CNOT1_TTP_bind
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
810602
NCBI-ProteinID:
XP_001347725
PlasmoDB:
PF3D7_1103800
UniProt:
Q8IIW4
LinkDB
All DBs
Position
11:163985..174100
Genome browser
AA seq
3371 aa
AA seq
DB search
MNNNFNINVQMDEESVKKYEAEVNNYFAKLYTGDITVNTMLDILKGLSSSPKGSKNNDVY
KCMLLVLFNECKFFPKYPPEELDITAKLFGKLIKNNLLMDYGNSLNIALMCILEAIRKEN
DIKMFNFGITALEQFEEYLLCYPSFLSSLLTMNNLRKYNPQYVTHYNDLLSILPEHIRSM
PYIEPSIIIKIKQLYSMNTNKVNPTINNMQLINDEHTNYVSLNRNNNINNNINNNINNNM
NNYHNNNNNINENIKIGLHMDRSNYNNENITLINDNTNTNNIIINNNNINNDIYNNNMNG
YDINHDNINKRNNSINVVNVLDGILNNNINNDNLLSSINNMVPNYQQQVPNFSQHINNDI
SSNINDNIILKNKNMNNNINSNIFNTNHFPITNKNNISYNNNICNILNNENSNNNINNNE
NQLYLNKPYLNSTKDIINQYNKNVNILGTNNNIKRDINSKLTHGFNQNNLETNIPNVIDN
SINMGIKEHVKNILDHKKDNMNNMNNMNNMNNMNNMNNMNNVNNVNNVNNMNNMNNMNNM
NNMNNINNINNMNNMNNVQSVNIQHNNNNYNLIKAKEQSSDIIETFYDQIQKKLPNNLNA
NNINGFGLGQIECLMDATELTKNIILPSSIIIGEVFSIFNTLCLFNIDEKIKILKDFMQP
DYFNWLAFYIVKSRASKEVNLHNVFLEFIDKLSYPLFIDTIISMTYDCILILFKYINELK
EVSAFRTVLKNLGSWLGFITLGRNRPLKSKILDLKVVLFEAYDKGCLVCILPMVCKILES
IKLSKNFKPPNPWTTAILCLLTEIHELPNVKTYIIFEVEVLFKNLSLNIQEFQNKTILLS
KRMPPQNKKSDFVMSKNNMNNKNIMTNNNNNNNNNNNNNNNNNNSNNNNINLNDLNIISS
TNNFNLPVDLKNIYMKENRSNVNNIYNINNSINDSTKLEELQNISQNILSNNRINTEIDT
YFNTNNQPSLNTIESHWNQNEINKKINPLINDASLVSSFNPPDLKLINSNTSQKVVYNQN
RNHYVINNDQHIPNVNSNMNRTSNINNNICDVNKNSNHKFLQSLGNAVIISPSIALFQIQ
PTLKRVVPVAVDRAIREIIASILERSVSICCVTTREIICKDFCLETNEYLIRKAAHIMVA
SLASSLALATCKEPLRISLTQHLRQLLQPTSTKDCNDQVLIEQVVQILCADNLELGCNLI
EQAVIEKAIKDINESLEPLFLTKEIARESDISLRESSHLSKSKKMQLEFSHILNLENPIT
SKHLNIYTNFINISPLKKLEAAVKALTLIYKNINDIKDSNKATPPYQYNGNLIQNNEEIN
NYSKANTITHSSNIKEKIYISKDDIKINEKMNLEKYNINNKSKNEHHIANIQNNNNKENY
NEQNVLSNNITLEVNLQLHKVLKKLELATGQLKEAINDIINLPPILFNVNKEINLSNVNK
MNLYLLYSLSVDGNIFNLIKSIPEIAALTKNKYETIISYTNKIYTFLLEITLPIQQTQVS
IKSIHVTGIYLEVFLCILEKLKYKCPLLKDHITNIIMFNKNKYDNVSKNNNNNNNNNGNN
PNSQMSHINVKGELHNDNINLENKNKDIDTQNCPNDQDQYMNMYKYNVNVTAGLIRYNLI
DIEKYKKYLEKELINNKENFTNLIEFVILLFKNILIDFHIYRYNDFQNIFSLINKFKTEG
KKKKNALQNKTIYVHGWGNVNIKEAIDKLNVEAQKIKENNETVYFSDVMQFCVEYFNKEQ
EEDEKEKEQEEQEEQKEQEEQKEQKGQEEQKGQKEQKGQKEQKGQKEQEEQKEQEEQNIE
QIIKSKGEEIQNNEKIKEEENQNNKKKDDQTKANEDDVNRDDTYKNDIKYDENKNDNDNN
EELKQINEEKVETKKKKKEKQKKAKMLVQNNENTNNIENKQNQETIINESINKNKKEEID
IKKSLDNHSENFKRECSESLINTNKDQPCDIASQESNELINNSGIKKKNTKKKEKKNKKL
NEECKENMDEESKEKIDEEKKEKIDEEKKEKIDEEKKEKTNEEKKDKINEEKNNKLIKES
VINKNDKNHVQFQYSNNDIKRDNLKYVQYKKKYLKILMNPKHLTTLTQIIDFCLNTNWNI
IQIKKKSKIFKDKGVGGLRVVPRPQQVTNEHEEIISFAFNQWVKLTSLNNIDNPNESYMK
FFQSISNQGLLKIDSNIDNFFTVCIYKAVEGACTVLNLYEEQKEHGTECGSANVDIKEKN
NINLSLDDMNNNNNLKNEQPTEFMNNNNGSATAEISDNKDNTINNDSNKNNNGTKKGKSN
KTDETDVNSLKSEQEKKDTEDGNNTSEKKKDKKKKKDKKNNHDINNNNNNNKNETCIEKT
ENIQENNNDTNNEFNKNKDIYIENNEEPYFDDTYSDISSCNLTFYSNISNKSENISDEEE
YTDCVGNNENTTKGFNYKKEEILKNLTSAINQSIGINIDDIQNKIQSNIMNEVSQDNKLN
DNYQIDADKKIEDLYKSENFSMGDIKYEDVIIGVYEKMEQNKIKNDNNNDDNNDDNNNDD
NNNDDNNNDDNNNNNNNNNNNNNNNNNKSDKNKDDHNIQTNNYSQSDIPNKSCNVNTNIN
DNENSNLASHANIKNQFNNNNNNLNKDNINKSTYYTYNNNDKSLSELERNILLNDTLDTT
TIDALAKMIICMMKLIDIQQISPFVLFQKVMNIFCRIIVYESRKNKSNFNQRPYYRLFLS
ILIEINKYEKSFEDIYNKFILAFGYYLCILNPIRVPAFVFAWLELISHKLFLPEILKSSK
GWYIYNKLLIYLLEFLYIFLKNNYLTDSIKILYRGTLRTLLILLHDFPEFLCVYNFSFCN
VIPLNCVQLRNLILSAFPRNIKLPHPFNPNLKIDELPEIKIPPVILNNFTFILIDYNIKK
DINNYFLKRNIIYLQKIHKKLIIKNKMKALYLKTKYNVSLINAVVLYIGMSLPSSILIFH
NSSQSHPAIEIILYLTYKFDMEGRHYLFSSIANHLRYPNSHTHYFSCLLLWIFKVSNTEI
INEQITGILIERLIVHRPHPWGLLITFIELIRNPIFKFWQCSFVSVVPEIENMFQSIAHS
CLINQMEQYQNVSSMGINSNINNTNNSENENNKISVMNNISIYSNNNNNTTTTTNNNNNS
SNNNSSSGNNHYNILNNTNVALHLKNVNHLNVFNPKNVNIQNNYKNNDINSTNINNTNNK
NLDNNNYNNYSISTQNMINNIKNFNNLNINNFPSNNMNNIKNIDNTYAKANINNYFIKNN
IPSKISNHISFNTQNNTNINKHHPLNEQNNNKEFSNMNQNIIHNFNINSHPTQTSETNII
DPNIFNINDNKSKNIPIEKDAYMKEIKRNIQNNNFINHDNNKNTNAFNNNMVDHNVKNFL
NQKKKNLTFKE
NT seq
10116 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaataataattttaatataaatgtacaaatggatgaagaatctgttaagaaatatgaa
gcagaagtaaataattattttgcaaaattgtacacaggggatattacagtaaatactatg
ctagatatattaaaaggtttatctagttcccctaaaggatcgaaaaataatgatgtgtat
aaatgtatgttattagtactgtttaatgaatgtaaattttttccaaaatatccacctgaa
gaattagatataacagctaagttatttggaaaattaattaaaaataatctgttaatggat
tatggaaattcattaaatatcgctctcatgtgtatactagaagctattcgaaaagaaaat
gatataaaaatgtttaactttggtataacagcattagaacaatttgaagaatatttatta
tgttatccaagttttttatcatcattattaacaatgaataatttaagaaagtataatcct
caatatgttacacattataatgatttattaagtatactcccagaacatataagatctatg
ccatatatagaaccttctattataataaaaataaaacaactttattctatgaatacaaat
aaggtaaaccctactataaataatatgcaattaataaatgatgagcacaccaattatgtt
tcactcaacagaaacaataacatcaacaataacatcaacaataacatcaacaataacatg
aataactaccataataataataataatataaatgaaaacattaaaattggtctacatatg
gatagatcaaattataataatgaaaatataacccttattaacgataatacaaatactaat
aatattattattaataataataatattaataatgatatatataataacaatatgaatgga
tatgatattaatcatgataatattaacaaacgaaacaattccataaatgttgtgaacgtt
ctggatggtatcttaaataataatataaacaatgataatttattatccagtattaataat
atggtaccaaattatcaacaacaagtaccaaacttctcacaacatattaataatgatatc
tcttcaaatattaacgataatattattttaaaaaataaaaacatgaacaataatataaat
agcaatatttttaatacaaaccattttcccataactaacaaaaacaatattagttataat
aacaatatttgtaatatattaaataatgaaaattcaaataacaatattaataataatgaa
aatcaattatatctaaacaaaccttacttaaattcaacaaaagatatcataaatcaatat
aataaaaatgtaaacatattaggaacaaataacaatattaaaagagatataaattctaaa
cttacacatggatttaatcaaaataatttagaaactaatataccaaacgtgatagataat
tcaataaacatgggcataaaggaacatgtcaagaatatattagatcacaaaaaagataac
atgaacaatatgaataatatgaataacatgaataacatgaataacatgaataacatgaat
aatgtgaataatgtgaataatgtgaataatatgaataacatgaataatatgaataacatg
aacaacatgaacaacataaataacatcaacaacatgaacaacatgaacaatgtgcaaagt
gtcaatatccaacataataataataactacaatttgattaaggcaaaagaacaatcatcg
gatattatagaaactttctatgatcaaattcaaaaaaaattaccaaataatctgaacgca
aacaatataaacggtttcggtttaggacaaatagaatgtttaatggatgctacagaactt
accaaaaatattattcttccctcatccataattataggagaagtttttagtatttttaac
accttgtgcctatttaatattgatgaaaaaataaaaatcttaaaagattttatgcaacct
gattattttaattggctagcattttatatcgtaaaatcaagagcttctaaagaagtaaat
ttgcacaacgtatttttagaatttattgataaattaagctatccattatttatagataca
attattagtatgacctatgattgtatacttatattatttaaatatataaacgaactaaaa
gaagttagtgctttcagaacagttttaaaaaatttaggttcatggttaggattcataacc
ttaggaagaaatagaccactgaaatcaaaaatattagatttaaaagtagttctatttgaa
gcatatgataaaggttgtttagtttgtatattacctatggtatgtaaaattttggaatct
ataaaattatcaaaaaattttaaacctccaaatccttggactactgcaatattatgttta
ttaacagaaattcatgaacttccaaatgtcaaaacatacatcatatttgaagttgaggta
ttgtttaaaaatttatctttaaacattcaagaattccaaaataaaactatattgcttagt
aaaaggatgcctccacaaaataaaaaaagcgattttgttatgtcaaaaaataatatgaac
aataaaaatatcatgacaaataataacaacaacaacaacaacaacaataataataataat
aataataataatagtaacaataataatatcaatttgaatgatttaaatattatttctagt
actaataattttaacctacctgtggatttaaaaaatatatatatgaaagaaaatagatca
aatgttaataatatatataacataaataattctattaatgatagtacgaaattagaggaa
ctacaaaatatatcacaaaatatattatcaaataatagaataaatactgaaatagatact
tattttaatacaaataatcaaccatccttaaatactatagaatctcattggaaccaaaat
gaaattaataagaaaattaatcctctaataaatgacgctagtttagtttcttcctttaat
cctccagatttaaaattaattaattcaaatacatcacaaaaagttgtttacaatcaaaat
agaaatcattatgttattaacaatgatcaacatataccaaatgtaaattctaatatgaat
cgaacgtccaacataaataataatatatgtgatgttaacaaaaatagtaatcataaattt
ctacaaagtttaggtaatgcagtaattatatccccatctattgcattatttcaaatacaa
ccaaccttaaaacgagtagtaccagtagctgtcgatagagcaataagagaaataatagcg
tccatattagaaagatcagtatccatttgctgtgtgactactagagaaatcatatgtaaa
gatttttgtttagaaacaaatgaatatttaatacgtaaggcagctcatattatggttgca
tctttggctagctctttagcattagctacatgcaaagaaccattacgtatatcactaaca
caacatttaagacaattattacaaccaactagtacaaaggattgtaatgatcaagtgctt
atagaacaggttgttcaaatattatgtgcagataatttagaattaggttgtaatttaatt
gaacaggctgttattgaaaaagctataaaagatattaacgaatcattagaaccattattt
ttaaccaaagaaatagctagagaaagtgatatatctctcagagaatcaagccatcttagt
aaatcaaaaaaaatgcaattagaattctcacatattttaaatttagaaaatccaataaca
agtaaacatttaaatatatataccaattttataaatatatctcccttaaaaaagttggaa
gcagctgttaaagcattaacattaatttacaaaaatattaatgatattaaggattcaaac
aaagcaactcctccataccaatataatggaaatttaatacaaaataatgaagaaataaat
aattactcaaaagcaaatacaattacacattcatcaaacataaaagaaaaaatatacata
tcaaaagatgatataaagataaatgaaaaaatgaatttagaaaaatataatataaataat
aaatcaaaaaatgaacaccatattgcaaatatacaaaataataataataaagaaaattat
aacgaacaaaatgttttatcaaataatattacattagaagttaatttacaattacataaa
gttttaaaaaaattggaactagccacaggacaattaaaagaagctattaatgatattatt
aatttacctccaatattatttaatgttaataaagaaataaatttatctaatgttaataaa
atgaatttatatttattatatagtctatctgttgatggaaatattttcaatctaataaaa
tccataccagaaatagctgctttaacaaaaaataaatatgaaactataatttcatataca
aataaaatatatacctttcttttagaaataacattaccaatccagcaaacacaagtaagt
attaaatccattcatgttacgggtatatacttagaagtatttttatgtatattagaaaaa
ttaaaatataaatgtcctttattaaaggatcatataacgaacattataatgttcaacaag
aacaaatatgataatgtatcaaaaaataacaataataataataataataatggaaacaat
ccaaacagtcaaatgtctcatataaatgtaaaaggagaactacataatgataatattaat
ttagaaaataaaaataaagatatagatacacaaaattgtccaaatgatcaagaccaatat
atgaatatgtataaatataatgtaaatgttactgcaggtttaataagatacaatttaatt
gatatagaaaaatataaaaaatatttagaaaaagaactcattaataataaagaaaatttt
actaacctaatagaatttgttatattacttttcaaaaatattttaatagattttcatata
tatagatataatgattttcaaaatatattctctttaataaacaaatttaaaacagaagga
aaaaaaaaaaaaaacgcacttcagaataaaactatttatgtacacggatggggaaatgta
aatataaaagaagcaatcgataagttaaatgtcgaagctcaaaaaattaaagaaaataat
gaaactgtctatttttcagatgtaatgcaattctgcgtagaatattttaataaggaacag
gaggaagatgaaaaagaaaaagaacaagaagaacaagaagaacaaaaagaacaagaagaa
caaaaagaacaaaaaggacaagaagaacaaaaaggacaaaaagaacaaaaaggacaaaaa
gaacaaaaaggacaaaaagaacaagaagaacaaaaagaacaagaagaacaaaacattgaa
caaataataaaaagtaaaggggaagaaatccaaaataatgaaaaaataaaagaggaagaa
aaccaaaataataaaaaaaaagatgatcaaacaaaagcaaatgaagatgatgtaaataga
gatgacacatataagaatgatataaaatatgatgagaataaaaatgataacgataataac
gaagaattaaaacaaataaatgaagaaaaagttgagactaaaaaaaagaaaaaagaaaaa
caaaaaaaagcaaaaatgttagtacaaaataatgaaaatacaaataatatagaaaataaa
caaaatcaagaaactatcataaatgaaagcataaataaaaataaaaaagaagagatagat
ataaaaaaatcattagataatcattcagaaaactttaaaagggaatgttctgaaagttta
ataaatacaaacaaagatcaaccttgtgatattgcttctcaagaaagtaatgaacttatt
aacaattcaggaatcaaaaagaaaaataccaaaaaaaaggaaaaaaagaataaaaaacta
aatgaagaatgtaaagaaaatatggatgaagaaagtaaagaaaaaatagatgaagaaaaa
aaagaaaaaatagatgaagaaaaaaaagaaaaaatagatgaagaaaaaaaagaaaaaaca
aatgaagaaaagaaagacaaaataaatgaagaaaaaaataataaattaataaaagaatct
gttataaataaaaatgacaagaatcacgtacaatttcaatattccaataatgacattaaa
cgagataatctgaaatatgttcaatataaaaagaaatatttaaaaattttaatgaacccc
aaacatttaacgacgttaacacaaataattgatttctgtttaaatacaaattggaatatt
atacaaataaaaaagaaaagtaaaatttttaaagataaaggagtaggaggtttaagagta
gtacctagaccacaacaagttacaaatgaacatgaagaaattattagttttgcatttaat
caatgggttaaattaaccagtttaaataatatagataatcctaatgaaagctacatgaaa
ttttttcaaagtatatcaaatcaaggattattaaaaatagatagtaacattgataacttt
tttactgtatgtatatataaagctgtggagggagcatgtacagtattaaatttatacgaa
gaacaaaaggaacatggtaccgagtgtggtagcgcaaatgtggatataaaggaaaagaat
aatataaacctatcactcgatgacatgaacaacaataataatttaaaaaatgagcaacca
actgaatttatgaataacaataatggtagtgctacggcagaaatttcggataataaagat
aatactataaataatgactctaataaaaacaataatggtacaaaaaaaggtaaaagtaat
aaaacagatgaaactgatgtaaattccttaaaaagcgaacaagaaaaaaaagacacggaa
gatggaaataacacaagtgaaaagaaaaaagataagaaaaaaaagaaagataaaaaaaat
aatcatgatataaataataataataataataataaaaatgaaacttgtatagaaaaaaca
gaaaacattcaagaaaataataatgatacaaataatgaatttaataaaaataaagatata
tatattgaaaataacgaagaaccatattttgatgatacttattcagatatttcttcatgt
aatttaacattttattctaatatatcaaataaaagtgaaaatatttcagatgaagaagaa
tatactgattgtgtaggaaataatgaaaatactactaaaggttttaattacaaaaaggag
gaaatattaaaaaatctaacttcagccataaaccaatccataggaattaatatagatgac
atacaaaataaaatacaatctaatattatgaatgaagtaagccaagataataaattaaat
gataattatcaaatcgatgcggacaaaaaaatcgaagatttgtacaaatctgaaaatttc
agcatgggtgatataaaatatgaagatgtgataataggagtatatgagaagatggaacaa
aataaaataaaaaatgataataataatgatgataataatgatgataataataatgatgat
aataataatgatgataataataatgatgacaataataataataataataataataataat
aataataataataataataacaaatctgataaaaataaggatgatcataatatacaaaca
aacaactattcacaaagtgatataccaaataaaagttgcaatgttaataccaatattaat
gataatgagaattctaatttagctagccatgccaatattaaaaatcaatttaataataat
aataataatcttaataaggataatataaataaaagtacctattatacttacaataataat
gataaaagcctttcagagttagaaagaaatattttattaaacgatactcttgatacaact
actattgatgcattagcgaaaatgattatttgcatgatgaaattaattgatatacaacaa
atatctccttttgtgttattccaaaaagttatgaatatattttgtagaattatagtatat
gaatctagaaagaataaaagtaattttaatcaaagaccatattatagattatttttatct
atattaattgaaataaataaatatgaaaaatcattcgaagatatatataataaatttata
ttagcttttggatattacttatgtattttaaatccaatacgtgtaccagcatttgttttt
gcatggttagaattaattagccataaattatttttaccagaaatattgaaaagctctaaa
ggatggtatatatataataaattattaatatatctattagaatttttatatattttttta
aaaaataattatttaacggattcaataaaaatattatatagaggaacattaagaacatta
ttaatcttattacatgatttcccagaattcttatgtgtatataatttctcattttgtaat
gtcatacctttaaattgtgttcaattaagaaatttaatattatcagcattcccaagaaat
ataaaattacctcatccatttaatcctaacctaaaaatagatgaattaccagaaattaaa
ataccacctgttatattaaataattttacatttatattaattgattataatattaaaaaa
gatataaataattatttcctaaaaagaaatattatctatttacaaaaaatacataaaaaa
ttaattatcaaaaataaaatgaaagctttatatttaaaaacaaaatataatgtatcatta
ataaatgcagttgttttatatataggaatgtcattaccatcaagtatattaatatttcat
aactcttcacaatcacatcccgctatagaaataatactttatttaacatataaatttgat
atggaagggagacattatttattttcttcaatagctaatcatttaagatatccaaattct
cacactcattatttctcttgtctattattatggatatttaaagtatccaatacagaaatt
attaacgaacaaattacaggtatattaatagaacgtcttattgtgcatagaccacatcct
tggggattattaataacatttattgaacttataagaaatcccatttttaaattttggcaa
tgttcatttgttagcgttgttccagaaattgaaaatatgtttcagtctatagctcattca
tgtttgattaatcagatggaacaatatcaaaatgtttctagcatggggataaatagcaat
attaataatacgaataacagtgagaatgagaataataaaataagtgtaatgaataatatt
agcatttatagtaataataataataatactactactactactaataataataataatagt
agtaataataatagtagtagtggtaataatcattacaatatcttgaataacacaaatgtg
gcacttcatttaaaaaatgtaaaccatttaaatgtgtttaatcctaaaaatgttaacata
caaaataactataaaaataatgatataaattcaacaaatataaataacacaaataataaa
aacttagataataacaattataataattatagtatttcaacacaaaatatgatcaataat
attaaaaattttaataatttaaatataaataattttccatcaaacaatatgaataatata
aaaaatattgataatacatatgcaaaagcaaatataaataattattttataaaaaataat
atcccttctaaaatatcaaatcatatatcatttaatacacaaaataataccaacattaat
aagcaccatcctttgaatgaacaaaataataataaagaattttctaatatgaatcaaaac
attatacacaattttaacataaattcacatccaacacaaacatcagaaacaaatatcatc
gatccaaatatttttaatattaatgataataaaagtaaaaatatacctattgaaaaagat
gcttatatgaaggaaataaaaagaaatatacaaaataataattttattaatcatgacaat
aacaaaaatacaaatgcatttaataataatatggttgatcataatgttaaaaatttccta
aaccagaaaaaaaaaaatttaacatttaaagaataa
DBGET
integrated database retrieval system