Podarcis muralis (common wall lizard): 114581566
Help
Entry
114581566 CDS
T06059
Symbol
COL1A1
Name
(RefSeq) collagen alpha-1(I) chain isoform X1
KO
K06236
collagen type I alpha
Organism
pmua
Podarcis muralis (common wall lizard)
Pathway
pmua04510
Focal adhesion
pmua04512
ECM-receptor interaction
pmua04820
Cytoskeleton in muscle cells
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
pmua00001
]
09130 Environmental Information Processing
09133 Signaling molecules and interaction
04512 ECM-receptor interaction
114581566 (COL1A1)
09140 Cellular Processes
09144 Cellular community - eukaryotes
04510 Focal adhesion
114581566 (COL1A1)
09142 Cell motility
04820 Cytoskeleton in muscle cells
114581566 (COL1A1)
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pmua00536
]
114581566 (COL1A1)
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pmua00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
114581566 (COL1A1)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
COLFI
VWC
CFC
Peptidase_A3
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
114581566
NCBI-ProteinID:
XP_028557666
LinkDB
All DBs
Position
13:19782555..19828775
Genome browser
AA seq
1451 aa
AA seq
DB search
MFSFVDSRLLLLIAATVLLTKGQGGEDLPSGRCIQNGITYSDRDVWKPNACQICVCDSGS
IHCEEVICENTDDCPNPEQRDGECCLVCPETSEPLPEATGVEGPQGERGPKGDRGLPGPP
GRDGIPGQPGLPGPPGPPGPPGLGGNLAPQMGYGYDEKSGGLALPGPMGPAGPRGLPGPP
GAPGPQGFQGPPGEPGEPGAAGPMGPRGPAGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGAQGPQGAR
GLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGSPGENGAPGQVGPRGLPGERGRP
GPSGPAGARGNDGSPGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAAGPKGETGPQGARGSEGPQGARGEP
GPAGPAGAAGPSGNPGSDGQPGAKGATGAPGASGAPGFPGPRGPAGPQGPSGAPGPKGNS
GEPGAPGNKGDTGSKGEPGPAGVQGPPGPPGEEGKRGSRGEPGPAGLPGPAGERGAPGSR
GFPGSDGIAGPKGPPGERGSPGPAGPKGNTGESGRPGEPGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKT
GPTGPAGQDGRPGPAGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKPGERGAPGPTGAVGAPGKD
GETGAQGPPGPSGPAGERGEQGPGGAPGFQGLPGPAGAPGESGKPGEQGVPGDVGPPGPS
GARGERGFPGERGVQGPPGPQGARGSNGAPGNDGAKGDAGAPGAPGNQGPAGLQGMPGER
GAAGLPGAKGDRGDTGPKGADGAPGKDGLRGLTGPIGPPGPSGAPGDKGEAGPAGPAGPT
GARGAPGDRGEPGPAGPAGFAGPPGTDGQPGAKGEQGDAGAKGDAGPPGPAGATGPPGPA
GAVGAPGPKGARGSAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNTGLPGPPGPGGKEGAKGPRGET
GPAGRPGEAGPAGPPGPPGEKGSPGSDGPAGAPGTPGPQGIAGQRGVVGLPGQRGERGFP
GLPGPSGEPGKQGPSGPSGERGPPGPMGPPGLAGPPGESGREGSPGAEGAPGRDGAAGPK
GDRGETGPAGAPGAPGAPGAPGPVGPAGKNGDRGETGPAGPAGPAGPAGARGPAGPQGAR
GDKGETGEQGDRGMKGHRGFSGLQGPPGPPGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSSGAAGKD
GLNGLPGPIGPPGPRGRTGDVGPAGPPGPPGPPGPPGPPSGGFDFSFLPQPPQEKAHDGG
RYYRADDANVMRDRDLEVDTTLKSLSMQIENIRSPDGTRKNPARTCRDLKMCHGDWKSGE
YWIDPNQGCNLDAIKVYCNMETGETCVQASQPTIPQKNWYISKNPKEKKHVWFGESMSDG
FQFEYGGEGSDPADVSIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMNAETGNLQNALLLQGS
NEIEIRAEGNSRFLYGVPKDGCTRHTGSWDKTVIEYKTTKTSRLPIIDVAPMDIGGRDQE
FGLEIGPVCFL
NT seq
4356 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttcagctttgtggattcccggttactgctcttgatagcagcaactgttctactcacc
aaaggtcaaggcggagaagacctgccatctggaagatgcatacagaacggaataacgtac
agtgaccgagatgtttggaaaccaaatgcctgccagatctgcgtgtgcgacagcggcagt
atccattgcgaagaagtgatctgcgaaaacacagacgactgcccaaatcccgagcaacgc
gatggagaatgctgccttgtttgccctgaaaccagcgaacctctcccagaagccactgga
gtagagggtcctcagggggaacgaggccctaaaggagacagggggcttcctggtccccca
ggcagagacggcattcctggccaacccggactccctggacctccaggccccccaggcccc
ccaggcctcggcggaaacttggctcctcagatgggttacggttatgatgaaaaatctggt
ggccttgctcttcctggcccaatgggtccagctggtccccgtggtcttcctggtcctcct
ggcgctcccggtccccaaggtttccaaggtccccctggtgaacctggagagcctggtgct
gctggtccaatgggtccccgtggtccagctggcccacctggaaagaatggagatgatggt
gaagctggaaaacctggccgtcctggcgagcgtggtgcccaaggtccacagggtgcccgt
ggtcttcccggaacagctggccttccaggcatgaagggacacagaggtttcagcggtctt
gatggtgctaaaggtgatgctggtccagctggccccaagggcgagcctggtagccctggt
gagaatggtgctcctggacaagttggcccacgtggtcttcccggtgagagaggccgccct
ggaccttctggccctgctggtgctcgtggtaatgatggttcccccggtgctgctggcccc
ccaggccccactggtccagctggtccccctggcttccctggtgccgctggccctaagggt
gaaaccggtccccaaggtgctcgtggtagtgaaggcccacaaggtgctcgtggtgaacct
ggtcccgctggtcccgctggcgctgctggtccttctggcaaccccggttctgatggtcaa
cctggtgccaaaggtgcaactggtgctcctggagcttctggcgcccccggcttccccggt
cctcgtggcccagctggacctcagggtcccagcggcgctcctggtcccaagggtaacagc
ggtgaacccggcgctcccggaaacaaaggagatactggctctaaaggcgaacccggcccc
gctggtgtccaaggcccccctggtccacctggtgaggaaggcaagagaggatctcgtggt
gagcctggacccgctggcttgcctggacctgctggtgaacgtggtgctcccggaagccgt
ggtttccccggatctgatggcattgctggtcccaagggcccacctggcgagcgtggctct
cccggccctgctggccccaaaggaaatactggcgaatctggacgccctggtgagcctggt
ctccctggagccaagggtctgactggtagccctggaagtcctggccccgatggcaagact
ggacccactggccccgctggtcaagatggccgccccggacctgcaggtccacctggtgca
agaggtcaagctggtgtcatgggattccctggacctaaaggcgctgctggcgaacctggc
aaacctggcgagagaggtgctcctggacctactggtgctgttggtgctcctggtaaagat
ggtgaaactggtgcccagggaccccctggcccaagtggccctgctggagaaagaggcgaa
caaggtcccggtggagctcccggattccagggtcttcccggtcctgcaggtgcccctggt
gaatctggaaagcctggtgaacagggtgtccctggtgacgttggtcctcctggtccctct
ggtgcaagaggcgagagaggtttccccggtgaacgtggtgtccaaggccctccaggtcct
cagggtgcccgtggttctaatggtgctcctggtaacgatggtgctaagggtgatgctggt
gctcctggtgcccctggaaaccaaggtcctgctggccttcagggtatgcctggcgaacgt
ggtgctgctggtctgcctggtgccaagggagacagaggtgacactggtcccaaaggtgct
gatggtgctcctggcaaggatggacttagaggattgaccggacctattggcccacctgga
ccttctggtgctcctggtgacaagggtgaagctggtcctgctggtcctgctggtcccact
ggtgctcgtggtgctcccggagatcgtggtgagcctggccctgccggacccgctggattt
gccggcccccctggtactgatggacaacctggtgctaaaggtgaacaaggtgatgctggt
gctaaaggcgatgctggtcctcccggacctgctggtgccactggacctcccggacccgct
ggtgctgttggtgctcctggacccaaaggtgctcgtggaagtgcaggaccccctggtgct
actggattccccggagctgctggaagagtcggaccccctggcccatctggtaacaccggc
cttcccggccccccaggccctggtggaaaggaaggtgccaaaggaccccgtggtgagact
ggacctgctggacgccctggtgaagctggacctgctggcccacccggacctcccggcgag
aagggctctcctggttccgatggacctgctggcgcacctggtactcctggcccacaaggt
attgctgggcagcgtggtgtggttggtcttcctggacaaagaggcgagagaggtttccct
ggtcttcccgggccatctggcgagcctggcaaacaaggcccatctggtccttctggtgaa
cgcggtcctcccggcccaatgggaccacctggcttggccggaccccctggtgaatctgga
cgtgagggctctcctggtgcagaaggtgctcccggtcgcgatggtgctgctggtcccaag
ggtgatcgtggtgagaccggcccagctggtgcccctggcgctcccggtgcccccggtgcc
cctggcccagttggccctgctggcaagaatggcgaccgtggtgagactggtcccgctggc
cctgctggccccgctggccctgctggtgctcgtggtcctgcaggcccacaaggtgctcgt
ggtgacaagggtgagactggcgaacaaggtgacagaggaatgaagggtcacagaggattc
tctggtctccagggtcctcctggcccccctggctctcctggtgaacaaggtccctctggt
gcttctggtcctgctggtccaagaggtccccctggctcttctggtgccgctggcaaagac
ggtctgaatggtcttcccggccccattggcccacctggtccccgtggtcgcactggtgat
gttggtcctgctggtcctcccggacctcctggaccacctggtcccccaggcccacccagc
ggcggctttgacttcagcttcctgccccagcctcctcaggagaaagctcacgatggtggt
cgctactacagagctgacgatgcaaacgtgatgcgcgaccgtgacctggaagtcgacact
accctcaagagcctgtccatgcagattgagaacatccgcagccctgacggaacccgtaag
aacccagcccgcacttgccgcgacctgaagatgtgccacggagactggaagagtggcgag
tactggattgaccccaaccaaggctgcaatctggatgccatcaaggtctactgtaacatg
gagactggagagacttgtgtccaagcttctcagcccaccatcccccagaagaactggtac
atcagcaagaaccccaaggagaagaagcatgtctggttcggcgaaagcatgtccgatggc
ttccagttcgaatatggtggtgagggatccgacccagctgacgtttccattcaactgacc
ttcctgcggttgatgtccactgaagcttcccagaacatcacctaccactgcaagaacagc
gtggcttacatgaacgcagagaccggcaacctgcagaacgctctgctcctccaaggctcc
aacgagatcgagatcagagcagagggcaacagccgcttcctctatggagtccccaaggat
ggttgcacgcgtcacactggcagttgggacaagacagtcatcgaatacaagacaacaaaa
acttcccggttgcccatcattgatgtggctcccatggacattggtggcagagaccaggaa
ttcggccttgagattggaccagtttgcttcttgtaa
DBGET
integrated database retrieval system
