Shewanella sp. MR-4: Shewmr4_0431
Help
Entry
Shewmr4_0431 CDS
T00388
Name
(GenBank) diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)
Organism
she
Shewanella sp. MR-4
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EAL
GGDEF
Reg_prop
PAS_9
PAS_3
PAS_4
PAS
PAS_8
PAS_7
Y_Y_Y
LexA_DNA_bind
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ABI37511
LinkDB
All DBs
Position
482077..486561
Genome browser
AA seq
1494 aa
AA seq
DB search
MYEVSHQMQTRISKTLLACFILFVSGLNMVWAGGFVQRVFTDRDGLAATSIRGLTLDDHG
FIWAATEQGLYRVSNSKVRRIDKTGSESRLADDFLNSVVNVGQDKLLVSTNAALYLYDIR
NNQFTLFGSPDLFPHFPGGAMLSAARMDAQHWLLLIDNGQIYQYSPTTSELTLVTQLAVN
RDLPWRKLLVLPNEQILLAGQFDLLLLDKTGKTLSKYPWTESMGSILDMLEDTKHRVWLA
TSRGVYRFDPSSQQLEAVAELPDWSTVIVEDPKGALWFASRFGLLKWSPETHQIESYQEE
LKKQANMEILKAMLFDDSGLMWVGGSGDGLALLASQPDFILETYTADKPYALSDAMIWSI
LAAPEGLWFGSSNVMFIAKDTQQAIDIPIEGLLSHESIYDIRAFSEHYLLVSTTSGLFVV
DRTTLKGQSFAQWINGQDEFKNKLVYRTYIDPLLKGRVWIASSNGLYFWELGLKAPQAFN
IDKLSEGDVEPKRPAIRTLYRASDGKLWIGGKRVFGYLDEANEFHDQRSLFNGLSAMPTV
SHIEEMSPGIMWFGSYEKGLFEYHLNSSELVSLTALWQVSCSSVFFIQKTPKANLVACAD
SLIRQDIATGHIEMFNQLDGLISDEMNEGAYFYSPELGLYLGTPDGVMHLDVDKLTNRIT
DDHVMLESVSVYYDNSTEVSLLPQPMMQIKPDASMVSLQITNLDYLDDSPIQFKYRLRYQ
GEDDNYVLLQGESQINLAGLAAGEYGLEILSQVNGIWSDKPFVYPFYVEQHWWLTQGFKG
ILLLVFSIIALSLAWYRQRQVRTFMAMNQALTESDDRLRQSLRGSDSDLWEWHRDTQSFY
LDNRGSVLGSHANEIVATLETLPVHPEDRGKALAQWNSMLAGEIDRFEAEYRYQRRSGNW
GWLRVRGRPVARNKQTQVIERVAGIYSDITLQRQLEDEINLLAQAFENTSEGVLILDVDE
NIRVANHAAQQIIGSEQHNLVGQSFSQFVQMKDGLSAEVHQLLGQDSSWTGERELVGQNG
VICPVWLNVSVMQSASDSSLHYVIVFSDITERKRTEADLRRLANYDVLTGLPNRSLFSSR
LLQSIQMAQQSGEKLALLFLDLDRFKHVNDSYGHSMGDALLVEASNRLQSCIGSEHLLCR
FGGDEFVILLRNANNLNEINHIAERLLAQIVAPFKLFGREFYISTSIGISIWPDDAVQPE
AFIKNADLAMYHAKEEGRGNFKYYSSERNAQALYHLRLEADLRKAIEREEFELYYQPQID
ILRGDKFIGMEALIRWRHPKEGYIRPDIFIKVAEACGLVVEIDRWVFRRACLDGAKWVKR
CATQFKLSVNISAVHFRQPDFIDGIKKILADTQMPASSLGLEITEGVLMKEVQAAKSHLT
QLKELGIEVAIDDFGTGYSSLAYLRHFDVNTLKIDRSFLIDIATNSADQAIVSSIIELAR
NLKLTVVAEGVETVEQLEQVFSRGCYIVQGYYFAKPMSVTDFERYLLQKCTLSS
NT seq
4485 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtatgaagtaagtcatcaaatgcaaacaagaatatctaaaacacttctggcatgtttc
atcctttttgtctctggtctgaacatggtttgggccggtggatttgtgcagcgtgttttc
accgacagagatggactagccgccactagtatccgtggcttgaccttagatgaccatggt
ttcatctgggcggcgacggagcagggcttatatcgggttagcaattctaaggtcagacgc
atagacaaaacgggcagcgagtcccgtcttgcggatgatttcctcaactcagtggttaac
gtagggcaagacaagctgctggtgagcaccaacgcggcgctttacctctacgatatccgc
aacaatcaatttaccctgtttggctcccccgatttgtttccgcactttcccggtggcgcc
atgttgtctgctgcgcgcatggatgcacagcattggctattactgattgataatggccag
atttatcaatattcgcctacgacttctgaactcactctggtgactcaactggcggttaat
cgcgatctgccttggcgcaagctattggtgctacccaatgagcaaatactactggcgggg
caatttgatttattgctgctggataagacaggtaaaaccttaagcaaatatccttggact
gagtctatgggaagcattctcgatatgcttgaggatacaaagcatagagtttggttggcg
acgagccgcggcgtgtatcggtttgatcccagctcgcagcaacttgaggctgtggcagaa
ttacccgattggagcacagtgattgttgaggatcctaagggggcgttgtggtttgccagc
cgttttggtctgttgaaatggtcacctgagacgcaccagattgagagttatcaagaggaa
ctaaaaaagcaggccaatatggaaatcctcaaggccatgctgttcgatgactcaggctta
atgtgggtgggcggctcgggtgatggtttggcattgttggcatcacagcccgattttatc
ttagagacttatacggcagataaaccttatgcgctgagcgatgccatgatttggtcgatt
ctagcagcaccagaggggctctggtttggctcatccaatgtgatgtttattgccaaggat
actcagcaagctattgatattccgattgaaggcttgctctcccatgagagcatttacgat
atcagagcattttctgagcattatttgctggtctctaccactagtggtttgtttgtagtc
gataggacaaccttaaagggacagagctttgcacaatggataaatgggcaggatgaattt
aaaaacaagctggtttaccgcacctatatcgatcctttgttaaaggggcgagtgtggatt
gccagttccaatgggctgtatttctgggagctcggcttaaaagcgccacaagcatttaat
atcgataagctctctgaaggggatgttgagccgaagcgcccagcgattcgaaccttgtat
cgtgcctccgatggcaaactttggattggcggtaagcgagtttttggctatctagacgag
gcgaatgaattccatgatcagcgcagcctatttaatggcttgagtgccatgcccaccgtt
agccatatcgaagaaatgtctccagggatcatgtggtttggctcctacgaaaagggatta
ttcgagtatcacctcaatagcagtgaactggtttctctaaccgcgctgtggcaagtgagt
tgcagctcagtgttttttatccaaaagacgcctaaagccaatctggtagcctgcgccgat
tcgcttatccgccaagatatcgcaactgggcatatcgaaatgtttaatcaactcgatggg
ttaatttccgatgaaatgaatgaaggtgcgtatttttattcgcctgagttgggcttgtat
cttggcacaccggatggcgtcatgcacctcgatgtggataagctgaccaaccggatcacc
gacgatcatgtgatgctcgagtctgtgtctgtctattacgataacagtacggaagtctcc
ctactgccccagcccatgatgcagattaagcccgatgccagcatggtgagtttgcagatc
acaaaccttgattatctcgatgattcgccgattcaatttaaatatcggctgcgttatcaa
ggagaagatgataactacgtactgctccaaggcgagtcacagataaacctcgccggactc
gctgcgggcgagtatgggctggagattttaagccaagtgaatgggatctggtcggataaa
cccttcgtttatcccttctatgttgagcaacattggtggctaacgcagggctttaagggc
atattactgttggtgttttcgataattgccctgagtctggcctggtatcgtcagcgccaa
gttcgtacttttatggcgatgaaccaagcgctgaccgagagtgatgatcgcttgcgccag
tcgttgcgcggcagcgattccgatctctgggaatggcaccgagatacccagagcttttac
ctcgataaccgcggttctgtgcttggcagccacgccaatgagatagttgcgaccctagag
acgcttccagtccaccctgaggataggggtaaagccttagctcagtggaacagtatgctg
gcgggggaaattgacagatttgaggctgaatatcgttatcagcgtcgcagtggtaattgg
ggctggttaagggtgcgcgggcgtcctgtggctcgtaataaacaaacccaagttattgag
cgggtagcgggtatttatagtgatattaccttacagcgtcagctagaggatgaaatcaat
ctcctcgctcaagcctttgagaatacctccgagggggtgttgatcttagacgtggatgaa
aacattcgggtggcgaaccatgcggcgcagcaaattataggttcggagcagcataatctt
gttggccaatcattttcccaatttgtgcaaatgaaggatggcctatcggcggaagtacat
cagttactcggtcaagacagttcgtggacgggggaacgtgagttagtggggcagaatggg
gtgatttgccccgtatggcttaacgtctctgtgatgcaatctgctagcgatagttcactg
cattatgtcattgtattttcagatatcaccgagcggaaacgtaccgaggcggacttaaga
cgactggctaattatgatgtgttaactggattgccgaaccgctctttattttcttctagg
ttattacagtcgatacaaatggcgcagcaaagcggtgaaaagctggcgttgttatttttg
gaccttgatcgatttaagcatgttaacgactcctacggccacagtatgggcgatgccttg
ttggttgaagcttcaaaccgcttgcagtcttgtatcggcagtgagcatttattgtgtcgt
tttggcggcgatgagtttgtaatcctgcttagaaacgctaacaatctcaatgaaattaac
catattgccgagcgattactcgcgcaaattgtcgcgccattcaaattgtttggtcgggag
ttttacatttcgaccagtatcggcatcagtatttggcccgatgatgcggtgcagcccgaa
gcctttattaaaaatgccgacctggccatgtaccacgccaaggaagaagggcgcggcaac
tttaaatattattcctcggagcgcaatgcccaagccttatatcatttacgcttggaggcg
gatttacgtaaggccatcgagcgggaagagtttgaactctattaccagccgcaaattgat
atcttacggggcgataaatttattgggatggaagccttaattcgttggcgccatcctaag
gaaggttacatccgtcccgatatttttattaaggtcgccgaagcttgtggtttagtggtt
gaaatcgaccgctgggtatttcgtcgagcctgtttagacggtgctaaatgggtaaaacgt
tgtgccacacagtttaaattgtcggtgaatatttcggcggtacatttccgccagccagat
tttattgacggcataaagaaaattttggccgatacacaaatgccggcttcatccctcggg
ttagaaatcaccgaaggggtgttgatgaaggaagtgcaagcggcgaaaagtcaccttact
cagcttaaagaattggggattgaagtcgctatcgacgactttggcactggctattcttct
ttggcatatttacgtcattttgatgtgaacacattaaagatcgaccgctcattcttaatt
gatatcgccaccaactctgcggatcaggccattgtcagtagtattattgagctggctcgt
aacttaaaattaaccgtagtagctgaaggagtcgaaaccgttgagcagttggagcaagtc
tttagccgcggttgttatattgtgcagggctattactttgcaaaacctatgtcggtcact
gactttgagcggtatttattgcaaaaatgtacgttgagctcttaa
DBGET
integrated database retrieval system