KEGG   Sphingobacterium sp. ML3W: KO02_10895Help
Entry
KO02_10895        CDS       T03258                                 

Definition
(GenBank) ATP-dependent DNA ligase
  KO
K01971  
bifunctional non-homologous end joining protein LigD [EC:6.5.1.1]
Organism
sht  Sphingobacterium sp. ML3W
Pathway
Non-homologous end-joining
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:sht00001]
 Genetic Information Processing
  Replication and repair
   03450 Non-homologous end-joining
    KO02_10895
Enzymes [BR:sht01000]
 6. Ligases
  6.5  Forming phosphoric-ester bonds
   6.5.1  Ligases that form phosphoric-ester bonds (only sub-subclass identified to date)
    6.5.1.1  DNA ligase (ATP)
     KO02_10895
DNA repair and recombination proteins [BR:sht03400]
 Prokaryotic Type
  DSBR (double strand breaks repair)
   NHEJ (non-homologous end-joining)
    Two-component NHEJ DNA repair complex
     KO02_10895
BRITE hierarchy
SSDB OrthologParalogGene clusterGFIT
Motif Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID: 
UniProt: 
LinkDB All DBs
Position
2470841..2473330
Genome map
AA seq 829 aa AA seqDB search
MDNLKAYRDKRDFKKTREPHGAKSKHKTERLRFVVQRHHASHLHYDFRLELDGVLKSWAV
PKGPSLNPTDKRLAVQVEDHPIDYASFEGSIPKGHYGAGQVYIFDAGYYDFLEDANTSEF
STKLEKGSIKFVLHGHVLKGEFALVRMQDGKNKNWLLIKHRDKYALDGPFDIEDFVDDKI
KKISRAIETDGEHINRRRDKRDKKKLVEHAGTEKQDLMKVKLIEKVPQEQGWVFERKYDG
YRIVATRDKSNIEVMSRNGINMSPLFPSLVTCLQQAVVQRFQLDGELILEDVRGKSFFQS
LQKGEPFRGGLTLKYIAFDLLELDGNDLTGFPLIERRALLELFLKKNKFSMVLPAEILDG
KPNELLAYAEEKGWEGVVGKLTSSSYQRGRRSGDWVKIKVRKNLEALVCGFSKPSGSRAY
FGALILGYYEEGRLIYLGNCGTGFTDADLKEIYELVEKFKVNDKPFAPTIMVAKEKEVSW
LDPQLVVSVSYNDWTQDRRLRHAVFKGIRTDKTRDNINFEEIRATLPPERIQEEMIIDGN
LVQLSNLNKIYWPDEGYTKGQMLTYYDEFADYMLPFLHDKPISLNRFPNGIASKSFFQKD
VLPKNLPSWLETSIIFSESSNRDVHYLICNNRESLLYIANLGSIEINPWLSTYQKPEMPT
FAVLDLDPNGMDFQEVIRVALTVSELLRQIKVEGYVKTSGSTGLHIYFYLQEYYNYEVAR
NFVEWLATSVHQQHPQTTSMERNVNKRKGLIYLDFMQNRRGQTVAAPYAIRPKKGATIST
PLDWEEVNAKLTIAHYDIRSVPIRLRNMIDPWQSIWNNPIDLKSVLAAL
NT seq 2490 nt NT seq  +upstreamnt  +downstreamnt
atggataatttaaaagcatatcgggataaacgtgattttaagaaaactagggagccgcat
ggagcaaaaagcaaacataaaacagaacgattacgttttgtggttcagcggcatcatgca
agtcatctgcattatgatttccgcttagagttggatggggttttaaaaagttgggctgtg
cctaaaggaccttcgctaaatcccactgataaacgattggcagtgcaagtggaggatcac
ccgattgattatgcttcttttgagggtagtattccgaaaggtcattatggtgctggacag
gtatacatttttgatgcggggtattatgattttttggaggatgctaatacaagtgagttt
agcacaaaattagaaaaagggtctattaaattcgtattacacggacatgttttaaaaggt
gaatttgcattggttagaatgcaagatggtaagaataaaaactggctattaattaagcat
cgggacaagtatgctttggatggaccatttgatattgaagattttgtagatgataaaatc
aagaaaatcagtcgggctattgaaactgatggtgaacatataaatagaaggcgggataaa
agagataagaaaaaattggttgaacatgcagggactgaaaaacaagatttaatgaaggtc
aaactaattgaaaaagtgccgcaggagcagggttgggtgtttgagaggaaatatgatggt
tatcgcatagtcgccactagagataagagtaatattgaggttatgtctcgtaatggcatt
aatatgagtcctttatttcccagcttagtcacctgcttgcagcaggctgtagtgcagcgt
ttccaattggatggggaattgatattggaagatgtaagaggtaagtcattctttcagtct
ttacagaaaggggagccttttaggggaggattaaccttaaaatatattgcttttgattta
ttggagctggatgggaatgacctaacaggttttcctctaatagagaggagagcgctttta
gaactgtttttaaaaaagaataagttttcgatggtccttcctgcggagatacttgacggt
aaaccaaatgagttattggcctatgctgaggaaaagggttgggaaggtgttgtcggtaaa
ttgacaagcagtagttatcagagaggtagacggtccggagactgggtaaaaatcaaggta
agaaaaaatttggaggctttggtttgtggtttctccaagccttcgggtagccgtgcttat
ttcggtgcgctgattcttggctattacgaagagggacgtttaatctatttgggtaattgc
ggtacaggttttacggatgccgatttaaaggaaatctatgagcttgttgaaaaattcaaa
gttaatgataaaccttttgcaccgacgataatggtggcaaaagaaaaagaggtcagttgg
ttggatccgcaattggtggtttcagtatcttataatgattggactcaagacaggcgcctg
aggcatgcggtctttaagggtattagaacggataaaacacgtgataatatcaactttgag
gaaataagagcaacacttccgcctgagcgtatacaagaagaaatgataattgatgggaac
cttgtccaattgagtaacctaaataaaatctattggcccgatgaaggttataccaaaggt
caaatgttgacatattatgatgaatttgcagattatatgttaccttttttgcacgataag
ccaatttcattaaatcgctttcccaatggtattgcaagcaaaagtttctttcaaaaagat
gtgctccccaaaaatttgccaagttggttagagaccagtattattttttctgaaagcagt
aatcgtgatgtacattatttgatttgtaataatcgagaatccctgctttatatagccaat
ttgggttctattgaaattaatccctggttatcgacatatcaaaagccagaaatgccaact
tttgcggtgttggatttagatcctaatggaatggattttcaggaggtcatacgtgtagcg
ttgacggtgagtgaattgctgaggcaaattaaggtcgaagggtatgtgaagacgtcggga
tctacgggtttacatatttatttttaccttcaggaatactacaactatgaagttgcgcga
aattttgtggagtggttagctacctctgttcaccaacaacacccacaaactacgagcatg
gaaaggaatgtgaacaagcggaaaggattaatctatttggattttatgcaaaatagaaga
gggcaaaccgtagcagcaccttatgctatacgcccaaaaaaaggagcaaccatcagcact
ccattagattgggaagaagttaatgcaaagttgacgattgcccattacgatattcgcagt
gtgcccattcgtttgcgaaatatgattgatccatggcaatcgatatggaataaccccatc
gatttaaaaagtgtactggcagcactctag

DBGET integrated database retrieval system