Branchiostoma floridae (Florida lancelet): 118426846
Help
Entry
118426846 CDS
T01074
Name
(RefSeq) SCO-spondin-like
Organism
bfo
Branchiostoma floridae (Florida lancelet)
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
TSP_1
TSP1_spondin
TIL
Ldl_recept_a
Pacifastin_I
TSP1_CCN
TSP1_ADAMTS
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
118426846
NCBI-ProteinID:
XP_035692294
UniProt:
A0A9J7M2X8
LinkDB
All DBs
Position
1:complement(11963146..12007652)
Genome browser
AA seq
3281 aa
AA seq
DB search
MSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGS
TSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSS
PGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSA
VPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGL
GTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPG
VSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTS
GPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVST
AGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPG
VSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGP
GLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVST
TAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLT
PSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAV
LGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPST
TSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGS
TSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSS
PGLGTSGPGVSTTAVLGSTSAVPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVLGSTSA
VPGVSTAGPGLTPSTTSSPGLGTSGPGVSTTAVQGTTSAAGPGVTPFSTPMFTATVPITV
TVVSYTSISGQCNSEFQFTCSNGDCVGVSLRCDGFSDCSDGSDETECVDCVYGSWGLWSA
CSLSCGLGTKQRDRAVIQEAGSGGIVCNENTLTDSETCYVQPCPLDGGWADWSSWTECDV
SCDGGVQTRWRTCTNPTPKDGGQDCYGDWMEMNSCNTVPCELTNCPEGKMYISEADCLTF
DPCPYACASLAPEAACLAVCEPGCYCEAGTVLEAGECVPVQDCRCFHGGVEYQSGQAITD
ENCHHCECSNGTMSCTQQECPVNCGWSAWTTWTVCDKSCGVGYQERFRSANNPVAAHGGQ
ECTGDSHQMQPCNVFSCPAEWSDWSNWTACSSACDGGERTRTRVCIPDGLSVLDCPGNDT
QTMPCNTDSCGETCAEDKVYKECDPCPHSCTDLQDGVQCIQDECLPGCYCPDGQALQDGQ
CVSEANCRCRLPLISGGSMEIESGTTVVKDCTNCTCDSGRLLCEPGGCPVDGGWTVWTPW
TVCSKQCVDDLGTVGSRSRFRNCTNPPPQHGGETCGGMGEEREDCNTHRCPVDGQWGAWS
PWSSCSQTCSGGSRIQHRVCDSPASAYGGEPCPGPASQTMECGEPCSECPAGMVYLTEDE
CGTTCPRTCAELSSQVMCTSSCQAGCHCADGKVLQDGECVDPPQCRCTYQTQEVPPGAVL
PYNECNNCTCVNGNMECDTAPCPVDCGWCPWSTWGECSKTCGAGVQSRYRSGDNPPPQNG
GKMCEGPATDIDPCNTQPCEVSLVGWSAWTNWTLCTATCGNGLQYRYRECPEGEICDGDA
MEETVCYAGICVYHGNWGAWSTWTTCSASCGTGFTARQRECNNPAPSNGGNFCEGSATEG
VQCNMGSCNAHLCENITGSVYDDCGPACPRLCEDMSACVWSCQPGCYCPSGLVLNENRTA
CVDASACSCLDLETDTRHPPDSVITKDCNQCVCKNGQFSCTGEQCEVPGGWCYWGAWSMA
SCQGSCDSMQTRQRVCACPAPISQEGMCADVHSLEEGYGLQQENAPCEPYNPCPVDGNWT
EWSVWSGCEQCMAGSEFRTRSCANPPPQHGGEECTGNHTMSRPCQVDTELCGPECSPGLV
LHTCHTGSLTCLDLKDSNELTENHTCTAACTCPGEQLLHNGTCVDIGDCPCTYREDELPG
YMPVPGAELHLLTLTAEETISLSCNNCTCTAGKMVCTTAVCEVDGNWSLWSTWSVCSVPC
GGGAQYRHRSCDNPAPANGGQACAGLDQESQSCNEQLCTGGNETVAPGWSSWSSWSACTA
SCDGGQKTRARACTSPAPQDGEDFCEGGTEGGIETVLCNTQQCPCLACVCEFDPAAEFGD
GSVTGSLTDGTEVSAGHDVPSGSSLAVQCNLCVCQDGVFTCTQDLCKVDGGVSEWSGWSN
CSLPCGGLGTRTRTRDCSNPAPENGGLDCTAALTETVYCQTPACPVAGSWSEWSSWGSCS
ATCGGGSRQRQRTCTNPAPLHGGTDCQGVSTQTQECNLQECDTVCSGGKQYTTMCSSCPH
TCAEQAGTAECVEPETCEPGCRCPQGLYEQAGQCVSPVVCRCEGDAGAMVEPGQVVTQNC
STCVCLNGMLNCTDDPSCFVTPGWSGWEVWTPCSKSCIQGVAEFGSSVRSRRRYCTDPPP
SAGQDSCVGDDLEEQICNVPECPLVGGWTEWSQWSACTVTCGAGTSLRYRNCTNPPPSLP
DLTCEGSAVQTTTCMAESDCEGCPAGQVYHSCLPCPRTCLDKQNHVECVQQECVPGCGCP
SGQLLSGDSCVEEDSCPCSHVDPADSGASPVLYSDGDVVSISCNNCTCTAGHFSCSNLVC
DVDCTWNAWSTWSACSKSCGVGERSRHRTYNPAQGSGAQCASLWYTTETQDCNTHACSVN
GEWGQWSAWTPCDASCDGGSSYRSRACDNPPPKNGGNDCEGEHSELTLCNTDPCDGTCPD
GLVYDTCATTCGHRCSDFHQDVACVDAEECTPGCGCPQGWYLQNGECVLRSQCECVDSQG
QQWAPGSTQIQGCNNCTCADGQVTCGTDSCPVDCVWSAWSSWTACTATCGPATMTRYRSD
NNPPASSGGAACEGISLETQSCELPLCPAVCYGPNGEVTQVGETYQPHPCTECQCTANDW
NCQVIPCSQAGSWSAWLEWSECPVTCGSGQQSRVRACSDPAPLYGGADCEGNNMEMRPCG
QQACHVPEQCSLQTEVRNLTRGECVAPGVEVQFCSGACPSYTDIVFTEPYVVTVCECCSY
VLDALQPTQFVTMTCQGSGEDSLVLPRIASCNCASEHCPDK
NT seq
9846 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcatcaccaggccttggcaccagtggccctggagtgtccacaacagctgttctagga
tcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacg
tcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttctaggatca
acaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtca
tcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttctaggatcaaca
agtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatca
ccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagt
gcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcacca
ggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgca
gttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggt
cttggcaccagtggccctggagtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagtt
ccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtctt
ggcaccagtggccctggagtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttcca
ggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggc
accagtggccctggagtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggt
gtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcacc
agtggccctggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtg
agtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagt
ggccctggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagt
acagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggc
cctggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtaca
gcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccct
ggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagca
ggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggg
gtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggt
ccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtc
tccacaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtcca
ggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctcc
acaacagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccagga
ttgacaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccaca
acagctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattg
acaccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaaca
gctgttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgaca
ccaagcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagct
gttctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacacca
agcactacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgtt
ctaggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagc
actacgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttcta
ggatcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcact
acgtcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttctagga
tcaacaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacg
tcatcaccaggtcttggcaccagtggccctggagtctccacaacagctgttctaggatca
acaagtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtca
tcaccaggtcttggcaccagtggccctggagtctccacaacagctgttctaggatcaaca
agtgcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatca
ccaggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagt
gcagttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcacca
ggtcttggcaccagtggccctggggtctccacaacagctgttctaggatcaacaagtgca
gttccaggtgtgagtacagcaggtccaggattgacaccaagcactacgtcatcaccaggt
cttggcaccagtggccctggagtctccacaacagctgttcaaggaacaacaagtgcagca
ggtccaggagtcacaccattcagcactcctatgtttactgcaacagttccaattactgtt
actgttgtttcgtacacttctatttcaggacaatgtaactctgaatttcagttcacctgt
tccaacggagactgtgttggtgtttcactgagatgtgatggctttagtgactgtagtgat
ggttctgatgagactgaatgtgttgactgtgtctatgggagctggggactctggagtgca
tgttcattgtcttgtgggctgggaactaaacagagagacagagctgtcattcaagaggca
gggtctggtggaatagtatgcaatgagaacacactcactgacagtgagacttgttatgtc
caaccatgtccacttgatggtggctgggcagattggtcaagctggacggagtgcgatgtc
tcctgcgatggtggtgtccaaacaagatggcggacgtgtactaaccccacacccaaagat
ggcggccaggattgctatggcgactggatggagatgaacagctgtaacactgtgccctgt
gaactcacaaactgtccggaggggaagatgtacatcagcgaggcagactgtctgaccttc
gacccttgtccctatgcctgtgcaagccttgctcctgaagcagcttgtctggcagtgtgt
gaaccagggtgttattgtgaagcggggactgtgctggaggcaggagagtgtgtgcccgtc
caggactgtcgctgctttcatggaggagtagagtaccagtcaggacaggccatcactgat
gagaactgccaccactgtgagtgcagcaatggaactatgtcttgcacccagcaggaatgt
ccagtgaactgtggctggtcagcctggaccacatggacagtctgcgacaaatcctgtggg
gttgggtaccaggagcgcttcaggtctgcaaacaacccagttgcagcccatggaggccag
gagtgtacaggagactctcaccagatgcagccctgcaatgtcttctcctgtcctgcggag
tggagtgattggtccaactggacagcctgttcctcagcatgtgacggcggggagaggacc
aggacccgtgtctgcatacctgatggactgtctgttttagactgtcctgggaatgacaca
caaactatgccttgtaacaccgacagctgtggagaaacctgtgctgaggacaaagtgtac
aaggagtgtgatccttgccctcacagttgtacagaccttcaggatggtgtccagtgtatt
caggatgaatgcctgcctggatgctactgccctgatggtcaggcactacaggatggccag
tgtgtctcagaagcaaattgcagatgcaggctgcccctcatctcaggaggttccatggaa
atcgagtctggaaccacagttgtaaaggactgcaccaattgcacctgtgacagtggaaga
ttactctgtgaaccaggtggctgtccagttgatggaggatggactgtctggacgccatgg
acagtgtgttccaagcaatgtgtggatgaccttggcacagtgggatcaaggtcacggttc
cgcaactgcaccaacccgccgccccagcacgggggagaaacctgcggtgggatgggtgaa
gagagggaggactgtaacactcacaggtgtccagtggatggacagtggggtgcctggtcc
ccctggagttcctgtagtcagacctgttctggtggaagtcggatccaacaccgagtgtgc
gacagtcctgcctcggcctacggtggtgagccctgtccaggcccagcctctcagaccatg
gagtgtggagagccttgctcggagtgtcctgccgggatggtttacctgacggaggacgag
tgtggcaccacctgcccacggacatgtgcagagttgagctcacaggtcatgtgcacctcc
agctgccaggccgggtgccattgtgctgatgggaaggtgctccaggatggagagtgtgtg
gatccccctcagtgcagatgtacctaccagactcaggaggtgccaccaggggcagttctg
ccttacaatgagtgtaacaactgcacttgtgtgaatggcaatatggaatgtgacactgca
ccctgtccagtggactgtggttggtgcccctggtcgacttggggagaatgcagcaagacc
tgtggtgctggcgtgcaatcccgttatcgctccggagacaacccacctccgcagaatggc
gggaagatgtgtgagggacctgcgacagacattgatccctgcaacactcagccatgcgag
gtgtcgctggttggctggtcagcctggaccaactggacattgtgcacggccacatgtggg
aatggcctacagtaccgctacagggagtgtcctgagggagagatctgtgatggggatgcc
atggaggagactgtgtgttatgctgggatctgcgtttaccatggtaactggggtgcctgg
tcaacatggaccacatgctctgcaagttgtggtactggcttcacggcgcgccagcgggaa
tgtaacaatccagcaccgtccaacggtggtaacttctgtgaggggtctgctacggaaggg
gtgcagtgcaacatgggaagctgtaacgcccatctgtgtgagaacattacgggctctgtg
tacgatgactgcggcccagcctgcccccggttgtgcgaggacatgtctgcctgtgtctgg
tcgtgccagcctggctgctactgtcccagtgggctcgttctgaacgagaaccggaccgcc
tgcgtggacgcttcggcctgcagctgtctggacttggagactgacaccagacatccgcca
gacagtgtcatcacaaaggactgcaaccaatgtgtctgcaagaatggccagttttcctgc
acaggagaacagtgtgaagttccaggtggctggtgttactggggtgcttggtccatggca
agctgtcagggctcgtgtgactcgatgcagacccggcagcgtgtgtgcgcctgtccggct
cccatctcacaggaggggatgtgcgcagacgttcacagtctggaggagggttacgggctt
caacaggaaaatgcaccatgtgaaccttacaatccatgtcctgttgacggcaactggaca
gagtggtcagtctggtctgggtgtgagcagtgcatggcgggtagtgagttccgtacgcgg
tcctgtgcaaacccccctccccagcatggcggtgaggagtgcacagggaatcacaccatg
tcccgcccctgccaggtggacacagagctgtgtggaccggaatgttcaccgggcctggtg
ctgcacacctgccacacaggctctctcacctgtctagatctgaaggactccaatgagctc
acggagaaccacacctgcacagctgcatgcacctgtccaggagaacagctgctgcacaat
gggacttgtgtggacataggggactgtccatgtacctatagggaggatgagctaccaggg
tacatgcctgtgcctggtgcagaactccacctgttgacattaacagccgaggagactata
tccctttcctgcaacaactgcacctgcactgctggtaagatggtttgcaccacggctgta
tgtgaagttgatggtaactggagcttgtggtccacctggtcagtctgctctgtaccatgc
gggggaggggcgcagtaccgccacagatcatgtgacaacccggccccagccaacggtggc
caggcgtgtgccgggctggaccaggagagtcagtcatgtaacgagcaactgtgcacaggt
ggtaatgagacggtggcacctggttggtctagctggtcatcctggtccgcctgcacagca
tcgtgtgatggtggacagaagaccagagctcgggcctgcacctcgccggcaccccaggat
ggggaagacttctgtgagggtggcacagagggcggaatagaaacagtgctgtgcaacaca
cagcagtgtccttgtctcgcctgtgtgtgtgagtttgaccctgctgcagagtttggagat
ggcagtgtgacaggaagcctgacagatgggactgaggtgtcagctgggcacgatgttccc
tccggctccagcctggctgtacagtgtaacctctgtgtgtgccaggatggtgtgttcacc
tgtactcaggatctctgcaaggttgacggtggtgtatcagagtggagtggttggagtaac
tgttccctgccatgcggggggctgggcaccaggaccaggactcgagactgcagcaaccct
gccccagagaacggtgggctagactgcacagcggcactcacggagacagtgtactgccaa
acccctgcttgtccagttgcaggcagctggtctgagtggagcagctggggatcctgctcg
gccacgtgcggaggtggttctcgccagcgccagcgtacatgtaccaaccctgcgcccctg
cacggcggcacagactgtcagggtgtcagcacacagacacaggagtgtaacctacaagag
tgtgatacagtctgtagcggagggaaacagtacaccacaatgtgttcctcctgcccccac
acctgtgctgaacaggcaggcacagcagagtgtgtggagccggagacctgtgagcctggg
tgccgctgtccgcagggcctgtatgagcaggcagggcagtgtgtgagtcctgtggtctgt
aggtgtgagggtgatgctggggctatggtggaacctggccaggtggtcactcagaactgc
tccacatgtgtgtgtctgaatgggatgctgaactgcacagacgaccccagctgttttgtt
acccccggatggtcaggatgggaagtctggaccccctgctctaagtcgtgcatacaggga
gtggcagagtttggcagcagtgttcgatcccgtcgccgttattgcactgaccctccaccc
tccgctggtcaagactcctgtgttggggatgacttagaggagcagatctgtaacgttcca
gagtgtcccttggttggtggttggacggagtggtcgcagtggtcagcctgtaccgtcaca
tgtggcgcgggaacgtctctccggtacaggaactgcaccaatcccccgccttcattacca
gacctgacctgcgagggctcagctgtacagactacaacatgcatggcagagagtgactgt
gaaggttgcccagctggtcaggtgtaccatagctgcctgccttgcccccggacttgtctg
gacaaacagaatcatgtggagtgtgttcaacaagaatgtgtccctggatgtggttgtccc
agtgggcagctgctttcaggtgacagctgtgtggaggaggacagctgcccatgcagccat
gtggatccagctgattcaggtgccagcccggtgttgtactctgatggggatgtcgtcagc
atcagttgcaacaactgcacctgcacagccggtcatttcagctgcagcaacctggtatgt
gatgtggactgcacctggaatgcctggtccacctggtctgcctgtagcaagtcctgcggg
gttggtgagaggtcacgacataggacctataaccctgcccagggcagtggggcccagtgt
gcatccttgtggtacaccacagagacacaggactgtaacacgcatgcctgctcagtcaat
ggcgagtggggccagtggtctgcatggaccccatgtgatgctagctgcgacggcggttct
agttatcggtctcgtgcctgcgacaatcctccaccgaagaacggtgggaacgactgcgag
ggggaacactcagagttgaccttgtgcaacactgatccatgtgatggcacctgtccagat
ggcctggtttacgacacctgtgctaccacctgcggccaccgctgtagtgacttccaccag
gatgtggcctgtgtcgatgcagaagaatgcacacctggctgcgggtgtccgcagggatgg
tacctgcagaatggagaatgtgtcctgaggtcccagtgtgagtgtgtggattcacaaggc
cagcagtgggcaccaggcagcacacagatacagggctgcaacaactgcacatgtgcagat
ggccaagtcacctgtgggacagactcttgcccagttgactgtgtgtggagtgcctggtct
tcctggactgcctgtactgcaacctgtggtcctgcaactatgactcgctacaggtcagac
aacaatccccctgcatcgtccggaggagctgcctgtgaaggcatcagcttggagactcag
agctgcgagctacccctctgtcctgctgtctgctatggaccaaatggggaggtgacgcag
gttggagaaacctaccaaccccacccctgcacagaatgccagtgcactgcaaacgactgg
aactgtcaggtcattccttgctcacaggcaggcagttggtcagcctggttggagtggtca
gagtgccctgtaacctgtggcagcggtcagcagtctcgtgttcgcgcctgttctgacccc
gcccctctgtatggcggtgcagactgtgagggaaacaacatggagatgcggccatgtggg
cagcaggcctgccacgtgccagagcagtgctccctgcagacagaggtgcgtaacctgacc
cgtggagagtgtgtggcccctggtgtggaggtgcagttctgctcgggggcgtgcccgtct
tacaccgacatcgtgttcaccgagccgtacgtggtgacggtgtgcgagtgctgctcctac
gtgctggatgccctccagcccacgcagttcgtcaccatgacctgccagggcagtggagag
gactccctcgtgctgccgcgcatcgccagctgcaactgtgcctccgaacactgtccagac
aagtaa
DBGET
integrated database retrieval system