Chondrus crispus (carragheen): CHC_T00008603001
Help
Entry
CHC_T00008603001 CDS
T02916
Name
(RefSeq) putative AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)domain
Organism
ccp
Chondrus crispus (carragheen)
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Big_12
TSP_3
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
17319378
NCBI-ProteinID:
XP_005711660
UniProt:
R7QV71
LinkDB
All DBs
AA seq
1958 aa
AA seq
DB search
MVDGTNCALTPDNQAFSIDTVNRAGEFPPAVGTAGPSINPELFINNDPGANSGEVSTANF
TTEMDGFTKRVTCRASVTPNQEVSVIVGVTDDGDATLDSWAFFRAKSLRAEPGGDLGDAP
DSYQTLLSSSGPSHTIVEGIHLGTQPSGDIDGFRDGFDDSNGTARDDVDDGIATFPQLDD
TDTTYAITANVTSFNGQTAYIGAWIDFDGNGSFEADEFTNQISDAGAVVNEATDEIAAGT
YEEDITIAWDSIPAGTQTGDSFARIRISNTPLTSGDFGGSFNSGEVEDYGFVISGAADAT
APVVTIDDPTLVTAADDTAYVISGTCTVGDGVVTVVVDDFDGTPSGITSSPICSAEGIWT
ATFDVSSINNGFGQVIINASQTDKNSNVGNATQKAADKDSTSAITLNNLGKATTENQFAY
TINGSCVDANTPVTVLISGLPSKTAVCADGSWQATFDVSPIADGTGVIVADANDSSGSAV
QKNADKDTTGPALTLNSLTAANATNQASYNVTGMCESAGTEVSVYIPGATPERQRVTCNA
GMWTATTNVTAIADGTDVIAVFVEQTDLSGNNSAVDDEANKDVVLPTVVINALTVGNNAN
QNSYPVNGTCTIGDGDVTVAVAGATPASQAVSCTGAGTWSSTFNVSAIADGTNVIVADAN
QTDTAGNTGNATQQSANKDIVPPTVSINALNDANAANASTYTVSGSCSVDDGNVTVFIAG
ATPANQPVSCSPGGTWTATFDVSAIADGTNAIVVDATQTDAVNNTGTATQATADKDIIAP
SVVINALSDANASNASAYVITGTCTINDGNVTTSIAGATPSSQAVACSAAGTWTATFNVS
AIADGTNAIVANANQTDDSGNTGNAVQLSADKDTVVPAVTVDPLVEVNANNVTTYPVTGT
CSIGDSNVVVMLAGASPASQSVVCNPDGTWSATFDVSAIADGEDNIVVNANQTDASGNTT
TTANQASDKDSTLPVVVIDTLVDGNIVNKASYPVTGTCTIGDGNVTVDLVGASPSSQAVT
CNPDGTWNATFDISAIADGTDVIVVDANQTDTFGNIGNAAQLTADKDEDQPIVSILNAPA
TVNNTNTFVLTFEFSEDVVNFDVSDVEFTNSTLANFTIIDGNTYTVEVTPDGGGDVAISL
AQGAGQDSTGNDTNATSVVVIFDQDSDGISDEDEIALGLDPTSNDSDKDGIPDGSEVGDV
NNPNDSDGDGVIDAIDPDDDNDGIATANEDANLDADNNPATGITDSDADGIADYLDTDSD
GDNITDANEAVASGNDTDNDGIDDAIDVDQTGGVDTNGDGVDDNVVAANTDGDLAADYLD
IDSDGDGIPDFWESGALNVDSDMDGIDDAFDVDITGGTDANGDGIDDNSSPANSDTDTAP
DFQDLDSDNDGISDAIESGALGVDTDGDDTDGDGIDDAFDVDQTGGVDSDGDGMDDNTSP
YALDSDGDGTPDHLDSDSDNDGINDGVEAGLSGNDTDGDGIDDSLDVDQTGGTDTNLDGI
DDNVAPVDTDMDDSNSDTNMDGTPDYLDTDSDGDGIDDGVESGAAGIDSDNDGIDDAFDV
DETGGVDANNDGVDDNIALPDSDEDGRPDFQDSDIDTDGDGIPDVVEGNGDIDGDGIPNY
LDTDSDGDGINDSDEGIGDIDGDGIPNYLDTDSDGDGIHDASEGNVDSDGDGTPDYLDLD
SDGDGISDADEGNGDTDGDGIPNYLDDDSDGDGISDADEGNGDTDSDGVPDYLDNDSDGD
GINDSNEGNGDSDGDGIPDYLDSDSDNDGINDADEGNGDSDGDGIPDYLDSDSDGDGISD
ADEGAGDSDGDGTPDYLDTSLDEDGDGIPDIVEGTGDDDMDGIPNYLDTDSDNDGIVDGF
EAGNSGVDTDGDGIDDSFDVDQTGADYIDVDSDNDGVPDVVESELNAIDSDSDGIADQYD
VDATGGTDSDGDGIDDVFDVDVTGGFDADGDGIDDALL
NT seq
5874 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggttgatggtacaaattgtgccctcacacccgataatcaagcgtttagtatagatacc
gttaaccgagcaggggagtttcctcctgcagtgggaacagctggcccttctattaaccca
gaattgtttataaataatgacccaggagcaaattctggtgaagtcagtaccgcaaatttt
accactgagatggacggttttactaaaagagttacttgtcgtgcttcagtaacaccaaat
caagaagtgagtgtaattgttggcgttaccgatgacggggatgcaactctagactcttgg
gctttttttagagcaaaaagcttacgtgcagagccaggtggtgatttaggcgatgcgcca
gactcttatcaaacacttttatcttcatctggcccaagccatactattgtagaaggcata
catttgggcactcagcctagcggtgatattgacggctttcgtgatggttttgatgatagt
aatggtacagcaagagatgatgttgatgacggtattgccactttcccacagttagacgat
accgatacaacctatgctataacagccaatgtaacttcctttaatggtcaaactgcttac
attggggcttggattgactttgatggtaatggctcgtttgaagccgacgaatttactaat
cagatttcagacgctggtgctgttgtaaatgaagctacagatgaaattgctgcaggtacc
tacgaagaagatatcaccattgcatgggactctattcctgctggcactcaaacaggagat
agctttgcccgtattcgtatttctaatacacctttaacatctggcgactttggtggcagt
tttaattcaggtgaagttgaggattatggttttgttatttctggtgcggctgatgccaca
gcaccagtggtaactattgacgatccaacattagttactgcagccgatgatactgcttat
gttatatcaggtacgtgtaccgtcggagatggtgtagttactgttgtagtagatgatttt
gatggtacgccttcgggtatcaccagctcgcctatttgtagcgcagaaggtatttggacc
gctacatttgatgtttctagtattaataacggcttcggccaagtgattattaatgcctca
caaacagataaaaatagcaatgtaggcaatgcaacacaaaaagcagccgataaagatagc
acatcagcaataactttgaataacttaggtaaagcgacaacagaaaatcaattcgcatat
acaataaatggtagctgtgttgacgctaatacccctgtaacagtgttaatttctggctta
ccttcaaaaactgcggtatgtgcagatggctcttggcaggcaacttttgatgtaagccct
attgcagatggtactggagtaattgttgcagatgccaatgatagctctggtagtgccgta
caaaaaaatgcagataaagatactactggcccagcattaactttaaattcattaactgct
gctaatgctacgaatcaggctagctataacgtaactggcatgtgtgaaagtgctggcaca
gaagtatctgtgtatataccaggtgcaacgcctgagcgccagcgtgttacttgtaatgct
ggtatgtggacggctaccactaatgtcactgccattgcagatggcactgatgttattgcc
gtatttgttgagcaaaccgatttaagtggcaataactcagcagttgatgacgaagccaat
aaagatgtggtattacctacagttgttattaacgctttaacagtaggtaacaatgcaaat
caaaatagctatcctgtaaacggcacatgtaccattggcgatggtgatgtaaccgttgct
gttgctggcgctacgcctgcaagccaagcggtaagttgtactggggcaggtacatggagt
tcaacatttaatgttagcgcgattgcagatggcactaacgtaattgttgctgatgcaaac
caaactgataccgcgggtaataccggtaatgctactcagcaaagtgcgaataaagatatt
gtacctcctaccgtgagtattaatgccttaaacgatgcaaatgccgctaacgctagtact
tatactgtaagtggtagttgctctgttgatgatggtaatgtcaccgtgtttattgctggg
gcaacacccgctaatcagcccgtaagttgttcgcctggtggaacttggacagccactttt
gatgtaagtgcgatagcagacggaactaatgctattgtagttgatgcaactcaaactgat
gctgttaataatacaggaactgcaacacaggcgactgcagataaagatattattgcaccg
agtgttgtgattaacgcactcagcgatgctaatgccagtaatgcttcggcgtatgtgatt
acgggtacgtgtacgataaatgatggtaacgtaaccacttcaatagctggtgcaaccccg
agtagtcaagcagtcgcctgttccgcagccggaacatggactgcgacctttaatgtttcg
gcaattgcagatggcaccaatgccattgttgccaatgcaaaccaaactgatgattcaggt
aatacgggtaatgcggtgcaattatcagcagataaagacacggttgttccggcagtgacg
gtagatcctttagttgaagttaatgccaataatgtaactacatatccggtcacgggtact
tgttcaataggagatagtaatgttgttgtgatgctagcgggagcaagccctgctagtcaa
agtgtagtgtgtaatccagatggaacgtggagcgcaacatttgatgtcagtgcaattgca
gacggtgaagacaatattgttgttaatgcgaaccaaaccgatgcatcgggtaatacaacc
acaactgctaaccaagcaagtgataaagatagtacgctacccgttgttgtaattgataca
ttagtcgatggcaatattgttaataaagcgagctaccctgtaaccggtacctgtactata
ggggacggtaatgtcacggtcgatcttgttggggcttcgcctagcagccaagcagttact
tgtaatcctgatggcacatggaatgctaccttcgatataagcgcaatagctgatggcaca
gatgtaattgttgttgatgccaaccaaactgatacctttggtaatataggcaatgctgca
caactcactgcagataaagatgaagaccaacctattgtgtctatcttaaatgcgcctgcc
acggtcaacaatacgaatacctttgtactgaccttcgagtttagcgaagacgttgtaaac
tttgatgtcagtgatgttgaattcacaaactctactttagcgaatttcacaataattgat
ggcaacacttataccgttgaagttacacctgatggcggcggcgatgtagcaattagttta
gcgcaaggtgcaggccaagactcaaccggaaacgatacgaacgcgacgtcagttgtggtt
atttttgaccaagatagtgatggcattagtgatgaagatgaaattgcccttggccttgat
cctaccagtaacgatagcgacaaagatggtataccagatggttctgaagttggtgatgta
aataatcctaatgacagtgatggcgatggtgtaatagatgcaattgacccagatgacgat
aacgatggtatagcaacagcaaatgaagatgctaacctcgatgcagacaataaccctgct
acaggtataactgatagtgatgctgatggtatagctgattatttagatactgattcagac
ggcgataacattaccgatgcgaatgaggcagtggcaagcggcaatgataccgacaatgac
ggtattgatgatgcgattgatgttgaccaaaccggcggtgttgataccaatggtgatggt
gttgatgacaatgttgtagcagcgaataccgatggtgatttagccgctgattatcttgat
attgatagtgatggcgatggcattcctgatttttgggagtctggtgctttaaatgttgat
tctgatatggacggcattgacgatgctttcgatgtagatattaccggtggtacagatgct
aatggtgatggtattgatgacaattcgtcccccgcaaatagtgatactgacactgctcca
gatttccaagatctagacagtgacaatgacggtatttcggatgccattgagtcgggtgct
ctcggagtagacactgacggcgatgataccgatggtgatggtatcgatgatgcctttgat
gtcgaccaaactggtggtgttgatagcgatggtgatggtatggacgacaataccagccca
tacgcactagactcagatggtgacggtacacctgaccatttagattccgacagtgataat
gacggtataaacgatggcgttgaagcaggtttgagcggtaatgatactgatggtgatggt
attgatgacagcttagatgtagaccaaaccggcggcacagatactaaccttgatggtata
gatgacaacgttgcacccgttgatacagatatggacgacagtaattctgatactaacatg
gatggtactcctgactatttagatactgatagtgatggcgacggcatagatgatggtgtt
gagtctggtgcagcaggtatcgatagtgataatgacggtatagacgatgcatttgatgta
gacgaaaccggtggcgttgatgctaataatgatggtgtagacgataatattgctttgcca
gatagcgacgaagatggcagacctgacttccaagatagcgatatagatacagacggtgat
ggtattcctgatgttgtcgaggggaatggcgatattgatggcgatggtattccaaattat
ttagacactgactctgatggcgatggtatcaacgactctgatgagggaattggcgatatc
gatggtgatggtatccctaattatttagataccgactcagatggcgatggtattcatgat
gcttctgaaggcaatgttgactcagatggtgatggaacacctgattacctggaccttgac
tctgatggtgacggaataagcgatgcagatgaaggtaatggtgatacagacggcgatgga
attcctaattatttagacgatgactctgatggtgacggaataagcgatgcagatgaaggt
aatggtgataccgatagtgatggtgttccagattacttagacaatgactctgatggtgat
ggcattaatgactcaaacgagggcaacggtgacagtgacggtgatggcattccagattat
ttagatagtgattctgataacgatggtatcaatgatgctgatgaaggtaatggtgattcc
gatggagatggtattcctgattacttagatagtgattctgatggcgacggcattagcgac
gctgatgaaggggctggagatagtgatggcgatggaacacctgactacttagacactagt
ctagatgaagatggtgacggtattcctgatattgttgaaggtactggcgatgacgatatg
gatggtattccaaattatctagataccgactctgataatgatggcattgtcgatggtttt
gaagcaggtaatagtggagtcgacactgatggcgatggcatagatgacagcttcgatgtc
gaccaaactggtgctgattatattgatgtagatagcgataatgacggtgttcccgatgtt
gtagagtcggaactaaatgcaatcgattcagactcagacggtattgctgatcaatatgat
gtagatgcaactggtggtactgattctgatggtgatggtattgatgacgtctttgatgtt
gatgttacaggcggttttgatgctgacggtgatggtattgatgatgccttactt
DBGET
integrated database retrieval system