Gardnerella vaginalis 409-05: HMPREF0424_0545
Help
Entry
HMPREF0424_0545 CDS
T01146
Name
(GenBank) GA module
Organism
gva
Gardnerella vaginalis 409-05
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
FIVAR
aRib
GA
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ADB14419
LinkDB
All DBs
Position
584190..590279
Genome browser
AA seq
2029 aa
AA seq
DB search
MVKKTQAAKNALHVSKNYAYLKPSTLRSMAKEISGTRLEACKSYAVSRLPKIAVTATLAS
LLACGAGLPTHQAWANGFNLPDGSYRYANRDSSTKAQRYVDIKLVPCDEKQNDNKETADR
KTYGQYYKVVYQFNSQGEWWGGRPFWWASVPKGVDIVDNKITLYKDEQLTGDSSSQQTGA
TYTKESWNQSASRFWFDNNKEQGTEFKNNWERMTGEAGGYDESGNTLGTSREYKDATSAL
IINWESRGNRKSKISFVIKLNDKTKPLKFAAGVYQVMGNWHYTAGKVALAPTLPKYSQEL
ELTYPTDKVEVDSSTYGNNLSEDEKKAVLTKLWNANKSNTDVLKKLKGMEQTQTEEAFKK
AVKVNNDGSATVTYKDNSTDTISKENLTKRYIPFADKVKINYPTNLTPVKNISQLSKEEK
QAVKNAILAANTGKHIKDLTVDASGNATITFTDKIGAPSTKKLEGKYLVKKQRSLADKFT
PYYPVPMAVGNPQGLTVNEQTELVKKVYEANKNKSDFIDAIGKPNNLEEAKKSITVDNKG
NVTITYKDNTADFPSTDKLDGNKLVYQAKKLNETTYITLPARTAVKDAKAIQTNEQSTIR
QAILTANSGLQSKLKGSNENTAITFDDAKHTMTVKFNDDSTSTFDYSELVYTKGNPEKPK
TETKNSNGYKYNITKIVIKDKNKPVTADWNSFARQFIRDNWKSKDVSNPITDQFINSNPD
LMGMFHSSDPKSSGGMKLYNFSNKWENNNSNLTLSDGSWNNYNIVSIYEGGSGFEIKKND
NYGPKTIITLSADDCFVSNAAAPNPEALKKEAEDLIDKILQKHGLSKDEIDKFKKDHQND
INKITKPEDVDKIIKSADEHGKDEKKKKDAQKQIENATSGLAEKTKKELEKKIGNETDPE
KIREKINEFQKDQDQKKQKEADQKQQQADQQAEQEKQQQQQKDDAKVDGEVTKQNQQEQQ
DTGKAEEAKKKAELEKQKQAAINEINGNDKLKPDWKEQFIQQVNEAQDTDGVNKAKDAAK
LKGTQNQTAADNSNNDGLNNAKTDAKKKIGELTNLSEQDKQKYQGDIDNAKDLDKVAEIL
NNAEFEDAKADAKKKIADLKQKGDITEQEANGLTGRIENAKDLREVEGILEEAELKKAKK
DAESEVDKLTNLNKAQKDALKAEIDDIETDPTNENMKTIEKVKTAITAVVTKAKELDGKM
KSLKDLVTLVNGQKSTLTAKPDYKDNKKTAFDSALKAAEDLVKTDSAENKTADEVDNIKN
ALEKAVKDLGGKTVDKSALQELINGDTGFKKTIVYINADKSKQTTYDKAITDGKSVLTDA
NATVERVTQAVNAINSAKAALDGKVNTTELEQKVSEAKKLKKSTNPQSAGDAKYENASEA
KKSAFDTALQQAESALTEAKSDQSQKSPEQKQQAVNDALTALTKAVQNLDGNDVSKLQTA
IANAKAKQQEVVYKNGTAVKKKALDDALKTAEDLVKTPHGHTDSEISTALNNLNTAISGL
DGMVNTAELQTAVDNAKKLTGVTTPKSQDAYKYENASEAKKSAFDKALQQAESAITEAKN
AKSTKTPEQKQQAVNTALTALTKAVNELDGNDKSQLVAKLAEAKGKKNDASYKNASAAKQ
AALDNAITSAEGIVKKAGATAGEITNAITALTNAVTGLDGHDISTLQTVVTAAESKKKTI
AYMNAPDTTKTAFDQALQAAQDILKNPQGKTEQEINDAKTKLETASSALNGTVDTSKLQA
EVDKADSLKKSVQYTNAVQDKKSAYDTALAAAESTLADAKDAQSTNNPEQKQTAVNDALQ
QLQTAAAALNGVDIADLQAEIALENSVKESVKYVYDTAEKQQAYNKALQDAKELISKLAD
PAGQGVEVAAKSQADRQALVNTALKSLKNAKDALNGVNKTVLQAEVDDDSHFSKSFAYLL
GEAPDLDVYKKALAEAKKVAADPNATQAQVDAAAKKLSAARKALASAKAHAAEVRASVRA
QVLKSGSVAQLSKTGSDVSVFGLFAATLSAAGAALFSAKRRGTSRHSNK
NT seq
6090 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggttaagaaaacacaagctgctaaaaatgctttacatgtgtctaagaattacgcgtat
ttgaagccgagtacacttcgttcaatggcgaaagagataagtggaactcgtttagaagca
tgtaagtcgtatgcggtttcacgtttaccgaaaattgctgtgactgcaacattggcaagc
ttgcttgcttgtggtgctggtttgccaactcatcaagcttgggctaatggttttaatctt
cctgatggtagctataggtatgcgaatcgcgattcttctacaaaggcgcagaggtatgtg
gatattaaactagtgccatgcgatgaaaaacaaaacgataataaggaaacagcagacaga
aaaacttacggacaatattataaggttgtgtaccagtttaattctcagggtgaatggtgg
ggtggtcgaccattctggtgggcgagtgtgcctaagggtgttgacattgtagataataaa
attactttgtacaaagatgaacagttgactggtgattcgtcttctcaacaaacaggtgca
acatatacaaaggagtcttggaatcagtctgccagccgtttctggtttgataataataaa
gagcaaggcactgaatttaagaataactgggaaagaatgaccggtgaagccggtggttat
gacgaatctggtaatactctcggtacttctagggaatataaggacgctactagtgccttg
attattaactgggagagtagaggcaatagaaagtctaagattagcttcgttattaaactg
aatgataaaacgaagcctttgaaatttgctgcaggtgtgtaccaggtgatgggcaactgg
cattacactgctggtaaggttgcgcttgcgccgacgttgccaaaatactcacaagaattg
gaacttacttatcctacagataaagtagaagttgattcttcgacatatggaaataatctt
tcagaagatgagaaaaaggctgttcttacaaagctgtggaatgctaataagagtaatacc
gatgtgctgaaaaagcttaaaggtatggaacagactcaaactgaagaggctttcaaaaag
gctgtaaaagtcaataacgatggtagcgcaacggtaacatacaaggataactctacggat
actatttctaaggagaatctgactaagcgttatattccttttgctgataaggtgaaaatt
aactatcctaccaatttaactcctgttaaaaatatttctcaattaagcaaggaagagaaa
caagctgtaaagaatgctattttagcagctaatactggtaagcatattaaagatttgact
gttgatgctagtggcaatgcgactattactttcactgataagattggcgctccttcaact
aaaaagcttgaaggcaagtatcttgtaaagaagcagcgttcacttgcggataagtttacg
ccgtactatccagtgccaatggcagttggaaatccacaagggttgactgtgaatgagcag
acggaacttgtgaagaaagtttatgaagcaaataaaaataaatctgacttcatagatgca
attggtaagcctaacaatctagaagaagctaagaaatctattacagtagataataaaggc
aacgtaactatcacttataaagataatactgctgattttccatctactgataagctcgat
ggcaacaagctggtgtatcaagcgaagaagcttaatgagaccacttacattacgcttcca
gctcgtacagctgtaaaagatgctaaggcaattcaaaccaatgaacagtcaactattagg
caagccatcttaacagccaatagtggtcttcaaagcaaactaaaaggcagtaatgaaaat
acggcgattacgtttgatgatgctaagcatactatgactgttaagtttaatgatgattca
acttctaccttcgactattctgagttggtatacaccaaggggaatccagaaaagccaaaa
actgaaacaaaaaatagtaatgggtacaagtacaacattactaagattgtcattaaggat
aaaaataaaccagtgactgctgattggaatagttttgcccgacagtttattagagataac
tggaagtctaaggatgtcagtaatccaataacggatcaattcattaatagtaatcctgat
cttatgggtatgttccattcttctgatccaaaatcttctggaggaatgaaactctataat
ttctcaaataaatgggaaaataacaattctaatttaactttatctgatgggtcttggaat
aactataatattgtctctatttatgaaggtggttctgggtttgaaataaaaaagaatgat
aattatggtccaaaaacaataatcactctttctgcagatgattgttttgtatctaatgct
gccgctcctaatcctgaagcgcttaagaaggaagctgaggatcttattgacaagattctt
cagaagcatggcttgagtaaggatgagattgataagttcaagaaagatcatcagaacgat
attaacaagatcactaagccagaagatgtagacaagattattaagtctgctgatgagcat
ggtaaagatgagaagaaaaagaaagatgctcagaagcagattgagaatgctactagtggc
ttagctgagaaaactaagaaagagcttgaaaagaagattggtaatgagactgatcctgaa
aagattcgtgagaagataaacgagttccaaaaggatcaggatcaaaagaagcaaaaggaa
gctgatcaaaagcagcaacaagctgatcagcaggctgagcaggaaaagcaacagcagcag
cagaaagatgatgcgaaggttgatggcgaggtaacgaagcagaatcaacaggagcagcaa
gacacaggcaaggctgaagaagctaagaagaaagctgagcttgagaagcaaaaacaggct
gctattaatgaaattaacgggaatgataaactcaagcctgattggaaagagcagtttatt
cagcaagttaatgaagctcaggatactgatggtgtaaataaagccaaagatgctgctaaa
ctaaagggcactcagaatcagactgctgctgataacagtaataatgatggtcttaataac
gctaagactgatgctaagaagaagattggtgagttgactaatctcagcgaacaagataag
cagaagtatcagggtgacattgataacgctaaagatcttgataaagttgcagagattctc
aacaatgctgagtttgaggatgctaaagctgatgctaagaagaagattgctgatctgaag
cagaaaggtgatattactgagcaagaagccaatggtttaaccggtcgcattgagaatgct
aaggatttgcgagaagttgagggtattcttgaggaagctgagctaaagaaagctaagaag
gatgctgaatctgaagtagataagctcaccaatcttaacaaagctcagaaggatgcgctt
aaagcagagattgatgatattgaaactgacccgaccaatgagaatatgaagactattgag
aaggtcaagaccgctatcactgctgttgttactaaggctaaagagcttgatggcaagatg
aagtcgctcaaggatcttgtgactcttgttaatggtcagaagtctactcttacagcaaag
cctgattataaggataataagaagactgcttttgacagtgcgttaaaggctgcggaagat
cttgttaagactgattcggctgagaacaagactgctgatgaagttgacaatattaagaac
gcattagaaaaagctgttaaggatctcggtggcaaaactgttgataagtctgcgctgcaa
gaacttattaacggtgacactggcttcaagaagactattgtttacattaatgcagataag
agtaagcaaactacttatgataaagctattactgatggtaagtcagtgcttactgatgct
aatgcaactgttgagcgagtgactcaagctgttaatgctatcaattctgctaaggctgct
cttgatggcaaagttaatacaactgaacttgagcagaaagtttctgaggctaagaagctg
aagaagtcaactaaccctcaatctgctggcgatgctaagtatgagaatgcttctgaagca
aagaagtctgcgtttgatacagctttgcaacaggctgagtccgctcttactgaagctaag
agcgatcagtctcagaagtctcctgagcagaagcagcaagctgttaatgatgcgttgact
gcgcttactaaggctgttcaaaatcttgacggtaatgacgtgagtaagttgcagactgct
atcgccaatgcaaaagctaagcagcaagaagttgtttacaagaatggtactgctgtgaag
aaaaaggctcttgatgatgctttgaagactgccgaagatcttgttaagactcctcacggt
cacactgattctgaaatcagcacagctttgaataacttgaatactgcaataagcggtctt
gatggaatggttaatacagctgagcttcagacggctgttgataatgctaagaagttgacc
ggtgttactactcctaagtctcaggacgcatataagtatgagaatgcttctgaagcaaag
aagtctgcgtttgataaggctttgcaacaggctgagtctgctattactgaagctaagaat
gctaagtctactaagactcctgagcagaagcagcaagctgttaatactgcgttgactgcg
cttactaaggctgttaatgaacttgacggtaacgacaagtctcaattggtagcaaagctc
gcagaagcaaaaggtaagaagaatgatgcttcttataagaatgcttctgctgctaagcaa
gctgctcttgacaatgctataacctctgcagaaggtattgtaaagaaagctggtgcaaca
gcaggtgagattactaacgctatcactgctcttacaaatgctgttactggtttggacggt
cacgatatctctactttgcagacggttgtaactgctgccgagtcgaagaagaagactatt
gcttacatgaatgctcctgatactacgaagactgcgtttgatcaggctttgcaagctgct
caagatatcttgaagaatcctcagggcaagactgagcaagaaatcaacgatgctaagact
aagcttgaaactgcttctagtgctcttaatggaactgtagatacgtctaagttacaggct
gaagttgacaaagctgattctttgaagaagtccgtacagtatacaaatgctgttcaggat
aagaaatctgcgtatgatactgctcttgctgctgctgagtctactcttgctgatgcgaag
gatgctcaatcaacgaataatcctgagcagaagcagactgctgttaatgatgcgctacag
caacttcaaaccgcagctgctgcactaaatggtgttgatattgctgatttgcaagctgag
attgctcttgagaatagtgtgaaagaatctgtaaagtacgtgtatgatactgctgaaaag
cagcaagcatataataaggctttgcaagatgcgaaggagcttatatctaagctagctgat
cctgctggtcagggtgtggaagttgctgctaagtctcaagcagatcgtcaagctcttgtt
aatactgcgttaaagagtcttaagaatgctaaagatgctttgaatggtgttaataagacg
gtattgcaagctgaagttgatgatgattctcactttagcaagtcgtttgcctacttgctt
ggtgaagctcctgatttggatgtgtataagaaggcattggctgaagctaagaaggttgct
gctgatcctaacgcaactcaggctcaggttgatgctgcggctaagaagctttctgctgct
cgtaaggctttggcgtctgctaaggctcatgcggctgaggttcgtgcttctgtgcgcgct
caggtgttgaagagtggtagtgttgctcagcttagtaagactggtagtgacgtgtctgtg
tttggcttgtttgctgcaactcttagtgctgctggtgctgcgcttttctcagctaagcgt
cgtggtacttctcgtcacagtaataagtag
DBGET
integrated database retrieval system
