Hydra vulgaris (swiftwater hydra): 100206432
Help
Entry
100206432 CDS
T01080
Name
(RefSeq) probable ATP-dependent RNA helicase DDX60
KO
K20103
ATP-dependent RNA helicase DDX60 [EC:
5.6.2.7
]
Organism
hmg
Hydra vulgaris (swiftwater hydra)
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
hmg00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
hmg03019
]
100206432
Enzymes [BR:
hmg01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.7 DEAD-box RNA helicase
100206432
Messenger RNA biogenesis [BR:
hmg03019
]
Eukaryotic type
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Exosome cofactors
100206432
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DEAD
ResIII
Helicase_C
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
100206432
NCBI-ProteinID:
XP_047132693
LinkDB
All DBs
Position
5:59010429..59044376
Genome browser
AA seq
1528 aa
AA seq
DB search
MDDKEDLLKKTDHQKQCCSSQGNLNNGDIAINKPLYLVNCLQLCNLSCDFDSGIFLIDGD
SLLLSAICDANLSKVHGGQTLHFVYLVERQLQKFMRRKGKFHIVFFKDSLFVNEPQNQLL
REISIFHLKEELNITIWNQFQNAWDNSFKIWVQTNNPIFFLMFDAFKNCQYQTLFLQMEK
ILTLQINVAFINDITVGISSLKGYLILAKNAKKERKRESMVKKTYYAFYEKQLQLQVMLQ
FDSFSEFNNIESEFFAAYLFMKQHLLSQKYVDFAKLVVLYVLLKKGFPLQKRALPKVKHN
VDFESLITKFQMILSKVIHHRREAGVLKKNEIVCDIWDGNLFATFCNIYCKQLNKGQIIF
DSDIFINYKNIIDKFDEKCGGILKSTLPCDFRFVHPRKRKKKSFSASDNNLPSLLLSLTI
ISAPVPESHLIQIVPVDCTLVTLYADKICNQMEVFKKFEDKYHWHCKKLIDEYEMFSLRE
KKEIKVTKKETSREVKQISKQGELKVGKLEQNIKNRFAKYLQMYGESLGITKTTLIVLEE
KSKTKINNCRDLSKKKVSRKAQLIIEMNTLRKLEEKRNKDNDKWKNLLDQIQDLRFSEAL
KLIQENEKSFTSDEIKIKLQVKKLSILRNLLHNKDSNHLNHTINLYLIVSNIFSKYMNTL
SSGDKKIIAKALNKAGFFKLLKLLNLESFVKPTKAEPICHIEFQLKYLGKFLSRTERCDP
DPRISDFIPDTWQRKLFDVVDNNQSAVIIAPTSSGKTYASYYCMEKILRTSNDDVLVYVS
PTKALVNQVHVYVNSKFTKTELPAGKSICGVFTRDYKHNVNNCQILITVPQCLEILLLSI
QTYAWSQKIKYVIFDEIHLIGADTGAETWERLLCIISCPFLALSATVANPEVLRSWLQDI
QNFQKKNKIMLNSKRDDLSYQVELVIVKNRYSDLETFVYLPENTKNYQKLGSLQRIHPIC
TLKLSAVIAGGISEHITLSPKECLKLYEAMKKIHSEKPELVNLSPSQYFFDKTFLTRDEV
KLYENELKNELFSWTSNRKYFEEVQHMLFESESNFKKLKVNKQLFKLKNEEFLLNAFINL
IKVLKKKCMLPVIVCCLDRFLCHRLVETVIEYCEQKEKTFIKKKTVYKLSSYEKSVMKKS
KDKASEKDVPKKEEITNFWLDHDIVKGASFAGIGVFMKEDLTYLYNRVSKTAPIDFMKGI
RYGIAMHHAGMNNKLRTTVKILFRKRFLNIVVATSTLALGIHVPCKTVVFAGDNIHLTPL
MFRQMSGRAGRRGFDITGNVVFHGLSNEKISKLLTGNLPELLGNFPMTVSLCLRLFICLN
DQVDEKANDNTLIRMLALLKYPLLLKEYPELDSQFKHFFFFSVQFLIREELLKSDGTPQG
LAGLASHLHYHEPCNLSFVSLLNSGVFHKYCINGTRLKNGLYTAQFLEDLISVLSYFFTN
TEVHPALEEKKRSTSVLLLKKLPHIFIEEIRKYNERVKKVFDMYLLSLSNDINAKFNDDV
MLPLSCIKFISSNDVKVPKGLIIYVLKF
NT seq
4587 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggatgataaagaagacttattaaaaaaaacagatcatcagaaacaatgttgttcttct
caaggaaacttaaataatggtgatatagctattaataaaccattgtatttagtcaactgt
cttcaattatgtaacctttcatgcgattttgactcaggaatatttcttattgacggcgac
agtttactgttatcagcaatttgtgatgctaatttaagcaaagttcatggtgggcagact
cttcattttgtttatcttgtagaaagacaacttcaaaagtttatgagacgcaaaggaaaa
tttcatatagttttctttaaagattctctttttgtaaatgaaccacaaaaccaactttta
agagaaatttcaatttttcatcttaaagaagaattaaatattacaatttggaatcagttt
caaaatgcttgggataactctttcaaaatatgggttcaaacaaataaccccatctttttt
ctgatgtttgacgcttttaaaaactgtcagtatcaaactttatttttacaaatggaaaaa
attttaactctacaaataaacgtagccttcattaacgatattactgttggaatctcatct
ttaaaaggatatcttattttagcaaaaaatgctaagaaagaaaggaaaagagagagcatg
gtaaagaaaacatattatgctttttatgaaaaacaacttcagttgcaagtcatgttacaa
tttgattcattttcagagtttaataatattgaatcagaattttttgcagcatatttgttt
atgaagcaacatctattatctcaaaaatatgtagactttgccaaactcgttgtactttat
gttttgcttaaaaaaggttttcctttgcagaaaagagcattgcctaaagtaaaacataat
gtcgactttgagtctttgataacaaaatttcagatgatactgagtaaagttattcatcat
cgaagagaggctggtgttttgaaaaaaaatgaaattgtttgtgatatttgggacggtaac
ctatttgctacattttgcaacatatactgtaaacagttaaataaaggtcaaattatattt
gacagtgatattttcatcaattataaaaatattattgataagtttgatgagaagtgtggt
ggcattttgaaatcaacacttccttgtgattttagatttgtacatcctcgtaaaagaaaa
aaaaaatcattttctgcttctgataataatcttccatcactactactctctcttacaata
atttcagcaccagtgccagaaagtcatttaattcagattgttccagtagattgtacgctt
gttacattgtatgcagataaaatatgtaatcagatggaagtttttaaaaaatttgaagat
aagtatcattggcactgcaaaaagttaatagatgaatatgaaatgttttctttacgtgaa
aaaaaggaaattaaagtgactaaaaaagaaacttcacgagaagtaaaacaaatatctaaa
caaggagagttaaaagtgggaaaacttgaacagaatattaagaatcgctttgcaaagtat
ctacaaatgtatggagaaagcttaggtatcactaaaacaacattaattgtcctagaagaa
aagagtaaaacaaaaataaacaactgtagagatttaagtaaaaagaaagtttctagaaaa
gcacaactaattatagaaatgaataccctgagaaaacttgaagaaaaaagaaataaggat
aatgacaaatggaagaacttattagatcaaattcaagacctgaggttttctgaagctcta
aaacttattcaagaaaatgaaaaaagctttacttcggatgagattaagatcaaacttcag
gtaaaaaagttatcaatcttgagaaatttgctgcataataaagattcgaatcacttaaat
cacaccatcaatctttatttaattgtttcaaatatttttagcaaatatatgaatacgctt
tcatcgggtgataaaaaaatcatagcaaaagctttaaataaagctggctttttcaaactt
ttaaaattgctcaacttagagtcttttgttaaacctactaaagctgaaccaatatgtcat
attgagtttcaattgaaatacttgggtaaatttttgtcaagaacagaacgttgtgatcct
gaccctaggatttcggactttattcccgatacgtggcaaagaaaactctttgatgtagtt
gataataatcaatctgcagtaataattgctccaacaagttcaggtaaaacatatgcttca
tattactgcatggagaaaatattaagaactagtaacgatgatgttctagtttacgtttct
ccaacaaaagcgttagtaaatcaagtacatgtttatgtgaatagtaaatttacaaaaact
gaattacctgctggaaagtcaatttgtggggtatttacaagggattataaacataatgtg
aataactgtcagatactcatcactgttccacaatgtcttgaaattcttctgctgtccatc
caaacctatgcatggtctcaaaaaataaaatatgttatctttgacgagattcacttaatt
ggtgcagatactggtgctgagacatgggaacgtttgttgtgtattatttcatgtcctttt
cttgcactttcagcaacagttgcaaaccctgaagttcttcgtagttggcttcaagatatt
caaaactttcaaaaaaagaataaaataatgcttaacagtaaaagagatgatttgtcttac
caagttgaattagttattgtaaaaaatagatattctgatttagaaacttttgtctatctt
ccagaaaacacaaagaattatcagaagttgggaagccttcaaagaattcatccaatttgt
acattaaaattatcagctgttattgcgggaggaatatcagagcatattactttgtcacca
aaagaatgtttgaaactttatgaagcaatgaaaaaaatacattcagaaaagccagagttg
gttaatctttctccatcgcaatatttttttgataaaacatttttaacccgcgatgaagtt
aaattatacgaaaacgagttaaaaaatgagctttttagctggacatcaaataggaaatat
tttgaagaagttcagcatatgttatttgagtcagaaagcaattttaaaaaattgaaagta
aataaacagttatttaaattaaaaaacgaggaatttttactaaatgcatttataaattta
atcaaagtcttaaaaaaaaagtgtatgctacctgtgattgtatgttgtttggatcgattt
ttgtgtcatcgtttagtggagactgttatagaatattgtgaacagaaagaaaaaactttt
attaaaaagaaaactgtctataaattatcttcttatgagaagtctgttatgaaaaagagt
aaggataaagctagtgaaaaagacgtaccaaaaaaagaagaaatcactaacttttggctt
gatcatgatattgttaaaggtgcttcttttgcaggtataggtgtatttatgaaagaagat
ttaacttatctgtataatagagtatctaagactgctcctatagattttatgaaaggaata
cgttatggtattgctatgcatcatgctggcatgaataataagttaagaacaactgttaaa
atattatttagaaagagatttttaaatattgtcgtagctacttccacacttgcacttggt
attcacgtaccttgtaaaacagttgtgtttgctggtgacaatattcatttaactccatta
atgtttcgacaaatgtcaggtcgtgctggccgtagggggtttgatattacaggaaatgtt
gtgtttcatggactttccaatgaaaaaatatcaaaattacttaccggaaatctacctgaa
ctattaggaaactttccaatgactgtgtctctttgtttacgtttgtttatttgtcttaac
gatcaagttgatgaaaaagctaatgacaatactctaataaggatgttggcactgctaaaa
tatccattattgttgaaagagtatcctgagctagatagtcagttcaagcatttttttttc
tttagcgttcaatttctaattagagaggagttgttgaaaagtgatgggacaccgcaaggt
ttagctggattagcttcacatttacactatcatgaaccatgcaatttatcttttgtttca
ttattaaattctggagtttttcataagtattgtattaatggcaccagacttaaaaatgga
ttatatacagcacagtttttagaagatctcatttctgttttatcctacttttttaccaat
actgaagtccatccagcgcttgaggagaaaaaaagaagtacaagtgtactattattaaaa
aagcttcctcatatttttatcgaggaaatccgtaagtataatgagcgagtcaaaaaagtc
tttgacatgtatttattgtcattatcaaacgatataaatgcaaaatttaatgatgatgtt
atgcttcctttatcatgtatcaagtttatctcttcaaacgatgttaaagttcctaaaggt
ttaataatctacgttttaaaattttaa
DBGET
integrated database retrieval system
