Mycoplasmopsis arginini: MARG145_0223
Help
Entry
MARG145_0223 CDS
T04176
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta' subunit
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
marg
Mycoplasmopsis arginini
Pathway
marg03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
marg00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
MARG145_0223 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
marg03021
]
MARG145_0223 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
marg03400
]
MARG145_0223 (rpoC)
Enzymes [BR:
marg01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
MARG145_0223 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
marg03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
MARG145_0223 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
marg03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
MARG145_0223 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BAQ54322
LinkDB
All DBs
Position
complement(173669..178156)
Genome browser
AA seq
1495 aa
AA seq
DB search
MRWRNRIMKNNSKYDLLDESKITKISLSLATPEDVESWSHGEVTKPETINYKSYKPERGG
LFDEIIFGPMIDYRCPTCGYKYKKINEGSYCTRTDLCRKENVQILPKIARRNHMGHIKLN
SPVVHFWYFKVDHSILYKLLGLRISSQNGSETVRREELENLIYYKNHIVVEDGGLKSLPK
NLIIEINDAAVIYKEALDELLTRFDPKKPDHQQAYEEISETIEQLVEKATSKIGQEYGID
FYELNDIIQHYSEAKIMTGARAIEYLLKKLDLQAEKAYVTDQINQLNLQESKNPEKFATT
TRQTREKLYKRLQVINAFIESKQSPTNMLIYNLPVIPADLRPLIQLDGGRHSTSDINELY
RRVIIRNNRLQEWQEKDAPELVTQNELRMVQEAVDALIDNQRRTPNPVLSKDNRPFKSIS
DALTGKKGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPSLKMHQCGIPREMAAKLFEPWIIARLIDK
QVATTVKNAKKIIEDQNPIIWPHVAEAIKGRLVLLNRAPTLHRLSIQAFEPVLVRGKAIR
LHPLVCTPFNADFDGDQMAVHVPISEQALLESRELMLANKNILGPKDGEPIINPSQDMIL
GLYYLTIEEKNAKGEGRVFDNYDHMIRNLEAKKVSLHARVALPAQEVKNSKVFNKSTSGT
QLYVISTVGKFIFNNVFPKDFTFIFDNKVTKAINLEEYKNEFNDLYVVSAGTNIPEYIKT
LPIQEAFNKKNIAKIIRYMFDNYVATISIANVASVIDKINDLKDSDIVLEFLKIKTYKGQ
NLEKDHADLLTEFVLEEKEKLNLENEERYRGQSNIPFSAKEKAKMLDGVWFKYTNIVASI
LDNVKQLGFDYSTTSGISISFSDILETEKKSEYIAEGDEYIGKLKNYYKLGYITDDDRYS
LTIKKWAEIKEKIQQELQTIIKNNPQNPVITMINSGARGNISNYVQLAGMRGLMANNTKT
TKADAKNDRVVRSTVEVPVKSSFIEGLTAFEFYSSTHGARKGLTDTALNTAKSGYLTRRL
VDVAQNIVVREENCGSEYGFLARNIADTKTKQIIVPLKERIIGRFSNKPIYDKNNELICE
RNILITSKIAQRIIDSGIEEVEIRSILGCNTRNGVCKMCFGKDLATNRVVNIGEAVGIIA
AQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGVEDITGGFTRLIELIDAHEQPWGRPATISPYEGVVTD
IEKVEKTDNDYIVSIETLTSDNEKVKKSVLVNTNKKLRVAPGSEIKIGQKISEGPIILKE
LLALTDVRTVQNYLLKEIQRIYRIQGIAISDKYIEIIIRQMMSKIVISDPGESKFFAGAI
VDIFDYQEENALLLSENKKPAYGNVVIKGAKQVPLLSDSFLAAASYQETSKILVNAAISS
RTDNLTGLKENIIVGKKIPSGTALYSFEEHSKYDIKPSIKYFTNFVENDDENNNDFDDEN
MIDLDTLTQEYNDHERHNLEFEDEENSDEFYVEDEYNQSDDLDVEEHLDEDFDYE
NT seq
4488 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
ttgagatggaggaacagaataatgaaaaataattcaaaatacgacttattggatgaatca
aaaattactaaaatttctctatctttagctactcctgaagatgtagaaagttgatcacat
ggtgaagtaactaaaccagaaacaattaactataaatcttataaaccagaaagaggcggt
ttatttgatgaaattatttttggtccaatgattgattatcgttgtccaacttgtggatat
aaatacaagaaaatcaatgaaggttcatactgtacaagaactgatttatgtcgaaaagaa
aatgttcaaattctacctaaaatagcccgtagaaatcatatgggtcatattaaattaaat
agtccagttgtgcacttttgatactttaaggttgaccattcaattctttataaattatta
ggtttaagaatttcaagtcaaaacggttcagaaactgttagaagagaagaattagaaaat
ttaatttattacaaaaaccatattgttgttgaagatggtggtttaaaatcattacctaaa
aacttaattattgaaatcaatgatgctgctgttatttataaagaagcattagatgaatta
ttaactcgttttgatccaaaaaaacctgaccatcaacaagcttatgaagaaatttcagaa
acaattgaacaattagttgaaaaagcgacttcaaaaattggccaagaatatggtattgac
ttttatgaattaaatgatattattcaacactattcagaagctaaaatcatgactggtgct
agagctattgaatatttattgaaaaaattagatttacaagccgaaaaagcttatgtaact
gatcaaattaatcaattaaatttacaagaatctaaaaacccagaaaaatttgctactaca
acaagacaaacaagagaaaaactttacaaaagattacaagttattaatgcatttattgaa
tctaaacaatcaccaactaacatgttaatttacaatttacctgttattcctgctgattta
agaccattaattcaattagatggtggaagacactcaacaagtgatattaatgaactatat
cgtagagtaattattagaaacaaccgtttacaagaatgacaagaaaaggatgctcctgaa
cttgttactcaaaacgaacttcgtatggttcaagaagcagttgatgctttaattgataac
caaagaagaacaccaaatcctgttttatctaaagacaatagaccatttaaatcaatttca
gatgctttaactggtaaaaaaggtcgttttagacaaaacttattaggaaaacgtgttgac
tattcaggtcgttcagttattgttgttggtccgagtctaaaaatgcaccaatgtggtatt
ccacgtgaaatggctgctaaattatttgaaccatgaataatagcgcgtttaattgataaa
caagttgcaacaacagttaagaatgctaagaaaataattgaagaccaaaatccaattatt
tgacctcatgttgctgaagcaattaaaggaagattagtgcttttaaaccgggcaccaacc
ttacaccgtttatcaattcaagcttttgaaccagttttagtacgtggaaaagcaattaga
ttacacccattagtatgtaccccatttaacgctgacttcgatggtgaccaaatggctgtt
cacgttcctatttcagaacaagctttattagaaagccgtgaattaatgcttgctaataaa
aatattttgggcccaaaagatggagaaccaattatcaacccttcacaagatatgattctt
ggtttatactacttaacaattgaggaaaaaaatgctaagggtgagggaagagtttttgat
aactatgatcatatgatcagaaacttagaagctaaaaaagtttctctacatgctagagtt
gcgttgcctgcccaagaagttaaaaactctaaagtatttaacaaatcaacatctggtaca
caactttatgtaatttcaactgttggtaaatttatttttaataatgtctttccgaaagac
ttcacatttatttttgataataaagtaacaaaagctattaacttagaagaatataagaat
gaatttaatgatttatatgttgtctcagccggaacaaatattcctgaatacattaaaaca
ttaccaattcaagaagcatttaataaaaagaacattgctaaaattattcgttatatgttt
gataattatgttgcaacaattagtatcgcaaatgtggcaagtgttattgataaaattaat
gatttaaaagactctgatattgttttagaatttttaaaaattaaaacatataaaggtcaa
aatcttgaaaaagatcatgctgatttattaactgaatttgttttagaagaaaaagaaaaa
ttaaatttagaaaacgaagaaagatatcgtggacaaagcaatattccattttctgctaaa
gaaaaagctaaaatgcttgatggtgtttgatttaaatatacaaatatcgttgcttcgata
ttggacaatgttaaacaattaggttttgattattcaacaacttcaggtatttcaatttca
ttctcagatattttagaaacagaaaagaaatcagagtacattgctgaaggtgatgaatat
attggaaaactaaagaactattacaaattaggttatattactgatgatgatagatactca
ttaacaattaaaaaatgagctgaaattaaggaaaaaattcaacaagaattacaaacaata
attaagaataatcctcaaaacccagttattacaatgatcaattctggagctcggggaaat
atttctaactatgttcaattagctggtatgcgtggtctgatggctaacaacaccaaaact
actaaggccgatgctaaaaatgatcgtgttgttcgttcaactgttgaagttccagttaaa
tcttcatttatcgaaggactaacagcttttgaattctattcatcaacccacggagctaga
aaaggtctaaccgatactgctcttaacactgctaaatcaggttacttaaccagacgttta
gttgacgttgctcaaaacatcgttgtaagagaagaaaactgtggttctgaatatggtttc
ctagcaagaaatattgctgatacaaaaacaaaacaaattatcgttcctttaaaagaaaga
attattggtcgtttttcaaacaaaccaatttatgataaaaataatgaattaatttgtgaa
agaaatattttaattacaagcaaaattgctcaaagaattattgattcaggcattgaagaa
gttgaaattagatcaattttaggatgtaacacacgtaacggtgtatgtaaaatgtgtttt
ggtaaggatttagcaacaaaccgtgttgttaatattggcgaagcagttggtattattgct
gctcaatcaattggtgaacccggtacacagctaactatgcgtactttccatactggtggt
gttgctggtgttgaagatattactggcggtttcactcgtttaattgaattaatcgatgct
catgaacaaccatgaggtagaccagcaacaatttctccatatgaaggcgttgttactgat
attgagaaagtggaaaaaactgataatgactatattgtttcaattgaaacactaactagt
gataatgaaaaagttaaaaaatctgttttagtaaatactaataagaaattgagagttgca
ccgggcagcgaaatcaaaattggtcaaaaaatatcagaaggaccaattattctaaaagag
ttattagctttaactgacgttagaacagttcaaaattatttactaaaagaaattcaaaga
atttaccgtattcaaggtatcgcaattagtgacaagtacattgaaatcattattagacaa
atgatgtcaaaaattgttattagcgatcctggagaatctaaattcttcgccggagcaatt
gttgatatctttgactatcaagaagaaaacgctttattattatcagaaaacaaaaaacct
gcatacggtaatgttgtaattaaaggcgctaaacaagttcctcttctatcagattcattc
ttagcagctgcttcataccaagaaacatcaaaaatcttagttaatgctgcaatttcttca
agaactgataatctaacaggtctaaaagaaaacattattgttggtaaaaaaattccttca
ggaacagctttatattcatttgaagaacattcaaaatacgatattaagccatcaataaaa
tacttcacaaattttgttgaaaacgatgatgaaaacaataatgattttgatgatgaaaat
atgattgatttagatacactaactcaagaatataatgatcatgaaagacataatttagaa
tttgaagatgaagaaaatagcgatgaattctatgtcgaagatgaatacaatcaaagcgat
gatttagacgttgaagaacatctagacgaagacttcgattacgaataa
DBGET
integrated database retrieval system
