Rickettsia massiliae AZT80: RMB_03400
Help
Entry
RMB_03400 CDS
T01758
Name
(GenBank) transcription-repair coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
rmi
Rickettsia massiliae AZT80
Pathway
rmi03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rmi00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
RMB_03400
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
rmi03400
]
RMB_03400
Enzymes [BR:
rmi01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
RMB_03400
DNA repair and recombination proteins [BR:
rmi03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
RMB_03400
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DEAD
TRCF
Helicase_C
CarD_TRCF_RID
UvrB_inter
ResIII
RecG_dom3_C
MFD_D3
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AFB31508
UniProt:
H6QIK8
LinkDB
All DBs
Position
594005..597373
Genome browser
AA seq
1122 aa
AA seq
DB search
MLQQKFPAAAKSFFAIDNFTKNLKQDFILSASNEEEALQLYKQALFFSSNENIYYFPSYD
TIPYDHTSPNANILSTRAETLTKLTTNNSNSKLLITHTANLLNKLPPKDFFSKYFLKLSP
KMKFTTDELAMFLVENSFTRNASSIDAGEFAVRGEIIDIILPGPKAYRIHFSWGYIESIK
EFDIDTQISTKSCRELIISPANEIVLNSETIGNFKNNYLRNFGVNHTDNPLYEAVISGRK
FTGYEQLLPLFYDSCSNLIDYLNDPIFIFDNLSKQAILEFEHSYNDFYSAKSEANKLKFN
SFYPTLSPTSLYFTASEITELLERKNNILLTFENSEQASLIENISATSFIEKKTVFDKLF
EVIKANSHKKIIIGSSVLSSCERIKSIIQNYEYKYNEINKLDEAKASIINVGIIPLNQSF
YTKEYLFITASELLEEKPSSTNTNKKLKNILLELDNLAEGEFVVHKDHGIGQFLKLETLE
IKGKPQHDFLKILYAGNDKLYIPVESIEVIKKYGNDNAELDKLGSVSWQRSKAKLKNRIK
EIALHLIQIAAKRKLNSSASVEFDLEEYDKFCANFPFSETEDQLTAINDIKEDLRNGMLM
DRLICGDVGFGKTEVAMRAVFMVAKSLNEHLPQVAVVVPTTILCSQHFSRFIERFKGFGL
NIKQLSRVISSKEAKIIRSELESGKINIIIGTHSLLHKNIKFFNLKLLIIDEEQHFGVGQ
KELLKSLKSSSHVLAMSATPIPRTLQMSMTGLKELSIIATPPLNRLEVRTSVMPFDPVII
RDALLREHFRGGRSFYVVPRIKDIEDIEKQLKQIVPELSYKIAHGKMTPSKIDEVMSEFY
AGKFDILVSTTIIESGIDIAEANTMIIHKADMLGLSQLYQLRGRIGRGKMRGYAYLTVAS
HKKMTSHSLRRLEIIQNSCALGSGFTIASHDMDLRGFGNLIGEEQSGQIKEVGTELYQEM
LEEQIAIFKDAPIVSEQPFIPTINLGLSVFIPDNYVADAALKLGLYRRIGNLSNEIEVET
FKDEMIDRFGLLPIEFNNLLDIVKIKLLCFKLNIENLDSGDNGFVIKFYKNADMTDKILK
FVSTYSNQAKIKPDNKLVYIKKLVDKNIIVEVNQLLWNLSEV
NT seq
3369 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttacaacaaaaatttccggcggctgccaaatctttctttgcaattgataattttact
aagaatcttaagcaagatttcatcttgagtgcgagtaatgaagaggaggcgttgcaatta
tacaagcaagctttatttttttcttctaatgaaaatatttattactttccaagctatgat
accatcccttatgaccatacgtcaccaaatgcaaatatcttatctacacgtgcagaaaca
ttaaccaagctaacaacaaataatagtaatagcaaattactcatcactcatacagcgaac
ttattaaacaaattaccgccgaaagattttttttctaaatattttttgaaattatcccct
aaaatgaaatttactacggatgagcttgctatgtttctagtagaaaatagttttacaaga
aatgcgagtagtatcgatgctggggaatttgcggttagaggcgaaatcattgatataata
ttgcccggtcctaaagcttatagaattcattttagctggggttatattgaatcaataaaa
gaatttgatattgatacgcaaatttcgactaaatcctgcagggagcttattattagtcct
gcaaatgagatagttttaaatagtgaaactataggtaattttaagaataattacttacga
aattttggagttaatcatactgataatcctttatatgaggcggtaatatctggaagaaaa
ttcacaggatatgaacaattactcccgttattttacgattcctgctctaacttaatagat
tatttaaacgatcctattttcatattcgataatttgtcaaaacaagccattttagaattt
gaacatagttataacgatttttattcggcaaagtcagaggcaaataaacttaaatttaat
agtttctatcccaccctttcaccgactagcttatattttaccgcttctgaaataacggaa
ttactagaacgaaaaaataatatactacttacttttgaaaactcagagcaagctagctta
attgaaaatatatctgctacaagttttatagaaaagaaaacggttttcgataaattattt
gaggttattaaagcaaattctcataagaaaattattataggctcaagtgttttaagtagt
tgtgagcgaatcaaaagcataattcaaaattatgaatataaatataatgagataaataaa
ttagatgaggctaaggcttcaataataaatgtcgggataattcctttaaatcaaagcttt
tatacgaaagaatatttatttattaccgctagtgaattattagaagaaaaacctagctct
acaaacactaacaaaaaacttaaaaatatcttgctggagcttgataatttagctgaaggc
gaatttgttgtgcacaaagatcatggaatagggcagtttttaaagctagaaactttagaa
atcaaaggcaaaccacaacatgattttttgaagattttatatgccggcaatgataaatta
tatataccagttgaaagtatagaggtaataaaaaaatacggcaatgataatgcggagctt
gataagcttggtagcgtttcatggcaaagaagtaaggcaaagcttaaaaatcgtataaaa
gagatagcgctgcatttaatacaaatagcagctaaaaggaaacttaatagtagtgcttcc
gttgaatttgaccttgaagaatatgataaattttgtgctaattttcctttcagcgaaacg
gaagaccaattaaccgctataaacgatattaaagaagatctaagaaacggtatgttaatg
gataggttaatatgcggtgatgtcgggtttggtaaaacagaggtagcaatgcgtgccgtc
tttatggtagcaaaatctctaaatgaacatttacctcaagtagccgtagttgtaccgaca
actattttatgtagtcaacatttttcaagattcatagaacggttcaaagggtttggttta
aatatcaagcaattatctagagtgattagttctaaagaagcaaaaattataagatcggag
cttgaaagcggtaaaataaatataataataggcactcattctttattacataaaaatata
aaattctttaatttgaaattgttaataatcgatgaagaacaacatttcggcgtcggtcaa
aaagaattgcttaaatcgctaaaatcctcttcccatgtacttgcaatgtcggcaacaccg
attcctcgaacgctgcaaatgtcaatgaccggtttaaaagaacttagcattattgcaacg
ccgcctctaaacaggctggaagttcgtacctcggttatgccgtttgatcccgttattatc
agagatgcattattacgcgaacattttagaggcggaagaagcttttatgtagttccaaga
attaaagatatagaggatatcgaaaaacaattaaaacaaattgtgccggaattaagctat
aaaatagctcacggaaaaatgactccgagtaaaattgatgaggttatgagcgagttttat
gccggtaaattcgatatactagtctcaactactattatagaatcaggaattgatatagcc
gaggcaaataccatgatcatacataaggctgatatgctgggtcttagtcagctatatcaa
ttgcgtggtcgaataggtcgaggtaaaatgcggggttatgcctatctaacggtagcaagt
cataaaaagatgacatcgcactccttaagacgcttagagataatacaaaatagttgtgct
ttgggctcaggttttactattgcaagccatgatatggatttacgaggtttcggtaatttg
ataggtgaagaacaatcaggacaaattaaagaagtaggtacagaactctatcaagaaatg
ctggaagaacaaatagctatttttaaagatgcaccgattgtttcagaacaaccctttatc
ccgactattaatttgggattatccgtctttattccagataattatgtagccgatgcagct
cttaaacttggactatatagaagaataggtaatttaagtaatgagatagaagtagagaca
tttaaagatgagatgattgatagattcggtttactaccgattgaatttaataatttactt
gatattgtaaaaataaaactattatgctttaagttaaatattgaaaatctagattcagga
gataacggatttgtgattaaattttataaaaatgccgatatgactgataaaattttaaaa
ttcgttagtacttactctaatcaggcaaaaatcaaaccagataataaattagtatatatc
aagaaattagtagataaaaatataattgttgaggtaaatcaactactttggaatttatcg
gaggtgtag
DBGET
integrated database retrieval system
