KEGG   Rickettsia rickettsii Morgan: RRM_04730
Entry
RRM_04730         CDS       T03662                                 
Name
(GenBank) transcription-repair coupling factor
  KO
K03723  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:5.6.2.4]
Organism
rrm  Rickettsia rickettsii Morgan
Pathway
rrm03420  Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:rrm00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09124 Replication and repair
   03420 Nucleotide excision repair
    RRM_04730
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03400 DNA repair and recombination proteins [BR:rrm03400]
    RRM_04730
Enzymes [BR:rrm01000]
 5. Isomerases
  5.6  Isomerases altering macromolecular conformation
   5.6.2  Enzymes altering nucleic acid conformation
    5.6.2.4  DNA 3'-5' helicase
     RRM_04730
DNA repair and recombination proteins [BR:rrm03400]
 Prokaryotic type
  SSBR (single strand breaks repair)
   NER (nucleotide excision repair)
    TCR (transcription coupled repair) factors
     TRCF (transcription-repair coupling factor)
      RRM_04730
SSDB
Motif
Pfam: DEAD TRCF Helicase_C CarD_TRCF_RID UvrB_inter RecG_dom3_C MFD_D3
Other DBs
NCBI-ProteinID: AJG34625
LinkDB
Position
complement(862848..866216)
AA seq 1122 aa
MLQQKFPAAAKSFFAIDNFTKNLKQDFILSASNEEEALQLYKQALFFSSNENIYYFPSYN
TIPYDHTSPNANILSRRAETLIKLTTNNSNSNKLLITHTANLLNKLPPKDFFSKYFLKLS
PKMKFTTDELAMFLVENCFTRNASSIDAGEFAVRGEIIDIILSGPKAYRIHFSWGYIESI
KEFDIDTQISTKSCRELIISPANEIVLNSETIGNFKNNYLRNFGVNHTDNALYKAVISGR
KFTGYEQLLPLFYDSCSNLIDYLNDPIFIFDNLSKQAILEFEHSYNDFYSARSEANKLKF
NSFYPTLSPTSLYFTASEITELLEQNNNILLTFENSEQASLIENIAATSFIEKKTVFDKL
FEVIKANSHKKIIIGSSVLSSFERIKSIIQNYEYKYNEINKLDEAKASIINVAIIPLNQS
FYTKEYLFITASELLEEKPSSTNTNKKLKNILLELDNLAEGEFVVHKDHGIGQFLKLEAL
EIKGKPHDFLKILYAGNDKLYIPVESIEVIKKYGNDNAVLDKLGSVAWQRSKAKLKKRIK
EIALHLIQIAAKRKLNSSASVEFDLEEYDKFCANFPFSETEDQLIAINDIKEDLRNGMLM
DRLICGDVGFGKTEVAMRAVFMVAKSLNEHLPQVAVVVPTTILCSQHFSRFIERFKGFGL
NIKQLSSVISSKEAKIIRSELESGKINIIIGTHSLLHKNIKFFNLKLLIIDEEQHFGVGQ
KEFLKSLKSSSHVLAMSATPIPRTLQMSMTGLKELSIIATPPLNRLEVHTSVMPFDPVII
RDALLREHFRGGRSFYVVPRIKDIEDIAKQLKQIVPELSYKIAYGKMTPSKIDEVMSEFY
AGKFDILVSTTIIESGIDIAEANTMIIHNADMLGLSQLYQLRGRIGRGKMRGYVYLTVAS
HKKMTSHSLRCLEIIQNSCALGSGFTIASRDMDLRGFGNLIGEEQSGQIKEVGTELYQEM
LEEQIAIFKDEPIVSEQPFIPTINLGLSVFIPDNYVADAALKLGLYRRIGNLSNEIEVET
FKDEMIDRFGLLPIEFNNLLDIVKIKLLCFKLNIENLDSGDNGFVIKFYKNADMTDKILK
FVSTYSNQAKIKPDNKLVYIKQLVDKNIIVEANQLLWNLSEM
NT seq 3369 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgttacaacaaaaatttccggcggctgccaaatctttctttgcaattgataattttact
aagaatcttaagcaagatttcatcttgagtgcgagtaatgaagaggaggcgttgcaatta
tacaagcaagctttatttttttcttctaatgaaaatatttattactttccaagctataat
accatcccttatgaccatacgtcaccaaatgcaaatatcttatctagacgtgcagaaaca
ttaatcaagctaacaacaaataatagtaatagcaacaaattactcatcactcatacagcg
aacttattaaacaaattaccgccgaaagattttttttctaaatattttttgaaattatcc
cctaaaatgaaatttactacggatgagcttgctatgtttctagtagaaaattgttttaca
agaaatgcgagtagcatcgatgctggggaatttgcggttagaggcgaaatcattgatata
atattgtccggtcctaaagcttatagaattcattttagttggggttatattgaatcaatc
aaagaatttgatattgatacgcaaatttcgactaaatcctgcagggagcttattattagt
cctgcaaatgagatagttttaaatagtgaaactataggtaattttaagaataattactta
cgaaattttggagttaatcatactgataatgctttatataaggcggtaatatctggaaga
aaattcacaggatatgaacaattactcccattattttacgattcctgctctaacttaata
gattatttaaacgatcctattttcatattcgataatttgtcaaaacaagccattttagaa
tttgaacatagttataacgatttttattcggcaaggtcagaggcaaataaacttaaattt
aatagtttttatcccaccctttcaccgactagcttatattttaccgcttctgaaataacg
gaattactagaacaaaacaataatatactacttacttttgaaaactcagagcaagctagc
ttaattgaaaatatcgctgctacaagttttatagaaaagaaaacggttttcgataaatta
tttgaggttattaaagcaaattctcataagaaaattattataggctcaagcgttttaagt
agttttgagcgaatcaaaagcataattcaaaattatgaatataaatataatgagataaat
aaattagatgaggctaaggcttcaataataaatgtcgcgataattcctttaaatcaaagc
ttttatacgaaagaatatttatttattaccgctagcgaattattagaagaaaaacctagc
tctacaaacactaacaaaaaacttaaaaatatcttgctggagcttgataatttagctgaa
ggcgaatttgttgttcacaaagatcatggaatagggcagtttttaaagctagaagcttta
gaaatcaaaggcaaaccacatgattttttaaagattttatatgccggcaatgataaatta
tatataccagttgaaagtatagaggtaataaaaaaatacggcaatgataatgcggtgctt
gataagcttggtagcgttgcatggcaaagaagtaaggcaaagcttaaaaagcgtataaaa
gagatagcactgcatttaatacaaatagcagctaaaaggaaacttaatagtagtgcttcc
gttgaatttgaccttgaagaatatgataaattttgtgctaattttcctttcagcgaaacg
gaagaccaattaatcgctataaacgatattaaagaagatctaagaaacggtatgttaatg
gataggttaatatgcggtgatgtcgggtttggtaaaacagaggtagcaatgcgtgccgtc
tttatggtagcaaaatctctaaatgaacatttacctcaagtagcagtagttgtaccgaca
actattttatgtagtcaacatttttcaaggttcatagaaaggttcaaaggttttggttta
aatatcaagcaattatctagcgttattagttctaaagaagcaaaaattataagatcggag
cttgaaagcggtaaaataaatataataataggcactcattctttattacataaaaatata
aaattctttaatttgaaattgttaataatcgatgaagaacaacatttcggtgtcggtcaa
aaagaatttcttaaatcgctaaaatcctcttcccatgtacttgcaatgtcggcaacaccg
attcctcgaacgctgcaaatgtcaatgaccggtttaaaagaacttagcattattgcaacg
ccgcctctaaacaggctggaagttcatacctcggttatgccgtttgatcccgttattatc
agagatgcattattacgcgaacattttagaggcggaagaagtttttatgtagttccaaga
attaaagatatagaggatatcgcaaaacaattaaaacaaatcgtgccggaattaagctat
aaaatagcttacggaaaaatgactccgagtaaaattgatgaggttatgagcgagttttat
gccggcaaattcgatatactagtctcaactactattatagaatcaggaattgatatagcc
gaggcaaataccatgatcatacataatgctgatatgctgggtcttagtcagctatatcaa
ttgcgtggtcgaataggtcgaggtaaaatgcggggttatgtctatctaacggtagcaagt
cataaaaagatgacatcgcactccttaagatgcttagagataatacaaaatagttgtgct
ttgggctcaggttttactattgcaagccgtgatatggatttacgaggtttcggtaatttg
ataggtgaagaacaatcaggacaaattaaagaagtaggtacagaactatatcaagaaatg
ctggaagaacaaatagctatttttaaagatgaaccgattgtttcagaacaaccctttatc
ccgactattaatttgggattatccgtctttattccagataattatgtagcagatgcagct
cttaaacttggactatatagaagaataggtaatttaagtaatgagatagaagtagagaca
tttaaagatgagatgattgatagattcggtttactaccgattgaatttaataatttactt
gatattgtaaaaataaaactattatgctttaagttaaatattgaaaatctagattcagga
gataacggatttgtgattaaattttataaaaatgccgatatgactgataaaattttaaaa
ttcgttagtacttactctaatcaggcaaaaatcaaaccagataataaattagtatatatc
aagcaattagtagataaaaatataattgttgaggcaaatcaactactttggaatttatcg
gagatgtag

DBGET integrated database retrieval system