Rickettsia typhi B9991CWPP: RTB9991CWPP_02825
Help
Entry
RTB9991CWPP_02825 CDS
T01810
Name
(GenBank) transcription-repair coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
rtb
Rickettsia typhi B9991CWPP
Pathway
rtb03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rtb00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
RTB9991CWPP_02825
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
rtb03400
]
RTB9991CWPP_02825
Enzymes [BR:
rtb01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
RTB9991CWPP_02825
DNA repair and recombination proteins [BR:
rtb03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
RTB9991CWPP_02825
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DEAD
TRCF
Helicase_C
CarD_TRCF_RID
UvrB_inter
MFD_D3
RecG_dom3_C
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AFE55268
LinkDB
All DBs
Position
complement(759019..762381)
Genome browser
AA seq
1120 aa
AA seq
DB search
MLQQKFPATAKCFFAIDNFTKHLNQDFILSVNNEEEALKLYKQAFFFSSNENIYYFPSYD
TIPYDYTSPNTNIISRRAETLTKLITNNNSKLLITHAANLLNKLPPKDFFSKYFLKLYPK
IKFTIDELSMLLVENSFTRNISSNDVGEFSVRGEIIDIILPGPKAYRINFSWDYIESIKE
FDINTQISTKYCTELVISPVSEIVLNSKTIGNFKNNYLRNFGVNHTDNPLYEAVISGRKF
PGYEQLLPLFYDSCSSLVDYLNDPICIFDNLSKQEILEFENSCNDFYLARSNANKLKVNN
FYPALSPASLYFTASAITELLEQKNNILISYENSEQASLIGNISSTSFMEKKTIFDKLFE
LIKANFHKKIIICSSVLSSFERIKSIIQNYKYTFNEINKLDDAKASVINIGIIPLNQSFY
TKEYLFITSSELLEEKTLYTNTNKKLKNILLELDNLAEGEFVVHKDHGIGQFLKLEAFEI
QGKLHDFLKILYSGNDKLYVPVENIEVIKKYGSNNVELDKLGSAAWHKSKAKLKDRIKEI
SLHLIQIAAKRKLNISTPIEFDLEEYDKFCANFPFIETEDQLTAINDIRKDLTNGMLMDR
LICGDVGFGKTEVAMRAVFMVAKSLNEYLPQVAVVVPTTILCSQHFSRFIERFKGFGLNI
KQLSSVVSSQEANIIRLELASGKINIIIGTHTLLHKNIKFFNLKLLIIDEEQHFGVSQKE
FLKSLKYSSHVLAMSATPIPRTLQMSLTGLKELSIIATPPLNRLEVRTSVMPFDTVIIRD
ALLREHFRGGRSFYVVPRIKDMEDIEKQLKQIVPELSYKIAHGKMTPSKIDEVMSEFYAG
KFDILISTTIIESGIDITEANTMIIHNADTLGLSQLYQLRGRIGRGKIRGYAYLTVASNK
KLMQHSLRRLEIIQNSCALGSGFTIASHDADLRGFGNLIGEEQSGQIREVGAELYQEMLE
EQIALLKDESIVSEQSFIPNINLGLSVFIPDHYVSDSALKIALYRRIGNLSNEIEVEKFK
DEMIDRFGLLPIEFNNLLDIVKIKLLCFKLNIENLDSGDDGFVIRFYKNADMSDKILKFV
SRYSNQTKIKPNNKLVFIKKLVDKNIITEANQLLWTLLEI
NT seq
3363 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttacaacaaaaatttccggcaactgccaaatgtttctttgcaattgataattttact
aagcatcttaatcaagatttcattttaagtgttaataatgaagaagaggcattaaaatta
tataagcaagcgttctttttttcttctaatgaaaatatttattactttccaagttatgat
acaatcccttatgattatacgtcaccgaatacaaatatcatatctagacgtgcagaaaca
ttaacaaagctaataacaaataataatagtaaattgcttattactcatgcagcaaattta
ttaaacaaattaccaccaaaagattttttttctaaatattttttaaaattatatcctaaa
ataaaatttactattgatgagctgtctatgttattagtagaaaatagctttacacgcaat
atcagtagcaacgatgttggagaattttcagttagaggagaaattattgatataatattg
ccaggtcctaaagcgtatagaattaattttagttgggattatattgaatcaattaaggaa
tttgatattaatacgcaaatttcaactaaatattgtacggaacttgttattagtcctgtc
agtgaaatcgtgttaaattctaaaacaatcggtaattttaagaataattatttacgcaat
tttggggttaatcatactgataatcctttatatgaggctgtaatatctggcagaaaattc
ccaggatatgaacaattactgccgttattttacgattcatgctctagtttagtagattat
ctcaacgatcctatttgtatatttgataatctgtcaaaacaagaaattttagagtttgaa
aatagttgtaatgatttttatttagcaagatcaaatgctaataaacttaaagttaataat
ttttatccagcactttctcctgctagcttatattttactgcttctgcaataacagaatta
cttgaacaaaaaaataatatattaattagttatgaaaattctgagcaagctagcttgatt
ggaaatatttcctctacaagttttatggaaaaaaaaacgatttttgataaattatttgag
cttattaaagcaaattttcataaaaaaattatcatatgctcaagcgttttaagtagtttt
gagcgaatcaaaagtattattcaaaattacaaatatacttttaatgagataaataaatta
gatgatgctaaggcttcagtaataaatatcggaattattcctttaaatcaaagcttttat
acgaaagaatatttatttattacatctagcgaattattagaagaaaaaactctttataca
aatactaacaaaaaacttaaaaatattttgttggagcttgataatttagcagaaggagaa
ttcgtcgttcataaagatcatggaataggacagtttttaaagctagaagctttcgaaatt
caaggtaaactgcatgattttttaaagattttatattctggcaatgataaattatatgta
ccggttgaaaatatagaggtaataaaaaaatatgggtctaataatgtagagcttgataag
cttggcagtgccgcatggcacaaaagtaaggcaaaacttaaagatcgtataaaagagata
tcactgcatttaatacaaatagcagctaaaaggaaacttaatattagtactccgattgaa
ttcgaccttgaggaatatgataaattttgtgctaattttcctttcatcgaaacagaagat
cagttaacagcgataaatgacattcgaaaagacctaacaaatggcatgttaatggatagg
ttaatatgtggagatgttggatttggtaaaacagaggtagcaatgcgtgccgtctttatg
gtagcaaaatcactaaatgaatatttaccacaagtagctgtagttgtcccgacaactatt
ttatgtagtcaacatttttcaaggtttatagaaagattcaaaggttttggtttgaacatt
aaacaattatccagcgttgttagttctcaagaagcaaacattatcagattggagcttgca
agcggtaaaataaatataataataggaactcatactttattacataaaaatataaaattc
tttaatttaaaattgttaataatcgatgaagaacagcattttggtgtcagccaaaaagaa
tttcttaaatcactaaaatactcttctcatgtacttgcaatgtctgcaacaccgattcct
cgcacgctacaaatgtcactgactggtttaaaagaacttagtattattgcaacgccacct
ttaaataggttagaagtgcgtacatctgttatgccatttgatacagtgattattagagat
gcattattacgggaacattttagaggaggtagaagtttttatgtagttccaagaattaaa
gatatggaggatattgaaaaacaattaaaacaaatcgtgcctgaattaagttataaaata
gctcacggaaaaatgactccgagtaaaattgatgaagttatgagtgagttttatgctggc
aaattcgatatattaatctcaactaccattatagaatcagggattgatatcactgaagca
aatacaatgatcatacataatgcagatacgcttggtcttagtcagctatatcaattgcgt
ggtcgaataggtcgaggtaaaatacgaggttatgcttatctaacagtagcaagtaataaa
aagctaatgcaacactcattaagacgcttggagataatacaaaatagttgtgctttaggt
tcaggtttcactattgcaagccatgatgcagatttaagaggttttggtaatttaattggt
gaagagcaatcagggcaaattagagaagttggcgcggaactctatcaagaaatgttggaa
gagcaaatagctcttttaaaagatgagtctattgtttcagaacagtcatttattccaaat
attaatttaggactatctgttttcattccagatcattatgtatcagattcagcactaaaa
attgctctatatagaagaataggtaatttaagtaatgagatagaagtagaaaaatttaaa
gacgagatgattgatagatttggtttgctaccgattgaatttaataacttacttgatatt
gtaaaaataaaactattatgctttaaattaaatattgagaatttagattcaggagatgac
gggtttgtgattagattttataaaaatgctgatatgagtgataaaattttaaaatttgtt
agtcgctactctaatcaaacaaaaatcaaaccgaataataaattagtatttattaagaaa
ttagtagataaaaatatcattactgaggcaaatcagttactttggacgttactagaaatt
taa
DBGET
integrated database retrieval system
