Shewanella glacialimarina: FJ709_00580
Help
Entry
FJ709_00580 CDS
T07885
Name
(GenBank) tandem-95 repeat protein
Organism
sgla
Shewanella glacialimarina
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Big_9
Cadherin_5
Cadherin_4
He_PIG
fn3
OMP_b-brl
OmpA_membrane
Cadherin_3
Toxin_ToxA
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
UCX03150
LinkDB
All DBs
Position
130547..138181
Genome browser
AA seq
2544 aa
AA seq
DB search
MLKNMLANTINTLGTRTKKYCVTWLRLCVSVLFLTMMQPAYAATPADENYDDNALADVAT
SNLFTLDGVKYTLTGSGTYRNVIASSTVFSALGDNGADRYLFIDYDSAYGLTSVRIEAAD
GSAFRLSGFSFDAVADANITVTPNGGSALSYASNGLYITQQNVDTSSNTDFQNITSVTFA
GANLSIFFDDLNFEPAVLPAPTITSATYNASTGALVVTGTNFTATAGATNDVVANTFTLT
GEGFATYTLTNTADVEISSATSFTLTLSATDRASVNVLTNKNNATSTSGTSYNLAGAAGF
IANAPATADLTANAITVSSVPLPTISTAAYNASTGVLTVSGTGFSSFAGATNDIVANKFT
LHGEAGMSYTLTDTSNVEITSNTSFLLTFSATDKAAYNLIANKNGGLSTDISTYYLEAAD
DWAAGADPTLFVEDSSGNNITVTNVPLPTISSALYSASTGVLAVTGAGFTSSGPGGSDDI
IANKFTLRGEAGATYTLTDTANVEVTSGTSFTFTLSATDKSGANALLNKNGTSSVDATTY
NLAAAEDWAPGADATLTIADLVGNGITVSNVFAAPGAPTIGTATAGDTQVSVTFSAPGSD
GGSAITGYTVTASPGGASASGAGSPLVVTGLTNGQAYTFTVTATNGIGTGSTSAASNSAT
PKAPQTITFGNPGTQNFGTTPTLSATATSGLTPTFSSTTTGVCTITSGGALTFVTAGTCS
IDADEVGNSSYLAAATVTRSFNVNALVPGAPTVVSATAGDTQASVSFTAPVFTGGAAITS
YTVTSSPGGITGTGADSPITVTGLTNGVAYTFTVVATNSAGAGSASGASSAITPKAAQTI
TFSNPGAQNFGTTPTLSASSTSSLTPTFTSSTTGVCTVTSGGALSFITTGTCTINADQTG
DVSYIAAAQVSQSFNVIAVVAGAPIIGTATAGDTQASVSFSAPASTGGAAITAYTVTSSP
GALTGTGAGSPITVTGLTNGVAYTFTVTATNSVGVGAASSASGAITPKAAQTITFSNPGA
QNFGTTLTLSATATSSLAPTFTSSTTGVCTVTSGGNLSFISAGTCTINANEAGNGSYLAA
AQVSQSFSVNAAVAGAPTIGTATAGDAQASVSFTAPTSTGGAAITGYIVTSSPGGLTANG
AASPLTVTGLTNGIAYTFAVQAINSVGAGNTSVASNSVIPNGAPVITGTPILTIDQDTQY
SFTPNAVDTATDTLTFSIVNKPLWATFNTSTGTLSGTPSIQDVGVTNGIVISVSDGTLSA
SLTAFNLTVINTNKAPTITSTPITSIAEGSVYSYTFSATDVDPGDTLTLSALTLPSWLSF
NVTTGVLNGTATNEEVGTHSVTLRVADTAGLTADQSFSITVTNVNDAPIIGSTPITSIAE
GSVYSYTFLATDADSGDTLTLSAVVLPSWLRFNVTTGVLSGTPTSADVDTHEVTLRATDV
AGLTADQSFSITVTNVNDAPIVNSASVTLSEDSSVMIILTAEDLDNDQLTYDVVNMPVSG
TLEQHGTAWLYTPEKDFNGTDSISFTAKDAELTSEAAIITINVTAINDEPLAVDDSYSQS
LSTDNSYTLAVLDNDSDVDGDTLTIDGAAADVGSVQIVASQLKYLAPTDFVGPVTLRYSI
SDGNKGRSNAKVQLLVTGENSADLPVITVPADITANATGLFTKLKLGVATAVDKAGNKLA
VSLVNTQQLFAPGEHLAYWKATDSQGRSAIKPQKVTVKPLISISRNQAVAEGSEAHFSVI
LNGPSPQYPVSIPYTVSGSSDGNDHDLVDGVFEITSGLSASFSVNVFDDGITEADEELLI
SLDPSLNLSSQRETRLLITEANIAPTASIEVTQSNEPRTQVSKQDGKVYIQAKSQDVNLQ
NSLTEVWSTGVLVLESDADGSYFDPSTLDAGIYPISLVVTDDGTPQLSTEVQLTLLVKDS
LPVLTGSDSDGDLIPDNQEGFADTDGDGIADYLDGINECNVLQEKVSSQQTFLAESEPGV
CLHLGNAALSNGAQGLQIPDDNLIPDPIAFIPAGGLFDFVIDDLPTPGMTVSIVIPQIQP
IPASGVYRKFMRGRWVSFVENANNSIHSSQGSAGYCPPPGAAEWQPGLIEGYHCVQLTIE
DGGPNDDDGLVNSAVSDPGGVAVMLNNNHLPVANADSASLSLNQSIDIDVLANDTDIDGD
TLSVQNVTSDFGDAVILANQQISYTPDVDFIGIDVLSYSISDGQGGTSTSQLTVTVRANS
APTTIDDTANTDDRTSLLLNVLSNDSDIDGDSLTLVSGTALQGAVSIESNQLRYTPKQGF
EGVDTLSYLISDGAGGEASGQVLVTIKAYQEVVIDNQSGGGSLSLYGLVLLAFGGLVRRG
KWLAVAISSVLLTGVTAQANAAEANSWYLDGFVGQAYADSKIQNWQYPNDTEVTDVDDSD
TALGLSAGYQWNNFLAVELGYSDFGSGTAQLKGSTLSPEAYQQALKSVTPILADGITLGL
RFTLVEHQDWRFEIPVGLFRWNADIASQMNNNRIMTELSGTDWYIGMQFHYQMTESWSLG
LGYQYVDIEPNDILTGQLSLRYHF
NT seq
7635 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgcttaaaaatatgcttgccaataccattaacacacttggaactcgtactaaaaaatat
tgtgttacttggctcagactatgtgtaagtgttttattcttgaccatgatgcaacctgct
tatgcggcgacgcctgccgatgaaaattatgatgataacgcgctagctgatgttgccacg
agcaatttattcaccttggatggtgtcaaatacacgctgacaggctcaggtacatatcgg
aatgttatagcaagttcaactgtattttctgctttaggtgacaatggggcagatcgctat
ttgtttattgattatgatagcgcctatggcttaacgagcgtcagaattgaagctgccgat
ggcagtgctttccgcttatctggctttagctttgatgctgttgcggacgctaatattacc
gtaaccccgaacggcggtagtgcactttcttatgctagtaatggtttgtatattactcag
caaaatgttgatacatcaagtaataccgactttcaaaatattaccagcgtaacgtttgca
ggggcaaatcttagtattttttttgatgacttaaactttgagcctgcggttttacccgcg
cctactatcaccagcgcaacctacaacgcctcgacgggtgcgttggttgtaaccggcact
aatttcacggcaacggcgggcgcgaccaatgatgttgttgcgaacacatttaccctaacg
ggtgagggcttcgctacctacacattaaccaataccgccgatgtagagatttcctccgcg
accagtttcaccttaaccctgagtgcaactgatcgcgccagtgttaatgttctgaccaat
aaaaataatgccacttctactagcggaactagctataaccttgccggtgcggcaggtttt
atcgccaatgcccctgccacagcagacttgaccgccaatgctattacggtttcaagtgta
cctttgccaacaatttctacggcagcttacaacgccagtaccggtgtgcttacggtgtca
ggaactggatttagtagttttgcaggcgcgactaacgacatagtggcaaataaatttacg
ctccacggtgaagcgggtatgagttataccctaaccgatacgagcaacgttgaaataacc
tccaataccagctttttgttaacctttagtgcaacagataaggccgcctacaatctcatc
gccaataaaaatgggggattatcgacagatatatccacctattacttggaggcggcagat
gattgggctgcaggtgcggatccaaccctctttgttgaggattcttcgggtaataacatt
acggtgactaatgtccctctgccgaccattagcagcgcactttatagcgcctctacgggt
gtattggctgttaccggggctggcttcaccagctcaggccctggtggtagcgatgatatt
atcgcgaataaatttacccttaggggagaagcgggtgccacctacaccttaacggatacc
gccaatgttgaggtcacctcgggtaccagctttaccttcacgttgagcgccacggataag
tcaggtgctaatgccctcctgaataaaaatggcaccagctctgttgatgccactacttac
aatctcgcagcggcggaagattgggcgccaggcgcagacgcaaccctgaccattgctgat
ctggttggcaatggaattaccgttagtaatgtgtttgctgcgccgggtgcacccacaata
ggcacggctacagcgggcgatacccaagtgtcggttaccttcagcgcgccgggttctgat
ggtggctcagcgattaccggttatacggtaacggcgagtccgggtggtgcaagcgcatct
ggtgcaggttcgcccttagtggtgacgggtttgacgaatggccaggcctatacttttacg
gtaacggctaccaatggtattggcactggctctacctcggcagcctcaaacagtgcaact
cctaaggcgccacaaaccatcactttcggcaatccgggcacgcaaaattttggcactacg
ccaacactcagcgcgacggcaacatctggtttaacgccaacctttagttccaccacaacg
ggtgtttgtaccattaccagtggcggcgcattgacgtttgtgacagcgggtacttgtagt
attgatgccgacgaagtgggtaatagcagctatctggccgccgcgactgttacgcgctca
tttaacgtaaatgcgttagtgccaggcgcacctacagtggtgagtgccacggcgggtgat
acccaagcctctgtgagtttcaccgcaccagtatttacggggggcgcagctataacctca
tatacagtgacctcaagccctggcggcataacgggcacaggtgcagattcacccattact
gtgactgggctaaccaatggtgttgcttatacctttaccgttgtggcgactaactctgcc
ggtgcgggttccgcttctggggcctctagtgccattacacctaaagcggcgcagactatt
acttttagtaacccaggcgcgcaaaacttcggtactacgccaacgttaagtgcgtcgtca
acgtcaagcttaacgccaacctttacttcatccacaacgggagtgtgtactgttaccagt
ggcggcgccttgagctttattactacaggcacttgtaccattaatgctgaccagacgggt
gacgtcagctatatagcggcagcgcaggtgagccagagtttcaatgttattgccgttgtt
gcaggagcacccattataggtaccgcgacagcaggggatactcaagctagtgtgagtttt
agtgcacctgccagtactggtggtgcagcaattacagcttataccgtcacctctagtccc
ggagccttaacgggtacgggtgcaggttcaccaattacagtgacgggcttaaccaatggt
gttgcctatacctttaccgttacggcgactaactctgtgggtgttggtgctgcctctagt
gcctctggtgctattacgcctaaagcggcgcaaaccattacttttagtaatccaggcgcg
caaaacttcggcaccacactaacgttaagtgctacggcaacgtcaagcttagcgccaact
tttacttcatctacaacgggagtgtgtactgttaccagtggtggtaacttaagttttatt
agtgcaggcacgtgtaccattaatgcaaatgaagcgggtaatggtagttatttagcagca
gcgcaggtgagccagagtttttctgttaatgctgcggttgcaggtgcgccaacaataggt
actgccactgccggtgatgctcaagctagcgtgagttttactgcgcctactagtacaggt
ggtgcagccattaccggttatatcgtgacgtctagccccggtggtttaactgctaatgga
gcggcttcacctttaaccgtcacgggtctcactaacggcatagcttatacctttgcggta
caggctattaacagtgttggggcgggtaatacttctgttgcaagtaactctgttattcca
aacggcgcacctgtcattaccggtacgccaatattgactattgatcaagatacacagtac
tcatttacaccaaatgcagtggataccgcgacagatactttaacgtttagtattgtcaat
aagccgttatgggcaacatttaatacgagtacgggtacattgtcaggtactccatcaatt
caagatgttggggttaccaatggcattgtgatcagcgtgtccgatggtactttgtctgca
agtttaacggcatttaatttaactgttattaatactaacaaggcaccaactattacttct
actcctatcactagcattgcagagggttctgtctacagttataccttttcagctacggat
gtcgaccctggtgatacgctcacgttaagtgcgctcacattaccgagttggctaagcttt
aatgttactactggtgtactaaatggtaccgcgactaatgaagaggttggtacacattca
gtgacacttcgcgtagctgatactgcagggttaacagctgatcaaagctttagtattaca
gtcactaatgtcaacgatgcgccaattattggctcaacacctatcaccagcattgcagag
ggatcagtatacagttatacattcttagctacggatgcagattcaggtgacacgctaacg
ttaagtgcggtcgtgctaccaagttggctacgctttaatgttactacgggagtattaagt
ggcacccctactagtgcagatgttgacacgcatgaggttacgcttcgtgctacagatgtc
gcagggttaacagctgatcaaagctttagtattacagtcactaatgtcaacgatgcgcct
atagtgaacagtgccagtgtgacattgagtgaggatagttcagtaatgattattcttaca
gcggaagatctagataatgatcaactaacctatgatgtagttaacatgcctgtgtcaggt
acgttagagcaacatggtacggcatggctttataccccagaaaaagactttaatggtaca
gacagcattagctttaccgcgaaagatgcagaattaacttctgaagccgcgattatcacc
atcaatgttacagctataaatgatgagccattagccgtggatgatagttatagtcaaagc
ctgtcgacggataatagctataccttagcggtgttggacaacgacagtgacgttgatggt
gataccttgactattgatggcgctgctgccgatgtcggtagcgtgcaaattgtagcgtca
cagcttaaatacctagcgcctaccgattttgttggcccggtgacattgcgttatagcatt
tccgacggcaataaaggtcgcagtaatgccaaagtacaattgcttgtgaccggtgaaaat
tctgctgatttacctgttattaccgtccctgccgacattaccgctaacgcaacaggtttg
tttactaagcttaagctaggtgttgcaacggcggttgataaggcgggaaataagcttgct
gtgtcgcttgttaatacccaacaactgtttgctcctggtgagcacttagcctactggaaa
gccactgacagccaaggtcgcagtgcgattaaaccgcaaaaagtgacggttaagccgttg
atttcgattagtcgcaatcaagcggttgccgaaggcagtgaagctcatttcagtgttatc
ttaaatggtccatcgccgcagtatcctgtcagcattccttataccgtgtctggcagtagt
gatggcaatgatcatgatttagtcgatggtgtgtttgagataacctctggtttaagcgca
agctttagcgtcaatgtgttcgatgatgggataacggaagcggatgaagagctgctaatc
agcttagatccaagcctgaacctcagcagtcagcgtgaaactcgcttattgattactgaa
gctaacattgcgccgacagcgagtatcgaggttacccagtcaaatgagccacggactcaa
gtgagtaagcaagacggaaaggtgtacattcaggcgaaaagccaagatgtgaatttgcaa
aatagccttacagaggtctggtcaacaggtgtgttggtgttagaaagtgatgccgatggc
agttactttgacccaagtacgcttgatgcgggtatttatcctattagcttggtagtgacc
gatgatggtacgccgcaattatcgactgaggtgcaattaaccttattggtgaaagacagc
ttacccgtactaacaggaagtgacagcgatggtgatttaatcccagataatcaagaaggc
tttgctgataccgatggtgatggtattgctgattacctggatgggattaatgagtgtaac
gtgctgcaagaaaaggttagttcgcaacagaccttccttgcagaaagtgagccgggtgtg
tgtttgcacttaggtaatgcggcgctaagtaatggtgctcaaggtcttcagataccagac
gataacttaatccctgatccaatagcatttattccagcaggtggcttgtttgattttgta
atcgacgatctcccaacaccaggcatgactgttagtatcgttattccgcaaatacaaccc
ataccggcaagcggtgtgtatcgtaagtttatgcgcggtagatgggtgagctttgtggag
aatgccaacaattcaatccactctagtcagggctctgccggttattgtccgccaccaggc
gctgcagaatggcagcccggcttaattgaaggctaccattgtgtgcagttaaccatagaa
gatggcggccctaacgatgatgatggtcttgtcaatagcgcggtttcagacccgggcggg
gttgctgtgatgcttaacaataatcacttaccagtggcaaatgcagacagtgcgtcttta
tcattgaaccaaagtattgatatagatgtgctggcaaatgataccgatatcgatggtgat
accttgagcgtgcagaatgtgaccagcgattttggtgatgcggtgattttagccaaccag
caaatcagttacactcctgatgttgacttcattggcatagacgtactgtcctacagtatt
tcagatggacaaggtggcacatcaactagtcaacttacggtaaccgtgagggctaatagt
gcacccaccacaatcgatgacacagctaatacggatgatagaaccagcttgctgttaaat
gtattaagtaacgacagtgatatcgatggtgacagcttaacgttagtcagtggtacagca
ttacaaggggctgtatcgatagaatctaaccagcttcgttatacacctaaacaggggttt
gaaggggtggatacactgagctatttgataagtgatggtgctggcggcgaagcctcaggg
caggtgttagtgaccattaaagcttatcaagaagttgttatcgataatcaatccggtggt
ggtagcttatccttgtacggattggtgctacttgcttttggtggtttagtgcgtcgaggt
aaatggctggcggtagcaatcagcagcgtgttattgactggtgtgacagcgcaagctaat
gcagcagaagccaacagctggtatctagatgggtttgttggacaagcgtatgctgatagc
aagatacaaaattggcaatatccaaacgatactgaagtcactgatgttgatgatagcgat
actgcattgggtttgagtgcgggttatcaatggaacaattttcttgctgttgagttaggt
tattctgactttggtagcggcactgcacaacttaaaggcagcaccttaagccctgaggca
tatcaacaggcattgaaatcggttacgccgatactggctgatggtataaccctaggactg
cgttttactttagttgagcatcaggattggcgatttgagataccggtcggtttatttaga
tggaatgccgatattgccagccagatgaataataaccgtataatgaccgagcttagtggt
actgattggtatattggaatgcaatttcattaccaaatgaccgaatcctggtctttaggg
ctggggtaccaatatgttgatattgagccaaatgatattttaactggccagctcagttta
cgttatcatttttaa
DBGET
integrated database retrieval system
