Schistosoma mansoni: Smp_148660
Help
Entry
Smp_148660 CDS
T01095
Name
(RefSeq) putative DNA ligase IV
KO
K10777
DNA ligase 4 [EC:
6.5.1.1
]
Organism
smm
Schistosoma mansoni
Pathway
smm03450
Non-homologous end-joining
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
smm00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03450 Non-homologous end-joining
Smp_148660
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
smm03400
]
Smp_148660
Enzymes [BR:
smm01000
]
6. Ligases
6.5 Forming phosphoric-ester bonds
6.5.1 Ligases that form phosphoric-ester bonds (only sub-subclass identified to date)
6.5.1.1 DNA ligase (ATP)
Smp_148660
DNA repair and recombination proteins [BR:
smm03400
]
Eukaryotic type
DSBR (double strand breaks repair)
NHEJ (non-homologous end-joining)
DNA Ligase 4 complex
Smp_148660
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DNA_ligase_A_M
DNA_ligase_A_N
DNA_ligase_A_C
BRCT
RNA_ligase
BRCT_2
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
8341490
NCBI-ProteinID:
XP_018649106
LinkDB
All DBs
Position
1:49835049..49854580
Genome browser
AA seq
848 aa
AA seq
DB search
MDVIFESSRIAKNVSFTTYCRLLEKLASSDGVKTKEKILSRFVILWETQYLALDSISQYP
CGGRASLYLLLRLLIPSHDRSRKAFGLRGQTLSRLIIKAIGLAPNSLAARKLSHIHPNSI
HRQTDFADVAYTVLRARCREDSVLSVKDLNTHLDELSTAESYDMRLQVLRSLLQLTTALE
QKWIIRLIVKRDSGCGLSGKSILRCFHPAAVSVFEVTQDLLPLCERIANIPSPNTFMLTG
YANNLSKSFDVTLFVPFRPMLCERANSGDMLVNSALHLYGKQNQGDTKGLKLLFETKFDG
ERVQLHKSSNSYRYWSRNGLEWTASYGEDGTRDFDRLSAQLHCGFAQHVTDCILDGEMMI
FSKWSNSIMSKSTKFDVKRSSYQNPEIDNYQPCFIVFDILYLNSQVCLSYPYHINDFKPI
PIINGIMYVSKWYTASAHQTEVARAFNHLVDNHQEGLIVKIANSPSLYLPGIRTDGGWWK
IKPDYIQGLLEDLDCLIVGGYFHHRGDKIITRVNHFLCAVRNDESYESTSEDNFTLTRFY
TFCKVKSGLTVKQLKEINQLLGKHWKVYDKKHPNSSSTEWLCVNSERPDVWIAPRSSLVL
QLHGAELIQSDSYSCGITLRFPRVVAIRHDKNWRDSLSMSELIKLNTETEGKLATKRLSI
VPTFSGLADVEHQQSFPDISSLNSSCSSTNQSSGYHTLNETTEQQTTELFINVDEPLATS
SPIKQRKIDVCHEHLNYFENHEICLWLSNDIELNKKLELEAIIRRYGGVVVQNPSESTFC
IVADKLTLKLSTSQETEFNIWLNKNYSILNTWIRQFPRIPHFIKESWLTECIMQSSWCSE
LNHLIEIN
NT seq
2547 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggatgtaattttcgaaagttcacgtattgcaaaaaatgtttcattcacaacttattgc
cgtctcttggaaaaactagcatcaagtgatggggtcaagacgaaagaaaaaattttgtcc
agatttgtaattttatgggagacccagtatctcgcattagactcaataagtcagtatccg
tgtggtggccgagctagcctttatttacttttgcgtttgttaattccttctcatgataga
tcaaggaaagccttcggattgcgtggacagacactatcaagactaataataaaagctatc
gggctagccccaaacagtctggctgctcgtaaactttcacatattcatcctaatagtatc
catcgacagactgatttcgccgatgtagcatatacagtgctcagagctcgatgtcgtgag
gacagtgttttgtctgtcaaggatttgaatactcatttagatgaactttctactgctgaa
tcgtatgatatgcgtttacaagtattgcgatcgttgttacagttaactacagctttagaa
caaaaatggattatacgtcttattgttaaacgcgattctggttgtggcctaagtgggaag
agtattcttaggtgctttcatccagctgcggtctctgttttcgaagtcacacaagatctt
ctcccactatgtgaacgaatcgcaaatataccttctcccaacacatttatgttgacagga
tatgctaacaatttaagcaagtcattcgatgtcactctttttgttccatttcgtcccatg
ttatgcgagcgggctaatagtggtgatatgctagttaactcagcactacatttgtacggt
aaacagaaccaaggtgatactaaaggattaaaacttcttttcgaaacgaaattcgatgga
gaacgcgttcaacttcataaatcaagtaattcttatcgatattggtcaagaaatggttta
gaatggacagcaagttacggtgaagatggtactcgagattttgacagattatctgctcaa
ttacattgtggatttgcacagcatgtaactgattgcatactagatggagaaatgatgata
tttagtaagtggtcaaattcaattatgtcaaaatcaacaaaatttgatgtaaaacggagt
tcttatcaaaatccagaaatcgataattatcaaccgtgtttcattgttttcgatatactt
tatttgaattcacaagtatgtttatcatatccatatcatattaatgatttcaaaccgatc
cctattataaatggtattatgtacgtttctaaatggtatactgcctcggcacatcaaaca
gaagttgcaagagcttttaatcatcttgtggataatcatcaagagggtcttatagtgaaa
atagccaattctccatctctttatctacctggtattagaactgatggtggttggtggaaa
attaaaccagattatatacagggtttattagaagacttagattgtctaattgtcggtggt
tattttcatcatcgtggagataagataataacaagagttaaccattttttatgtgctgtt
cggaatgatgaatcctatgaatctacttcagaagataatttcactctaacacggttttat
acattttgcaaggttaaatctgggctaacagttaaacaattgaaagaaattaaccagttg
ttaggaaaacattggaaggtgtacgacaaaaaacatcctaattctagttctactgaatgg
ttatgtgtgaattctgaacgcccagatgtatggatagctccacgatcatcgcttgtttta
cagcttcatggagctgaattaatccagagtgattcatattcttgtggaataactcttcga
tttcctcgtgtagtggctatacgtcatgataaaaattggcgtgattccctatcaatgagc
gaattaattaagctaaatactgagacagagggtaaattagccacaaagcgattgtcaatt
gtgccaacattttctgggcttgcagatgtcgaacatcaacaatcctttccagatataagt
agtttgaatagtagttgttcaagtacaaatcaaagtagtgggtatcatacattaaatgaa
accacagaacaacaaacaactgaattgtttataaatgttgatgaacctttagcaacatct
tcacctattaaacagcgtaaaattgatgtttgtcatgaacatttaaattattttgaaaat
cacgaaatatgtctttggttatcaaatgatattgaattgaataaaaaactagagcttgaa
gctattattcgtcgctatggtggtgttgttgtacaaaatccatctgaaagtactttttgt
attgttgctgataagcttacattaaagttatcaacttctcaagaaacagagtttaatatt
tggttaaacaagaattattcaatattaaatacttggattcgtcaatttcctcgtattcca
catttcatcaaagagagttggttaactgaatgtattatgcaaagcagttggtgttcagaa
ttgaatcatttgattgaaataaactaa
DBGET
integrated database retrieval system
