KEGG   ORTHOLOGY: K18518
Entry
K18518            RNA       KO                                     
Symbol
rprA
Name
small regulatory RNA RprA
Pathway
map02026  Biofilm formation - Escherichia coli
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09140 Cellular Processes
  09145 Cellular community - prokaryotes
   02026 Biofilm formation - Escherichia coli
    K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
  09184 RNA family
   03100 Non-coding RNAs
    K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Prokaryotic type
  Bacterial mRNA degradation factors
   Other RNA degradation factors
    Bacterial Small RNA Regulators
     K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
Non-coding RNAs [BR:ko03100]
 Other prokaryotic RNA
  Small regulatory RNA
   K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
Genes
ECO: b4431(rprA)
ECJ: JWR0203(rprA)
ECD: ECDH10B_1824(rprA)
EBW: BWG_4226(rprA)
ECOK: ECMDS42_1361(rprA)
ECOC: C3026_09670(rprA)
ECF: ECH74115_2404(rprA)
EOI: ECO111_ncRNA22(rprA)
EOJ: ECO26_ncRNA24(rprA)
EOH: ECO103_ncRNA21(rprA)
ECK: EC55989miscRNA38(rprA)
ECG: E2348C_ncR_22(rprA)
EOK: G2583_2085(rprA)
ECX: EcHS_A4746(rprA)
ECR: ECIAI1_miscRNA_32(rprA)
ECQ: ECED1_misc_RNA_30(rprA)
EUM: ECUMN_misc_RNA_27(rprA)
ECT: ECIAI39_miscRNA33(rprA)
ECOB: C3029_12810(rprA)
EBL: ECD_n04322(rprA)
ECZ: ECS88_misc_RNA_29(rprA)
ECL: EcolC_R0052
EDJ: ECDH1ME8569_o0031(rprA)
ELW: ECW_nc1857(rprA)
ELF: LF82_s1967(rprA)
ECOI: ECOPMV1_01787
EFE: EFER_misc_RNA_27(rprA)
EMA: C1192_03805(rprA)
ESZ: FEM44_23380(rprA)
ERUY: OSH18_03175(rprA)
ESF: ACK8NJ_10785(rprA)
STM: STM1363(rprA)
SEO: STM14_1656(rprA)
SEY: RprA(RprA)
SPT: SPA1492
SPQ: SPAB_01968
SEH: SeHA_C1494(rprA)
SHB: SU5_nc70
SEE: SNSL254_A1475(rprA)
SEW: SeSA_A1459(rprA)
SEA: SeAg_B1809(rprA)
SED: SeD_A1980(rprA)
SENA: AU38_23550(rprA)
SENO: AU37_23560(rprA)
SENV: AU39_23615(rprA)
SENQ: AU40_26330(rprA)
SES: SARI_01617
SALZ: EOS98_12655(rprA)
SBC: SbBS512_E2194(rprA)
SHQ: A0259_12485(rprA)
SHIG: LXH19_10525(rprA)
EXF: BFV63_09295(rprA)
EKB: BFV64_09390(rprA)
ELG: BH714_05530(rprA)
ECAN: CWI88_13155(rprA)
ERN: BFV67_08810(rprA)
ECHG: FY206_10675(rprA)
ESH: C1N69_09450(rprA)
EPT: HWQ17_03465(rprA)
ECHU: RQP59_09570(rprA)
LNI: CWR52_02885(rprA)
EBG: FAI37_20030(rprA)
END: A4308_13980(rprA)
ENZ: G0034_09120(rprA)
ENS: HWQ15_17435(rprA)
ENK: LOC22_19685(rprA)
EHU: D5067_0013445(rprA)
EMOR: L6Y89_08970(rprA)
ENB: ELK40_09630(rprA)
EQU: OM418_08990(rprA)
EPU: QVH39_09470(rprA)
EDY: F0320_08800(rprA)
EAX: AAHF05_09355(rprA)
ENTE: GXP72_09475(rprA)
ENTY: H2Z33_21525(rprA)
ESA: ESA_02099
CMJ: AFK66_022395(rprA)
KPU: KP1_6071(rprA)
KVD: KR75_27545(rprA)
KVQ: SP68_25780(rprA)
KQU: AVR78_19895(rprA)
KQV: B8P98_11610(rprA)
KLL: BJF97_17005(rprA)
KLW: DA718_11955(rprA)
KAR: LGL98_10160(rprA)
KGR: JJJ10_11920(rprA)
KPAS: LUW96_23480(rprA)
KLC: K7H21_11635(rprA)
KLM: BWI76_17060(rprA)
REE: electrica_02108
KLP: GUC22_10805(rprA)
KLX: GQR96_14390(rprA)
RPLN: B1209_10800(rprA)
RAO: DSD31_10570(rprA)
CKO: CKO_01724
CBRA: A6J81_02990(rprA)
CWE: CO701_11435(rprA)
CYO: CD187_13315(rprA)
CPOT: FOB25_01055(rprA)
CFQ: C2U38_13275(rprA)
CSED: JY391_12065(rprA)
CAF: AL524_16120(rprA)
CIF: AL515_11020(rprA)
CFAR: CI104_12095(rprA)
CIR: C2U53_21280(rprA)
CIE: AN232_19065(rprA)
CPAR: CUC49_06625(rprA)
CTEL: GBC03_18495(rprA)
CITZ: E4Z61_04005(rprA)
CARS: E1B03_12095(rprA)
CIX: M4I31_13050(rprA)
CIB: HF677_012975(rprA)
CENS: P2W74_13085(rprA)
CITR: GUC46_13100(rprA)
CIQ: FD428_11990(rprA)
CIY: HAP28_11115(rprA)
PGE: LG71_26320(rprA)
KSA: C813_26590(rprA)
KOR: AWR26_14305(rprA)
KRD: A3780_09595(rprA)
KCO: BWI95_15260(rprA)
KOT: EH164_12730(rprA)
KPSE: IP581_10005(rprA)
KOB: HF650_10365(rprA)
KOO: O9K67_14040(rprA)
KOU: C0557_10380(rprA)
KCA: AAEY27_12605(rprA)
KLU: K7B04_18260(rprA)
KCY: RIN60_10270(rprA)
LAX: APT61_12930(rprA)
LEI: C2U54_14810(rprA)
LEH: C3F35_01895(rprA)
LEE: DVA44_13990(rprA)
LER: GNG29_09655(rprA)
LEA: GNG26_09320(rprA)
LPNU: KQ929_11515(rprA)
LEY: DVA43_08095(rprA) DVA43_08115(rprA)
LAZ: A8A57_09200(rprA)
LEW: DAI21_17155(rprA)
BUF: D8682_25565(rprA)
BFT: MNO13_14585(rprA)
BSEL: RHD99_14225(rprA)
SYM: K6K13_12565(rprA)
ASUB: NLZ15_12015(rprA)
YRE: HEC60_06855(rprA)
SGOE: A8O29_010250(rprA)
PDZ: HHA33_12975(rprA)
IZH: FEM41_16240(rprA)
SCOL: KFZ77_08110(rprA)
PVJ: LMA04_03555(rprA)
SUPE: P0H77_11920(rprA)
TOE: QMG90_12060(rprA)
AAPT: QNH14_08295(rprA)
MPHG: MPHASIOC01_001063(rprA)
FPUL: ACBV55_13100(rprA)
EBF: D782_1957
EBC: C2U52_20930(rprA)
EBU: CUC76_00180(rprA)
YPH: YPC_2042(rprA)
YPG: YpAngola_A4230
YPI: YpsIP31758_4312(rprA)
YEN: misc_RNA.23
YEE: YE5303miscRNA0045
YMA: DA391_11970(rprA)
YHI: D5F51_07945(rprA)
YEL: LC20_07900(rprA)
YCA: F0T03_10155(rprA)
YMO: HRD69_16345(rprA)
YAS: N0H69_13400(rprA)
YKI: HRD70_14755(rprA)
SMAF: D781_2022
SERM: CLM71_10565(rprA)
SQU: E4343_05330(rprA)
SSUR: ATE40_007730(rprA)
SURI: J0X03_13000(rprA)
SENP: KHA73_11045(rprA)
SNEM: NLX84_11090(rprA)
SNEV: OI978_22230(rprA)
SSAR: SSARUM_002098(rprA)
SERB: QEP77_11560(rprA)
SERN: GUC32_10695(rprA)
SERT: TAN611_MISCRNA104
SERH: GF111_01400(rprA)
GQU: AWC35_23050(rprA)
SERA: Ser39006_012070(rprA)
SERQ: CWC46_12065(rprA)
PROD: PCO85_12410(rprA)
ECA: rprA(rprA)
PATO: GZ59_27490(rprA)
PPAR: A8F97_04845(rprA)
PWS: A7983_21525(rprA)
PPOA: BJK05_07585(rprA)
PBRA: B5S52_09080(rprA)
PPUJ: E2566_12755(rprA)
PARI: I2D83_13105(rprA)
PAQU: DMB82_0009315(rprA)
PVZ: OA04_17940(rprA)
PPAV: LOZ86_12330(rprA)
PQU: IG609_012000(rprA)
PPOO: LW347_12470(rprA)
PCAC: OI450_08340(rprA)
PACB: M9782_14840(rprA)
PCOA: PJ912_02345(rprA)
PPEU: DUT67_08800(rprA)
DDD: Dda3937_04693(rprA)
DSO: A4U42_00655(rprA)
DFN: CVE23_13540(rprA)
DLC: O1Q98_04005(rprA)
BGJ: AWC36_05735(rprA)
BRB: EH207_07415(rprA)
BNG: EH206_08615(rprA)
BIZ: HC231_13245(rprA)
LPOP: I6N93_06915(rprA)
SLIG: GTU79_14240(rprA)
ETA: rprA(rprA)
EPE: CI789_09040(rprA)
ETP: LU633_14230(rprA)
ERP: LJN55_10455(rprA)
EPI: Q3V30_09230(rprA)
ERWE: GKQ23_11155(rprA)
ETO: RIN69_10605(rprA)
PAM: PANA_ncRNA13(rprA)
PAGG: AL522_13015(rprA)
PAGC: BEE12_15420(rprA)
PALH: B1H58_18195(rprA)
PANS: FCN45_08645(rprA)
PEY: EE896_10605(rprA)
PDIS: D8B20_07665(rprA)
PER: LAC65_06790(rprA)
PJI: KTJ90_10705(rprA)
PANO: OJ965_12710(rprA)
KPIE: N5580_09820(rprA)
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PPHO: CTZ24_08825(rprA)
PDIP: KFZ74_11545(rprA)
PANE: P6287_08520(rprA)
PAMT: IAI47_10900(rprA)
PANZ: NR302_08500(rprA)
PPHI: ACF2G4_04230(rprA)
PGZ: C2E15_09760(rprA)
PCD: C2E16_09840(rprA)
MHAN: K6958_09900(rprA)
PLUM: A4R40_13080(rprA)
PAKH: B0X70_13355(rprA)
PLUI: CE143_13355(rprA)
XNM: XNC2_misc_RNA_10
XDO: XDD1_misc_RNA_16
XPO: XPG1_misc_RNA_11
PALA: CO695_15940(rprA)
PVC: G3341_11840(rprA)
PZJ: QS795_007015(rprA)
MWI: MNY66_06980(rprA)
OPO: DSM2777_16690(rprA)
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Reference
PMID:18826256
  Authors
Updegrove T, Wilf N, Sun X, Wartell RM
  Title
Effect of Hfq on RprA-rpoS mRNA pairing: Hfq-RNA binding and the influence of the 5' rpoS mRNA leader region.
  Journal
Biochemistry 47:11184-95 (2008)
DOI:10.1021/bi800479p
  Sequence
[eco:b4431]
LinkDB

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