KEGG   ORTHOLOGY: K18518
Entry
K18518            RNA       KO                                     

Name
rprA
Definition
small regulatory RNA RprA
Pathway
ko02026  Biofilm formation - Escherichia coli
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09140 Cellular Processes
  09145 Cellular community - prokaryotes
   02026 Biofilm formation - Escherichia coli
    K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
  09184 RNA family
   03100 Non-coding RNAs
    K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Prokaryotic type
  Bacterial mRNA degradation factors
   Other RNA degradation factors
    Bacterial Small RNA Regulators
     K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
Non-coding RNAs [BR:ko03100]
 Other RNA
  Unclassified
   K18518  rprA; small regulatory RNA RprA
Genes
ECO: b4431(rprA)
ECJ: JWR0203(rprA)
ECD: ECDH10B_1824(rprA)
EBW: BWG_4226(rprA)
ECOK: ECMDS42_1361(rprA)
ECF: ECH74115_2404(rprA)
EOI: ECO111_ncRNA22(rprA)
EOJ: ECO26_ncRNA24(rprA)
EOH: ECO103_ncRNA21(rprA)
ECK: EC55989miscRNA38(rprA)
ECG: E2348C_ncR_22(rprA)
EOK: G2583_2085(rprA)
ECX: EcHS_A4746(rprA)
ECR: ECIAI1_miscRNA_32(rprA)
ECQ: ECED1_misc_RNA_30(rprA)
EUM: ECUMN_misc_RNA_27(rprA)
ECT: ECIAI39_miscRNA33(rprA)
ECZ: ECS88_misc_RNA_29(rprA)
ECL: EcolC_R0052
EDJ: ECDH1ME8569_o0031(rprA)
ELW: ECW_nc1857(rprA)
ELF: LF82_s1967(rprA)
ECOI: ECOPMV1_01787
EFE: EFER_misc_RNA_27(rprA)
EMA: C1192_03805(rprA)
STM: STM1363(rprA)
SEO: STM14_1656(rprA)
SEY: RprA(RprA)
SPT: SPA1492
SPQ: SPAB_01968
SEH: SeHA_C1494(rprA)
SHB: SU5_nc70
SEE: SNSL254_A1475(rprA)
SEW: SeSA_A1459(rprA)
SEA: SeAg_B1809(rprA)
SED: SeD_A1980(rprA)
SES: SARI_01617
SBC: SbBS512_E2194(rprA)
SHQ: A0259_12485(rprA)
EKB: BFV64_09390(rprA)
ELG: BH714_05530(rprA)
ESA: ESA_02099
CMJ: AFK66_022395(rprA)
KPU: KP1_6071(rprA)
KQU: AVR78_19895(rprA)
CKO: CKO_01724
CAF: AL524_16120(rprA)
CIF: AL515_11020(rprA)
KOR: AWR26_14305(rprA)
KRD: A3780_09595(rprA)
KCO: BWI95_15260(rprA)
LAX: APT61_12930(rprA)
LAZ: A8A57_09200(rprA)
EBF: D782_1957
YPH: YPC_2042(rprA)
YPG: YpAngola_A4230
YPI: YpsIP31758_4312(rprA)
YEN: YEs024
YEE: YE5303miscRNA0045
SMAF: D781_2022
ECA: rprA(rprA)
PATO: GZ59_27490(rprA)
PPAR: A8F97_04845(rprA)
PWS: A7983_21525(rprA)
DDD: Dda3937_04693(rprA)
DSO: A4U42_00655(rprA)
ETA: rprA(rprA)
PAM: PANA_ncRNA13(rprA)
PAGG: AL522_13015(rprA)
PAGC: BEE12_15420(rprA)
PALH: B1H58_18195(rprA)
XNM: XNC2_misc_RNA_10
XDO: XDD1_misc_RNA_16
XPO: XPG1_misc_RNA_11
OPO: DSM2777_16690(rprA)
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Reference
  Authors
Updegrove T, Wilf N, Sun X, Wartell RM
  Title
Effect of Hfq on RprA-rpoS mRNA pairing: Hfq-RNA binding and the influence of the 5' rpoS mRNA leader region.
  Journal
Biochemistry 47:11184-95 (2008)
DOI:10.1021/bi800479p
  Sequence
[eco:b4431]
LinkDB

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