Cyclobacterium marinum: Cycma_0219
Help
Entry
Cycma_0219 CDS
T01592
Name
(GenBank) Pectate lyase/Amb allergen
Organism
cmr
Cyclobacterium marinum
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Flg_new_2
Pectate_lyase_4
PKD_3
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AEL24001
UniProt:
G0J1Z5
LinkDB
All DBs
Position
complement(263013..267983)
Genome browser
AA seq
1656 aa
AA seq
DB search
MAILITLHPITHDNQKYIIPDNAIIGDNVGAVNYLWSHPYFAKQKWGIYLTESSYTFDIV
GGNEDGTFAINSTSGELTIADNSTLSIDKSITVRVKVYDWYYMDTTCNIKVIPEADCVFF
DSSYLGGDSDGTRAKPYLKLNNFGVSTGATGKTYFYKRGESYTNDRNEFTNPGSNPDYIN
LAAWGQGSKPYIDMTGSSGHFVTVGTIPWGNDPIVSTDICHNFRMFDFEIGNDNMEDRGQ
ILIKPAGNNLEFHRIKCSKTTYEDGLIYLPTSSPIQGNEANRNIYFADIELYDCQNRAFK
IESESVKVRNCYGHNDPSLIDTEIPAPQAAHRPNVDIMYVVCLGNNVSSSNLGFQVRAAK
QTYRWVYAENIAYATVVYNHDANDGLGGDYNINSTSGFQDIILKNAKQAGYFGRKGGSTD
VADGVRFERIKLIECQGGFQVAEGATNILFSYVDASSTKGWGIRDYDGNGTRIENCTAMN
TFSGAGGLKLDGTGAVVKNTNYSGLSGTISSGSNNSTSADIHVLNAAGTDLGYSRDIQGN
KVPSTPSIGAIEASAIIEKPGGWGATYNGGLGIQGGAGGEMVECKTWAELKAAMEADDNN
ADNSPKTYVYTGPDITLSSPDRHVFNELHNKTILAFHGQKIDEAEIRFTKGTNFIVRNWV
RTGPNYLASSEDLDYFTFNECVGYWEDHCHGNAEYSYNTTDGKYPDGMGDHNYSNKGYIS
HCIFENGQRVMLFGYSDTDISNRGLLNTSIMYCLFRNNASRQPKCRFGKFDIVNCLFEWS
PRWPDATVTPSSSNMLDLDAEAQILVRGTKFKGGSELRRDNDGSATKTSGLKFVDCDVED
FASSNIDGIREGNVTWDPDLETNYTLPIPIMTASDAETFVREKAGANWHLQSEEEPDSYT
VALSESPSGFGSTSENSSGPYLEGATVEVEATPATGKRFVRWEEGGSEVSTDATYSFTMG
ASNRTLVAIFETIPTYANTITVSPSGYGTASESPVGPHLNSTEVTITATPASGKRFVRWA
VEGDLFSTENPHTYFVAGYGYDLVAEFEDIPTYTVALSESPSGFGSTSENSSGPYLEGAT
VEVEATPATGKRFVRWEEGGSVVSTDAAYSFTMGASNRTLVAIFETIPHTLTLTPTPALA
GTLSGSGNYVSGTEVTLEATANENWEFAYWMQNNEVISTNPSFAFTMPDSDSEVIAFFEA
KAPVVERQDFEVTVSVTPDSSGIVTGAGYYTEQDNSTVVASPATGKNFLCWKINDVVVSY
DDTYTFQMPSNNVLLVAHFENTDDTPAEEMDMVRDFVQVSLNPDIPEDGIIDMQGDVEFE
HVYGSDSFTKIAEYQNPYLYDIEKVNFYVDRAILGKMSWHRPNLNLGLTTEICEGIIQRY
RLRTTLFVDGEQDGGESLTSVRHAWMAGRPYDFPVVNICEGKAYLWLTTRPMERAIFPME
RSIFYILPLETGSYILQSTFYYKNTIVESISRDLGPQSRYRPFSFEYFLPDDWEDMDKIE
IKLAGRNLKSEVITLFPKKDPEFTLQAFYGNSLGGFDSFCFYGKKENYSAPSSELFEAVH
QPNHDRSEGNICSFNHTAYDSFILRTGFITIHEKFALRDMLLRNHVYIVADGVLKKLVIE
NSEYFTGKDGVYLQSAEIKARLAFNTQSQYGRDPRK
NT seq
4971 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcaatacttattacccttcacccaattacacacgataatcaaaaatacattattccc
gataatgcgattattggagataatgtaggggcggtaaattacctctggtctcacccttat
tttgctaagcaaaagtgggggatttatctgactgaatccagttatacttttgatatcgtt
ggaggaaatgaggacggaacttttgcgattaacagcacctccggagaactcactatagca
gataattccacactaagtatagataaaagtatcaccgtaagggttaaggtctatgactgg
tattatatggatacgacctgtaacatcaaggtgataccggaggcagactgtgtatttttt
gatagttcgtatttaggaggtgattctgacggtaccagggcgaaaccgtacttgaaactt
aataatttcggagtaagcacaggtgccacaggtaagacttacttctacaaaagaggtgaa
tcatacactaatgaccgaaatgagttcaccaaccccggttctaatccagattatattaat
ctggctgcatggggacaagggtcaaagccttatattgacatgacaggcagctccggtcat
ttcgttacagttggaacaattccctggggcaacgaccctatagtttcaacagatatttgc
cacaatttcagaatgtttgattttgaaattgggaatgacaatatggaggacaggggtcaa
attctgataaaacctgccgggaacaatcttgaatttcatcgaatcaaatgttcgaaaaca
acatatgaggatggtcttatctacctcccaacttcaagcccaattcaggggaatgaagcg
aatagaaatatttatttcgctgatattgagctttacgattgtcagaatagagctttcaaa
attgaatcagaatctgttaaagttaggaattgttatggacataacgatccgtcacttatt
gatactgaaatacctgcaccacaggcggcccaccggcctaatgtggacattatgtatgta
gtttgtttaggcaacaatgttagtagctccaatttaggtttccaagttcgagcagcaaaa
caaacctacaggtgggtatatgctgaaaacatcgcatacgctacagttgtttacaatcat
gatgctaatgatggacttggcggtgattataatatcaatagcacatctggatttcaagac
ataattctaaaaaatgcaaaacaagcagggtattttgggagaaaaggtggctctacggat
gtagctgatggtgtaaggtttgagaggattaaacttatagagtgccaaggaggcttccaa
gtagcagaaggtgctactaatattttattctcatacgtggatgcaagttcaacgaaagga
tggggaattagggattatgatggcaatggtactaggatagagaattgtaccgcaatgaac
accttctcaggtgctggcggtcttaaattggacggcaccggagctgtggtgaagaataca
aactatagcggattgtcgggtacaatttcgtcaggttctaataattcgacatctgcggat
attcacgtattaaacgcagcaggtactgatttaggttattcacgagatattcaagggaat
aaggttccttcgacgccctcaatcggcgcaatagaagcctctgcgatcatagagaaaccg
ggaggctggggtgctacttataatggcggccttgggattcagggtggagcaggtggtgaa
atggtggaatgcaagacatgggctgaattaaaagcagccatggaagctgatgacaataat
gccgataacagcccaaaaacgtatgtttatacggggccggatatcacccttagttcacca
gatcgtcacgtttttaatgaacttcataacaaaaccattctcgcttttcatggccaaaaa
atagatgaggcagaaataaggttcactaaaggcactaattttattgtaagaaactgggtg
aggaccggccctaactatctcgcctcatcagaagatttggattatttcacattcaatgag
tgtgttggatattgggaagaccactgccatggtaatgcggaatactcctataatacaact
gatgggaaataccctgatggtatgggagaccataactattcaaacaaaggctatatttct
cattgtatttttgagaatgggcaaagggttatgctgtttgggtatagcgatacggatatt
tctaatagaggtcttttgaacacctcaatcatgtattgcttgtttaggaataatgcaagc
agacagcccaaatgtcgttttggaaagtttgatattgtcaactgtttgtttgagtggtct
ccaaggtggccagatgctactgttacaccatccagttccaatatgcttgatctggatgca
gaggctcagatactagtaagaggcacaaaattcaaaggtggctctgaacttaggagggat
aatgatggatcagctacaaaaacatcaggacttaagttcgttgattgtgatgttgaagat
tttgcatcttcaaatatagatggtataagagaaggtaatgtaacatgggatccagaccta
gagacaaattataccttacctatcccgataatgacagcttcggatgcggaaacatttgta
agggaaaaagccggtgctaattggcatctgcaatctgaggaggagccagattcctacacc
gttgctttgtctgaatcaccatcaggctttggtagcacgtctgaaaattcttcaggtcct
tacttagagggcgccacagttgaggtagaagccacaccggcaaccgggaagaggtttgtt
cgatgggaagaaggtggctcggaggtcagcacggatgcgacttattcgttcactatgggc
gcaagcaaccgtactttggttgctattttcgagaccattcccacttatgctaatactatt
actgtttcaccttctggttacggaacagcctcagaatctcctgtagggccacatcttaat
agtacggaagtcaccatcacggccacacctgcatcaggtaagcgctttgtgcgctgggca
gtggaaggtgatctattcagtaccgaaaatccacacacttactttgttgctggctacgga
tatgacctagtagccgaatttgaagatatcccaacctacacggttgctttgtctgaatca
ccatcaggctttggtagcacatctgaaaattcttcaggcccttacttagagggcgccaca
gttgaggtagaagccacaccggcaaccggaaaaaggtttgttcgatgggaagaaggaggc
tcggtggttagcacggatgcggcttattcgtttactatgggcgcaagcaaccgcactttg
gttgctattttcgagaccattccacatacacttaccctcacacctacacctgctttagcc
ggcacgctttcaggttctgggaattatgtttcaggtacggaagtaacccttgaagccact
gcaaatgaaaattgggagtttgcttactggatgcaaaacaatgaagtgatttctactaat
ccttcatttgcttttactatgcccgattcggatagtgaagtgattgctttctttgaggcc
aaagctccggtggtagaaaggcaagattttgaggttacggtttctgtcactccggatagt
tcaggtattgttacaggcgcagggtattacacagaacaggacaattctactgtggttgct
tcacctgcaacaggcaagaatttcctttgctggaagattaacgatgtagttgtctcatat
gatgatacctatacctttcagatgccttcaaataatgtgctgctagttgcacattttgaa
aacacagatgacacacctgcagaagaaatggacatggttagagattttgttcaggtttca
ttaaatcctgatattccagaagatgggattatcgatatgcagggagatgtagaatttgaa
catgtttatggatcagattcttttacaaaaattgccgaataccagaacccgtacctctat
gatatcgaaaaggttaacttttacgtagatagggccattttgggcaagatgtcttggcat
aggccaaatttgaatttaggcctaaccacagaaatttgcgaaggcatcattcagaggtac
aggctcagaaccaccttatttgtagatggtgagcaggacggaggagaatccctcacttct
gtgagacatgcttggatggctggccggccatatgatttccctgttgtgaatatctgcgag
ggcaaagcttacttatggcttactaccagaccaatggagcgtgccatattcccaatggaa
agatccattttttatattctgccattagaaactggtagttacattctccaatccactttc
tattataaaaatacaatagtagaatccatctcaagagacctaggtccacagtccagatac
agaccgttttcttttgaatatttcctaccggatgattgggaggatatggacaagatagaa
atcaaattagcaggcagaaacctcaaatcagaggttataactttgtttcccaaaaaggat
cctgaatttactttgcaggctttttacggaaatagccttgggggttttgatagtttttgt
ttttatggcaaaaaagaaaactattcggcaccatccagtgagctttttgaggcggtacat
caaccaaaccatgacaggagtgagggcaatatttgcagtttcaatcacaccgcctacgac
agctttatccttagaactggattcattaccattcatgaaaagtttgcattacgagatatg
cttttgagaaatcatgtctatatagttgctgatggtgtgcttaagaagcttgtaatagaa
aattccgaatactttaccggcaaagatggtgtatacctacagtctgccgaaatcaaagcc
agattagcattcaatacccaaagtcaatatggtagagatcctcgtaaataa
DBGET
integrated database retrieval system