Spiroplasma phoeniceum: SDAV_001143
Help
Entry
SDAV_001143 CDS
T06376
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta
KO
K03043
DNA-directed RNA polymerase subunit beta [EC:
2.7.7.6
]
Organism
sphh
Spiroplasma phoeniceum
Pathway
sphh03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
sphh00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
SDAV_001143
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
sphh03021
]
SDAV_001143
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
sphh03400
]
SDAV_001143
Enzymes [BR:
sphh01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
SDAV_001143
Transcription machinery [BR:
sphh03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
SDAV_001143
DNA repair and recombination proteins [BR:
sphh03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
SDAV_001143
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb2_6
RNA_pol_Rpb2_3
RNA_pol_Rpb2_7
RNA_pol_Rpb2_2
RNA_pol_Rpb2_45
RNA_pol_Rpb2_1
ATLF
Biotin_lipoyl_2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AXF96112
UniProt:
A0A345DPH4
LinkDB
All DBs
Position
complement(882479..886387)
Genome browser
AA seq
1302 aa
AA seq
DB search
MALKEKEFGHYAKRIDYTKVSGNLDLPNLIEIQTETYDWFKKTGISEVFGEVFPIVGHEG
NIVLEMLDWEFREPRRTISQAKDESKIFEAPIYSNLKLTINSKDLEVEKAIVKGEPELIK
AWIEERVGHMITILKKSTDVIYYDIHSGNETATCTVTIKERLDDKLIIYITIEKEGEVFF
GDFPLMTGKGTFIVNGSEKVVVSQLVRSPGAYYKIDLNRKNGENVYYVDLIPSRGTWLEF
ESDHKKIKVGKEEKFENVFYVKIDKSRKVSVANFLTALGIIKEDALEIFGDNKLVKSTYE
LDSYTGDISYDQSIAVQEIYKKIRSGETATPDGATKYLYGLLFDKRKYDLTKAGRFKLIQ
KLSVENRIYNKILAEDIKDVNGKVVFTEGMLMDKEAINKLKGILKAGACLQEVKFSDEII
CSNKIQKIKVYVDNEVRSRVANIIGIDPNATDEYVTVPDVLATFSYLLNLTDGIGEVDDI
DHLGNRRVRTIGELLQNQFRIGLLRIEKNVKEKMSTSNLFKMKPSNIINNKPLSAIIGEF
FNLSQLSQFMDQTNPLAELTNKRRLTALGPGGLSRERAGLEVRDVHYSHYGRICPIETPE
GPNIGLINNLATYAKINLYGFIETPYRRVIGCKVTMENDYLTADEEKNYVVAQANIRLSD
KGEILDEQVVARFQGENIIAGRNDVDYVDVSPKQIVSIATSCIPFLENDDANRALMGANM
QRQAIPLIAPNSPHVGTGVEYVAARDSGLAIVSQYDGTVDFVDATRIVLKTKEGLKNYNL
DTFVRSNQGTSLTHVPLVRQGQKIEKGQVLADGPSIDKGELALGQNVVVAFTTWNGYNYE
DAIIVSERLVSEDVFTSIHIEEYTIERRQTKQGPEEITREIPNISENARKFLDDDGLVII
GTEVKPGDILVGKVTPKGQTQLSPEDKLLQAIFGEKSKNVKDNSLRVPNGGEGIIQAIKR
FPREKYELSADVLEVIKVYIVQKRKIQEGDKMAGRHGNKGVISKILPLEDMPHMEDGTPI
DIMLNPLGVPSRMNIGQVLEIHLGMAAKKLGQKISTPVFDGMTNKELIEIMDKAGMKNFG
KEVLIDGRTGEKFDNPVSVGVMYMLKLSHMVDDKLHARNVGPYSLITQQPLGGKAQNGGQ
RFGEMEVWALEAYGAAHTLREILTIKSDDIKGRTRAYESIVKDKKIPEPGIPESFNVLTR
EIQGLGFNIHMIDEKGNIKNIKSYDETDYVDEDLLTDSDEFEDEFDIDNFILSTNREPQK
NDNLDKFVKVEDGFDLVDNLDDDELYDIDDELDELNDQDELD
NT seq
3909 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcattaaaagaaaaagaatttgggcattacgctaaaagaattgattacacaaaagta
agtgggaatttagatttaccaaacttaattgaaattcaaactgaaacatatgattgattc
aagaaaacagggattagcgaagtgttcggggaggtatttccgattgttggacatgaagga
aatatcgttttagagatgttagattgagaatttagagagccacgaagaacaatttctcaa
gcaaaagatgagtcaaaaatttttgaagcaccaatttattcaaatttaaaattaacaatt
aattcaaaagatttagaagttgaaaaagcaattgttaagggagaacccgaattaattaaa
gcgtgaattgaagaacgtgtcgggcatatgattacaattttaaaaaaatcaactgatgtt
atttattatgatattcattctggcaatgaaacagcaacatgtacagtaacaattaaagaa
agattagatgataaactaattatttatattacaattgaaaaagaaggcgaagtctttttt
ggtgattttccactaatgacaggaaaaggaacttttattgttaatggttcagaaaaagtc
gttgtttcacaattagttcgttcaccaggagcatattataaaattgatttaaatcgtaaa
aatggagaaaatgtttactatgttgatttaattccatcacgagggacatggttagagttt
gaatcagatcataaaaaaattaaagttggaaaagaagaaaaatttgagaatgttttttat
gtaaaaatagataaatctagaaaagtatcggttgctaatttcttaacggcgttaggaatt
attaaagaagatgctctagaaatttttggcgataataaattagtaaaaagcacctatgaa
ttagattcatatacaggtgatatttcatatgaccaaagtattgctgttcaagaaatttat
aaaaaaattcgttcaggagaaacagcaactccagatggtgcgacaaaatatttatatgga
ttattatttgataaacgtaagtatgatttaaccaaagcaggacgttttaaattaattcaa
aaattatcagttgaaaatcgaatttataacaaaatattagctgaagacattaaagatgta
aatggtaaagttgtttttaccgagggaatgttaatggataaagaagctattaacaagtta
aaaggaattttaaaagcaggagcttgtttacaagaagttaaatttagtgatgaaattatt
tgttctaataaaatccaaaaaattaaagtgtatgttgataatgaagttcgttcacgtgta
gcgaatattattggaattgatcctaatgcaactgatgaatatgtaacagtgcctgatgtt
ttggcgacattttcatatttattaaatttaacagatggaattggggaagttgatgatatt
gaccacttaggaaatcgtcgtgttcgaacaattggggaattattacaaaatcaatttcga
attggtttactaagaattgaaaaaaatgttaaagaaaaaatgtcaacttcaaatttattt
aaaatgaaaccttcaaatattattaataataagccattatcagcaattattggtgaattt
ttcaatttatcacaattatcacaatttatggatcagacaaatcctttagctgaattaaca
aataaacgtcgattaacagccctaggaccaggaggattatcaagagaacgtgctgggtta
gaggtccgagatgttcactactcacattatggtcgtatttgtccaattgagaccccagaa
gggcctaatattggattaattaataacttagcaacatatgccaaaattaatttatatgga
tttattgaaacaccatatcgtcgtgttattggttgcaaagttacaatggagaatgattat
ttaacagctgatgaagaaaaaaattatgttgttgcacaagctaatattcgtttaagtgat
aagggtgaaattttagatgaacaagtggttgcacgtttccaaggagaaaatattattgct
ggacgaaacgatgttgactatgttgatgtttcaccaaaacaaattgtttcaattgcaaca
agttgtattccatttttagaaaatgatgatgccaatcgtgctttaatgggtgctaatatg
caacgacaagcaattcctttaattgcgccaaattcaccacatgtaggaacaggagttgaa
tatgttgctgctcgtgactcgggattagcaattgtttcacaatatgatggaactgttgat
tttgttgatgcaacaagaattgttttaaaaacaaaagaagggttaaaaaattataattta
gacacttttgttcgtagtaaccaaggaacatcattaactcatgtcccattagtgcgtcaa
ggacaaaaaattgaaaaaggacaagttttagccgatggaccatcaattgataaaggagaa
ctagcattaggacaaaatgtagtagttgcttttacaacatgaaatggttacaattatgaa
gatgcaattattgtttcagaacggttagtatccgaagatgtttttacatcaattcatatt
gaagaatatacaattgaacgtcgtcaaacaaaacaaggtccagaagagattactcgtgag
attccaaatatttctgaaaatgcacgaaaatttttagatgatgatggattagttattatt
gggacagaagttaaacccggtgatattttagttggaaaagtaacaccaaaaggacaaacc
caattatcaccagaagataaattattacaagcaatttttggtgaaaaatcaaaaaatgtt
aaagataattcattacgagttccaaatggtggtgaaggaattatccaagcaattaaacgc
tttccacgagaaaaatatgaattatcagctgatgttttagaagttattaaagtttatatt
gttcaaaaacgaaaaatccaagaaggagataaaatggctggtcgtcatgggaacaaaggg
gttatttcgaaaattttaccgttggaagatatgccacatatggaagatggaacaccaatt
gatattatgttaaatccattaggggtaccatcacggatgaatattggacaggtgttagaa
attcatttgggaatggcagcgaaaaagttgggacaaaaaatttcaactcctgtttttgat
ggaatgacaaataaagaattaattgaaattatggataaagcaggaatgaaaaactttggg
aaagaagttttaattgacggtcgaacaggtgaaaaatttgataatccagtttcggtagga
gtaatgtatatgttgaaattatcacacatggttgatgataaattacatgcaagaaatgtt
ggaccatattcattaattacacaacaaccattaggaggaaaagcccaaaatgggggacaa
cgttttggagaaatggaagtatgagcgttagaagcttatggtgcagctcatacattacgc
gaaattttaacaattaagtctgatgatattaaaggaagaacacgtgcttatgaatcaatt
gtgaaagataaaaagattccagaaccaggaatcccagaatcatttaatgtgctaactcgt
gaaattcaagggttaggatttaatattcatatgattgacgaaaaaggaaacattaagaat
attaagagttatgatgagacagattatgttgatgaagacttattaacagatagtgatgaa
tttgaagatgaatttgatattgataactttattttaagtactaatcgtgaaccacaaaaa
aatgataatttagataaatttgttaaagttgaagatggttttgacttggtagataattta
gacgatgatgagttatatgacattgatgatgaacttgatgaacttaatgatcaagatgaa
ttagattaa
DBGET
integrated database retrieval system
