Aphis gossypii (cotton aphid): 114120013
Help
Entry
114120013 CDS
T05869
Name
(RefSeq) 3'-5' RNA helicase YTHDC2-like
KO
K20099
ATP-dependent RNA helicase YTHDC2 [EC:
5.6.2.6
]
Organism
ags
Aphis gossypii (cotton aphid)
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ags00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03041 Spliceosome [BR:
ags03041
]
114120013
Enzymes [BR:
ags01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.6 RNA 3'-5' helicase
114120013
Spliceosome [BR:
ags03041
]
Other splicing related proteins
Spliceosome associated proteins (SAPs)
RNA helicase-like proteins
114120013
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
OB_NTP_bind
Helicase_C
DEAD
R3H
HA2_C
AAA_19
ResIII
HA2_N
Ank_2
Ank
nSTAND3
Ank_3
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
114120013
NCBI-ProteinID:
XP_027837571
LinkDB
All DBs
Position
3:4856953..4867280
Genome browser
AA seq
1181 aa
AA seq
DB search
MSPPIRGLSQDCRDSLLHELQKFISSDTISYTFPSSLTSDERKYLHLKSAELGLKSKSYG
KPGHRSITIKMDKTKVNSKACSIEVTAVSNDIMKKICDHIPITKQMYDELLPNPMKPYRR
MAVANCKRNLPLMCDKPMSIPRFAVDEDLLLTRKALPIWAKKGQITNAIENNPVVIITAE
TGSGKTTQIPQFIIDDNAVKKRPCRVICCQPRRIAAISMADRVSNERGESIGMSTGYQVR
LESCVSQDTTIIYCTTGVLTRTLMDRHQKDNEPNKGMLMNVSHVIVDEVHERDKHVDFLL
IALRMILPKYNHLKLILMSATADIHLFSNYFDNCPVLKVEGKIFPVQNYFLEDILDTIKY
ESPAMARIKNKTKIGYWDNDIVEKTVEAVQTLNLNEPITTLMPDQEWLKSELDDCMHQIW
FNAEIEQIDRMIYYIMSEGIPVDYQHSDTGVTLLMLVAVHGLNDYVSTLLNMGANPNIRT
RVYNMDAATWAAEFKQFDTRDLIINNKGILTQTDIQKNENLDEVEIKERLELYKKSLPPN
IIIDAYLISYLIKHIILKKNAGSILVFLPGFEDMSMVNKVIVEELINKDNLKITIYMLHS
MMQTSDQRRVFQPAPKGHQKVILATNIVETSVTINDVVYVIDSGRVKQKGYNAFNGISCM
NVNWISQSCAKQRAGRAGRLCAGECYRLYTREHHCHMASHDVPEILRMPLQELCMLAKVI
SNNMRVLDFLALAIQPPPTLSVTSALEYLKTIEAMDVNEDLTDLGFFMLDLSIESHYAKS
LVFAIFLKCLDPVLTIISCLANREPFNLTLNVNMKTSLGSIRKKLAGDSLSDHIVLLRLY
QAFNEGNMVDSDLFNLVSQSIMGLITQTRTQLLGQLRALELIQTRPGPNDIRDVNINSNN
WAAVKACLLAGLYPNLAKLDKSNPRPILKTKTEKSVIYHGSSVLRENYVKDLPSEWIIFE
ELSSFNTKKFIKNCTVVSSMSVALFSSAMKLPQDSVKTGGRLNKPQGLVNTDDDDSDDSA
ESDDNLGTLNLDGWTSFVGSADDIAKILNMRLCLTLAYREFLKNKMISQHSSFSSVVQGV
VKILSYEDKAIGLEAPDDVGKRPKENSNKGRHSKNNDSSSFRKYPFGQHSQNKSYTDSSS
SFRTNRNSYNMPNNRGTSNRHYQQSYSSPSTSQVNNNYNNW
NT seq
3546 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtctcctccaataagaggtttatcacaagattgtagagattccttattgcatgaattg
cagaaattcatttcgtccgatacaatatcttacacgtttccatcttcattgacatcagat
gaacgtaaatacttacacttaaaaagtgctgaacttggattaaaatctaaaagctacgga
aaacctggtcatagatcaataacaattaaaatggataaaacaaaagttaatagtaaggct
tgcagtatagaagtaactgcagtttcaaatgatataatgaaaaaaatctgtgatcatatt
cctattactaaacaaatgtatgatgaattacttccaaatcctatgaaaccatatcggcga
atggcagtggcaaattgtaaaagaaatcttcctctcatgtgtgataaacccatgtctata
cctcgttttgctgttgatgaagatttattattaacaaggaaagctttaccaatatgggca
aaaaaaggacaaataactaatgcaattgagaataatcctgttgtaatcattacagctgag
actggttctggaaaaaccactcaaattccacagttcataattgatgataatgctgtaaaa
aaaagaccatgccgagttatatgttgtcaaccaagaagaattgcagctatatcaatggct
gatagagtgtctaatgagcgtggagaaagtattggaatgagtactggatatcaagttagg
cttgaaagctgtgtcagtcaagatacaacaattatatattgtacgactggtgttttgaca
aggacacttatggatcggcatcaaaaggacaatgaacctaacaaagggatgttgatgaat
gtttctcatgtaatagtagatgaagttcatgagcgtgataaacatgtagactttcttctt
attgcattgcgtatgattttaccaaaatataatcatttgaaacttattttaatgtctgct
acagcagatatacacctgttttcaaattattttgacaactgtcctgtattgaaagtggaa
ggaaaaattttccctgtacagaattattttttagaagacattttagacacaattaaatat
gagtctccagcaatggcaagaataaaaaataaaactaaaattggttattgggataatgat
attgtagaaaaaactgttgaagctgtccagactttgaaccttaatgaaccaattactaca
ttgatgcctgatcaagaatggttaaaatcagaactagatgattgtatgcaccaaatctgg
ttcaatgctgaaattgagcaaattgatagaatgatttattacattatgtcagaaggaatt
ccagtagattatcaacattcagatactggtgtaactttattgatgcttgtagcagttcat
ggattaaatgattatgtttctacattattaaacatgggtgctaatccaaatatacgaaca
agggtatacaatatggatgcagctacttgggcagcagaatttaagcaattcgatactaga
gatttgattattaacaataaaggcattcttacccaaacagatatccagaaaaatgaaaat
ttggatgaagtagaaattaaagaaagattagaactatataaaaaaagtttacctcctaac
attataattgatgcctatttaatttcttatctcataaaacatataattttaaaaaaaaat
gccggttctattttagtatttttgcctggatttgaagatatgtctatggttaataaagtt
attgttgaagaacttattaataaagataatttaaaaatcacaatttatatgttacattct
atgatgcagacatctgatcaacgcagagtttttcaaccagcgcctaaaggtcatcaaaaa
gttatattagcaactaatattgtagaaacaagtgttacaatcaatgatgttgtatatgtg
attgattcagggagagtaaaacagaaaggttacaatgcttttaacggtattagttgtatg
aatgtaaattggatatcccaaagttgtgcaaaacaaagagctggtcgtgctggaagacta
tgtgccggtgaatgttatcggctttatactagagaacatcattgccatatggcatctcat
gatgtacctgaaatacttagaatgcctttacaagaactttgcatgttagcaaaagtgatt
tccaataatatgagagtattagactttttagctttggctatacaaccacctccaacatta
tcagttacatctgctcttgaatatcttaagacaatagaagcaatggatgtgaatgaagac
ttaacagatcttggattttttatgttggatttatctattgaatctcattatgctaaatcg
ctagtatttgctatatttttgaaatgtctggatcctgtattaactataattagctgttta
gctaatagagaaccatttaacttaactctcaatgttaatatgaagacttcattaggatct
atccgtaagaaattagctggtgattcattaagtgatcatatagtcctcttgcgtctatat
caagcttttaatgaaggaaatatggttgatagtgatttatttaaccttgtttcacaatca
attatgggattaattacacaaacaagaactcaattattaggccagttaagagcattagaa
ctaattcagactcgtcctggacctaacgatattagggatgtaaatattaactcaaataat
tgggctgctgttaaagcttgtttattagctggattgtatccaaatttggctaaactagat
aaatctaatccaaggccaatattgaaaacaaagacagaaaaaagtgttatttatcacgga
tcaagtgttttgcgtgaaaattatgtcaaagatttaccatcggaatggataatatttgaa
gaattaagttctttcaatactaaaaaatttataaaaaactgcacagtagtatcatctatg
tcagttgcacttttttctagtgctatgaaattacctcaagattcagttaaaacagggggt
agattaaataaacctcaaggattagttaatacagatgatgatgatagtgatgacagcgcc
gaaagtgatgataatttgggaacgttaaacttggatggttggactagtttcgttggaagt
gcagatgatattgcaaaaatattaaacatgcgattatgtcttactttagcttaccgagaa
tttcttaaaaataaaatgatctctcaacatagttctttcagtagtgttgttcaaggagtt
gtaaaaatattatcttatgaagataaggccatagggttggaggctccagatgatgttggt
aaacgtccaaaagaaaatagtaataaaggtcgtcatagcaaaaataatgacagttcttct
tttcgcaaatatccatttggtcaacactctcaaaataaaagttacactgatagcagctca
agctttagaacaaatagaaatagttataacatgcccaataatagaggtacaagtaataga
cattatcaacagagttattcatctccaagtacatctcaggtcaacaataactacaataat
tggtaa
DBGET
integrated database retrieval system
