Arabidopsis lyrata (lyrate rockcress): 110227861
Help
Entry
110227861 CDS
T01578
Name
(RefSeq) LOW QUALITY PROTEIN: collagen alpha-1(I) chain
Organism
aly
Arabidopsis lyrata (lyrate rockcress)
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Yae1_N
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
110227861
NCBI-ProteinID:
XP_020879385
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
1298 aa
AA seq
DB search
LVITVLTRFNFGILIITCILKISISSFLVLHFFSFLWFSCWFCCGLCGQFWFRCWFCYWF
XCRFCCRFXCGFAAGFDVGFAAGFGLDVGFVVGFDAGFTAGFDADFATGFGIVFDIGFAA
GFATGFAAGCATGFAVGLAIVFVVGFDSCFAASFFVGLNVGFNACFDASFSSGSAVIFGT
GFVTGFDVGFTVDFSIGFDTGFATGFAISFDVGFTAGFAIGFEVGFSVGFVTGFTVNFDG
GFAAGFFVGLYVGFAVGFVTGFAIGFDVGFGVDFATDFDTGFTTGFAVSFDDDIVVGFVV
GLPSSFDDGLATVFVFGLDVDLDIGFVTGLDIGLVDGLAIGLDVGLAIGLIIGLVGGLVV
GLDDGLDVDLVVGFIVGLPASFDDGLATVFFVSLDVGLVIGFVIGLVDGLAVDLDVGLVV
GLIVGLVDGLDVGLGDGLDDDLVDGLDVGLDDGLDVGLVDGLATGFDDDLADLSVGLVVG
LFDVLVGTCLSGLSGEAPPPGKLPSDTSLPGTSSVGPPGASPLNASPPGEGPLGVGSLGI
SPLGISPLGISPPNIEPLGTYASDGGLPGVDVSDGGPPVAGPLGISPPSIDPPVEGVLDE
GPSEKLPPDTSPPGKGPSGANPLIASPSSEGPLGAGLLGAGSLGISPLGTSPLGINPLGI
RPLGIIPLGISPSNIDLPGLATSDEGPPSAGASDGVPPDAEPLGISPPSVDPPVAGASDG
GPPEKLPPDTSSPGKGPSGAGSPGVSPLIASSPGEDPLGAGSLGAGSLGISPFGISPLSI
RSLGISLLGISPPNIDLPGAGASDGGPSNAGASDGSPPDAGPLDIGPPSIDPPVVGESDG
GPPGKLPPDISPPGKGPSGAGPPGASSLIASPLGEGPLGEGPLGAGPLGAGSLGISPLGI
SPLGISPLSIRPLGLSRLGISPPNIDPPGVGASDGGPSGAGASDESPPDVDPLGISPPSI
DPLVLGASDGGPLGKLPLDTSPPGKGPSSAGAGAPGVSPLIASPPGEGPAGAGPLGAGAS
GAGTPDTSPLGIDISDGGPPGAGASDAGPLGISPPSIDLPVAGESDGGPPGKLPPDTSPP
FIGPSSADPPGAGIFGISPPNIDPPHAGASDGGPPSAGASNGGPPAAGASDGSPPGAGAS
DGDPPGVGLLGISPPSIDPPVTDASDRDPSGAGPPSGDPSDRGVSSGDVSGESVSDGGPP
DTDAFGGSPLDAGVSSASPRGAILSDVSPLCRTPPPDVSLPDASSPGVAALVVSSFGKTP
FDASSSDVAPLDLSPLGTAPSDAYPPGIIPRLFGNSFP
NT seq
3897 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
ttagtaattacagtattaactagatttaattttggaattctaataattacatgcatatta
aaaatttccatatcatctttccttgtcctgcatttcttttcatttctttggtttagctgc
tggttttgctgcgggctttgcggccagttttggtttagatgttggttttgttattggttt
tgatgtcggttttgctgccggttttgatgtggttttgctgccggttttgatgtcggcttt
gcggccggttttggtttagatgttggttttgttgtcggttttgatgctggttttactgcc
ggttttgatgctgattttgctaccggttttggtatcgtctttgatatcggctttgctgct
ggttttgctaccggctttgctgctggttgtgctaccggctttgctgtcggtttggctatc
gtctttgttgtcggttttgattcttgctttgctgccagcttttttgtaggtttaaatgtc
ggttttaatgcctgttttgatgccagtttttcttctggttctgctgtcatttttggaact
ggttttgttaccggctttgatgttggttttactgtcgatttttctataggctttgatact
ggttttgccaccggttttgctattagttttgatgttggctttactgccggttttgctatc
ggttttgaagtcggcttttctgttggttttgttaccggctttacagtcaattttgatggt
ggctttgctgctggcttttttgtcggattatatgttggttttgctgtcggttttgtaacc
ggctttgctatcggttttgatgttggttttggtgtcgattttgctaccgactttgatact
ggttttaccaccggttttgctgtcagttttgatgatgacattgttgttggctttgttgtt
ggtttgccttcttctttcgatgatggtttagctaccgtttttgttttcggtttagatgtt
gatttagatatcggttttgttactggtttagatatcggtttagttgatggtttagctatt
ggtttagatgttggtttagctattggtttaataatcggtttagttggtggtttagttgtc
ggtttagatgatggtttagatgtcgatttagttgttggctttattgttggtttacctgct
tctttcgatgatggtttagctaccgttttttttgtcagtttagatgttggtttagttatc
ggttttgttattggtttagttgatggtttagctgtcgatttggacgtcggtttagtggtt
ggtttaattgttggtttagttgatggtttagatgtcggtttaggtgatggtttagatgac
gatttagttgatggtttagatgtcggtttagatgatggtttagatgtcggtttagttgat
ggtttagctaccggttttgatgatgatttagctgatttatctgttggtttagtcgtcggc
ttatttgatgttttagttggcacttgtttatctggtttatctggggaagcacctccaccc
ggaaaacttccatctgatacatctctaccaggtacatccagtgtaggtccacccggtgca
agtccactcaatgcatctccacccggtgaaggtccactcggtgtaggcagtcttggtata
agtcctctcggtataagtcctctcggtataagtccacccaatatcgaaccactcggtaca
tatgcatccgatggaggactacctggtgtggatgtatccgatggaggtccacccgttgca
ggcccactcggtataagtccaccaagtatagatccacctgttgaaggtgtattagatgaa
ggtccatctgaaaaacttccacctgatacatctccaccaggtaaaggtccatccggtgca
aatccactcattgcatctccatccagtgaaggcccactcggtgcgggtctactcggtgca
ggtagtctcggtataagtcctcttggtacaagtcctcttggtataaatcctcttggtata
cgtcctctcggtataattcctctcggtataagtccatccaatatcgatctacccggttta
gctacatccgatgaaggtccaccaagtgcaggtgcatccgatggagttccacctgatgca
gaaccactcggtataagtccaccaagtgtagatccacctgttgctggtgcatctgatgga
ggtccacccgaaaaacttccacctgatacatcttcaccaggtaaaggtccatctggtgca
ggttcacccggtgtaagtccactcattgcatcttcacccggtgaagacccactcggtgcg
ggctcactcggtgcaggcagtctcggtataagtcctttcggtataagtcctctcagtata
cgttcccttggtataagtcttctcggtataagtccacctaatattgatctacctggtgca
ggtgcatccgatggaggtccatctaatgcaggtgcatccgatggaagtccacctgatgca
ggtccactcgatataggtccaccaagtatagatccacctgttgtaggtgaatccgatgga
ggtccacctggaaaacttccacctgatatatctccaccaggtaaaggtccatctggtgca
ggtccacccggtgcaagttcactcattgcatctccactcggtgaaggcccactcggtgaa
ggcccactcggtgcaggcccactcggtgcaggtagtctcggtataagtcctcttggtata
agtcctctcggtataagtcctctcagtatacgtcctctcggtttaagtcgtctcggtata
agtccacccaatattgatccacccggtgtaggtgcatccgatggaggtccatctggtgca
ggtgcatccgatgaaagtccacctgatgtagatccactcggtataagtccaccaagtata
gatccacttgttttaggtgcatccgatggaggtcctctcggaaaacttccacttgataca
tctccaccaggtaaaggtccatctagtgccggtgcaggtgcacccggtgtaagtccactc
attgcatctccacctggtgaaggcccagctggtgccggcccactcggtgcaggtgcatct
ggtgcaggtacacccgatacaagtccacttggtatagatatatctgatggaggtccacct
ggtgcaggtgcatccgatgcaggcccactcggcataagtccaccaagtatagatctacct
gttgcaggtgaatctgatggaggtccacccggaaaacttccaccggatacatctccacca
tttataggtccttccagtgcagacccacccggtgcaggcattttcggtataagtccaccc
aatatagatccaccccatgcaggtgcatctgatggaggtccacctagtgcaggtgcatct
aatggaggtccacctgctgcaggtgcatctgatggaagtccacccggtgcaggtgcatcc
gatggagatccacccggtgtaggtctacttggtataagtccaccaagtatagatccacct
gttacagatgcatccgatagagatccctctggtgcaggtccacccagtggagatccatct
gatagaggtgtatccagtggagatgtatccggtgaaagtgtatccgatggaggtccaccc
gatacagatgcatttggtggaagtccactcgatgccggtgtatctagtgcgagtcctcgc
ggtgcaattctatcagatgtatctccactctgtagaactccaccaccagatgtatctcta
ccagatgcatcctcacctggtgtagctgcactcgttgtatcttcattcggtaaaactcca
tttgatgcatcttcatccgatgtagctccactcgatttatctccacttgggacagctcca
tccgatgcatatccacccggtatcattcctagactattcggaaattctttcccttga
DBGET
integrated database retrieval system
