Alligator mississippiensis (American alligator): 102565404
Help
Entry
102565404 CDS
T03087
Symbol
COL1A1
Name
(RefSeq) collagen type I alpha 1 chain
KO
K06236
collagen type I alpha
Organism
amj
Alligator mississippiensis (American alligator)
Pathway
amj04510
Focal adhesion
amj04512
ECM-receptor interaction
amj04820
Cytoskeleton in muscle cells
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
amj00001
]
09130 Environmental Information Processing
09133 Signaling molecules and interaction
04512 ECM-receptor interaction
102565404 (COL1A1)
09140 Cellular Processes
09144 Cellular community - eukaryotes
04510 Focal adhesion
102565404 (COL1A1)
09142 Cell motility
04820 Cytoskeleton in muscle cells
102565404 (COL1A1)
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
amj00536
]
102565404 (COL1A1)
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
amj00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
102565404 (COL1A1)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
COLFI
VWC
TILa
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
102565404
NCBI-ProteinID:
XP_006277120
LinkDB
All DBs
Position
Un
AA seq
1455 aa
AA seq
DB search
MFSFVDSRLLLLIAATVLLTKGQGEEDIQTGSCIQDGLAYNNTDVWKPEPCQICVCDNGN
ILCDDVICDDTSDCTNAEIPFGECCPICPDTAGSSTYPKSTGVEGPKGDTGPRGQRGLPG
PPGRDGIPGQPGLPGLPGPPGPPGLGGNFAPQMAYGYGDETKSAGISVPGPMGPAGPRGL
PGPPGSPGPQGFQGPPGEPGEPGASGPMGPRGPAGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGP
QGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPSGPKGEPGSPGENGAPGQMGPRGLPGE
RGRPGPSGPAGARGNDGSPGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAAGAKGETGPQGSRGSEGPQGA
RGEPGPPGPAGAAGPAGNPGSDGQAGAKGATGAPGIAGAPGFPGARGPSGPQGPSGAPGP
KGNSGEPGAQGNKGDTGAKGEPGPAGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPGGLPGPAGERGA
PGSRGFPGADGISGPKGPPGERGSPGPAGPKGSTGESGRPGEPGLPGAKGLTGSPGSPGP
DGKTGPPGPAGQDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKPGERGAPGPPGAVGA
AGKDGEAGAQGSPGAAGPAGERGEQGPAGAPGFQGLPGPAGPSGESGKPGEQGVPGDAGA
PGPAGARGERGFPGERGVQGQPGPQGPRGANGAPGNDGAKGDAGAPGAPGGQGPPGLQGM
PGERGAAGLPGSKGDRGDPGPKGTDGAPGKDGVRGLTGPIGPPGPAGAPGDKGEAGPSGP
AGPTGSRGAPGDRGEPGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGESGDAGAKGDAGPPGPAGPTGA
PGPSGAVGAPGPKGARGSAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPAGNVGLPGPSGPSGKEGSKGP
RGETGPAGRPGEPGPAGPPGPSGEKGSPGGDGPAGAPGTPGPQGIAGQRGVVGLPGQRGE
RGFPGLPGPSGEPGKQGPSGSSGERGPPGPMGPPGLAGPPGEAGREGAPGSEGAPGRDGA
AGPKGDRGETGPSGPPGAPGAPGAPGPIGPAGKNGDRGETGPSGPAGPAGPAGARGPAGP
QGARGDKGETGEHGDRGMKGHRGFPGPQGPSGPAGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSAGT
PGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDVGPAGPPGPPGPPGPPGAPSGGFDFSFMPQPPQEKA
HDPGRYYRADDANVMRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGTRKNPARTCRDLKMCHNDW
KSGEYWIDPNQGCNLDAIKVYCNMETGETCVHPTQATIAQKNWYMSKNPKEKKHIWFGET
MSDGFQFEYGGEGSNPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQETGNLKKALL
LQGSNEIEIRAEGNSRFTYGVTEDGCTTHTGAWGKTVIEYKTTKTSRLPVIDVAPMDVGA
QDQEFGIVIGPVCFL
NT seq
4368 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttcagctttgtggattctcggttactgctgttgatagcagcgactgtactactcacc
aaaggtcaaggagaagaagacattcaaactggaagctgcatacaggatggactagcgtac
aacaacacagacgtatggaaacccgagccctgccagatctgcgtatgcgacaatggcaac
atcctgtgtgacgatgtcatctgtgatgatacctcggactgtaccaatgctgagatcccc
tttggagaatgctgtcccatctgtcctgacaccgctggctcttctacctaccccaaatcc
actggagtagagggtcctaagggagacactggccccagaggacagaggggactcccaggc
ccacctggcagagatggcattcctggacagcctggtctccctggactcccaggacctcca
ggccctcctggccttggtggaaacttcgctcctcaaatggcttacggttacggagatgaa
accaaatctgctggcatttctgtccctggacccatgggtccagctggcccccgtggtctc
cccggcccccctggttctcctggtcctcaaggtttccaaggtcctcctggagagcctgga
gagcctggtgcttcaggtccaatgggtccccgtggtccagccggcccccctggcaagaac
ggagatgatggtgaagctggaaagcccggccgtcccggtgagcgcggccctcctggcccc
cagggtgcacgtggtctgcccggaactgctggcctgccaggcatgaagggtcacagaggt
ttcagtggtctggatggtgctaagggtgatgctggtccatccggccccaagggtgagcct
ggtagccctggtgagaacggagctcctggacaaatgggccctcgtggtcttcccggtgag
agaggccgccctggtccatctggccctgctggtgctcgtggtaacgatggtagtcctggt
gctgctggccctccaggtccaactggcccagctggcccccctggcttccctggtgctgct
ggtgctaagggtgaaactggtcctcaaggttctcgtggtagtgaaggcccacagggtgct
cgtggtgagcctggtcctcctggccctgctggtgctgctggtcctgctggcaaccctggt
tctgatggtcaagctggtgccaaaggtgcaactggtgctcctggtattgctggtgctcct
ggcttccctggcgctcgtggcccatctggaccccagggtcccagcggtgctcctggcccc
aagggtaacagtggtgaacccggtgctcaaggcaacaagggagacactggtgcaaaagga
gagcctggtcctgctggtgtccaaggcccacctggtccagctggtgaagaaggcaagaga
ggagcccgtggtgagcccggccctggaggtcttcctggccctgctggcgaacgtggtgct
cctggaagccgtggtttccctggcgctgatggcatttctggtcccaagggtccccctggt
gaacgtggttcccctggccctgctggtcccaaaggatctactggtgaatctggacgccct
ggtgagcctggtctccctggtgccaagggtcttactggaagcccaggtagcccaggtcct
gatggcaagactggtccacctggccccgctggtcaagatggtcgcccaggacccccaggc
ccacctggtgccagaggtcaggctggtgtgatgggtttccctggacctaaaggtgctgct
ggtgagcctggcaaacctggtgagagaggagctcctggaccccctggtgctgttggcgca
gctggtaaggatggtgaagctggtgcccaaggttctcctggcgctgctggtcctgctgga
gagagaggtgaacaaggtcctgctggtgctcctggattccagggtctgcccggtcctgct
ggcccatctggtgaatctggcaagcctggtgaacagggtgttcctggagatgctggtgct
cctggtccagctggtgcaagaggcgagagaggtttccctggtgagcgtggtgtccaaggt
caaccaggtccacagggtccacgtggtgctaacggtgctcccggtaacgatggtgctaag
ggtgatgctggtgctcctggtgctcctggtggccaaggtcctcccggtctgcagggtatg
cctggtgagcgtggtgctgctggtctgcctggttccaagggtgacagaggcgatcctggt
cccaaaggcactgatggtgctcctggcaaagatggcgtcagaggtctaactggccctatt
ggtcctcctggcccagctggtgcccctggtgacaagggtgaagctggtccttctggccct
gctggtcccactggttctcgtggtgcccctggagatcgtggtgagcctggtccacctggc
cctgctggattcgctggtccccctggtgctgatggacaacctggtgctaaaggtgaatct
ggtgatgctggtgctaaaggtgatgctggtcctccaggccctgctggacccactggtgct
cctggaccttctggcgctgttggtgctcctggacccaaaggtgctcgtggtagtgctgga
ccccctggtgctactggtttccctggtgctgctggaagagttggtccacctggccctgct
ggtaacgtcggtcttcctggcccatcaggccccagtggaaaagaaggctctaaaggaccc
cgtggtgagactggccctgctggacgccccggtgaacctggacctgctggcccaccagga
ccttctggcgagaagggctctcctggtggtgatggtcccgctggtgctcctggtactcca
ggcccacagggtattgctggacagcgtggtgtagttggtcttcctggacagagaggcgag
agaggtttccctggtctccccggcccatctggcgaacctggcaaacaaggtccatctggc
tcctctggtgaacgcggtcctcctggtccaatgggaccacctggcttggctggacctcct
ggtgaagctggacgtgagggtgctcctggttctgaaggtgctcctggtcgcgatggcgct
gctggtcccaagggtgaccgtggtgagactggcccctctggtcctcctggtgctcccggt
gcccctggagctcctggccctattggccctgctggcaagaatggagatcgtggtgagact
ggtccttctggtcctgctggccctgccggtcctgctggtgctcgtggtcctgctggtcca
caaggtgcccgtggtgacaaaggtgaaactggagaacatggtgacagaggcatgaagggt
cacagaggattccctggtccccagggtccctctggtcctgctggctctcctggtgaacaa
ggtccttctggagcttccggccctgctggtccaagaggtcctcctggctctgctggcacc
cctggcaaagatggtctgaatggtctccctggccctattggtccacctggtccccggggt
cgcactggtgatgttggtcctgctggtccccctggacctcctgggcccccaggtcctcct
ggtgcacccagcggcggctttgacttcagcttcatgccccagcctcctcaggagaaagcc
catgatcctggccgctactacagagctgatgacgccaacgtgatgcgtgaccgtgacctg
gaggtggacaccaccctcaagagcctgagccagcagatcgagaacatccgcagccccgag
ggcaccaggaagaaccctgcccgcacctgccgtgacctgaagatgtgccacaatgactgg
aagagcggcgagtactggattgaccccaaccagggctgcaatctggatgccatcaaggtc
tactgtaacatggagactggcgagacttgcgtccacccaacccaggccaccatcgctcag
aagaactggtacatgagcaagaaccccaaggagaagaaacacatctggtttggcgagaca
atgagcgatggcttccagttcgaatatggtggggagggctccaacccagctgacgttgcc
atccaactgaccttcctgcgcctgatgtccactgaggcctcccagaacatcacctaccac
tgcaagaacagcgtggcttacatggaccaggagactggcaacctgaagaaggctctgctc
cttcagggctccaacgagatcgagatcagagcagaaggcaacagccgcttcacctatgga
gtcactgaggatggctgcacaactcacaccggtgcctggggcaagacagtcattgaatac
aaaacaacaaaaacctctcgcctgcccgtcattgacgtggctcccatggacgttggagca
caagatcaggaattcggaattgtcatcggacctgtctgcttcttgtaa
DBGET
integrated database retrieval system
