| Entry |
|
|---|
| Symbol |
rpoC
|
|---|
| Name |
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit
|
|---|
| KO |
|
|---|
| Organism |
amol Malaciobacter molluscorum
|
|---|
| Pathway |
|
|---|
| Brite |
KEGG Orthology (KO) [BR:amol00001]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
AMOL_2305 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:amol03021]
AMOL_2305 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:amol03400]
AMOL_2305 (rpoC)
Enzymes [BR:amol01000]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
AMOL_2305 (rpoC)
Transcription machinery [BR:amol03021]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
AMOL_2305 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:amol03400]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
AMOL_2305 (rpoC)
|
|---|
| SSDB |
|
|---|
| Motif |
|
|---|
| Other DBs |
|
|---|
| LinkDB |
|
|---|
| Position |
complement(2297325..2301854)
|
|---|
| AA seq |
1509 aa
MSKTEKVLEPIEIKELERPQDFSAFQLRLASPEKILSWSCGEVKKPETINYRTLKPERDG
LFCAKIFGPIKDYECLCGKYKKMRYKGVVCEKCGVEVTSSKVRRHRMGHIDLVSPVAHIW
MVSSLPTRIGTLLGVKLKDLERVLYYEAYIVSEPGDAYYDNEKTKKVLKYDILNEEQYRT
ISDLFDHTGFEANMGGQVVRDLLETLDLFQLLDSLKEEMSGTKSEAKRKTIIKRLKVVEN
FINSGNRPEWMMLTQLPVLPPDLRPLVSLDGGKFAVSDVNDLYRRVINRNNRLKRLTELD
APEIIIRNEKRMLQEAVDALFDNGKTANAVKGANKRPLKSLSEIIKGKQGRFRQNLLGKR
VDFSGRSVIVVGPSLNMDQCGIPKKMALELFKPHLMAKLEEKGYATTLKSAKRLIESQTN
EVWECLSEIVNEYPVLLNRAPTLHKLSIQGFHPVLIDGKAIQLHPLVCAAFNADFDGDQM
AVHVPLSQEAVAEAKILMMSSMNILLPASGRAIAVPSQDMILGIYYLSLEKDGVKGEHKL
LTDVNEAKIALEMGQVDLNARIRTKLDNKVIHTTVGRLIIKEILPEFVPENLWNKILKKK
DIGTLVDYIYKHGGYNVTPRFLDNLKNLGFRYATEAGISVSIDDIRVPASKVDHVAKSKK
EVIEVQKQFSQGLLTEQERYNKIIDIWTEINNTLGTEMMDMIQSDKNGFNSIYMMADSGA
RGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPIISNFREGLNVLEYFISTHGARKGLADTALKT
ANAGYLTRKLIDVSQNVRITIEDCGTHEGIRITDLSSGNELIESLEERITGRVIAEDIID
PISNEILFTEGTLITEEDAKVVAEAEVKSVVIRTPLTCKVEHGLCSKCYGLNLGEQRKAT
PGEAVGVVAAQSIGEPGTQLTLRTFHVGGTASATQTERELRVDKEGFIRYHNIKTYIDKE
NKAIVANRRNAGILLVEPKINAPFKGKVTVDTIHEETILTISNGKEEKKYYLRKNDVAKA
NELAGVSGKIDGKLYLPYSDGDEVEENESIVEMIKDGWNVPNRIPFASVLKVQDGAPITS
HLTAKAKGRVKYYKLKGDYLERRDDIGAGEVVKDKGLFAVIVDNDEREALRHYVSRGSVI
QFDNNTPVEKDTVIALPASDEQVVIAEWDPYANPSIAEEAGTISFEDIIPGVTVSEQYDE
LTGTSKLVVNEYIPAGYKPAIVLSTDKKQLLRYVLEPKTSLNISEGQKVEVADILGKTPK
ATQKSKDITGGLPRVSELFEARRPKNIAVLASFDGMVSFGKPLRNKQRIIITDENGVKAE
YLVEKSKQILVHEGEFVHAGEALTEGQLASHDILKILGEKALHGFIVSEVQQVYRSQGVN
IADKHIEVILSQMLRQVSILDGGDTKFIIGDMVSKKRFKQENEKIIKLGGEPAIAEPLLL
GITRAAVTSDSIISAASFQETTKVLTEAAISAKMDMLEDLKENVVIGRTIPVGTGLYKDK
KVKFSQGEK |
|---|
| NT seq |
4530 nt +upstreamnt +downstreamnt
atgagtaaaactgaaaaagtattagaacctatcgaaataaaagagttagaaagaccacaa
gatttttctgcttttcaacttagacttgcaagtccagaaaaaattctttcttggtcttgt
ggtgaagttaaaaaaccagaaacaattaattatagaactttaaaaccagaaagagatggt
cttttttgtgcaaaaatatttggaccaataaaagattatgagtgtctttgtggtaaatat
aaaaaaatgagatataaaggtgttgtgtgtgaaaaatgtggtgttgaagtaacatcatca
aaagtgcgaagacacagaatgggtcatattgatttagtttcaccagttgcacacatctgg
atggtatcttctcttcctacaagaataggtacattacttggtgttaaattaaaagattta
gaaagagtattatattatgaagcatatattgtatctgaaccaggtgatgcatattatgat
aatgaaaaaactaaaaaagttttaaaatatgatattttaaacgaagaacaatatagaact
atttctgatttatttgatcatactggatttgaagcaaatatgggtggtcaagtagttaga
gatttattagaaactttagatttattccaattattagattctttaaaagaagagatgtca
ggaacaaaatctgaagctaaaagaaaaactattattaaaagattaaaagttgtagaaaac
tttattaactctggaaatagacctgaatggatgatgttaactcaacttcctgttcttcca
ccagatttaagacctttagtttcacttgatggtggtaagtttgcagtttctgatgttaat
gatctttatagaagagttattaatagaaataacagacttaaaagattaacagaacttgat
gctccagaaattattattagaaatgaaaaaagaatgcttcaagaagcagtagatgcatta
tttgacaatggtaaaactgcaaatgcagtaaaaggtgcaaataaaagacctttaaaatca
ttatctgaaattattaaaggtaaacaaggaagatttagacaaaacttacttggtaaaagg
gttgacttctcaggtagatctgtaattgttgttggaccttctttaaatatggaccaatgt
ggtattcctaaaaaaatggctttagagttatttaaaccacacttaatggcaaaattagaa
gaaaaaggttatgcaacaactttaaaatctgcaaagagattaattgagagtcaaacaaat
gaagtatgggaatgtttatctgagatagtaaatgaatatccagtattattaaacagagct
ccaactcttcataaattatcaattcaaggttttcaccctgtattaattgatggaaaagct
attcaattacacccattggtttgtgcggcattcaacgccgactttgatggtgaccaaatg
gctgtgcatgtacctttatcacaagaagcagttgcagaagcaaaaattcttatgatgtca
tctatgaatattcttttaccagcatcaggtagagctattgctgtaccatcacaagatatg
attttaggtatttattacctatcattagaaaaagatggtgtaaaaggtgagcataaatta
ttaactgatgttaatgaagctaaaattgcattagagatgggtcaagtagatttaaatgca
agaattagaacgaaacttgataataaagttatccacactactgttggtagacttattata
aaagaaattttaccagagtttgttcctgaaaatttatggaataaaattttaaagaaaaaa
gatattggtactttagtagattatatttataagcatggtggatataatgtaactccaaga
ttcttagataaccttaaaaacttaggttttagatatgcaactgaagctggtatttctgta
tctattgatgatattagagttcctgcatcaaaagttgatcatgtagctaaatctaaaaaa
gaagttattgaagttcaaaaacaattctctcaaggtttattaactgagcaagaaagatat
aataaaattattgatatctggactgaaattaataatactcttggaacagagatgatggat
atgatccaaagtgataaaaatggattcaattctatttatatgatggccgattcaggggct
aggggttctgctgctcagattagacaattagcaggtatgaggggtcttatggctaagcca
gatggatcaattattgaaactcctattatttctaactttagagaaggattaaacgtactt
gaatactttatttctactcacggtgctagaaaaggtcttgcggatacagctttaaaaaca
gcaaatgctgggtatttaacaagaaaacttattgatgtatctcaaaatgtgagaattaca
atcgaagattgtggtactcatgaaggtattagaattacagatttatcttctggtaatgag
cttattgagtcacttgaagaaagaattacaggtagagtaattgctgaagatattattgat
cctatttcaaatgaaattctatttacagaaggaactttaattactgaagaagatgcaaaa
gttgttgcagaagctgaagtaaaatcagttgtaattagaacaccattaacttgtaaagtt
gaacatggattatgttctaaatgttatggattaaaccttggtgaacaaagaaaagcaact
ccgggtgaagcagttggtgttgttgcagctcaatcaattggtgagcctggaactcagctt
acacttagaacttttcacgttggggggacagcatctgctactcaaacagaaagagaatta
agagttgataaagaaggtttcatcagataccataatatcaaaacatatattgataaagaa
aataaagcaattgtagcaaatagaagaaatgcaggtattttattggttgaacctaaaata
aatgcaccttttaaaggtaaagttactgttgatacaattcatgaagaaactattttaact
atttctaatggaaaagaagagaaaaaatattaccttagaaaaaatgatgttgcaaaagca
aatgaacttgctggggtatctggtaagattgatggtaaattatatcttccttattctgat
ggtgatgaagttgaagagaatgaatctatcgttgaaatgattaaagatggttggaatgtt
ccaaacagaattccttttgcatctgtattaaaagttcaagatggtgctcctattacttca
cacttaacagctaaagctaaaggtagagttaaatactataagcttaaaggtgattattta
gaaagaagagatgatattggtgctggtgaagttgtaaaagataaaggtctttttgctgtt
attgttgataatgatgaaagagaagcattaagacactatgtatcaagaggttctgttatc
caatttgataataatactcctgtagaaaaagatacagtaattgctcttcctgcaagtgat
gaacaagttgtaattgcagaatgggatccatatgcaaacccttctattgcagaagaagct
ggtactatttcttttgaagatattattcctggtgttactgtatctgaacaatatgatgaa
ttaacaggtacttcaaaactagttgttaatgagtatattccagcaggttataaaccagca
atcgttttatctactgataaaaaacagttattaagatatgtacttgagcctaaaacttca
ttaaatattagtgaaggtcaaaaagttgaagttgcagatattttaggtaaaactccaaaa
gcaactcaaaaatctaaagatattactggaggtcttccaagagtatctgaattatttgag
gcaagaagacctaaaaatattgcagttcttgcatcatttgatggtatggtttcatttgga
aaaccacttagaaataaacaaagaatcatcatcactgatgaaaatggtgttaaagctgaa
tatttagtagagaaatctaaacaaatattagttcacgaaggtgagtttgttcatgctggt
gaggcattaacagaaggtcaattagcatcacatgatatattgaaaatcttaggtgaaaaa
gcacttcatggatttattgtatcagaagtacaacaagtatatagatctcaaggggttaat
atagcagataaacatattgaagttattttatctcaaatgttaagacaagtatctattctt
gatggtggggatactaaattcattatcggtgatatggtatctaagaaaagatttaaacaa
gaaaatgagaaaattattaaattaggtggagaaccagcaattgcagaaccattattactt
ggtattacaagagcagctgttacatctgattctattatctcagcagcatcattccaagag
actacaaaagttcttacagaagcagcgatttctgctaaaatggatatgctagaagactta
aaagaaaatgttgtaattggtagaacaattccagttggaacaggtctttataaagataaa
aaagttaaattttctcaaggggaaaaataa |
|---|
