Abyssogena phaseoliformis symbiont: CVPH_0983
Help
Entry
CVPH_0983 CDS
T07717
Symbol
rpoB
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta
KO
K03043
DNA-directed RNA polymerase subunit beta [EC:
2.7.7.6
]
Organism
aphf
Abyssogena phaseoliformis symbiont
Pathway
aphf03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
aphf00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
CVPH_0983 (rpoB)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
aphf03021
]
CVPH_0983 (rpoB)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
aphf03400
]
CVPH_0983 (rpoB)
Enzymes [BR:
aphf01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
CVPH_0983 (rpoB)
Transcription machinery [BR:
aphf03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
CVPH_0983 (rpoB)
DNA repair and recombination proteins [BR:
aphf03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
CVPH_0983 (rpoB)
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb2_6
RNA_pol_Rpb2_3
RNA_pol_Rpb2_7
RNA_pol_Rpb2_1
RNA_pol_Rpb2_2
RNA_pol_Rpb2_45
DUF8806
Nif11
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BBB22942
LinkDB
All DBs
Position
complement(995288..999370)
Genome browser
AA seq
1360 aa
AA seq
DB search
MAYSFTEKKRIRNNFGSRESILTEPDLLAIQIDSFNSFIQAGSKTKQDVGLHAVFQSVFP
ITAVNGYAQIEYVDYGLQEPKFNVEECKLRGVTFASTLRVKLNLVLFDKNGSTLKKKRKV
KQIIEEDVYLGQLPLMTETGTFVINGTERVVVSQLHRSPGVIFEHDKGKTHSSGKILFSS
RIIPYRGSWLDFEYDHHEHLYVRIDRRRKLPVTTLLRAMGLSSEGILETFFEKITVKLKA
KSCNLSMAPIRLQRTIAEFDIVANQNVVVEKGRRITAKHVKLLEKAGIKSINAPLEYLLD
KVISADIIDKDTGEILISANTVTSEEVLELLNTNKVKKIEILYINASETGAYISDTLRLD
ETQTEIEARMSIYHVMRPGEPATEDAVNLLFNNLFFKNDRYDLSKVGRMKLNRRLGIGSE
TGEHVLTNDDIISVIKLLINIKDGNDFVDDVDTLANRRVRAIGEMIENQFRIGLVRVEKA
VREGLNLAETDELTPQDLINSKPVSAAVREFFGSSQLSQFMDQVNPLSGVTHKRRISALG
PGGLTRERAGFEVRDVHPSHYGRLCPIETPEGPNIGLINTLAVYAKTNSYGFLETPYQVV
KNGKVTKEVIYVSAIDEITHTIAQANAIVNDKGKLMDDLISCRHKNEFVLVNSSEVTLID
IDSKQIASVAAALIPFLEHDDANRALMGSNMQRQAVPVLKAEKPLVGTGIERVVATDSRV
CVTAKHSGVVEAVDASRIVIRVDSKQTKASELGVDIYNLTKYSRSNQNTCINQKPLVKAG
DKIAAGDVLADGPSTDMGELALGQNMKIAFMPWNGYNFEDSILISEKVVQEDRYTTIHIE
ELTAYSRDTKLGPEEITADIPNVSESALAKLDEVGVVYVGARVKGGDILVGKVTPKSETV
LSPEEKLLRAIFGEKANNVKDSSLRVGASKLGVVIDVQVFTRDRVEKDARALSIDAERLE
RIKKDIDDEFGIIDGDIFRRVRLKLSSNVLSKTVGDIKAGEKLSAKLMKKLDNKDIAKLK
VEDATVNKEVAALVKQAKTKQVEFEKFFEEERAKINEGAELPPGVMKMVKVYVATRKTLQ
VGDKMAGRHGNKGVISRVSPVEDMPYLADGSTIDVVLNPLGVPSRMNVGQVLEVHLGYAA
KGLGHKIAAILDEKRTEMVKQIRDFLDKVYNSHGKQEDLASFNDEEIIELANNLREGVPM
ATPVFDGIKEEDIKSLLRLADLPESGQEQLYDGRTGEPFDRHVTVGYMHMLKLNHLVDDK
MHARSTGPYSLVTQQPLSGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLREMLTVKSDDVAGRA
KIYKSIVDGKNLTESVMPESFNVLVKEIRSLGIDVELEQH
NT seq
4083 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcttattcattcaccgaaaaaaagcgaattagaaataactttggttctagggaatca
attttgaccgaaccagatttactagcaatccaaattgactcatttaacagttttatccaa
gcaggtagcaaaaccaaacaagatgttggtttacatgctgtttttcaatcggtgttcccg
attactgcggttaatggctatgcacaaattgagtatgttgattatggattacaagaacct
aaatttaatgttgaagaatgtaaattacgtggcgtaacgtttgcatcaacattgcgtgtt
aaattaaatctggttctatttgataagaatggctcaaccttgaagaaaaaacgcaaagtt
aagcaaattattgaagaagatgtttatttagggcaattgccactaatgactgaaacgggt
acctttgttattaatggcactgaacgtgttgttgtgtctcaactacacaggtctcccggc
gttatttttgagcatgataagggtaaaacccactcttcaggtaagattttgttctcttca
cgcattattccttatcgtggttcatggttggattttgaatatgaccatcatgaacatttg
tatgttcgaattgacaggcgtagaaaattaccagtcaccacattattacgcgccatgggt
ctaagtagtgaaggtattcttgaaaccttttttgaaaagattactgttaaattaaaagct
aaatcatgcaatttaagcatggcgccgattcgcctgcaacgcacaattgcagaatttgat
attgttgccaatcaaaacgtggtggttgaaaaaggtcgtagaattactgctaagcatgtt
aagttattggaaaaagcaggtattaaatcaatcaacgcgccattagagtatttgcttgat
aaggtaatctctgctgatattattgataaagacacgggtgaaattttaatatcagccaat
actgttacttctgaagaagtattagagttattaaacaccaataaagttaaaaaaatagaa
atcctttatattaatgcctctgagacaggtgcttatatttcagatacattacgcttagat
gaaacacaaaccgagattgaagctcgtatgtccatctatcatgtaatgcgtccgggtgag
cccgccactgaagatgcggttaatctattatttaacaatttattttttaaaaacgatcgc
tatgatttatcaaaagtcggccgtatgaagcttaatcgtcgtttaggcattgggtctgaa
acaggtgaacatgtattaaccaatgatgacattattagtgttattaagttactcattaat
attaaagacggtaatgattttgttgatgatgttgatacactagccaacaggcgcgtaaga
gcaattggtgagatgattgaaaatcagttcagaattggccttgttagggttgaaaaagca
gtcagagagggtttgaatttagctgaaacagacgaattaacgccacaagatttaattaat
tctaagcctgtatctgcagcagttagagagttttttggctcttctcagctgtctcaattt
atggatcaagtgaatcctttgtcaggagtgactcataagcgtcgtatttctgcgctaggt
cctggcggactaactcgtgaacgcgctggttttgaagtgcgtgatgtacatccttcgcac
tatggtcgtttgtgcccaattgaaacgccagaaggccctaatattggtttgattaataca
ttggctgtttatgccaaaacaaacagttatggatttttagaaacaccttatcaagtagtt
aaaaatggtaaagtgactaaagaggtgatttatgtctcagccattgatgaaatcacgcat
acaattgcacaagcaaatgcaatagtgaatgataaaggcaagttaatggatgatcttatt
tcttgtcgccataagaatgagtttgttttggtaaattcatcagaagtgacgttaatcgat
attgattctaagcaaattgcatcggtggcagcagcactcattcctttcttagagcatgac
gatgcgaaccgtgcgctgatgggctcaaatatgcaacgccaagctgttcctgtgttaaag
gctgaaaaaccattggttggcacaggtattgagcgtgttgtagcaacggactctcgtgtt
tgcgtgactgctaaacatagtggtgtggttgaggcggtagatgcatcacgtattgttatt
cgcgtagattctaagcaaactaaagcaagtgagctgggtgttgatatttacaatttgacc
aagtattcgcgctccaatcagaatacttgtattaaccaaaagccattagttaaagctggt
gataaaattgctgctggcgatgttttagcagatggtccatcaactgatatgggcgagtta
gcattgggtcaaaatatgaagattgcctttatgccttggaacggctataactttgaagat
tcaattttaatttcagaaaaggttgtgcaagaagatcgttatacaactattcatattgaa
gagttaactgcttattcacgtgatactaaattaggtcctgaagagattaccgcagacatt
ccaaatgttagcgagtcagcactggctaagttagatgaagtgggtgttgtttatgtaggt
gctcgtgttaaaggcggtgatattttagtaggtaaggtaacccctaagagtgaaacagtg
ctttctcctgaggaaaagttactcagagctatttttggcgaaaaagccaacaatgttaaa
gattcatcattacgtgttggcgcctctaaattaggtgttgttattgatgttcaagtattt
acacgtgatcgtgtggaaaaagatgccagagcattaagtattgatgcagaacgtttagag
agaattaaaaaagacattgacgatgaatttggcattattgatggtgacatcttccgtcgc
gtacgtttaaaactttctagcaatgtactgagtaagactgttggtgatattaaagcaggt
gagaagctaagtgccaaattgatgaaaaaacttgacaataaagacattgctaagcttaaa
gttgaagatgcgactgttaataaagaagtagcagcattggtcaaacaagctaaaaccaag
caagttgagtttgagaaattttttgaagaagaaagagctaaaattaacgaaggtgcagaa
ttaccaccaggggttatgaaaatggttaaggtttacgtggcaacccgtaaaacactccaa
gtaggtgacaaaatggccggacgtcatggtaataaaggtgtgatttcacgtgtatctcca
gttgaagatatgccttatcttgcagacggttctaccatagatgttgtgcttaatccacta
ggcgtaccatcacgtatgaatgtgggccaagtgttagaagttcacttaggttatgctgcc
aaaggtttgggacataaaattgctgccatattagatgaaaaacgcactgagatggttaaa
cagattagagacttcttagacaaggtttataactcccatggcaagcaagaagatttagca
tcatttaatgatgaagaaattattgaactggcaaataatcttcgtgaaggcgtgccaatg
gcaacaccagtatttgatggcattaaagaagaagacattaaatcattacttaggttggct
gatttgccagagtctggacaagaacaattgtacgatggtcgtacaggcgagccatttgat
cgccacgtgaccgtcggctatatgcacatgttaaaactgaaccatttggttgatgacaag
atgcatgcgcgttctactggcccttattcactagtgacacaacaaccacttagtggcaag
gctcagtttggcggtcaaagatttggtgagatggaggtgtgggcattagaagcttatggt
gcagcacacacattgcgcgaaatgttaaccgtaaaatctgatgacgttgcaggacgagca
aaaatctataagagcattgttgatggtaagaatttaacagagtcggtcatgccagaatca
tttaacgttttggtaaaagagattcgttcgttaggtattgatgttgagttagagcaacac
taa
DBGET
integrated database retrieval system
