Apibacter sp. B2966: G8C43_00520
Help
Entry
G8C43_00520 CDS
T06471
Name
(GenBank) type IV secretion protein Rhs
Organism
apib
Apibacter sp. B2966
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
SpvB
TcdB_toxin_midN
FG-GAP_3
FG-GAP
RHS_repeat
RHS
DUF7383
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
QII71313
LinkDB
All DBs
Position
127321..137310
Genome browser
AA seq
3329 aa
AA seq
DB search
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DBGET
integrated database retrieval system