Candidatus Annandia pinicola: GFK87_00035
Help
Entry
GFK87_00035 CDS
T07601
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
apin
Candidatus Annandia pinicola
Pathway
apin03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
apin00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
GFK87_00035 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
apin03021
]
GFK87_00035 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
apin03400
]
GFK87_00035 (rpoC)
Enzymes [BR:
apin01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
GFK87_00035 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
apin03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
GFK87_00035 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
apin03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
GFK87_00035 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
UDG80274
LinkDB
All DBs
Position
34791..38870
Genome browser
AA seq
1359 aa
AA seq
DB search
MLASPNLIRSWSHGEITKPETINYRTFKPEHGGLFCARIFGPVRDYECLCGKYKKLKHIG
VLCEKCGVEVIESKYRRERMGHIELASPVAHIWFLRSMPSRISLLLDMNLKTIEKVLYFE
SYVVIKSGNSKLKKCQTLTEEEYLSTIERFDRKFKVGIGTEAIQSLLKNIDLKHEYFKLQ
KKIKISKSIIKRKKLNQRSRLIENLIKSGNKPQWMILNVLPVIPPDLRPLVPLDGCKFAT
SDLNDLYRRVINRNNRLKRLLFLSAPDIIIRNEKRMLQEAVDTLLDNSRRGNIITANNKR
PLKSLTDMIKGKRGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPDLRLNQCGIPKKMALELFRPFIY
GKLELRGLANTVKSSKKMVDHEHNAIWDILDELIKEHPILLNRAPTLHRLGIQAFEPILV
EGKAIKLHPLVCTSYNADFDGDQMAVHIPLTLESQIESRALMMSTNNIISPANGESVIVP
SQDIVLGLYYMTKSKKYGKGEGMILNDPEEALRLYHFGIVELHTKVKVYIVEYKNIFVKK
KNKIKKIRSLKNTTIGRVILWRVMPKKISFDLINKIIKKKEITDIFNIFNVIMGVKETAK
FADKIMRIGFYYAFKSGISIGINDIIVPKEKYIIIDKSKKKVKKIQKQFNYGFFSHNELY
NRIIDIWTETGETISKFMMKIISKEMLPDDKGNLKLQSSFNNVFMMSDSGARGSMAQIRQ
LAGMRGLMSKPDGSIIENPILANFHEGLNVLQYFISTHGARKGLSDTALKTANSGYLTRR
LVDVTQDLVIVEYDCKTKNGIVIRSLIEDQYIKESLFSKILGRVSAENIMKPNTNIILIK
NNTLLDEYLCKIIENNEIDSVKVRSVVTCDTNFGICAKCYGRDLSRMRLINQGDAVGVVA
AQSIGEPGTQLTMRTFHIGGTSSRSALVSNIQVNNNGIIELTNSKILINKFGKSIIVSKN
VRLRLLDKNNKVIENYIVPYGSYIKKKNGDYVRSGDIVADWDPYTIPIISEVDGYVKFID
IINRKSVKIRNDDFTGLVSIEVLDNSKRSINNKCLQPKFRILNKKGNEINIINNKKPIQY
ILPDKTIIHLKDGIKVNAGDILARTPQDLVVSKDITGGLPKVADIFEARNPANKAILARL
RGIVVFGKISKTKMKIMIKSEKNGDILVEENISKLRQLNVIEGEIVDIGDVISDGPLSAN
DILTLCGLQYLNNYIVNSVQEVYRLQGVKINDKHIEIIIRQMLKKVTIINAGDSNFFDGE
EVEFSTLKIVNKYLKLCGKKIATFKRIVLGITKASLSTDSFISAASFQETTKILVDSALS
GKIDELRGLKENVIVGRIIPAGTGYSYHQRYLKKLLKKE
NT seq
4080 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttagcttctccaaatttaattagatcatggtcacatggtgaaataactaaacccgaa
actattaactatcgtacatttaaaccagaacatggtgggttattttgtgctcgtatattt
ggtcctgttagagattatgaatgtctttgtggtaagtataaaaaactaaaacatataggt
gttttatgtgaaaaatgtggtgtagaagttattgaatctaaatatagaagagaaagaatg
ggtcatatagaattagcttctcctgtggcacatatatggtttttaagatcaatgccttct
agaataagtttattattagatatgaatttaaaaactatagaaaaagttctttattttgaa
tcttacgtagtaattaaatcaggtaattcaaaattaaagaaatgtcaaactttaactgaa
gaagaatacttatctacaatagaaagatttgatcgtaaatttaaagttggtataggtaca
gaagctattcaatctcttttaaagaatatagatttaaaacatgagtattttaaattacaa
aaaaaaataaaaattagtaaatctattataaaaagaaaaaaattaaatcaaagatctagg
ttaattgaaaatttaatcaaatctggaaataaaccacaatggatgatattaaatgtatta
cctgtaataccacctgatttaagacctttagtaccattagatggatgtaaatttgcaact
tctgatttaaatgatttatatcgtagagttattaatagaaataatcgacttaaacgttta
ttatttttatcagctccagatataattataagaaatgaaaaaagaatgttacaagaagct
gtagatactttattagataatagtagacgtggtaatataattacagctaataataaaaga
cctctaaaatctcttactgatatgataaaaggtaaaagaggtcgttttagacaaaactta
ttaggaaaaagagtagattattcaggaagatcagtaattaccgtaggaccagacttacgt
cttaatcaatgtggaataccaaaaaaaatggcattagaattgtttagaccatttatttat
ggaaaattagaattacgtggtttagctaatactgttaaatcatcaaaaaaaatggttgat
catgaacataatgctatatgggatattttagatgaattaataaaagaacatccaatatta
cttaatagagctccaacattgcatcgtttagggattcaagcatttgaacctattttagtt
gaaggaaaagctattaaattacatccattagtttgtacttcttataatgctgattttgat
ggagatcaaatggcggtacatatacctttaactttagaatctcaaatagaatcaagagct
ttaatgatgtcaaccaacaatattatatctccagctaatggtgaatctgttatagtacca
tctcaagatatagtattaggtttatactatatgactaaatcaaaaaaatatggaaaaggt
gaaggtatgatattaaatgatcctgaagaagcattaagattatatcattttggaattgta
gaattacatacaaaagtaaaagtttatattgttgaatataaaaatatatttgtaaaaaaa
aaaaataaaataaaaaaaataagatctttaaaaaatactacaataggtcgtgttatatta
tggagagtaatgccaaaaaaaatatcttttgatttaattaataaaattataaaaaaaaaa
gaaattactgatatttttaatatatttaatgttattatgggggttaaagaaactgcaaaa
tttgctgataaaataatgagaataggtttttattatgcatttaaatcaggtatttcaatt
ggaattaacgatataattgttcctaaagaaaaatatattattattgataaatcaaaaaaa
aaagttaaaaaaatacaaaaacaatttaattatggattttttagccataatgaactttat
aatagaattatagatatttggacagaaacaggtgaaacaatatctaaatttatgatgaaa
attatttcaaaggaaatgttacctgatgacaaaggtaatttaaaacttcaatcttctttt
aataatgtttttatgatgtctgattctggagctagaggttctatggctcaaattcgtcaa
ttagcaggtatgcgtggcttaatgtctaaacctgatggttcaattattgaaaatccaata
ttagctaattttcatgaaggattaaatgttttgcaatattttatttctactcatggtgct
cgtaaagggttatctgatacagcattaaaaaccgctaattctggatatttaactagaaga
ttagttgatgttacacaagatttagttatagtagaatatgattgtaaaactaaaaatggt
attgtaattagatctttaatagaagatcaatatattaaagaatctttatttagtaaaata
ttgggaagagtttctgcagaaaatattatgaaacctaatacaaatattattttaataaaa
aataatacattgttagatgaatatttatgtaaaattatagaaaataatgaaatagatagt
gttaaagtaagatcagtagttacatgtgatactaactttggaatttgtgctaaatgttat
ggaagggatttatctagaatgagattaataaatcaaggagatgctgttggtgttgtagca
gctcaatctattggagaaccaggtactcaattaacaatgcgtacatttcatattggtggt
acatcttctagatcagcattagtatctaatattcaagttaataataatggtataattgaa
ttaactaattctaaaatattaattaataaatttggtaaatctattatagtgtctaaaaat
gtaagattaagattgttagataaaaataataaagttatagaaaattatattgttccatat
ggttcttatattaaaaaaaaaaatggagattacgttcgttcaggagatattgtagctgat
tgggatccatatacaatacctattataagtgaagttgatggttatgttaaatttatagat
ataataaatagaaaaagtgttaaaataagaaatgatgattttactggattagtatctata
gaagttcttgataactcaaaaagaagtattaataataaatgtttacaaccaaaatttaga
attttaaataaaaaaggtaatgaaattaatataataaataataaaaaacctattcaatat
atattacctgataaaactattatacatttgaaagatggtattaaagttaatgctggtgat
attttagctagaacacctcaagatttagtagtttctaaagatataacaggaggtttacct
aaagtagctgacatatttgaagctcgtaatcctgcaaataaagctatattagctagatta
agaggaattgtagtttttggtaaaatatctaaaacaaaaatgaaaataatgattaaatca
gaaaaaaatggtgatattttagttgaagaaaatatttctaaattacgtcaattaaatgta
atagaaggagaaatagtcgatattggtgatgttatatctgatgggcctttatcagctaat
gatattcttacattatgtggtttacaatatttaaataattatatagtaaattcagtacaa
gaagtttatcgtttacaaggtgttaaaataaacgataaacatattgaaattataataaga
caaatgttaaaaaaagttactattataaatgctggagattcaaatttttttgatggagaa
gaagtagaattttctactttaaaaatagttaataaatatttaaaattatgtggaaaaaaa
atagctacttttaaaagaattgtattaggtataacaaaagcatctttgtctacagattct
tttatatctgcagcatcttttcaagaaactactaaaattttagttgattcagctttatca
ggaaaaatagatgaattaagaggtttaaaagaaaatgttatagttgggcgtattattcca
gctggaactggatattcttatcatcaaagatatttaaaaaaacttttaaaaaaagaataa
DBGET
integrated database retrieval system
