Alpha proteobacterium HIMB5: HIMB5_00006690
Help
Entry
HIMB5_00006690 CDS
T02250
Name
(GenBank) DHHA1 domain-containing protein,DHH family protein
KO
K07462
single-stranded-DNA-specific exonuclease [EC:3.1.-.-]
Organism
apm
Alpha proteobacterium HIMB5
Pathway
apm03410
Base excision repair
apm03430
Mismatch repair
apm03440
Homologous recombination
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
apm00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03410 Base excision repair
HIMB5_00006690
03430 Mismatch repair
HIMB5_00006690
03440 Homologous recombination
HIMB5_00006690
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
apm03400
]
HIMB5_00006690
DNA repair and recombination proteins [BR:
apm03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
BER (base exicision repair)
RecJ
HIMB5_00006690
DSBR (double strand breaks repair)
HR (homologous recombination)
RecFOR pathway proteins
HIMB5_00006690
NHEJ (non-homologous end-joining)
SHDIR (short-homology-dependent illegitimate recombination)
RecET pathway
HIMB5_00006690
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DHH
RecJ_OB
DHHA1
Toprim
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AFS47428
LinkDB
All DBs
Position
609532..611214
Genome browser
AA seq
560 aa
AA seq
DB search
MISVNGNSWREIEVNKRLVQKFKQDFKFSENISKLLINRDYNQEEIHSLNNTINFKNPFT
NDPDFIKSKKLILDYIKNKKKILIIGDYDVDGSVSTSMLIKFFQNINHSYDFYIPDRTSD
GYGLSENLLEKLKNRLTDLVIVVDSGSKSHKAINYLNDLKIKSIIIDHHEISKPFPKSTV
LINPKKTSLNYNQINLCASALVYFLIDILKKELNLDISTKLNLFLTALATICDVMPLRGL
NRNIIIKAFKEYNYKNSYFINYLLTKIKKRNSLEYNDFGYLIGPILNSGGRLNKSNLPVN
LITSSNKTEIKKISDNLINLNNIRKDIEKKIINEINEKDLILIKNKILIIKDLSIPEGLI
GIIASRFLEKFNKTAIVITQSGNLLKGSARSNSEINIGSVINNGVMNKILDIGGGHQMAA
GFSLKKNNFKKFKKYLSNYKILNSIKPNYYISKISSSAINLEFIKDMNKLSPFGNSNENP
VFLIENLKIYKPRTINESHIFCLLKDDNKKIYDAIAFNVMNTKIKDYLLNYKNKIKVLCK
FNLSGQKNNRINIHIVDIIT
NT seq
1683 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgatttctgttaatgggaattcatggagagaaattgaagttaataagagattagttcaa
aagtttaaacaagattttaaatttagtgaaaatatatcaaaacttttaattaatagggat
tataaccaagaagaaattcattcattaaataatactattaattttaaaaatccttttaca
aatgatccggactttatcaaatcaaaaaaattaattcttgattatatcaaaaataaaaaa
aaaatacttataataggtgattacgatgttgatggttctgtttcaacatcaatgttaata
aaattttttcaaaatattaatcattcatatgatttttatattcctgatagaacttctgat
ggttatgggctttctgaaaatttgttagaaaaacttaaaaatagattaaccgatttagtt
atagttgtagactctggatctaaatcacataaggcaataaattatttgaatgatttgaaa
ataaagtcaattattattgatcatcatgaaatatctaaaccttttccaaaaagcacagtt
ttaataaatcctaaaaaaactagtctaaattacaatcaaattaatttatgtgctagtgca
ttagtttattttttaattgatatattaaaaaaggaactaaatttagatatttcaacaaaa
ttaaatttatttttaactgctttagctacaatctgtgatgttatgcctttgagaggttta
aatagaaatatcataattaaagcatttaaagaatataattataagaattcgtattttatt
aattatctattaacgaaaattaaaaaaagaaatagtttagaatataatgattttggttat
ctgattggaccaattttaaattcaggtggtagattaaataaatctaatttaccagtaaat
ctgattacttcttcaaataaaactgaaattaaaaaaatttcagataatcttattaattta
aataatataagaaaagatatcgaaaaaaaaattattaatgaaattaatgaaaaagattta
atattaattaaaaataaaattttaataataaaagacctaagtattccggaaggtttaatt
ggtataatagcttcaagatttcttgaaaaatttaataaaacagcaattgtaataacacaa
tcaggtaatttattaaaagggtcagctagatcaaactccgaaataaatataggttcagtt
attaacaatggagttatgaataagatattagatatagggggtggtcatcaaatggcagct
ggtttttcattaaaaaaaaataactttaaaaagtttaaaaaatatttaagcaattataaa
attttaaattcaattaaaccaaattactatatctcaaagatttcttcatcagcaattaat
ttagaatttattaaagatatgaataaattatctccatttggaaattcgaatgaaaatcct
gttttccttatagaaaatttaaaaatatataaacccagaacgattaatgagagtcatatt
ttttgtttattaaaagatgataataaaaaaatttatgatgctatagcttttaatgtaatg
aacactaaaattaaagattatttgcttaattataaaaacaaaataaaagttttatgtaaa
tttaatttatctggtcaaaaaaataataggattaatattcatattgttgatattattacc
taa
DBGET
integrated database retrieval system
