Bombus affinis (rusty patched bumble bee): 126918850
Help
Entry
126918850 CDS
T09368
Name
(RefSeq) spatacsin isoform X1
KO
K19026
spatacsin
Organism
baff
Bombus affinis (rusty patched bumble bee)
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
baff00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
baff03400
]
126918850
DNA repair and recombination proteins [BR:
baff03400
]
Eukaryotic type
DSBR (double strand breaks repair)
HR (homologous recombination)
Other HR factors
126918850
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Spatacsin_C
DUF7438
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
126918850
NCBI-ProteinID:
XP_050583234
LinkDB
All DBs
Position
7:13314448..13321833
Genome browser
AA seq
1745 aa
AA seq
DB search
MAEKTTVGGIPIECLTGEPAIIWSGWRILGDRELVREASAKGTHINLAYKCLAYRRRCSI
EDAQHYFNKEVETWIIELLKKHQIYRASHVLNNMDKNPVEYIFKVCVNCKDFTLRNYLSE
YLISVAHFENEYIDSWNIIKSIVKFEQKYMVEDGLSSSLCIEDIIKLPEDIKQALCTELY
FSITEQSLSKNITNTMLWDYLLSNNKIELMRFWIDIYYGSDTIEEVNEVNEEYKSLFHTL
DIIPDMIEAIDSSNASTLIKDLAKNHLCRYGVFVEREQHDVKLLLARIFSSAMTIPEFNT
ILSYKSCNINKTEFMKKIDKELCLAHCLNETSTQEDETKIIELYDVLTKMCENQEPLQDI
LTEGIFKTIYYLSDDVTEYLKQNYLIVLVLIFSYQARESTICNQDKDTVLKEITLKNIFT
SKNSLQLCNYDISNEILQNTLKQVPILESIIKKEPKNKVTMYELLDGYKNLNVKQLYKWR
FNNEPMPHFSNETLVKKYGYTEDLTYKYYLKEARPNMAIFSLKHSQGKLIGNISSRRKYK
AALYAHNLALRNLEKPEILHTCISFMEILGIDSENLRLHITVANYIYKQINILIGNLLEN
IIYKNENDLKTVMSYLESSFQTSCTESSINDSQEFINVLKIWDVIVRFAAAHNFAFPISF
LKFLASKNYWFEFVLVCHIFNYPLNQILENIEHFEDTILKEHLLTCLSNIQLTKSQLAVC
NEQKIKSRDVRQSLYYKIGVKQSGSPSYDSSVTADLASTYDSHNINEYTVNDNICSPNDD
LWLIILKCHQSPDPPGALINSSRLTSKPFLVVLASCYEPSSIATYCYSWMVISTTDKEIL
SNYKECLEQQVWTANQVYNLLDQMVTYGYITIVSKAYKIFMPESLFNLFFDFLIECVIYG
DFKSCQQKLLDFKAQCVDLKCNEAIDWNCSDTTYLNNLYWIAIVTIKCLIATLAHGLRST
HLQIKFLEILIKCNFYKNFPGFVPIFPFLLQVIKILQKTNVTLDFAAFTVSDNVYNFDTE
IHRCINDLIRTEDYTSALKLSNVAGFNSSEIILAQCRSKFKYHIQKNEKIEDNFWNECAL
NFKKYNISYEKAAEFFVEHAEKVTSHKERYEILKLAFETLKNIETEQQGVDVLETAMWKS
CMLAGPENVQLDDGPYIFNKLKTELLSGLNELKFGYTLSNIQEKNAIESLINTLIDLGKL
DTALRISTIFNYKHKDLQILMLCLSLAEGEISPNDLNIEQQSLLKEVNKNKQQKYNALKN
RGLQRFSSASSLITSISTEMNKLKHEDVHGIQMECLSILEKLLNILEHGVDICLRIVLCY
KLAMQLEKSYQFLLMLNNPIEFLQEITESDNIRNKSEIINDIVIAYKINNDNVATFLAEN
ITLNINRAVEGGYENNVCLWGYSLNTNFRVIMELCNDVSLLGWKLLKTANKLLGHSHGEK
TSAFTLKTIAELLIRAHDCFTTSCNMEGIASVLCKCQIFANVLQNLKYWTLLVRLVTGVG
RFTEMNYVFQILKENDQFEFLLGKGLNKVIGLETAILEFLKRHCPENKELFTLVALHFQL
YHELAHMWKNEAKDIINTIISDATKDLMKLQNTVQHEKKFIKTENILKQLHLAVTNYTHA
TEYYLQANKLNLANQCSDQVQLVALQLSLFNTVSYNQQVICILNLKPGDIDKVLCHNLSF
SQAFIVIHAYNHHVDWANLIYSHCILNGEKKYLKDFIAANKLTPGLVRNCVRRQVNYCFK
EIIYF
NT seq
5238 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcagagaaaacaacagtgggaggcattccgattgaatgtttaactggagaacctgca
attatttggtctggttggcgtatattaggggacagagaacttgttagagaagcctctgca
aagggcactcacattaatcttgcttataaatgtctagcttatagaaggagatgttctatc
gaagatgctcagcattatttcaacaaagaagttgaaacttggattatagaacttctaaag
aaacatcaaatttacagggcctctcatgttttaaataatatggacaaaaatccagtagaa
tatatattcaaagtttgtgtaaattgcaaggattttacattaagaaattatttatcagaa
tatctaataagtgttgcacactttgaaaatgaatacatagattcatggaatataataaaa
agtattgtaaaatttgaacaaaaatatatggttgaagatggcttgagctcttctttatgt
atagaggatattataaaattaccagaagatataaaacaagcattatgtactgaattatat
ttttctataactgaacaatctctttcaaaaaatataactaatactatgctatgggattat
ttactgtcaaataataaaattgaattaatgagattttggattgacatttactatggcagt
gatacaatagaagaagtaaacgaagttaatgaagaatacaagtcgttatttcatactttg
gatataataccagatatgattgaagctattgattcttcaaatgccagtactcttataaaa
gatctagctaaaaatcatttatgtaggtatggcgtatttgtagagagagaacaacatgat
gtaaaattattactagcacgtatattttccagtgcaatgacaataccagaattcaataca
atattatcgtataaatcttgtaatattaataaaactgaatttatgaaaaaaattgacaag
gaattgtgtcttgcacattgcttgaatgaaacaagtactcaggaagatgaaaccaagatc
attgaattgtatgatgtattgacaaaaatgtgtgaaaatcaagaaccgttacaagatata
ttaacagaaggaatttttaaaacaatttactatctttctgatgatgtaaccgaatatttg
aagcaaaattatttaatagttttagtattgatattttcataccaggctagagaaagtaca
atatgcaatcaagataaagacacagtactaaaagaaattactctaaaaaatatatttaca
agtaaaaattctctgcaattatgcaactatgatatttcgaatgaaattcttcaaaatacg
ttaaaacaagtgccaattcttgaatccatcattaaaaaagaaccaaagaacaaagttaca
atgtatgaattattagatggttacaaaaatttgaacgttaaacaattatataagtggcgt
tttaataatgaaccaatgcctcatttttctaatgaaactcttgttaaaaaatatggatat
acagaagatttaacatataaatactatttgaaagaagcccgtcctaatatggctatattt
agcttaaaacattcccaaggaaaactaattggaaatatttcttctagaaggaaatataaa
gcggctctgtacgcgcataatcttgccttacgaaatttagagaaacccgaaattttacat
acttgtatttctttcatggaaatattaggtattgattcagaaaatttaaggctgcatata
accgtggcaaattatatttataaacagattaatattcttattggaaatttgctagaaaat
ataatatacaaaaatgaaaatgatttaaaaactgtaatgtcttatcttgaaagtagtttt
caaacaagttgtactgaaagttcaattaatgatagtcaagagttcataaatgtattaaaa
atatgggatgttattgtacgatttgcagcagcacacaactttgctttcccaatcagcttt
ttaaaatttttagcaagtaaaaattactggtttgaatttgtattagtttgtcacatcttt
aattatcccctgaaccagatattagaaaatatagaacattttgaagacacaattctcaaa
gaacatttattaacttgtttgagtaatattcaactcactaaatctcaattagctgtatgt
aatgaacaaaagataaaatcacgagatgttagacaatcactatattacaaaattggagtt
aaacaaagtggatcacccagttatgattcatcagtcacagctgatttagcaagcacttat
gattctcataatataaatgaatatactgtaaatgataacatttgttctccaaatgatgat
ttgtggttgattatattgaaatgtcatcaaagcccagatccacctggtgctttaatcaat
tcatcccggttaacttcaaagcctttccttgtagttttagcatcctgttatgagccatct
tcaattgcaacatattgttattcatggatggtaatatctaccacagataaagaaattctt
tctaattataaagaatgtttagaacaacaagtatggacagctaaccaagtttataactta
ttggatcaaatggtaacatatggatatattactatcgttagtaaagcttacaaaattttt
atgcctgaaagtctcttcaatttattttttgactttctcatagaatgtgtaatttatggt
gattttaaaagctgccaacaaaaattattggattttaaagcacaatgtgtagatctcaaa
tgtaatgaagctatagattggaattgctcagataccacatacttgaataatttatactgg
attgcaattgttacaattaaatgccttattgcaacactcgctcatggtctaagaagtaca
catctccaaataaaatttctcgaaattttgataaaatgtaacttttataagaattttcca
ggtttcgttccaatctttccatttttgctacaagttataaaaattcttcaaaaaacaaat
gttacattagattttgcggcatttacggtatcagacaatgtatataattttgatacagaa
attcatagatgcattaatgatttaataagaactgaagattatactagcgcattaaaatta
tcaaatgtagcaggatttaattcgtctgaaataatcttagctcagtgccgaagtaaattt
aaatatcatatacaaaaaaatgagaaaattgaagataatttttggaacgagtgtgcatta
aattttaaaaaatacaacatttcatatgaaaaagcagcagaattttttgttgagcatgct
gaaaaagttacttctcataaagaaagatatgaaatattaaaactagcttttgaaacctta
aagaatattgaaacagagcaacaaggtgttgatgttcttgaaacagcaatgtggaaatca
tgtatgttagcaggtcctgaaaatgtgcaattagatgatggaccttatatcttcaataaa
ctaaaaacagaattgttatcaggattaaatgaattgaaatttggctataccttaagtaac
atacaagagaaaaatgcaattgaaagtttaattaatacattaattgacttaggtaaactg
gatacagcattaagaataagtacaatttttaattacaaacataaggatttacaaattctg
atgttatgtttgagtttagcagaaggtgaaatttcaccaaatgatttaaatattgaacaa
caaagtcttctgaaagaagtaaataagaataagcaacaaaaatacaatgccttaaagaat
cgtggtttacaaagattttcttcagcttcttcattgatcacttcaatcagtactgaaatg
aataaactaaaacatgaagatgttcatggaatacaaatggagtgtttatcaattttagaa
aaattacttaatatcctagaacatggagtagacatatgtcttcgcattgtattatgttat
aaattagccatgcaactggagaaaagttatcagttcttgttaatgttaaacaatccaatt
gaatttttacaagaaattacagaaagtgataatattagaaataaatctgaaattattaat
gatatagttattgcatataaaataaacaatgataatgttgcaacatttttggctgaaaat
atcactctaaatattaatcgtgcggtagaaggtggatatgaaaataacgtttgcttgtgg
ggatattccttaaatacaaattttcgtgttattatggaactatgcaatgatgtttcactc
cttggttggaaactcttaaaaacggcaaataaattgcttggacattctcatggcgaaaaa
acaagcgcatttactctgaagacaattgcagaattattaatacgtgctcatgattgtttt
acaacttcctgcaatatggaagggatagcatcagtattatgtaaatgtcaaattttcgca
aatgttttgcagaatcttaagtattggacattactagtacgtcttgtaacaggtgttggt
cgtttcacagaaatgaattatgtatttcaaattttaaaagaaaatgatcagtttgaattt
ttacttggaaaaggattaaataaggtaatagggctagaaacagcaattttggaattcttg
aagcgtcattgtcctgaaaataaagaactttttactctggtagctttacatttccaatta
tatcatgaactagcacatatgtggaaaaatgaagcgaaagatataattaatacaataata
tcagatgctacaaaagatcttatgaaattgcaaaatactgttcaacatgaaaaaaaattc
atcaaaactgaaaatattttgaaacagttacatttagctgttactaattatactcacgca
acagaatactatttacaggctaataaattaaatcttgctaatcaatgttccgatcaagta
caattagttgctctccaactttcactttttaatactgtgtcttataatcaacaagtaatc
tgtatacttaatttaaaacctggagatattgataaagtattatgtcataacttaagcttc
tctcaagcttttattgtcattcatgcgtataatcatcacgtagattgggctaatctgatt
tatagccattgtatattaaatggagaaaaaaaatatttgaaagattttatagcagcaaat
aagctcacccctggtcttgtaagaaactgtgtacgcaggcaagttaattattgttttaaa
gaaataatttatttttga
DBGET
integrated database retrieval system