Borrelia recurrentis: BRE_386
Help
Entry
BRE_386 CDS
T00769
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta' chain
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
bre
Borrelia recurrentis
Pathway
bre03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
bre00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
BRE_386 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
bre03021
]
BRE_386 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
bre03400
]
BRE_386 (rpoC)
Enzymes [BR:
bre01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
BRE_386 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
bre03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
BRE_386 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
bre03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
BRE_386 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RPOC_hybrid
Apocytochr_F_C
RnfC_N
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ACH94630
UniProt:
B5RRJ6
LinkDB
All DBs
Position
complement(417910..422043)
Genome browser
AA seq
1377 aa
AA seq
DB search
MKEIKDFEKIRIKIASPDQIRSWSYGEVKKSETINYRTLRPEKDGLFCERIFGTTKEWEC
YCGKFKSIRYKGIICDRCNVEVTHFKVRRERMGHIELSAPVAHIWYYKYIPSRIGLLLDI
TASNLNSILYYEKYIVIEPGDTDLKKMQLLNEDEYSEAKERYGMSFSASMGAEAIKTLLE
NLDLDELSSKLRLQMIDKDDKTDKKLLRRLEIIENFKISGNKPEWMIMDVLPVIPPEIRP
MVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLRKLLLLNAPEIIVRNEKRMLQESVDSLFDNSH
KRKVVKGTSNRPLKSLSDALKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPELKLHQCGIPAK
MALELFKPFVIRKLIESEAVFNIKRAKSLIEQEVDEVWQILDNVIKEHPVLLNRAPTLHR
LGIQAFEPVLVEGKAIKLHPLVCHAYNADFDGDQMAVHVPLTPAAQAESWALMLSTNNLL
NPANGHPIVFPSQDIVLGLYYLTMERKNVMGEGRKFSNFNHVLLAINNKSLDYNAQIYVK
VGEEYIKTTAGRVVFSEALPGKISFVNKTLSDYELQTLISEVYVIYGSSIVIEMLDIIKE
LGFRYATKFGCTISMSDIIVPQEKKVYVEKANREIAKIQNDYTKGVITGEERYNNVVSVW
SKTNEELTNKMMEILKKDRDGFNVIYMMADSGARGSRNQIRQLAGMRGLMAKTSGDIIEL
PIISNFKEGLSVIEFFISTNGARKGLADTALKTADAGYLTRRLVDIAQDVVVRIEDCGTI
NGIKVEALKNGEEIIEPLREKAVGSYSIERIKSPITGEIILDVNEEITEDKIKLLETVGI
DKLVIRSVLTCEAEHGVCQKCYGRDFSNNKPVSIGEAVGIIAAQSIGQPGTQLTMRTFHI
GGVAQAGSEDDKIALKNAFILNGLEGFNVQVDGGLLFTRKGVLRIINVIYEESIKKIKKL
KVSDSQKVIKGMSLFIDKSGVEVLSSHIGYIKIKDNKLMIVSEEQEISLKVGTRLEINVG
DYVEAGRVIGTFDPFAEPIIAEVKGKIKFKDIILGTTLKEEINLETGNIEKRITDQVFES
LDPRILIINDRGVEIASYVLPGDAYLQVEDGQDIDIGDIIAKLSKGSEKTQDITGGLPRV
NDLFETRIPKNLTEMAKVSGVVQFKAIQKGKRLINVIDEYGVEHKHYIPAGKHLLVRDGD
VVRAGDMLCDGRINPHDVLEILGGISLQEFLLAEIQDVYRKQGVSINDKHIGVIIKQMMK
KVKIVSVGDTNFVYNQKVDKHAFYEQNKRVIEQGGEPAVASPILIGITKASLNIDSFISA
ASFQETTKVLTDASIAGSIDDLRGLKENVVIGHLIPTGTGMNLYKRVKVRENSNSEV
NT seq
4134 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaagagataaaagattttgaaaagataagaataaaaatagcatctcctgaccaaatt
agaagttggtcttatggagaagttaagaagtctgaaactattaattatagaactttaaga
cctgagaaagatggtcttttttgtgagagaatttttggtacaactaaagaatgggaatgc
tattgtggaaaatttaagtcaataagatataaaggtattatttgtgatcgttgtaatgtt
gaagtgactcattttaaagtgagacgtgagagaatgggacatattgaactatcagctcct
gttgctcatatttggtattataaatatattccttctagaattggtcttttgcttgatatt
actgcttctaatttaaattctattctttattatgagaaatatattgtaattgagccaggt
gatactgaccttaaaaaaatgcaacttttaaatgaagatgagtattctgaagcaaaagaa
agatatgggatgtcttttagcgcttcaatgggtgctgaggcaattaaaactctacttgaa
aatcttgatcttgatgagctttcatctaagcttaggcttcaaatgattgataaagacgac
aaaacagataaaaaacttttaagacgtcttgaaattattgaaaattttaagatttctggt
aataaaccagaatggatgattatggatgttcttcctgttattccgccagaaattagacct
atggtgcaacttgatggtggtagatttgcaacttctgatttaaatgatctctacagaagg
gtaataaatagaaataatcgattgagaaaacttttacttcttaatgctcctgagattatt
gttagaaatgaaaaaagaatgcttcaagaatcagttgactctctttttgataattctcat
aagagaaaagttgttaagggcacatctaatagacctcttaaatctttatctgatgcgtta
aaaggtaaacaaggtagatttagacaaaaccttcttggaaagagagttgattattctggt
cgttctgttattgttgttgggcctgaacttaagcttcatcagtgtggtattcctgcaaag
atggctcttgagctttttaaaccatttgtgattagaaaattaattgagagtgaagccgta
tttaatataaaaagggctaaaagtttaattgaacaagaagtagatgaagtatggcaaatt
ttggataatgttattaaagagcatcctgtgcttttaaatagggctccaacccttcacaga
ttgggaatacaagctttcgagccagttttggttgaaggcaaggctattaaattgcatccc
cttgtttgtcatgcatataatgccgattttgatggtgatcaaatggccgttcatgttcct
ttaactcctgcggcacaggctgagagttgggctttgatgttgtcaactaataatttgtta
aatcctgcaaatggacatcctatagtatttccatctcaagatattgttttaggtctttat
tacttaactatggagagaaaaaatgttatgggagaaggacgtaagttttctaactttaat
catgttcttcttgcaattaataataaaagcttagattataatgcacaaatttatgtaaaa
gttggtgaggaatatataaagactacggcaggacgtgttgtatttagtgaagctttgcca
ggaaaaatttcatttgtaaataaaactcttagtgattatgaattgcaaactttaatttct
gaggtttatgttatttatgggtcttctattgtaattgaaatgttagatattattaaagag
cttggatttagatatgctactaaatttggatgtacaataagtatgagtgatattattgtt
cctcaagagaaaaaagtgtatgtagagaaggctaatagggagattgcgaaaattcagaat
gattataccaaaggtgttattactggagaagagagatataataacgttgtttctgtttgg
tcaaaaacaaatgaagagcttactaataaaatgatggagatccttaaaaaggatagagat
ggctttaatgtgatttatatgatggctgattctggtgctcgtggaagtagaaatcagata
cggcagcttgctggaatgcgaggattaatggctaaaacatcgggtgatattattgaactt
ccaattatctctaactttaaagaaggactgtctgttattgaattctttatatctacaaat
ggtgcaagaaagggacttgcagatactgctcttaagacagcagatgctgggtatttaacg
cgaagattggtagatattgcacaagacgttgttgttagaatagaagattgcggtactatt
aatggtataaaagttgaagctttaaaaaatggtgaggaaataattgaacctttacgagaa
aaagctgttggaagttattcaattgaacggataaaaagtcctattactggagagattatt
ttagatgtaaatgaagaaattacagaagacaagataaaattgttagaaacagttggtatt
gataaacttgttattagatctgttttaacttgtgaagctgagcatggagtttgccaaaag
tgttatgggcgggatttctcgaacaataaacccgttagcattggagaagctgttggaata
atagcagcacagtcaataggtcagccaggaacacagcttacgatgagaactttccatatt
ggaggagtggcacaagctggtagtgaagatgataagattgctcttaagaatgcttttatt
ctaaatggacttgaaggttttaatgttcaagttgacggaggattgctttttacaaggaag
ggagtcttaagaataataaatgtgatttatgaggagagtattaaaaaaattaagaaactt
aaggtttcagattctcaaaaagtaattaagggaatgtctttatttattgataaaagtgga
gttgaggtattatcatctcatattggttacattaagattaaagataataagttgatgatt
gtttctgaagaacaagagatttcactaaaggttggtacaagacttgaaataaatgttgga
gattatgttgaggctggacgtgtaattggaacatttgatccgtttgcagaaccaattatt
gctgaggttaaaggaaaaattaaatttaaagatattattttaggaacaactcttaaagaa
gagattaatcttgaaacaggcaatattgaaaagagaattacagatcaagtttttgaatct
cttgatcctagaattttgattattaatgatagaggtgttgaaattgcatcttatgtattg
cctggagatgcttaccttcaagttgaagatgggcaagatattgatataggagatatcatt
gcaaagctttctaaaggatctgaaaaaacacaagatattacaggtggtcttcctagagtt
aatgatttatttgaaacaagaattcctaaaaacttaactgaaatggctaaagtaagtgga
gttgttcaatttaaggcaattcaaaaaggtaaaagacttattaatgttatagatgaatat
ggagttgaacataagcattatattcctgctggaaaacatctcttggtgagggatggggat
gttgttagggctggagatatgctttgtgatggaaggattaatcctcatgatgttcttgaa
attcttggtggaattagtttgcaagaatttttattagcagaaattcaagatgtttatcga
aagcaaggtgtaagtattaatgataaacatattggtgttattattaagcagatgatgaaa
aaagttaaaattgtttctgtgggtgatactaattttgtttataatcaaaaggtcgataag
catgctttttatgaacaaaataaaagggttattgagcaaggtggtgaacctgcagtagct
agtccaattcttattggtataactaaagcatctcttaatattgattcatttatttcagct
gcttctttccaagaaacaactaaagtcttaacagatgcgtcaattgctggtagtattgat
gatctaagaggtcttaaggaaaatgttgttattggtcatttaattcctacaggaacggga
atgaatttatataaaagggtcaaggtgagagaaaattcaaattcagaagtctag
DBGET
integrated database retrieval system