Entry |
|
Symbol |
rpoB
|
Name |
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase, beta subunit
|
KO |
|
Organism |
camy Campylobacter porcelli
|
Pathway |
|
Brite |
KEGG Orthology (KO) [BR:camy00001]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
CSUIS_0598 (rpoB)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:camy03021]
CSUIS_0598 (rpoB)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:camy03400]
CSUIS_0598 (rpoB)
Enzymes [BR:camy01000]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
CSUIS_0598 (rpoB)
Transcription machinery [BR:camy03021]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
CSUIS_0598 (rpoB)
DNA repair and recombination proteins [BR:camy03400]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
CSUIS_0598 (rpoB)
|
SSDB |
|
Motif |
|
Other DBs |
|
LinkDB |
|
Position |
575982..580121
|
AA seq |
1379 aa
MLNSLYSGNRLRVDFSNVAKEIDVPNLLQLQKKSFDHFLNLDNSQTESGIEKVFKSIFPI
HDPQNRLSLEYVSSEIGKPRYTIRECMERGLTYSVNLKIKIRLIVHDRDEKTGEKIGVKD
IKEQEIFVREIPLMTDRISFIINGVERVVVNQLHRSPGVIFKEEESPTVVNKLIYTAQII
PDRGSWLYFEYDTKDVLYVRINKRRKVPITILFRALGYKKQDIVKLFYPMQTLKIQNNKF
LVKFNPDDFTGRVDYDIKDENGNILHQAGKRLTRKKADKLIEDGLKFIEYPLETLVNRYL
ASPVIDKDSGEVLYDTLTQLDESKIAKIANEQDSIEIANDLANGVDDAIINSFLQDYETL
KLLKQTESVEDENDLAAIRIYKVMRPGEPVVKEAARSFVNDLFFNPERYDLTKVGRMKMN
HKLGLNAPDYVTVLTNEDIIKTAKYLIKVKNGQGYIDDRDHLGNRRIRSIGELLANELHL
GFVKMQKAIRDKFTSLSNNIDEIMPYDLVNPKMITTTIMEFFTGGQLSQFMDQTNPLSEI
THKRRLSALGEGGLVKERAGFEVRDVHPTHYGRICPVETPEGQNIGLINTLSTYAKVNDL
GFVESPYRKVENGKVTNEIVYLTATQEEGHIIAPASTILDENGVIAEDLIEVRQDGEMIL
AKRDDVTLIDLCSGMVMGVAASLIPFLEHDDANRALMGSNMQRQAVPLLKSTAPIVGTGM
EAIVARDAWEAIKAKRGGVIEKVDNKNIFILGEDENGPYIDQYTMEKNMRTNQNTTFNQH
PIVKKGQKVEAGQIIADGSSMDQGELAIGKNALIAFMPWNGYNYEDAIVMSERMIRTDAF
TSVHIYEKEIEARELKDGVEEITRDIPNMKEEEIEHLDESGIVKIGTHIKPGMILVGKVS
PKGEVKPTPEERLLRAIFGEKAGHVVNKSLYAPASMEGVVIDVKIFTKKGYEKDSRSFQA
YEDEKNILEKEHHDRLLMLDREEMLRVTALLASNELQSELEVGKTTYKKGQKIKKEDLAN
INRFTLNSYVKNFNKDVQKSYEDMKAYFQNEKKKLKDEHDAKLEILEKDDILPSGVVKLV
KVYVATKRKLKVGDKMAGRHGNKGIVSNIVPDVDMPYLPDGRSVDIVLNPLGVPSRMNIG
QILESHLGLVGMRLGEQIQEIFDRKSKEWIKELRSKMIEIASVSRLMDAKAMLEKIDDDK
LIEYARDWASGVRFATPIFEGVKPEEFNKLFEMAKIDMDGKTELYDGRTGSKMAERVNVG
CMYMLKLHHLVDEKVHARSTGPYSLVTQQPVGGKALSGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLR
EMLTVKSDDVEGRWLAYKALTKGENVPSTGIPETFFVLTNELKSLALDVEIYDEDSNNE |
NT seq |
4140 nt +upstreamnt +downstreamnt
atgttaaatagcctttattctggaaatcgtcttagagtagatttttctaatgttgctaaa
gagattgatgttccaaatttattacaattacaaaaaaagagttttgatcattttttaaat
cttgataattcacaaactgaaagcggaatcgaaaaagtatttaaatctatttttcctatc
cacgatccgcaaaatagactttcacttgagtatgtcagtagcgagataggtaagcctaga
tacacaattagagagtgtatggaaagaggtttgacatattctgtaaatttaaaaataaaa
attagattaatagttcatgatagagatgaaaaaacaggtgagaaaatcggggtaaaagat
ataaaagaacaagagatatttgttcgcgaaattcctttgatgactgatagaatctcattt
attattaatggtgttgaaagagttgtagtcaatcaattacacagaagtcctggtgttatt
ttcaaagaagaagagagccctacagttgtaaataaattgatatatacagctcaaattatt
ccagatcgtggctcttggttatattttgagtatgatactaaagatgtattatatgtccgt
attaataagcgtcgcaaggttcctataaccatcttatttagagctttagggtataaaaag
caagatatcgtcaaactattttatcctatgcaaactctaaaaattcaaaataataaattt
ttagtgaaatttaatccagatgatttcactggtagagttgattatgatataaaagatgaa
aatggtaatattttacatcaagctggtaaaagattaactagaaaaaaagctgataaatta
atagaagacggtcttaaattcatcgaatatccacttgaaacactggtaaatagatattta
gctagtccagttatagataaagatagtggcgaagttttatatgatactcttactcagctt
gatgagagtaaaatagctaaaatagccaatgagcaagatagtattgagattgctaatgat
ttggcaaatggcgtcgatgatgctattattaactcatttttacaagattatgagacttta
aagctacttaagcaaactgaaagtgtagaggatgaaaacgatctagccgcaattagaatt
tataaggtaatgcgccctggtgagcctgtggttaaagaggctgctagaagctttgttaat
gatctattttttaatccagagagatatgatttaaccaaagttggccgtatgaagatgaac
cataaattaggtttaaatgcacctgattatgttacagttttgacaaatgaggatattatc
aaaactgccaaatatctcatcaaagttaaaaatggtcaaggctatatcgatgatagagat
cacttaggtaatcgtcgtattcgctctattggtgagcttttggctaatgagcttcatctt
ggttttgtcaagatgcaaaaagctattagagataaattcacaagccttagcaataacatt
gatgagattatgccttatgatttagtaaatcctaagatgataactacaactattatggag
tttttcactggcggtcagttaagtcagtttatggatcagacaaatccgcttagcgagatt
acgcataaacgcagattatcagcacttggcgaaggaggcttggtaaaagagagagctgga
tttgaagttcgtgatgtccatccaactcactatggtagaatttgcccagttgagactcca
gaaggtcaaaatatcggtcttataaacactctttctacatatgcgaaggtaaatgatctt
ggctttgtagaatccccatatcgcaaggtagaaaatggtaaggttacaaatgagattgta
tatcttaccgcaactcaagaagaaggacatatcatagctccagcttctacaattttagat
gaaaatggtgtgatagctgaggatttaatagaggttagacaagatggcgagatgattctt
gctaagagagatgatgttactctaattgacctttgtagcgggatggtaatgggcgttgct
gcctctttaatcccatttttagaacacgatgatgctaaccgtgctttgatgggttcaaat
atgcagcgtcaagctgtgccgcttttaaaatctactgctcctattgttgggactggtatg
gaggctatagttgctcgtgatgcttgggaggctattaaagcaaaacgaggcggtgttatt
gaaaaagttgataataaaaatatatttattttaggcgaagatgagaatggtccatatata
gatcaatatactatggaaaaaaatatgcgtaccaaccaaaatacgacatttaaccaacat
ccaatcgttaaaaaaggacaaaaagtagaggctggtcaaataatagctgatggctctagt
atggatcaaggtgagttagcaataggtaaaaacgcactgatcgcatttatgccatggaat
ggatataactacgaagatgccatcgtaatgagcgaaagaatgattcgcactgacgctttt
actagcgttcatatttatgaaaaagagattgaagctagagagcttaaagatggtgtagag
gagattactagagatattcctaatatgaaagaagaggagatcgagcacttagatgagagt
ggtatcgtaaaaatcggaactcatataaaaccaggtatgatcttagtaggtaaggtatct
ccaaaaggtgaagtcaagccaaccccagaagagagacttctaagggctatatttggtgag
aaggccggtcatgtggtaaataaatctttatatgctccagctagtatggaaggggtggta
attgatgttaaaatctttactaaaaaagggtatgaaaaagactcaagatcatttcaagct
tatgaagatgaaaaaaatattttagaaaaagagcatcacgatagacttttaatgcttgat
cgtgaagagatgttaagagttactgccttgttagctagtaatgaacttcaaagtgagcta
gaagtaggtaaaactacatataaaaaaggtcaaaagatcaaaaaagaagatctagccaat
ataaatagatttaccttaaattcatatgtaaaaaacttcaataaagatgtgcaaaaaagc
tatgaggatatgaaggcttattttcaaaatgagaagaaaaagctaaaagatgaacatgat
gctaagcttgaaattttagaaaaagatgatattttaccaagtggtgtagtgaagcttgtg
aaggtgtatgtggctactaaacgaaagttaaaagtcggagataaaatggcgggtcgccat
ggtaataagggtattgtatcaaatatcgtccctgatgtggatatgccatatttgccagat
ggtagatcggttgatattgtattaaatccactaggcgttcctagccgtatgaatatcggt
caaattttagaaagccatctaggtcttgtaggtatgagacttggtgagcaaattcaagag
atttttgatagaaaatcaaaagagtggattaaagagttaagatctaaaatgattgagata
gctagcgtatcaagactaatggacgctaaagctatgttagaaaaaattgatgatgataag
ctaattgagtatgcaagggattgggctagtggtgtaaggtttgctactccgatatttgaa
ggggttaagccagaagaatttaataagctatttgagatggcaaaaatcgatatggatggc
aaaacagagctatatgatggtagaactggatctaagatggctgagcgtgtaaatgtcggt
tgtatgtatatgctaaaacttcatcacttagttgatgaaaaagtccatgctagaagcacg
ggaccatatagtttagtgacacagcaaccagtcggcggtaaagccttaagcggtggtcag
agatttggagagatggaagtttgggctttagaggcttatggtgctgctcatactctaaga
gagatgctaactgtcaaatctgatgatgttgagggtagatggttagcttataaggcatta
accaaaggagaaaatgtcccaagtactggtattccagagacattttttgttttaacaaat
gagctaaaatctctagcgttagatgttgaaatttacgatgaggatagtaataatgagtga |