Candida dubliniensis: CD36_08560
Help
Entry
CD36_08560 CDS
T01140
Name
(RefSeq) pab1p-dependent poly(A)-nuclease, putative
KO
K12571
PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit 2 [EC:
3.1.13.4
]
Organism
cdu
Candida dubliniensis
Pathway
cdu03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
cdu00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
CD36_08560
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
cdu03019
]
CD36_08560
Enzymes [BR:
cdu01000
]
3. Hydrolases
3.1 Acting on ester bonds
3.1.13 Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
3.1.13.4 poly(A)-specific ribonuclease
CD36_08560
Messenger RNA biogenesis [BR:
cdu03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
mRNA cycle factors
P-body specific factors
CD36_08560
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Pan complex
CD36_08560
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
UCH_1
PAN2_N
RNase_T
UCH
WD40_CDC20-Fz
Beta-prop_THOC3
WD40_Prp19
ANAPC4_WD40
Beta-prop_WDR3_2nd
Beta-prop_WDR3_1st
Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
8045045
NCBI-ProteinID:
XP_002417500
UniProt:
B9W8T0
LinkDB
All DBs
Position
1:2012993..2016493
Genome browser
AA seq
1166 aa
AA seq
DB search
MDGWSEVLRIPSNVFATDNFNNPTTIANITSLQFDSVQNFIWCGDSKGYTRSFTGSFATN
SLYGNLQLYPYTKFHTSDVNSNNPIKQILSHREGILSLSGNAISFNSRRGLTKVQVTSKT
FDNNADKFDNLQAMTFNCNSFNDVVVGTDTSMMKFDLNKPNVLSSFDHQQGISLLNNSGK
FLTIANSNGSLDIFDPISNTTVKTFSAHNGFISNLDVRGNYIATCGYSIKPKRYHHHQPA
EYMVDPLVNIYDTRIMRAIAPVPFPAGASSVRFHPKLPNIIIIASPTGQMQFVDIFDQTN
VYLYQADLSIPTNTTTNTNTKPKMSNLEISENGDFLVFNDSCDNMHLWSISPSSKDFVNF
PQSIEQPDIIDSNIEIIDIDANVPLSIVGMPYYKELLLSNYPNDLRFVKETAKLPEPIDI
ELILENETQNGRKRFFPYDKLKYGPGNIYKPYQSLKENEQNNEISIPKFISERTTTTTTT
SEVDHDKYIDDSIFQYKSSGKSNKVPNCYSRLQIQYSKFGIKDFDFSYYNKTKECCGLEN
HTDNSYINSLLQLYRFQSSIYNRVVGSLSQEWLPNDVTTIATNPEGSSILNELGYLFDMM
FKAQSNNVKIYNLSQVLNHHPNAEKLLNNNELLNLNSQQVRDLVIEFNNFLLTNLHEDFQ
RQFDENFNLTELKYEIEIKGNGTSCPMYDKHQGSMFSLELITPPSNMLNKMSILINNPPH
YQSNNNNSDNNSLGNIRRNLNILTYLEYSMNQFKTIPCQQHNHSYPHNLEIRTSIVHLPS
VLTINVNLSNPEFKIINTFTQWLVPEFYAMKSKSGNGYSFKEIDSIPSPSLMTQESGKYK
YELLGYVCEINHQADIVNGGHNLVAFVKVNNDSWYLFNDFLVMPIPEEEVFDLQPSWKKP
IVIMYQRQTDQPQFNYLTTPSVFGNNYDDSILYRDHFAEGIRKGHQLEYKLLTQQESPIP
GSLVAIDAEFVMLKPEELEIHYDGYKKLIKPKQLSLARISVLRENGIPFIDDYIVHTSKI
YDYLTNFSGIEQDDLNLTLSKRENLVTLQTAYRKLWLLLNLGVIFVGHGLYNDFRTINLQ
VPEKQIRDTAVIYYKSDFKRQLSLKFLAYVMLKEKVQKGNHDSIEDANTALLLYKKYQNL
YNKEDFESILNYIYSEGQQLRFKVPE
NT seq
3501 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggatggatggagtgaagtattaagaataccgtcaaatgtatttgccactgacaatttc
aataaccccacgactattgccaatataacatcactacaatttgattctgtacaaaatttc
atttggtgtggtgattcaaaaggttatactagatcatttacaggatcatttgcaacaaat
tctttatatggaaatttacaactttatccttacacgaaatttcatactagtgatgtgaat
agtaataatcctataaaacaaatactatcccatcgagaaggaatattatcattactggga
aatgcaattagttttaatagtagaagaggattaaccaaagtgcaagtcacatccaaaaca
tttgataataatgcagataagtttgacaatctacaggcaatgacattcaattgtaattca
tttaatgatgttgttgttggaacagatacatcaatgatgaaattcgatttgaataaacct
aatgttttatcatcatttgatcatcaacaggggatttctttattaaataattcgggaaaa
tttttaactatagcgaatagtaatgggtcattagatatatttgaccctatatctaatacc
actgtgaaaacatttagtgctcataatggatttatttccaatttagacgttagaggtaat
tatattgctacttgtggttattcaatcaaacctaaacgatatcatcatcatcaacctgca
gaatatatggtggatccattggtgaatatatatgatacaagaataatgagagctatagca
ccagtaccatttcctgctggtgcttcatcagtaagatttcatcctaaattaccaaatatt
ataattattgcatcaccaacgggacaaatgcaatttgtggatatttttgatcaaacgaat
gtttatttatatcaagcagatttatcaatacctacaaacaccacaaccaataccaatacc
aagcccaaaatgtctaatcttgaaataagtgaaaatggtgatttcttagtgtttaatgat
agttgtgataatatgcatttatggtcaattagtccatcaagtaaagattttgttaatttc
ccccagtcaatagaacaaccagatattattgactccaatattgaaattattgatattgat
gctaatgtgccattatctattgttggaatgccatattataaagaattattattatcaaat
tatcctaatgatttgagatttgttaaagaaacagcaaaattacctgaacctatagatata
gaattaattttagaaaatgaaactcaaaatggtcggaaacggtttttcccctatgataaa
ttaaagtatggtccaggaaacatttataaaccttatcaatcattaaaagaaaatgaacaa
aataatgaaatactgataccgaaatttattagtgaaagaacaaccaccaccaccaccact
agcgaagttgatcatgataaatatattgatgatagtattttccaatataaatctctgggg
aaatcaaataaagtaccaaattgttattcaagattacaaattcaatattcgaaatttgga
attaaagattttgatttcagttattataataaaactaaagaatgttgtggattagagaat
catactgataattcatatattaattctcttttacaattgtatcgatttcaatcgagtata
tataatcgagttgttggatcattatcacaagaatggttacctaatgatgtcactacaatt
gccactaatcctgaaggttcttcaatattaaatgaattaggatatttatttgatatgatg
tttaaagctcaatcaaataatgttaaaatttataatttaagtcaagttttaaatcatcat
cccaatgcggaaaaactacttaataataatgaattattaaatttaaattctcaacaagtt
cgagatttagtaattgaatttaataattttttattaactaatttacatgaagatttccaa
cgacaatttgatgaaaatttcaatttaaccgaattaaaatatgaaattgaaattaagggg
aatggtacttcatgtccaatgtatgataaacatcaaggatcaatgttttccttagaattg
attactccacccagtaatatgttgaataaaatgagtattttaattaataatcctcctcat
tatcaatcaaacaacaataatagcgataacaatagtcttggtaatattagaagaaattta
aatattttaacttatttggaatattctatgaatcaatttaaaacaattccatgtcaacaa
cataatcattcatatcctcataatttagaaattcgtaccagtattgttcatttaccatca
gtattaaccatcaatgttaatttatcaaatccagaatttaaaattataaatacttttact
caatggttagtaccggaattttatgctatgaaatcaaaatctggtaatggatattcattt
aaagaaattgattctatcccatctccatctttgatgacacaagaatcagggaaatataaa
tatgaacttttagggtatgtttgtgaaataaatcatcaagctgatattgttaatggaggt
cataatttagtagcatttgttaaagttaataatgatagttggtatttatttaatgatttt
ttggttatgcctatacctgaagaagaagtatttgatttacaaccttcatggaagaaacca
attgttataatgtatcaaagacaaactgatcaaccacagtttaattatttaaccactcct
tctgtttttggtaataattatgatgatctgatattatatagagatcattttgctgaaggg
attcggaaaggtcatcaattggaatataaattattaactcaacaagaatcaccaattcct
ggttcattagttgctattgatgctgaatttgtcatgttaaaacctgaagaattagaaatc
cattatgatggatataaaaaattgattaaaccaaaacaattatcattagctagaatatca
gtattaagagaaaatggaatcccatttattgatgattatattgttcatacttccaaaatt
tatgattatttaacaaattttagtggtattgaacaagatgatttaaatttaactttaagt
aaacgagaaaatcttgttactttacaaacggcctataggaaattatggttattattaaat
ttaggagtaatatttgttggtcatggattatataatgatttccgaactattaatttacaa
gttccagaaaaacaaattcgagatacagcggtgatttattataaatctgattttaaaaga
caattaagtttgaaatttttagcttatgtgatgttaaaagaaaaagttcaaaaagggaat
catgattcaattgaagatgctaatacagcattattgttatataaaaaatatcaaaattta
tataataaagaagattttgaactgatattgaattatatatattctgaaggtcaacaattg
agatttaaagttccagaataa
DBGET
integrated database retrieval system
