Ciona intestinalis (yellow sea squirt): 100176922
Help
Entry
100176922 CDS
T01056
Name
(RefSeq) ATP-binding cassette sub-family A member 3-like isoform X3
KO
K05643
ATP-binding cassette, subfamily A (ABC1), member 3
Organism
cin
Ciona intestinalis (yellow sea squirt)
Pathway
cin02010
ABC transporters
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
cin00001
]
09130 Environmental Information Processing
09131 Membrane transport
02010 ABC transporters
100176922
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
02000 Transporters [BR:
cin02000
]
100176922
Transporters [BR:
cin02000
]
ABC transporters, eukaryotic type
ABCA (ABC1) subfamily
ABCA1, 2, 3, 4, 7, 12, 13 subgroups
100176922
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
ABC_tran
ABC2_membrane_3
R1_ABCA1
AAA_21
AAA_15
AAA_23
RsgA_GTPase
TK
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
100176922
NCBI-ProteinID:
XP_018668972
LinkDB
All DBs
Position
9:2212110..2241749
Genome browser
AA seq
1920 aa
AA seq
DB search
MQVKNAIKYGILGANSIRLTSQYYTCLIDLHITFIDTKFKTLSSSTALEPFLLFYQFFFH
STIFQIATDSKPAPGSKMHAWDQFCLLFWKNFVLQKRRPIATVIELLLPLLFAVLLVIIR
QEVDVTNYPNITTWREFSVNNLPEFPYSVVPEDEHFNIAYVPNNIQGIHDVMDSVKTRLN
NVPRSRIEKKCNIDINEIKTLLANLDQDTPADQMVDSLPSGMKQVLEDVALESNTTASNL
VFDAIISGNVDELMKKVSSRYMTQTMECLVSQLPQDQQDMMDLFSSTSNVTENSRTNSSS
NLTSAFKSLISFFGVVPKINLISFPTEEDFLLYVKNDTNLKKTLAGVIFTGEFPDNTFSN
NVKITFRFHCDPISSSVKDGAKFTGITDTWKTAKLFPGFQLPGPRSVNSSRGGKPGYYDE
GFLALMHGVNMGIADTLTNTSILDNMVLKRFPFPPYIMDTFVIAIQRTLPLLVMLSFFYT
SLVIVRSVVLEKESKMKEYMMMMGLSNWLHWLAWFVKYLIFLSISCFGMAGFYKIQTSAG
SVLTYSDITVVFVFLFAFSAATITLCFLISVFFSKANVAAAAGGTLYGLTYMPYLFMENS
YSMLSHPVKLISCLLSNVAMANGCQLFGMFEGKGTGIHWYNINQGVTVDDNFTLLEVILM
LLLDAVLYMVLAVYIEGVWPGEYGIPKPWYFPFMKSYWFGVTTTGKYNPVGTEVGEENEI
FADNSINGNDKEYFEDEPNNLRKVVEIKGLRKVFKGNKEKVAVDNLNINMYEGQITVLLG
HNGAGKTTTMSMLTGFFPPTSGDAKIMGHSILDDMKGVRESLGLCPQFNILFDLLTVDEH
LYFFARLKGIAKSEVKKECDDMRNILKLNDKASAQSCTLSGGMKRKLSVGIALSAGSKYV
ILDEPTSGMDPAARRAIWEVLQLSRHKCSILLSTHFMDEADLLGDRIAIMAEGKLRCTGS
SVFLKNKFGVGYHVVLTKTPSCDVAKVDEIFRSHVKESKLERTAGGEISFVLPFDSSSSF
PKLFQTLEQDAGALGVTNFGATVTTMEEVFLRVTEDANTAVQSVSRRLSFSKSEVVHGSP
KLGSAPTNVVPSKQYLHSSLKYNDGVALWFQQFYALLIKRLLHSKRNYKVAVAQILVPVF
FAIISIMNAKFPPFEQKNVPLDLSVDQYGPNNVWYNFTPNSPLSADLSQSYKSAFKGLES
AYEVNEDIELFLANKYLKEGGDFNTENLIAGSFLTNTATNTSKSIAWFNNQAYHTPASTL
LYMDQAYIRMVGDGVYKNFTMEIWNSPLPRNSTNRVQEQLLGSLSGFLIAFNIVLGFSFL
AASFCIFLVRERVDRSSLLQALAGVDPVCFWMSTFTWDFINFITPCLLTMIMFAAFSVTE
FTNHAGIAILLFILYCWASLPLMYVLSMFFQVPSTALVRITILNIITGLASIITVNVLRL
LSLNKEANILDWVFLLMPQYCLGQGLADLYANDQMVNICTSDPFLEIYCREMGFDFQTNF
LAWNQYGVGRFATFLGSQGVVFFIILFMVEFDVVQRAWNSFKIRHNSTQKPMMAALSALL
EDDDVAEERDRINNTDLPNLVVTDRLIIKNLRKVYKSGSTSHVAVDQLCVGIPEAECFGL
LGINGAGKTTTFKMITGDYRPTSGSAFLDGYDVRTQLRMAQQRMGYCPQFDALIEQMTGA
ETLRMFARLRGVPESDIPACINNLGRILHFSEHIDKPCETYSGGNKRKLSTAIALVGNPP
VVLLDEPSTGMDPGAKRMLWDAIAAVRSSGCSIVITSHSMEECEALCTRLAIMVNGKLRC
LGGPQHLKSKFGEGYTIEMKVKSNPGLSKVYMEDNFPGSTLKDEHQGLLTYHVPQYKVDG
SNLNLSMVFELMEQGKSESKISDYTVSQTSLEQVFLSLVRWQREATEVDLSSSSANEATA
NT seq
5763 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgcaagttaaaaatgccattaaatatgggatattaggtgctaacagcatccgtcttacc
tcgcagtactatacatgcctaattgatttacatattacatttatcgatacaaagtttaaa
actttatcttcttctacagcgctggaaccttttttgcttttttaccaatttttctttcat
tcaactattttccagattgccacggatagtaagcctgcaccaggctccaaaatgcacgcc
tgggaccaattttgtttgctgttctggaaaaactttgtgttacaaaagcgaaggcctatt
gcaactgtaattgaacttttactacctcttctattcgctgttttactcgtgattatacga
caagaggttgatgttaccaactatccaaacataacaacttggagggagttctctgtaaac
aatctgcctgagtttccgtattcagttgtgcctgaagatgaacatttcaacatagcttat
gtgccaaacaacatacaaggaattcatgatgtcatggattctgttaaaacaagactaaac
aatgtgccaaggtctagaatagaaaagaaatgcaacattgacatcaatgaaataaagact
ttattggcaaatcttgatcaagataccccagctgatcaaatggttgattctctgccatct
ggtatgaagcaagtgttggaagatgtggcattagaatcaaacacaactgccagcaacctt
gtatttgatgccattataagcggcaatgttgatgaattaatgaaaaaggtttcatcgaga
tacatgacgcaaactatggaatgcctggtaagtcaattaccacaagatcaacaggatatg
atggatttgttttcaagcaccagtaatgtcactgaaaattctcggaccaactcatctagc
aacctgacctctgctttcaagtcactcatttcattctttggcgttgttcctaaaataaac
ttgatctcttttccaactgaagaagatttcttgctttacgtaaaaaatgacacaaacctt
aaaaagactcttgccggcgttatctttactggcgaattcccagataatactttttcaaac
aatgtgaaaattacttttcgttttcactgtgaccccattagttcttcagtaaaagacggc
gcaaaatttactggaatcactgatacatggaaaactgcgaagttatttcctggttttcaa
ctccctggtcccagatctgttaattcatcccgtggtggaaaacctgggtactatgatgaa
ggattccttgcactgatgcatggtgtgaacatgggtattgcagacactttaaccaacact
tctattcttgacaacatggttttaaaaaggtttcctttcccaccctatattatggatact
tttgttattgcaatccagcgtacgctaccactactagtaatgttaagtttcttctatacc
tctctggtcatcgtgcgtagtgttgttcttgaaaaggagtcaaaaatgaaggaatacatg
atgatgatgggattatcaaactggcttcactggttagcttggtttgttaaatatttgata
tttctttcaatttcctgctttgggatggctggtttctataagattcagaccagcgctgga
agtgttttgacttatagtgacatcacagttgtgtttgtttttctattcgctttttctgca
gcaacaataacactttgtttcttaatatctgtgtttttctctaaagctaacgtagcagca
gctgcaggaggaacattatacggcctcacatacatgccatacctattcatggaaaacagc
tacagcatgttaagtcacccggtcaagcttatatcttgtctactatccaatgtagcaatg
gcaaatggttgtcaactctttggaatgtttgaaggcaaaggcacaggaatacattggtat
aacatcaaccaaggtgttacagttgatgacaacttcactttacttgaggttattctcatg
ctactattagatgcagtgttatacatggtacttgcggtttacattgagggtgtgtggcct
ggtgaatatggaatcccaaaaccttggtattttccattcatgaaatcttactggtttgga
gttacaactaccggtaaatacaacccagttggcacagaagttggagaagaaaatgaaata
tttgccgataattcaataaatggaaacgataaggaatattttgaagatgaaccaaataac
ttgagaaaagttgtcgaaattaaagggttacgaaaagtgtttaaaggcaacaaagaaaaa
gttgcagttgacaatcttaacataaacatgtatgaaggtcagataactgtcttgcttgga
cataacggagctggcaaaacaacaaccatgtctatgcttactggattcttcccccccaca
agtggtgatgcaaagataatgggtcacagtatattggatgatatgaagggagttagagaa
tcacttggtctttgtcctcagtttaacattctctttgatttgttgacagtagatgaacac
ctgtatttctttgcaaggttgaaaggaatcgcaaaatctgaagtgaaaaaggaatgcgat
gatatgagaaatatattaaaactcaacgataaagcttctgcccagtcatgtacattgtca
gggggaatgaaaagaaaactttctgttggaattgctctttctgctggatctaaatatgtc
atattggatgaaccaacatccggaatggatcctgctgctcgaagagcgatctgggaggtc
ctccagttgtcccgacacaaatgttcgattcttctttcaactcattttatggacgaagct
gatttacttggagacaggatcgctattatggcagaaggaaagctacgttgtacaggttca
tcggttttcttgaaaaataagtttggtgttggataccatgttgtgcttaccaagactcca
agctgtgatgttgctaaggttgatgaaatatttcgatcccatgttaaagagtcgaagttg
gaacgaacggctggaggagaaatttcttttgttcttccttttgattcttcttcatccttt
cctaagctcttccagactcttgaacaggatgcgggagcgcttggcgtcaccaatttcgga
gcaactgttacaactatggaagaagtatttcttcgggtcactgaggatgcaaacactgca
gtacaaagtgttagcagaagattatctttctctaaatcggaagttgtacatgggtcacct
aagttgggtagtgcgcctaccaatgttgttccatcgaaacaatacttgcattcttcactc
aaatacaacgatggtgttgctctatggttccaacagttttatgccttactcattaaacga
ctgttgcattcaaaaagaaattacaaggttgctgttgcccagatattggttccagttttc
tttgcaataatttcaatcatgaacgcaaagtttccaccttttgaacaaaagaacgtccca
cttgatctctctgttgatcagtatggtcccaacaatgtgtggtacaactttaccccaaat
tcccctctatctgctgacttgagccagtcctacaaatctgcttttaaaggtttggaatca
gcatatgaggttaatgaagacattgagttatttcttgccaacaaatatttaaaggagggt
ggagactttaacacggagaacctgattgctgggagttttcttacaaatacagccacaaat
acatcaaaaagtatagcttggttcaataaccaagcataccacacaccagcttctacattg
ctgtatatggaccaggcttatataagaatggttggtgatggcgtgtataagaattttaca
atggaaatatggaactctccactaccacgcaattcaactaatagagtgcaggaacaactg
ctagggtcattatctggcttcctgattgcttttaacatcgttcttggattttcttttctc
gctgcatcgttttgcatcttccttgtaagagagagagtcgaccgatcttctctcctccaa
gctcttgccggagttgatcccgtttgcttctggatgtcaacgttcacatgggatttcatc
aactttatcactccgtgcttgctcactatgataatgtttgctgccttcagtgtgaccgaa
ttcaccaaccatgctggcattgcaatacttctattcatactttactgttgggcttcccta
cccctgatgtacgtactgtccatgttctttcaagttccctccacagctcttgtccgaatc
actatacttaacatcatcacgggactggcatctattatcactgtcaatgtgctacgatta
ctttcactaaataaagaagcgaatattcttgactgggtgtttctactcatgccacaatat
tgcttgggtcagggtttggcagatttgtatgcaaatgatcaaatggttaatatttgcact
tcggatccattccttgaaatctactgcagagagatgggatttgactttcaaaccaacttc
cttgcatggaaccaatatggagttggaagatttgcgactttccttggatctcagggtgtt
gtcttctttattattctcttcatggtagagtttgatgttgttcaacgtgcatggaactca
tttaagattagacacaacagcacgcagaaaccaatgatggctgcgttatcagctttgctt
gaggatgatgatgtagcagaggagagggatcggatcaacaacactgatcttccaaatcta
gtcgtcactgatcgacttatcataaaaaatcttcgaaaagtttataaaagtggttccacg
tctcatgtagcggttgaccagttatgtgttggaataccagaggctgaatgctttggttta
ttagggataaacggagccggcaaaacaacaacttttaaaatgataaccggagattatcga
cccacaagtggaagtgctttccttgatggatatgatgttaggactcaactaagaatggct
caacaaagaatgggatattgcccacaatttgatgctctcattgagcaaatgacgggcgct
gaaacccttcgtatgtttgcccgtttacgtggtgtgcctgaatctgatataccggcgtgt
atcaataacttgggtaggatccttcacttcagcgaacacattgacaaaccttgtgaaaca
tacagtggtgggaacaaacgaaagttgagcacagcgattgctctcgttggtaatcctcct
gttgtcctcctggatgagccgagcacagggatggatcctggagcaaagaggatgttgtgg
gatgctattgctgcagtgaggagcagtgggtgctctattgttatcacatctcacagtatg
gaagaatgtgaagcactttgtacaagactagcaatcatggtgaacggaaaactacgatgt
cttggtggacctcaacaccttaagagcaagtttggtgaaggttatacaattgaaatgaaa
gtgaaatcaaaccctggactttctaaagtatacatggaagacaatttcccaggcagtaca
ttaaaagatgaacatcagggccttctcacatatcatgtccctcaatataaagttgatggt
tcaaatctcaacctatctatggtgtttgaactgatggaacaaggaaaatctgagtcaaaa
ataagcgattacactgtatcgcaaacctcattagagcaagtgttccttagtttagttcgt
tggcaacgagaagctacagaagtcgatttatcctcaagttctgccaatgaagctacagca
tag
DBGET
integrated database retrieval system