Colwellia sp. PAMC 21821: A3Q33_15235
Help
Entry
A3Q33_15235 CDS
T04816
Name
(GenBank) ATP-dependent helicase
KO
K03578
ATP-dependent RNA helicase HrpA [EC:
5.6.2.6
]
Organism
colw
Colwellia sp. PAMC 21821
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
colw00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
colw03019
]
A3Q33_15235
Enzymes [BR:
colw01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.6 RNA 3'-5' helicase
A3Q33_15235
Messenger RNA biogenesis [BR:
colw03019
]
Prokaryotic type
Bacterial mRNA degradation factors
Other RNA degradation factors
Others
A3Q33_15235
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DUF3418
OB_NTP_bind
Helicase_C
HA2_C
DEAD
AAA_19
AAA_22
nSTAND3
HA2_N
ResIII
NACHT
AAA_23
AAA_30
ABC_tran
AAA_11
TsaE
NTPase_1
T2SSE
UvrD-helicase
SRP54
Spiralin
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ARD46694
LinkDB
All DBs
Position
3613562..3617530
Genome browser
AA seq
1322 aa
AA seq
DB search
MNKANKNVTLKSLFDLLDQVKLSDKARIRNRLLGVKKITDQSKQEKSLQQIAKSIEQSIA
NKQLRLANLPKVSYPEGLPVSQNVDVIAKAIAENQVVIIAGETGSGKTTQIPKICLQLGR
GIDGIIGHTQPRRIAARTVANRIADELNTKLGDAVGYKVRFNDQVGEQSYIKLMTDGILL
AEMQKDRLLRQYDTLIIDEAHERSLNIDFILGYLRQILPKRPDLKVIITSATIDPEKFAQ
HFASATGVPAPIIEVSGRTFPVEMRYRPLNELNEDSDSDADIISGILNAVDELSSENRGS
ESDGDILVFLNGEREIRDTARALEKANLRHTNVLPLYSRLTVAEQNLIFKPHSGRNIVLA
TNVAETSLTVPGIKYVIDPGTARISRYSYRTKVQRLPIEAISQASANQRAGRCGRVSSGV
CIRLYAEDDFLNRPEFTDPEILRTNLATVILQMLALDLGEIADFPFVQPPDNRNINDGVK
LLEELAAIDADSTRVKLTPIGRSLSKFPIDPRLAKMILTAADLGCIEQIFIIVSALSIQD
PRERPHEKQQAADEKHGRFKNKQSDFVGLLKLWSYVEEQQKLLTNNQFRRLCQKEFLSYV
RIREWQDIYSQLTHSLRELKIPMSRIELDLSEEAEKNATNSNLDIVHQAILSGLLSHLGQ
QDENREYKGARGSKFFIFPGSALAKKSPKWLMAAELVETSRLFARMAAKIDPLWLEPLAP
HLVKRSYSEPHWEKKQGAVMAFEQVTLYGLIIVGKRSVNFNKIEPDTCREIFIREALVNG
ESTIKEAFLKENRQLVDEIEVLEQKARRKDFLIEEQQLVDFYNEKLPETAICQRSFLAWW
KKQKQSDAKLLNFTKAFLLKESAVKLSANEYPETWQQGSLTLPLSYHFSPGDADDGISVM
IPVGILNQVENTGFDWLIPALRLELITALIRSLPKSLRRNFVPAPNYAEACLAAISNTDI
TLAAALEKQLLRMTGVRLPEDAWQGAELVPHLLMNFKIVNEHGKLLKEGRNLDELKDSLQ
GRVQASIKKVADKGIERSDIAQWDFKNLPKSYEKKVANITIKAFPALVDKNKSVAIELFE
HESLAEQAMLDGVSRLILLNIPSPLKYLQEKLPNKAKLGLYFNPFGSINDLLDDCIVAGC
QFLVNEYGDLPRAQAEFDACKEYVRAEIADCVLSAAIKVERVLSLAHDVRKKMKGKMSLN
VVQSQGDIKSQLETLVFKGFITKAGYQRLDDIARYLTAMLRRLEKLQIDPNQDRLKMIEV
EKVQKALDAVVAQQPKGQPLSKALVQGYWMIEELRVSLFAQNLKTPFPISAKRVLNYLKE
NA
NT seq
3969 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
attaataaagctaataaaaacgtcacgttaaagtcactttttgatcttttagatcaggtt
aagttatctgacaaagcgcgtattagaaaccgcttattgggcgttaaaaaaataactgac
caaagtaagcaagagaaatccttgcagcaaatagctaagtcgatcgagcaatcgatagcc
aataagcaacttcgcctggctaatttacctaaagtaagttacccagaaggcttgccggtt
tcacaaaatgttgatgttattgccaaagctattgctgaaaaccaagtggtgattattgcg
ggtgaaactggctcaggtaaaacgactcaaattccaaaaatatgtttacagcttggccgc
ggtatcgacggtattattggtcatacacagccgcgccgaattgcagcaagaacggtagca
aaccgaattgcagatgagctaaacaccaagttaggcgacgcggtaggttataaagttcgc
tttaacgaccaagtgggtgaacaaagttatattaaactaatgaccgacggtattttgctt
gctgaaatgcaaaaagatcgcttgttacgccaatacgacacgttaattattgatgaagcg
catgagcgtagtttaaatattgattttattctcggttatttacgccaaatattgcctaaa
cgcccagatctaaaagttattattacctcggcgacgattgaccctgaaaaatttgctcaa
cattttgccagtgccaccggtgttcctgcgccaattattgaagtgtctggcagaacattc
ccggttgaaatgcgctatcgtccactgaatgaactaaacgaagacagtgacagtgatgca
gatattatttccggcattcttaatgccgttgatgagcttagttcggaaaaccgtggttca
gaaagtgatggcgatatattggtttttcttaacggtgaacgagaaattagagataccgca
cgagcattagaaaaagctaatttacgccataccaatgtgttgccgttatattctcgatta
acggttgccgaacaaaacttaatatttaaaccacatagcggccgtaacatagttttagcc
actaacgttgccgaaacaagtttgacggtgcccggtattaaatacgttatcgacccaggc
acagcaaggatttcgcgctacagttatcgcactaaagtacaacgtttgcctattgaagcc
atttcacaagccagtgcaaatcagcgagccggtcgttgtggtcgtgtgtcttcaggtgtt
tgtattcgcctttatgcagaagatgactttttaaatcgtcctgaatttaccgaccctgaa
atacttcgtacaaacctagcgaccgttatattgcaaatgctagccttagacttaggcgaa
attgccgactttccgtttgtacagccaccagataaccgtaatattaatgacggtgtaaaa
ttattagaagagctagccgcaattgatgccgattcaactcgggttaagttaacaccaata
ggacgctcgttatctaaatttcctattgacccgcgtttagccaaaatgattttaaccgca
gcagatttaggctgtattgaacaaatatttattattgttagtgctttaagtattcaagac
ccacgtgaacgtccgcatgaaaaacaacaagcagcagatgaaaaacatggtcgatttaaa
aacaaacaatcagactttgttggtttattaaaactgtggagctatgttgaagaacagcag
aagcttttaacaaataatcaatttcgccgcttgtgtcagaaagagtttttgtcgtatgtg
cgtattcgtgaatggcaggatatttatagccagttaacgcattcgttgcgagagttaaaa
attccgatgagccgtatcgaattggacttatcagaagaagctgaaaaaaatgccactaat
tcgaatttagatattgtgcatcaagctattttgtcaggtttgttgagccatttaggtcag
caagatgaaaatagagagtacaaaggcgctcgcggcagtaagttttttatcttcccaggc
tcagccctcgctaaaaaatcgcctaaatggttaatggcagcagagttagttgaaactagc
cgtttatttgctcgtatggccgctaaaattgacccgctatggcttgagccattagcacca
cacctagttaaacgcagctacagcgagccacactgggagaagaagcagggcgctgtaatg
gcgtttgaacaagtaacactctacggcctgattattgtaggtaagcgcagtgttaacttt
aataaaattgaacctgacacttgtcgtgaaatatttatccgtgaagctttagttaacggc
gaaagtacgattaaagaagcatttttaaaagaaaatcgccaactggttgatgaaattgaa
gtcttagaacaaaaagctcgacgcaaagatttcttgattgaagaacagcagttagttgac
ttctataatgaaaaattgcctgaaactgctatttgtcagcgcagctttttagcttggtgg
aaaaagcaaaaacaatctgatgctaagctattaaactttaccaaagcctttttgttaaaa
gaaagcgcggttaaattatcggctaatgaatatcctgagacttggcaacaaggcagttta
acactaccgcttagttatcattttagcccaggtgatgcagatgacggtattagcgtcatg
atacccgtaggtattttaaaccaagtagaaaacaccggttttgattggttgattcctgct
ttgcgacttgagctaattacggcactgatcagaagcttacctaagtcattaagacgtaac
tttgtacccgcgccaaactatgctgaagcctgtttagcggcaatatctaacaccgacata
acgttagccgctgcgcttgaaaaacagttattaagaatgacgggagtgcggttacctgaa
gatgcttggcaaggcgcagagcttgtgccgcatttattaatgaattttaaaattgttaat
gagcatggcaagttacttaaagaagggcgtaaccttgatgagttaaaagatagcttgcaa
ggcagggtacaagcgtcgattaaaaaggtggctgataaaggcattgagcgcagcgatatt
gcgcaatgggattttaaaaacttacccaaaagctacgagaagaaagtcgcgaatatcact
ataaaggcctttcctgcgttagttgataaaaataagtcagttgcaattgagctctttgag
catgagagcttagctgaacaagccatgcttgatggtgttagccgacttatattattgaac
ataccttcaccactaaaatatttgcaggagaagttacctaataaagctaaattagggctg
tatttcaatccttttggctctataaacgatttactggatgactgtattgttgcgggctgc
caatttttagtcaacgaatacggtgatttaccgcgcgctcaagctgagtttgatgcttgc
aaagaatatgttcgtgccgaaattgctgattgtgtattaagtgccgcgattaaagtcgaa
cgcgtattaagtttagcgcatgatgtacgtaaaaaaatgaaaggtaaaatgtcgttaaat
gtagtgcagtcgcaaggcgatattaaaagccagttagagactctagtttttaaaggcttt
attactaaagcaggatatcaacgtttagatgatattgctcggtacttaaccgctatgcta
cgacgtttagagaaattacaaatagacccaaatcaagaccgattgaaaatgatagaggtt
gaaaaagtacaaaaagcgttagatgctgttgttgctcaacaacccaaaggacagccttta
agtaaagcattagtgcagggatactggatgattgaagagttgcgagtatcacttttcgcg
caaaacttgaaaacaccgtttccaatctcagctaagcgggtattgaactacctaaaagaa
aatgcataa
DBGET
integrated database retrieval system
