Candidatus Carsonella ruddii DC: CRDC_00965
Help
Entry
CRDC_00965 CDS
T02774
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
cri
Candidatus Carsonella ruddii DC
Pathway
cri03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
cri00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
CRDC_00965 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
cri03021
]
CRDC_00965 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
cri03400
]
CRDC_00965 (rpoC)
Enzymes [BR:
cri01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
CRDC_00965 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
cri03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
CRDC_00965 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
cri03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
CRDC_00965 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Biotin_lipoyl_2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AGS06677
LinkDB
All DBs
Position
complement(153097..156993)
Genome browser
AA seq
1298 aa
AA seq
DB search
MFRFKNYMINKLFKKIAIKIASPSKILEWSYGEIKNSNFINFKNFKPEISGLFCLKIYSS
YNLCCNNKKCFCDKTNKYLNLKKSHLSYRFGHIVLCYPVIHIWFIKTPPNNVSSITGLSN
KIIEKVINFKIKIILRSFNKKFKKYSIVLYEKKNFEFYSLSGSYAILKLLSDVEILLDCK
IIKRKLAKCNSFILLFFFLQKINKIYIYYLSGNKPSWFCITILPVVSPKIRPLIPLSVGK
FATSDLNELYKRIIDRNIRLKNFKILKMPKQIIINERVLLHESVNALFDNEKINTPFLTN
SKRILKSFSSSIRGKYGRFRQNLLGKRVDFSGRTVISVGPNLKLYQCEIPIFIALELFKP
FIFKELNYRNLLSNICFIDDFYNNNKKLSILFLKKICRNFSIILNRAPTLHRMGIQSFKI
LLTQDKTIKLHPLVCLSYNADFDGDQMAIHLPLTISSQIESNYLLLSINNIISPSNGEPI
IIPTQDIVMGIYCLTNNYNSKKIRFYSINDVCCFFNKNKKNITKNIVLFYKKNFLDTTIG
RIIFFSILSKSININFINKVARKKDLTYIVKYFFDFFGVEKTINVLDKIKKIGFFFSTYF
GISISYCDLFDIKNRNSLLKSIKKIKYLSNIFNLINVLENLFLNLIIKNFVLKKNSLNIN
NVYIMLDSGSRGSLLQIKQLLSFRGFFSKSNGDIIVNPILDNLKIGLTMKSYFISTYGAR
KGLTDTSLKTANSGYLTRKLIDVMQDVVIYKINCETKVGVEILLYKYKTISSLYKKIFGR
VILEDIFFKNKLIIKKNTFINNKILFLILKKRIISIILRSILFCVSSRGICSFCYGSNLI
NNTLIQIGVPVGIISAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVANYFFSYEFLECKYSGYLYIKNSK
CLLNELGELIILNNKSILSIENKNHKKIVYKLLYGDIILFRNGCFIKKNKKIKNFIDNFY
IYAENSGFIFIKGICKKVYCSIDNKFYDKTVSNNIIIVKNTLFEKKYFIPRNFLITKQNF
NFVIPGSIIAKIIAVNEIKSNIIGGLPRLSELFEARIPKKKALLSDIDGVVRILHLLNEK
INIVITSKYGFYKTYDIDSMKKLYINNGDYVKTGDILTDGKPDLNDLIKLVGINYLMDFF
VKEVNSIYEPQGIYINEKHIELVLKQMTKKVKILYSGECFFMQNDVLYLEDVLAENINTL
KFSKKISLYERVVIGITKVSLDSVSFFSAASFQETTKILLDSAIRNRVDYLLGLKENVVV
GRLIPAGTGMGNHFFVKKKSENKIDIIKKKNFKLYIYN
NT seq
3897 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
gtgtttagatttaaaaattatatgattaataaattatttaaaaaaattgctattaaaata
gcctcaccatctaaaattttggaatggtcttatggagaaattaaaaattccaattttata
aattttaaaaattttaaacctgaaataagtggtcttttttgtttaaaaatttatagttca
tataatttatgttgtaacaacaaaaaatgtttttgtgataaaacaaacaaatatttaaac
ttaaaaaaatctcatttatcttatagatttggtcacattgttttatgttatcctgttata
catatatggtttataaaaacacctcctaataatgtttcaagtataacaggtttatcaaat
aaaattattgaaaaagtaataaattttaaaataaaaattattctaagatctttcaacaaa
aaatttaaaaaatattcaatagttttatatgaaaaaaaaaattttgaattttattcttta
tcaggatcatatgctatcttaaagttattatcagacgttgaaattttattagactgtaag
ataataaaaagaaaattagcaaaatgtaattcttttattttattatttttttttttacaa
aaaattaataaaatatatatttattatttatctggaaacaaacccagttggttttgtatt
acaatattacctgttgtttctcctaaaataagaccattaattcccttaagtgtaggaaaa
tttgctacttcagatttaaatgagttatataaaagaattattgacagaaatatacgatta
aaaaattttaaaatattaaaaatgcctaaacaaataattattaatgaaagagtattatta
cacgaatcagtaaatgctttatttgataatgaaaaaataaatactccatttttaactaat
tcaaaaagaattttaaaatctttttctagttccataagaggaaaatatggcagatttaga
caaaatcttttaggaaaaagagttgatttttcaggaagaacagttatttctgttggacct
aatttaaaattatatcaatgtgaaattccgatttttattgcgttagaattatttaaacca
tttatttttaaagaattaaactatagaaatttattgtctaatatttgttttattgatgat
ttttataataataataaaaaattgtcaattctttttttaaaaaaaatttgtagaaatttt
tctataattttgaatagagccccaactcttcatagaatgggtattcaatcatttaaaatt
ttattaactcaagataaaacaataaaattgcatccattggtttgtcttagttataatgca
gattttgatggagaccaaatggctatacatcttccattaactataagttctcaaatagaa
tctaattatttgttgttatctataaacaatataatttctccttctaatggagaacccatt
ataattccaactcaagatattgttatgggtatttattgtttaactaataattataattct
aaaaaaattaggttttattcgattaatgatgtttgttgtttttttaataaaaataaaaaa
aacattacaaaaaatattgttcttttttataaaaaaaattttttagatactactatagga
agaattattttttttagtattttatcaaaatcgattaatattaattttattaataaggtt
gcaagaaaaaaagatttaacatatatagtaaaatatttttttgatttttttggtgtagaa
aaaactataaatgttttagataaaattaaaaaaattggattttttttttctacttatttc
ggtataagtataagttattgtgatttgtttgatataaaaaatagaaatagtttattaaaa
tctataaaaaaaataaaatatttgagtaatatttttaatttaataaatgttttagaaaat
ttatttttaaatttaataataaaaaattttgttttaaagaaaaactctttaaatattaat
aatgtatatataatgttggattcaggatcaagaggtagtttattacaaataaaacaatta
ttatcatttagaggatttttttcaaaatcaaacggtgatattattgttaatccaatttta
gataatttaaaaataggtttaactatgaaaagttattttatatcaacttatggagctaga
aaaggtttaacagatacttcattaaaaactgcaaattcaggatatttaactagaaaatta
atagatgttatgcaagatgttgttatttataaaataaattgtgaaactaaagtaggtgtt
gaaatattgttatataaatataaaactatttcatctttatataaaaaaatttttggaaga
gtaattttagaagacattttttttaaaaataagttaattataaaaaaaaatacttttata
aataataaaatattgtttttaattttaaaaaaaagaattatatcaataattttaagaagt
atattattttgtgtttcttctagaggaatttgtagtttttgttatggtagtaatttaata
aacaacaccttaattcaaataggtgttccagttggaataatctctgcacaatctattgga
gaacctggaactcaactaactatgagaacatttcacactggaggagtagcaaattatttt
ttcagttatgaatttttagaatgtaaatattcaggatatctttacataaaaaatagcaaa
tgtttacttaatgaattaggagaattaattattcttaataataaaagtattttatcaata
gaaaataaaaatcataaaaaaatagtttataaattgttatatggagatataatcttattt
agaaatggttgtttcattaaaaaaaataaaaaaataaaaaattttattgataatttttat
atatatgcagaaaatagtgggtttattttcataaaaggtatatgtaaaaaagtatattgt
tctattgataataagttttatgataaaacggtttcaaataatattattattgttaaaaat
actctttttgaaaaaaaatattttataccaagaaattttctaattacaaaacaaaatttt
aattttgtgataccaggaagtattatcgctaaaataatagcggttaatgaaataaaatca
aatattattggaggattgccgcgtttaagtgaactgttcgaagcacgaatccctaaaaaa
aaagccttattaagtgatatagatggtgttgttagaattttacatttgctaaatgaaaaa
attaatattgttatcacatctaaatatggtttttataaaacttatgatatagactctatg
aaaaaattatatataaataatggagattatgttaaaactggagatattttaacagatggg
aaacctgatttaaatgatttaattaaattagttggaattaattatttaatggattttttt
gtcaaagaagtaaattctatctatgaacctcagggcatatatataaatgaaaaacatata
gaattagttttaaaacaaatgactaaaaaagtaaaaatattgtattctggggaatgtttt
tttatgcaaaatgacgttttatatttagaagatgtattagcagaaaatattaatacatta
aaattttccaaaaaaatttcattatacgaaagagttgttatcggaataacaaaagtttct
ttagattctgtatcgtttttttctgccgcatcttttcaagaaactactaaaatattactt
gattctgcaataagaaatagagtagattatttattaggactaaaagaaaatgtagtagta
ggtagattaatacctgcaggtactggcatgggtaatcatttttttgtcaaaaaaaaaagt
gaaaacaaaatagatataattaaaaaaaagaattttaaattatatatatataattaa
DBGET
integrated database retrieval system
